一个新葡萄糖淀粉酶基因的克隆与表达

根据已报道的米根霉葡萄糖淀粉酶基因序列,通过PCR方法,从天然少根根霉的总DNA中克隆到含有四个内含子的葡萄糖淀粉酶基因。通过设计引物并采取重叠PCR方法删除内含子,获得了新的少根根霉葡萄糖淀粉酶(Rhizopus arrhizu glucoamylase,RaGA)cDNA序列(Accession number:DQ903853)。该基因在毕赤酵母中成功表达,表达产物具有较高的葡萄糖淀粉酶活性。     

利用蛋白表达谱鉴定毛壳属真菌2 个种的子囊果毛形态变异性

【目的】毛壳属真菌的子囊果毛形态曾是重要的分类性状,但因容易发生变异,在现代毛壳属的分类中它们的分类学价值受到质疑。印度毛壳(Chaetomium indicum)和绳生毛壳(Chaetomium funicola)是2个依据子囊果毛形态差异定义的物种,本研究旨在从蛋白表达谱水平认识这2个种的差异及其子囊果毛的变异性,同时探讨蛋白表达谱在真菌分类中的应用价值。【方法】通过形态学观察获得印度毛壳和绳生毛壳典型菌株和子囊果毛形态变异菌株,利用双向电泳技术对典型菌株和变异菌株的蛋白表达谱进行分析和比较。【结果】双向电泳(2DE)图谱特征反映出印度毛壳和绳生毛壳之间的蛋白表达谱差异明显。根据Neighbor-joining(NJ)算法生成的系统发育树进一步显示印度毛壳和绳生毛壳分别聚在2个不同分支,即同一种的典型菌株和变异菌株聚在一起。【结论】依据子囊果毛形态特征和种特异性的蛋白表达谱特征对印度毛壳和绳生毛壳的分类结果是一致的,表明子囊果毛特征仍然是毛壳属真菌分类的重要指标。     

固化金属离子亲和层析富集磷酸化多肽方法的选择及优化

在磷酸化蛋白质组学研究中,根据是否需要对待富集样品进行甲酯化处理,可将固化金属离子亲和层析（IMAC）方法分为两类,即需要甲酯化处理的IMAC方法（ME—IMAC）和不需要甲酯化处理的IMAC方法（Non—ME—IMAC）。要实现对磷酸化多肽的有效富集和鉴定,就必须对富集方法进行选择和优化。利用基质辅助激光解析离子化串联飞行时间质谱（MALDI—TOF—MS）对两种方法富集的磷酸化多肽进行了比较研究。结果表明,ME—IMAC方法容易发生样品丢失,质谱结果的分析也比较复杂,而Non—ME—IMAC方法则不仅操作简单而且富集效果理想。另外,优化了Non—ME—IMAC方法的实验条件,指出最佳的结合溶液是8％ACN／0．3％TFA,最佳的洗脱溶液是0．1mol／LEDTA（pH值8．0）,从而建立了一套完整而简单有效的磷酸化多肽富集方法。     

单链抗体2F3表达条件的优化及其提纯和性质研究

将构建好的单链抗体 2F3表达载体pTMF2F3ScFv转化到大肠杆菌BL21(DE3)。先挑选出表达量高的单克隆 ,然后让其在 37℃进行表达 ,并将表达时的培养条件进行优化。实验结果表明 :最佳诱导条件为开始诱导时的菌体密度OD_590nm =1.0～ 1.8,所加异丙基β-D 硫代半乳糖苷 (IPTG)的浓度为 0.3～0.5mmol/L ,诱导时间 7h ,优化后目的蛋白表达量占菌体总蛋白的20% ,并用发酵罐成功地进行了扩大培养 ,筛选了洗涤包涵体的最佳条件。采用两步法对包涵体复性进行了研究 ,用Westernblotting及ELISA法检测了所表达的单链抗体及其生物活性 ,并成功制备了含硒单链抗体酶.     

具有谷胱甘肽过氧化物酶活性的含硒单链抗体酶制备

 利用RT PCR从分泌有谷胱甘肽结合部位的单克隆抗体杂交瘤细胞株 2F3中 ,扩增出单抗重链可变区和轻链可变区基因 .经DNA测序后 ,用Linker(Gly4 Ser1) 3 构建成单链抗体 (scFv)表达载体pTMF scFv ,将重组质粒pTMF scFv转化到大肠杆菌BL2 1(DE3) ,实现了单链抗体的高效表达 .表达的单链抗体占菌体总蛋白 2 5%～ 30 % .该重组蛋白以包涵体形式存在 ,分子量为 30kD .经过金属螯合亲和层析纯化、复性和凝胶过滤纯化 ,得到电泳均一的单链抗体 .再经化学诱变 ,得到含硒单链抗体酶 ,其谷胱甘肽过氧化物酶活性为 330 0U μmol.采用荧光滴定法测定了单链抗体对谷胱甘肽的结合常数     

多组学前沿技术专刊序言

后基因组时代,基因组学、转录组学、蛋白质组学及代谢组学等技术应用日趋广泛,功能注释成为生命科学研究的中心任务,多组学整合分析成为全面解析生物学机理的主要手段。本专刊邀请了国内多组学领域的相关专家学者介绍了基因组学、转录组学、蛋白质组学及代谢组学等领域最新进展和应用成果,收录了相关文章28篇,以供从事多组学研究的科研工作者参考。     

基于细胞热漂移测定(CETSA)技术鉴定活细胞内药物靶标的标准操作流程

【目的】细胞热漂移测定(cell thermal shift assay, CETSA)技术是一种检测细胞内药物(配体)和蛋白质(靶标)相互作用的技术,原理是当蛋白质结合药物后,其热稳定性会发生变化,通过测定这种变化去鉴定药物和蛋白之间的相互作用。本研究以治疗多发性骨髓瘤的靶向药帕比司他(panobinostat)为例,建立基于蛋白印迹杂交(Western blotting)和CETSA技术的药物靶蛋白鉴定的标准操作流程。【方法】首先用药物panobinostat处理培养的K562细胞,然后加热处理细胞、裂解细胞及提取可溶性蛋白,以及用抗靶蛋白的抗体经Western blotting定量可溶性蛋白。【结果】经Western blotting定量及曲线拟合,成功得到3个蛋白——组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDAC1)、人突触蛋白(humansyntaxin-4,STX4)以及四三肽重复结构域(tetratricopeptiderepeat domain38,TTC38)随温度变化的热熔解曲线和恒定温度条件下的药物剂量反应曲线。【结论】HDAC1、STX4及T...     

多组学技术及其在生命科学研究中应用概述

随着新一代测序技术、高分辨质谱技术、多组学整合分析方法及数据库的发展,组学技术正从传统的单一组学向多组学技术发展。以多组学驱动的系统生物学研究将带来生命科学研究的新范式。本文简要概述了基因组学、表观基因组学、转录组学,蛋白质组学及代谢组学的进展,重点介绍多组学技术平台的组成和功能,多组学技术的应用现状及在合成生物学及生物医学等领域的应用前景。     

大肠杆菌44277(O2: K1) 中rmlB 基因功能

摘要: 【目的】确定rmlB 基因在大肠杆菌( O2: K1) L-型鼠李糖合成中的作用。【方法】将基因rmlB 进行原核表达并测定酶活; 用同源重组的方法将rmlB 基因敲除,分析表型变化,并运用质谱,以及核磁共振等手段分析脂多糖O 侧链的结构,以确定rmlB 在O 抗原合成中的作用。【结果】成功对rmlB 基因进行了表达并测定了重组蛋白的酶活,确定蛋白RmlB 具有dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase 活性。成功构建了rmlB 基因缺失突变株,对突变株进行表型分析发现突变株的表型与野生株相比无变化。对突变株分析发现突变株中的O抗原仍含有L-型鼠李糖,说明在该菌株中可能存在RmlB 的同功能酶或者存在其它的L-型鼠李糖合成途径。【结论】rmlB 基因编码的蛋白具有dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase 活性但此基因对于L-型鼠李糖的合成不是必需的。