基于网络药理学探讨白及治疗消化性溃疡的活性成分及作用机制

目的:基于网络药理学探讨白及治疗消化性溃疡的活性成分及作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索白及活性成分及药物靶点信息,通过GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库查询消化性溃疡疾病的基因靶点信息.使用Perl软件、R语言、Cytoscape、STRING数据库、PMV...     

基于网络药理学和分子对接探讨浙贝母-夏枯草药对治疗甲状腺结节的作用机制

目的：基于网络药理学探讨浙贝母-夏枯草治疗甲状腺结节(thyroid nodules)的作用机制。方法：在中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索浙贝母、夏枯草的化学成分，利用PharmMapper数据库获取化学成分靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。基于Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库获得甲状腺结节相关靶点。将有效成分相关靶点与疾病靶点导入韦恩图网站进行在线分析，获得交集靶点，并利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)模型，利用Cytoscape 3.7.1软件构建PPI网络并筛选核心靶点。将药物及其活性成分、交集靶点及疾病导入Cytoscape 3.7.1软件绘制成“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络图。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体...     

基于网络药理学的复方苁蓉益智胶囊治疗血管性痴呆的分子机制研究

目的：对复方苁蓉益智胶囊(Compound Desert Cistanche Intelligence-improving Capsule)治疗血管性痴呆(VaD)的药理作用机制进行探讨。方法：基于网络药理学和分子对接的方法,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取复方苁蓉益智胶囊中各药物的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测药物活性成分的作用靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库获取血管性痴呆的疾病靶点。通过STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块及核心网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用Cytoscape 3.8.2构建“药物-活性成分-靶点-通路”网络图,采用分子对接技术对PPI网络及“药物-活性成分-靶点-通路”网络图结果进行验证。结果：筛选出35个主要活性成分,涉及134个靶点,其中主要活性成分包括亚美罂粟碱(Armepav...     

基于网络药理学分析生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的:通过网络药理学研究方法探讨生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变(Diabetic retinopathy,DR)的作用机制。方法:通过中药药理数据库和分析平台(TCMSP)检索药物的活性成分和靶点;在GeneCards、DrugBank和OMIM数据库检索糖尿病视网膜病变相关靶点;利用Venny工具找出疾病与药物的交集靶点;通过Sting数据库对交集靶点进行分析;结果导入Cytoscape 3.9.1软件进行拓扑异构分析;筛选出核心靶点并绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图。将交集靶点录入Metascape进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,得到潜在作用通路。结果:(1)药物活性成分及靶点:通过TCMSP数据库筛选出生蒲黄-墨旱莲活性成分17个、作用靶点222个。(2)疾病靶点:经GeneCards、DrugBank、OMIM数据库筛选去重后获得相关的疾病靶点4 005个,将药物靶点与疾病靶点交集后共获得108个共有靶点。(3)核心靶点:通过Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/T...     

基于网络药理学探讨红萸饮治疗溃疡性结肠炎的分子机制

目的:采用网络药理学的方法,对红萸饮(HYY)治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制进行探讨.方法:通过TCMSP平台和Uniprot数据库对HYY进行活性成分及作用靶点筛选和标准化;在Genecards和在线人类孟德尔遗传数据库中获取疾病靶点.采用Draw Venny Diagram程序生成药物活性成分-疾病靶点数据集及...     

基于网络药理学探讨昆明山海棠-益母草药对治疗类风湿关节炎的机制

目的:运用计算机网络药理学技术筛选昆明山海棠-益母草药对治疗RA的的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,建立药物成分-活性成分-作用靶点网络,进一步探讨昆明山海棠-益母草药对治疗类风湿关节炎(RA)的潜在作用机制。方法:通过Dis Ge NET,TTD,Drugbank数据库收集RA疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得昆明山海棠、益母草的潜在活性成分及其对应的靶点;使用Image GP平台筛选药物与疾病共有靶点;使用String数据库构建共有靶点互作(PPI)网络模型;采用Cytoscape软件建立"药物-活性成分-关键作用靶点"网络;采用String数据库构建蛋白质相互作用网络;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:通过筛选得到9个药物活性成分,共涉及235个作用靶点,与疾病靶点有关的活性成分为7个,得到昆明山海棠-益母草药对-疾病共同靶点24个,共同靶点主要富集于278个生物过程和141条信号通路上发挥治疗RA的作用。结论:昆明山海棠-益母草药对对RA的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其治疗RA的作用机制与临床应用提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产(RSA)的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索杜仲-续断的活性成分和基因靶点.在GeneCards、OMIM和PharmGkb数据库收集RSA疾病靶点,在Cytoscape 3.7.2软件中构建活性成分-靶点网络,基于STRING数据...     

基于网络药理学探究黄连解毒汤治疗溃疡性结肠炎的作用机制研究

目的 基于网络药理学预测黄连解毒汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的有效成分、靶点和作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM数据库筛选黄连解毒汤的活性成分、作用靶点和UC疾病相关的基因.使用Cytoscape软件构建"药物活性成分-靶点-疾病"网络.通过STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,推测核心...     

基于网络药理学探讨黄柏治疗湿疹的作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在GeneCards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络...     

基于网络药理学探讨藤梨根治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学的研究方法探讨中药藤梨根治疗结直肠癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及中医药整合药理学研究平台(TCMIP)获取藤梨根的主要活性成分和药物作用靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库获取结直肠癌的疾病靶点,再通过R语言及VennDiagram作图数据包映射筛选得出药物与疾病的交集靶点,即为藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件、String数据库分别构建藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点的“药物-成分-疾病-靶点”网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。最后通过David数据库对潜在治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将富集结果可视化。结果 筛选到藤梨根药物主要活性成分6个,药物作用靶点154个,结直肠癌相关疾病靶点10 622个,两者取交集得到藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点145个;藤梨根的6种活性成分芦荟大黄素(aloe-emodin)、ent-表儿茶素(ent-Epicatechin)、(+)-儿茶素[(+)-cat...     

基于网络药理学的党参增强免疫功能机制研究

目的运用网络药理学方法探究党参增强免疫功能的潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查找党参的活性成分及与活性成分相关的潜在靶点,并采用Cytoscape3.6.1软件构建党参活性成分-靶点网络。在NCBI网站下Gene数据库中以"immunosuppression"为关键词搜索免疫抑制靶点,使用装载ReactomeFIViz插件的Cytoscape3.6.1软件构建免疫抑制靶点相互作用网络,并将其与党参活性成分-靶点网络融合,获得党参活性成分的免疫作用靶点。使用DAVID数据库对党参免疫作用靶点进行KEGG通路富集分析,以探究党参增强免疫功能的作用机制。结果党参发挥免疫作用的主要靶点有肿瘤坏死因子(TNF),转录因子p65(RELA),白细胞介素10(IL10),白细胞介素6(IL6),白细胞介素2(IL2)等。其中木樨草素,芹菜素,棕榈酸甲酯,棕榈酸,白术内酯III主要作用于TNF;芹菜素,月桂酸,辣椒素,木樨草素,棕榈酸甲酯主要作用于RELA;木樨草素,棕榈酸甲酯,棕榈酸主要作用于IL-10;月桂酸,木樨草素,棕榈酸甲酯主要作用于IL-6;芹菜素,木樨草素主要作用于IL-2。KEGG分析得到与党参免疫作用有关的通路16条,主要涉及T细胞受体信号通路,NOD样受体信号通路等。结论党参中的免疫活性成分可能通过调控TNF、RELA、IL10、IL6等靶点,T细胞受体信号通路,NOD样受体信号通路等多个途径发挥增强机体免疫功能的作用。     

黄芪-党参药对治疗胃癌的网络药理学研究

目的运用网络药理学探讨黄芪-党参药对治疗胃癌的作用机制。方法通过DisGeNET数据库检索胃癌的相关靶点。使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芪、党参的潜在活性成分和作用靶点,借助PubChem数据库,预测黄芪-党参药对活性成分的所有潜在靶点,并将活性成分预测的靶点与疾病靶点取交集,获取黄芪-党参药对治疗胃癌的靶点集。使用Auto Dockt Vina对筛选所得的主要活性成分及主要相关靶点进行分子对接验证。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用Cytoscape 3.7.1构建"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络及蛋白相互作用(PPI)网络,研究其作用机制。结果"药物-化合物-靶点-通路-疾病"网络包括52个活性化合物、62个作用靶点以及34条通路,关键化合物为3-β-Hydroxymethyllenetanshiquinone、黄芪皂苷Ⅰ、咖啡酸、异阿魏酸等,关键靶点涉及MAPK、PI3Ks、EGFR、NF-κB1等;PPI网络关键靶点主要为STAT3、PIK3CA、MAPK1、HRAS等。GO富集分析共涉及264个生物过程(BP),38个细胞组分(CC)以及57个分子功能(MF);KEGG通路富集分析筛选得到34条与胃癌相关的通路,主要为癌症通路、PI3K-Akt信号通路等。结论黄芪-党参药对可能是通过介导PI3K-Akt等信号通路调控肿瘤细胞的增殖、凋亡、迁移、失巢凋亡及血管生成等生物过程进而达到治疗胃癌的目的。     

基于网络药理学的人参、黄连“药对”治疗2型糖尿病作用机制研究

目的筛选人参、黄连药对主要活性成分,预测其活性成分的作用靶点,建立药物—活性成分—作用靶点网络,探讨人参、黄连药对治疗2型糖尿病(diabetes mellitus type 2,T2DM)的作用机制。方法使用TCMID、TCMSP平台筛选人参、黄连药对化学成分,并应用STITCH及DrugBank数据库检索活性成分靶点。应用TTD、DrugBank、GAD和DisGeNET数据库,筛选T2DM相关靶点。采用Cytoscape软件构建药对活性成分—作用靶点网络,通过David数据库对靶点进行生物学功能及通路富集分析。结果筛选得到人参、黄连药对潜在活性成分46个,人参相关靶点144个,黄连相关靶点246个,收集到350个T2DM相关靶点。相匹配后,得到42个人参、黄连药对治疗T2DM潜在靶点,其中,槲皮素(quercetin)、黄连素(berberine)、山奈酚(kaempferol)、花生四烯酸(arachidonate acid)、阿魏酸(ferulic acid)、豆甾醇(Stigmasterol)等6个成分能与3个及以上的关键靶点基因相连,可能是人参、黄连中治疗2型糖尿病的重要成分。结论人参、黄连药对靶点和药物代谢、胰岛素抵抗、炎症反应相关,并且参与了AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路以及胰高血糖素信号通路,这些生物过程和信号通路可能是人参、黄连药对治疗T2DM的潜在机制。     

基于网络药理学的四君子汤治疗2型糖尿病的作用机制研究

目的通过网络药理学预测四君子汤治疗2型糖尿病(T2DM)的主要活性成分和作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制;并选取AMPK信号通路中的Ins R、PI3K进行动物实验验证。方法通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、文献挖掘和本课题组已有研究收集四君子汤及其4味中药党参、白术、茯苓、甘草的化学成分,经口服生物利用度(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)3个条件筛选得到药物的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库进行有效成分靶点预测;同时从TTD、Drugbank和Dis Ge NET数据库对T2DM的靶点进行检索及筛选;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape3.2.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析筛选节点自由度(degree)≥平均自由度的节点得到核心有效成分-核心靶点网络,同时使用String数据库绘制核心靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;对核心靶点基因利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,构建核心有效成分-核心靶点-代谢通路网络图,探讨四君子汤治疗T2DM的潜在作用机制。采用系统对接网站进行相关度前3蛋白对相关度前5成分的分子对接。并进一步采用动物实验进行验证:选取SD大鼠,运用高糖高脂饲料联合小剂量链脲佐菌素(STZ)诱导T2DM模型,5.65 g/kg四君子汤ig给药28 d,检测各组大鼠的空腹血糖(FBG)及口服葡萄糖耐量(OGTT),RT-PCR法检测AMPK信号通路中Ins R、PI3Km RNA的表达量。结果从四君子汤中筛选出113个化学成分,涉及治疗T2DM的47个靶点;根据节点自由度≥平均自由度,筛选出核心成分22个,核心靶点27个;GO分析结果表明其涉及血糖稳态、脂肪组织发育的正调控等7个生物过程,涉及类固醇激素受体活化、药物结合等4个分子功能,包括质膜、核常染色质2个细胞组成;KEGG分析结果表明其可能通过AMPK信号通路、PPAR信号通路、胰岛素抵抗等14个信号通路治疗糖尿病。分子对接60%成分具有强烈的结合活性,40%成分具有较强的结合活性。四君子汤可显著改善T2DM大鼠OGTT(P<0.001),同时降低FBG(P<0.01),显著升高Ins R、PI3K mRNA(P<0.001)的表达量,验证了网络药理学的部分预测结果。结论四君子汤通过多靶点、多通路治疗T2DM,为其分子机制的研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学的小陷胸汤治疗2型糖尿病的药理机制

目的:利用网络药理学探索小陷胸汤治疗2型糖尿病(T2DM)的药理机制。方法:在中药系统药理学技术平台(TCMSP)网站检索小陷胸汤的主要活性成分、对应的作用靶点及靶标基因,通过人类基因数据库(Gene Cards)获得T2DM的相关靶标基因,将药物活性成分靶点与T2DM靶点相映射,获得交集靶点即为小陷胸汤作用于T2DM的预测靶点。利用Cytoscape 3. 7. 1软件构建药物活性成分-交集靶点网络模型,选出关键活性成分。利用STRING网站构建交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),选出关键靶点基因。利用DAVID 6. 8在线工具对交集靶点进行基因本体(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:小陷胸汤作用于T2DM的活性成分有30个,相关靶点156个,关键有效成分14个,关键靶点基因18个。GO分析显示,小陷胸汤治疗T2DM潜在基因的生物功能主要涉及转录调控、氧化应激、蛋白结合和炎症反应等;KEGG通路富集显示小陷胸汤治疗T2DM影响的通路主要有缺诱导因子-1(HIF-1)信号通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,Toll样受体信号通路,甲状腺激素信号通路,磷脂酰肌醇氧3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路,乙肝,丙肝,酪氨酸激酶受体2(Erb B)信号通路,钙离子信号通路和核转录因子-κB(NF-кB)信号通路等。结论:小陷胸汤治疗T2DM机制可能是通过抑制炎症因子分泌,参与抗炎反应,降低氧化应激,升高细胞内钙离子浓度,阻断胰高血糖素信号通路,激活PI3K/Akt通路等来改善胰岛素抵抗,提高胰岛素敏感性,降低血糖。     

基于网络药理学的党参干预肠易激综合征作用机制研究

目的基于网络药理学探讨党参治疗肠易激综合征的作用靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出党参口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的化合物作为候选药效成分,利用HTDocking平台预测与候选药效成分匹配的靶蛋白,采用Cytoscape3.7.0软件构建化合物-靶点网络。通过GeneCards、NCBI和OMIM数据库查找肠易激综合征相关基因,利用Cytoscape3.7.0绘制疾病基因蛋白相互作用网络,并与党参化合物-靶点网络进行映射,发现党参治疗肠易激综合征的关键化合物和潜在作用靶点。使用Funrich3.1.3软件对潜在作用靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集,对党参治疗肠易激综合征的作用机制做出合理推测。结果共得到党参候选药效成分17个,预测作用靶点111个,肠易激综合征相关基因1368个,党参治疗肠易激综合征的关键化合物15个,潜在作用靶点55个(包括IL6、PTGS2、AKT1、EGFR、IL2、IL10、IL4等),靶点参与的功能主要有免疫应答、炎症反应等,主要富集通路有TRAILA信号通路、TNF信号通路等448条。结论党参可能通过调节PTGS2等炎症因子,参与TRAIL信号通路、TNF信号通路等途径,调节免疫反应,从而达到治疗肠易激综合征的目的。     

Meta分析桥接网络药理学的黄连阿胶汤治疗2型糖尿病临床疗效评价及潜在作用机制初探

目的 基于Meta分析和网络药理学研究方法,评价黄连阿胶汤治疗2型糖尿病（T2DM）的临床疗效,初探其作用机制。方法 首先全面检索CNKI、VIP、Wanfang、PubMed、The Cochrane Library和Web of science数据库,查找截至2020年5月的黄连阿胶汤治疗T2DM的随机对照试验,根据Cochrane风险偏倚评估工具对纳入的文献进行评价,采用Review Manager软件进行定量合成;而后基于网络药理学,筛选黄连阿胶汤中的化学成分及其作用靶点,与T2DM靶点映射对比后利用生物信息学技术进行关键通路的相关注释,探讨黄连阿胶汤治疗T2DM的潜在机制。结果 Meta分析纳入15篇随机对照试验（RCTs）,共计1 254例受试者,结果显示,西药常规治疗的基础上联合使用黄连阿胶汤可显著提高有效率,且降血糖和调血脂效果更优;网络药理学通过在线数据库共得到258种化学成分和985个作用靶点,其中60种成分、121个靶点和181条途径与T2DM的治疗密切相关,主要涉及晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、胰岛素抵抗（IR）等。结论 根据已有研究数据,黄连阿胶汤联合西药常规治疗可增加T2DM的临床疗效,降低血糖和调节血脂,主要通过改善IR、减轻炎症反应、降低氧化应激等治疗T2DM。     

基于网络药理学研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:运用网络药理学技术研究黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的主要活性成分,预测活性成分的作用靶点、建立"药对-活性成分-疾病-作用靶点"网络,探讨黄连-黄柏药对治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄连-黄柏药对的化学成分,借助人类基因数据库获取溃疡性结肠炎的相关靶点...     

基于网络药理学探讨黄芪-丹参治疗心肌梗死的分子作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨"黄芪-丹参"治疗心肌梗死(MI)的分子机制.方法 采用TCMSP,筛选出"黄芪-丹参"的活性成分;利用GeneGard和OMIM检索MI相关靶点;利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络构建,并提取交集网络中"黄芪-丹参"治疗MI的核心靶点;利用Omicshare数据...     

基于网络药理学的连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及机制探讨

目的探寻连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及作用机制,为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中医药治疗提供参考。方法借助TCMSP、Batman、Swiss Target Prediction等数据库检索连花清瘟方中药味的化学成分和作用靶点。通过Gene Cards筛选出冠状病毒的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络和潜在靶点的相互作用关系,通过富集分析预测作用机制,并将连花清瘟方的主要活性成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接验证。结果挖掘出连花清瘟方中100种活性成分、636个药物靶点,冠状病毒347个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点67个,关键靶点涉及PTGS2、IL6、CASP3、MAPK1、EGFR、ACE2等。GO富集分析共得到条目1 946个,主要涉及T细胞活化、病毒受体、炎症反应等。KEGG通路富集筛选出166条信号通路,包括肾素-血管紧张素系统、Toll样受体信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、槲皮素、木犀草素与Mpro有较好的结合能力;甘草次酸、豆甾醇、靛蓝与ACE2有较好的结合能力。结论连花清瘟方可通过多成分、多靶点、多通路作用于冠状病毒,其主要成分与Mpro、ACE2有较好的结合能力,从而可能对COVID-19有治疗作用。