杭州市1株不产毒霍乱弧菌食品分离株的基因组特征与溯源研究

目的 研究杭州市1株不产毒小川血清型霍乱弧菌食品分离株与国内外食品和临床分离株的溯源关系及其分子特征。方法 采用荧光定量聚合酶链式反应检测菌株毒力基因分布,使用高通量测序获得基因组序列,使用生物信息学方法鉴定其多位点序列分型（MLST）型别。将101株食品和临床分离株基因组序列比对到参考基因组N16961获得单核苷酸突变位点（SNV）,去除重组并构建进化树,分析食品分离株和近源菌株的基因分布情况。结果 该食品分离株是不产霍乱毒素和产毒素共调菌毛的霍乱弧菌（CNTP）,MLST分型结果为ST1480,与杭州地区流行的ST75型CNTP菌株属于同一克隆群。该菌属于进化树L3b. 1分支,与杭州2011年临床分离株（HZ11-1,HZ11-2）高度同源,去除重组后仅有26个SNVs位点差异。结论 从甲鱼涂抹拭子中检出与杭州地区流行的CNTP高度同源的菌株,杭州地区散发病例感染来源可能与爬行类食品污染因素有关,应加强对其养殖场所及销售场所进行消毒。