猪水泡病病毒全基因组核苷酸序列的测定与分析

猪水泡病是由猪水泡病病毒(Swine vesicular disease virus,SVDV)引起的猪的一种急性传染病,在症状上与口蹄疫极其相似。该病流行性强,发病率高,能造成严重的公共卫生问题。国际兽医局将其列为动物A类传染病,我国农业部列为动物一类传染病。SVDV属于小RNA病毒科肠道病毒属,其核酸类型为单股正链RNA分子,无囊膜,病毒基因组含一个大的开放阅读框,编码一条由2185个氨基酸组成的多聚蛋白。     

科尔沁沙地东南缘大青沟自然保护区土壤水分的时空分布特征

用TDR分层对科尔沁沙地东南缘大青沟国家级自然保护区土壤水分进行定位观测,采用多重比较等方法,对土壤水分与环境因子关系的差异进行分析,通过Kriging插值法用Surfer软件绘制土壤水分等值线图,研究结果表明:土壤含水率在不同的生长季节上变化,表现为夏季>秋季>春季,各层间没有显著差异;月均(5、7、9月)土壤含水率的变异系数坡向>植被类型>坡位;层均(0~60cm)土壤含水率变异系数坡位>植被类型>坡向>样带。月均土壤含水率从高到低依次为:阔叶林>矮林>樟子松林>疏林草原>灌丛,不同植被类型各层月均土壤含水率总体上差异极显著,阔叶林远远高于其它植被类型;层均土壤含水率,各植被类型各月份间总体差异极显著,总体趋势从高到低为:阔叶林>矮林>樟子松林>灌丛>疏林草原,阔叶林明显高于其它类型。月均土壤含水率坡向间总体上差异显著,层间无显著差异;东、西坡与北坡有显著差异,东西坡高于南北坡;层均土壤含水率,同一月份各个坡向间差异不明显,7月明显高于其它月份;各月总体表现为:东>西>南>北坡。月均土壤含水率除31~45cm外,3个坡位间各层均有极显著差异,下坡位明显高于上坡位与中坡位;中坡位各层月均土壤含水率差异极显著;层均土壤含水率各月份各坡向间差异极显著,下坡位远大于上坡位与中坡位。该区从沟底到坡顶的植被变化逐渐由湿生-中生-旱生逐渐过度,垂直分布明显,这类天然残遗植被与土壤水分及其与环境因子的关系,对于促进周边沙地植被恢复具有重要的参照意义,据此建议了大青沟周边沙地植被恢复模式相应的最低土壤水分阈值,沙地0~30cm土层土壤含水率9.1%~11.5%、8.1%~9.0%、6.0%~8.0%;沙地31~60cm土层土壤含水率11.1%~13%、8.5%~11%、6.0%~8.4%,分别适合恢复为疏林、灌丛、半灌丛。     

亮斑扁角水虻幼虫酶解制备蛋白胨工艺优化及蛋白胨性质

【背景】用于餐厨垃圾等有机废弃物处理的亮斑扁角水虻(Hermetia illucens, HI)含有丰富的氨基酸和营养物质,是一种优质、经济的蛋白来源。【目的】利用亮斑扁角水虻幼虫(Hermetia illucens larvae, HIL)制备蛋白胨用于细菌培养,为亮斑扁角水虻的应用方式提供新的思路。【方法】以亮斑扁角水虻幼虫为原料,利用单因素试验确定最佳酶解条件,对比分析HIL蛋白胨和市售胰蛋白胨的基本性质和功能性状,并进行细菌培养、生物化学试验,利用两种蛋白胨分别培养大肠杆菌(Escherichia coli) ATCC 25922模式细菌并通过生长动力学分析评价应用效果。【结果】制备HIL蛋白胨的最佳酶解工艺为按1.3%(质量分数)添加复合酶(胰酶:碱性蛋白酶质量比为1:1),在pH 7.0、54℃条件下反应4 h,此时HIL的水解度为(19.34±0.15)%。HIL蛋白胨和市售胰蛋白胨的功能性状和生物化学试验差异不显著(P>0.05)。大肠杆菌ATCC25922在HIL蛋白胨培养基中生长的X_max和λ分别为6.44和2.45,在市售胰蛋白胨生长的...     

滇藏常绿杜鹃亚属的修订

常绿杜鹃亚属Subgenus Hymenanthes是由K.Koch（1872）根据Blume（1826）建立的Genus Hymenanthes改级组合而成。但长期以来人们一直沿用了Maximowicz（1870）所建立的、后由Koehne（1893）修订过的Subgenus Eurhododendron这一亚属名称,直到最近D.F.Chamberlain（1978,1979,1982）对该亚属的名称才作了正式订正。     

HPV基因的进化分析

目的:HPV有许多类型,其大致可分为高危型和低危型,高危型HPV感染是导致宫颈癌发生的首要原因,在HPV基因组中,E6基因是促进宫颈细胞癌变的关键基因,本文主要研究HPV中的E6基因在各种不同型别的HPV中的进化关系,并对E2基因碱基替换率进行分析,探讨高危型HPV与低危型HPV的区别.方法:本文对不同类型HPV E6氨基酸序列构建系统发生树,探讨识别高危型HPV可能的一致序列,对E6基因其中一处能导致恶性程度增加的突变进行分析.并对HPV16与其位于同一颗树的HPV35和HPV31计算相对碱基替换率.结果:高危型HPV均源自同一株病毒株的进化.各种HPV型别中,高危型HPV E6蛋白对应于HPV16E6蛋白的第83位氨基酸为缬氨酸更为保守,HPV中除E2以外的其他基因的非同义替换率均小于同义替换率.结论:HPV E6蛋白对应于HPV16E6蛋白的第83位氨基酸为缬氨酸能更好地实现HPV E6蛋白的致癌作用.HPV基因中除E2以外的基因在进化过程中都较为保守,是HPV增殖生长的关键基因,而E2部分区域非同义替换率大于同义替换率,说明E2这部分区域的突变能够更好的促进HPV的增殖和生长.     

中国17个人群中的耵聍基因频率及干型基因地理分布图

报道了中国17个人群的干型耵聍基因频率,其中汉族人群8个,少数民族人群8个,还有一个未识别民族,即西藏聂拉木县的夏尔巴人。发表了我国汉族人群中以及汉族与少数民族中干型耵聍基因频率的地理分布图。干型耵聍基因在17个人群中的频率及两张基因频率地理分布图都进一步证明,中国汉族与少数民族 (新疆信仰伊斯兰教的少数民族除外)之间有许多基因流动、干型耵聍基因起源于东北亚。中国人群中干型耵聍基因的Fst应在0.1057与0.1602之间。 Abstract:Gene frequencies of serumen type of 17 populations in China are reported,including 8 Han subpopulations,8 ethnic minorities and 1 un-identified ethnic group,the Sherpas in Nyalam County,Tibet.Gene-frequency-distribution maps of dry serumen in Han,as well as in Han and ethnic minorities of China were also published.The gene frequency data of 17 populations and their distribution maps once again showed that there was a large-scale gene exchange between Han and ethnic minorities,my be,with the exception of Moslem ethnic groups in Xinjiang,and that the dry serumen gene originated in Northeast Asia.The Fst of dry serumen gene in Chinese populations as a whole was estimated to be between 0.1057 and 0.1602.     

基于ITS 序列探讨沙棘属植物的系统发育关系

对分布于青海境内的中国沙棘、肋果沙棘和西藏沙棘的ITS区进行扩增和序列分析,并以胡颓子科胡颓子属沙枣为外类群,对胡颓子科沙棘属15种植物的ITS序列进行聚类分析, 探讨沙棘属各植物的亲缘关系.结果表明： 3种沙棘属植物的ITS区长度为600～605 bp,其中,ITS-1区为201～203 bp,5.8S为166～167 bp,ITS-2区为232～236 bp.核苷酸分析显示,3种沙棘属植物的ITS区存在丰富的变异位点.聚类分析表明,棱果沙棘种的2个亚种——棱果沙棘和理塘沙棘为2个不同种,江孜沙棘与柳叶沙棘之间的亲缘关系较近,而与中国沙棘亲缘关系较远;沙棘种下9个亚种间的聚类结果与形态学分类差异较大.
     

猪水泡病病毒VP2基因抗原区在大肠杆菌中的表达

利用RT_PCR技术 ,以SVDVHK’70为材料 ,扩增出VP2基因抗原区。将目的基因的PCR扩增产物直接进行双酶切 ,然后将酶切产物与酶切后的表达载体pGEX 4T_1进行连接 ,转化BL2 1菌体并提质粒 ,经酶切、PCR鉴定为阳性的重组质粒命名为pGEX_VP2 ,并测序。测序结果表明 ,目的基因插入的位置、大小和读码框均正确 ,表达载体构建成功。将含有阳性质粒的BL2 1菌液经IPTG诱导后进行SDS_PAGE分析 ,出现预期的目的蛋白条带 ,此目的蛋白经Westernblot检测确定其有免疫活性。     

藏羊IL-2基因的RT-PCR扩增、序列分析及蛋白结构预测

设计藏羊IL-2基因特异性引物,提取藏羊脾脏总RNA,RT-PCR技术扩增IL-2基因并测序,应用生物学软件进行序列分析及蛋白结构预测。研究表明,藏羊IL-2基因长度为405 bp,编码135个氨基酸,藏羊IL-2基因与参考绵羊(登录号:NM_001009806.1,X60148.1)、山羊(登录号:NM_001287567.1,AF307018.1,U34274.1)、藏羚羊、水牛和牦牛IL-2基因的核苷酸序列同源性依次为100.0%、99.8%、99.8%、99.3%、99.0%、99.5%、98.0%和95.8%,氨基酸序列同源性依次为100.0%、100.0%、100.0%、98.5%、98.5%、100.0%、97.0%和93.3%。蛋白结构预测研究表明,IL-2蛋白具有1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、2个蛋白激酶C磷酸化位点、1个N-糖基化位点和1个白细胞介素-2信号。研究成果可为藏羊IL-2基因抗病功能的研究提供基础参考数据。     

岷江干旱河谷植物群落的复杂性

通过对岷江干旱河谷植被及环境因子的系统取样调查,研究了该地区植物群落复杂性及其与环境因子的关系,探讨了群落复杂性与多样性、均匀度、物种丰富度之间的关系.随着海拔的增加,群落总复杂性和结构复杂性均表现为“高-低-高”的变化趋势,表明高海拔和低海拔段有较高的复杂性,中海拔段复杂性较低;位于干旱河谷核心区的样带3、4较北部过渡区样带1、2和南部过渡区样带5、6有着较低的群落总复杂性;不同坡位、坡形及坡向,群落总复杂性和结构复杂性,均表现为上坡位＞下坡位＞中坡位,凹坡＞平破＞凸坡,阴坡＞半阴半阳坡＞阳坡.华帚菊-小黄素馨灌丛的总复杂性最高,西南野丁香灌丛、驼绒藜灌丛的总复杂性最低,橿子栎灌丛和群小花滇紫草灌丛的结构复杂性较高; 群落总复杂性与有机质、全N、土壤含水量、水解N、速效K呈现出显著的二次曲线关系,与全K、全P、速效P、pH值没有明显的相关关系.总复杂性与多样性、均匀度、物种丰富度的关系密切,均呈现显著的线性正相关关系.均匀度和结构复杂性呈现极显著的线性负相关,表明结构复杂性随均匀度的增加而减小.作为群落总复杂性与多样性的区分,结构复杂性对群落内物种数的变化较为敏感,不仅与均匀度有关,还与群落物种数量有关.结构复杂性和多样性作为群落总复杂性的两个组成部分,对总复杂性的影响随着研究区域和群落的不同而不同.