基于随机森林和特征选择方法的蛋白质热稳定性影响因素预测

酶的耐热性对其在食品工业中实现应用至关重要。本文以随机森林算法通过蛋白质序列预测酶的热稳定性,并对影响热稳定性的重要特征进行了分析。计算了从Swiss-Prot数据库获得的1600个包含热稳定性信息的酶的430个特征。采用重复欠抽样法处理数据不平衡问题,采用向后递归特征消去法优选出30个最重要的特征。通过交叉验证和独立测试比较以各特征子集构建的模型,发现仅以氨基酸组成为特征集构建的模型获得了最佳预测效果,模型的总体预测准确率为85.83%、敏感性为89.16%、特异性为73.33%、精度为77.00%、F1度量为74.87%。结果表明氨基酸组成对酶热稳定性的影响最大,嗜热酶中含有更多的谷氨酸、异亮氨酸和赖氨酸,而常温酶中含有更多的谷氨酰胺、丝氨酸和苏氨酸。研究为蛋白质工程改造食品工业用酶的热稳定性提供了一定的理论和方法。     

A novel salt-tolerant Micrococcus sp. DUT_AHX capable of degrading nitrobenzene

A novel strain of Micrococcus sp. DUT_AHX, which was isolated from the sludge of a nitrobenzene (NB)-manufacturing plant and could utilize NB as the sole carbon source, was identified on the basis of physiological and biochemical tests and 16S ribosomal DNA (rDNA) sequence analysis. It can grow at the temperature up to 40 °C or in the presence of NaCl concentration up to 12 g/L in Luria-Bertani (LB) medium. The optimal degradation conditions are as follows: temperature 37 °C, pH 7.0, and shaking speed 150 r/min. The strain involves a partial reductive pathway due to the release of ammonia and can also utilize 2-aminophenol as the sole carbon source. Furthermore, the enzyme activity tests show that crude extracts of NB-grown strain DUT_AHX mainly contain 2-aminophenol 1, 6-dioxygenase activity. The exploitation of salt-tolerant bacteria will be a remarkable improvement in NB bioremediation and wastewater treatment at high salinity and high temperature.     

急性病毒性坏死症病毒在栉孔扇贝不同器官的感染状况

应用超薄切片、负染电镜技术以及ELISA对自然发病和人工感染发病的栉孔扇贝之外套膜、鳃、肝胰腺、肾、肠、及闭壳肌等主要器官急性病毒性坏死症(Acute Virus Necrobiotic Disease，AVND)病毒的感染状况进行了研究。三种检测方法均表明，病贝的外套膜及肝胰腺为AVND病毒感染最严重的器官，肾以及肠组织次之，鳃及闭壳肌病毒感染程度最轻。本结果同时表明，AVND病毒在病贝体内广泛分布，侵染的细胞主要为上述器官皮下肌细胞的细胞质内，侵染细胞超微结构表现为生物膜肿胀，并出现“髓袢样”结构等病理变化。     

食品中甲型肝炎病毒RNA提取方法的比较及应用

目的：对食品中甲型肝炎病毒的3 种RNA提取方法进行综合比较,以优选出最佳的核酸提取方法,为各级实验室开展食源性甲型肝炎病毒核酸检验提供技术参考。方法：分别采用ABI AM1836、QIAGEN 74104和 ROCHE11858882001三种商业化核酸提取试剂盒对人工污染甲型肝炎病毒的食品样品进行核酸提取,根据3 种核酸提取方法的提取效率、抑制剂去除效率、检测灵敏度、综合应用指标进行病毒RNA的优化,且采用优化后的提取方法进行实际样品的检测。结果：综合病毒各项评价指标显示,ROCHE 11858882001在食品中提取甲型肝炎病毒RNA效果最优,其次为QIAGEN 74104和ABI AM1836。101 份样品的检测结果显示,一份蓝靛果样品为甲型肝炎病毒核酸阳性,其余样品均为阴性。结论：ROCHE 11858882001是一种快捷有效的病毒RNA提取方法,适用于食品中甲型肝炎病毒的日常检测工作。