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VP1蛋白是口蹄疫病毒(FMDV)的主要结构蛋白,可诱导机体产生中和抗体以及激发保护性免疫应答。为探究VP1基因密码子偏好性,筛选出其最佳体外表达系统,使用Visual Gene Developer、CodonW、GraphPad Prism等软件,对VP1基因进行密码子偏好性分析,同时将VP1基因密码子使用频率与大肠杆菌、毕赤酵母、昆虫杆状病毒和哺乳动物细胞表达系统作了比较。结果显示,VP1基因的CAI为0.21,ENC为55.43,GC3S为65.26%,表明该基因密码子使用偏好较弱并且密码子偏好以G/C碱基结尾。结合VP1基因与各表达系统密码子使用频率比值,发现其与昆虫杆状病毒表达系统频率比值差异最小且CAI最大,因此推断昆虫杆状病毒表达系统是FMDV VP1基因最适体外表达系统。本研究为FMDV亚单位疫苗研制等提供了技术基础。 相似文献
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为促进布鲁菌病Rev.1疫苗及相关疫苗的研发, 该研究提取Rev.1疫苗株核酸, 应用PacBio平台进行全基因序列测定与分析。结果表明, Rev.1疫苗株基因组大小约3 299 187 bp, G+C含量为57.2%, 组装为染色体1、染色体2两条环状基因组, 大小分别为2 121 370、1 177 817 bp, G+C含量分别为57.2%、57.3%。将其Ery、BLS和VirB10基因序列与9株GenBank上发表的布鲁菌参考菌株的Ery、BLS和VirB10基因序列进行比较分析, 存在不同程度的差异, 同源性为97.4%~100%。 相似文献
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通过对采集到的青岛市某发病羊场羊口疮病料(强毒)在山羊成纤维细胞上连续传90代(弱毒)后, 分别进行病毒基因组提取, 并对提取到的基因组分别命名为ORFV-QD和ORFV-RD。根据GenBank上发表的ORFV全基因组序列设计并合成3对特异性引物, 分别扩增ORFV-QD和ORFV-RD的B2L基因、F1L基因和VIR基因片段, 并将扩增得到的基因组片段分别克隆到pMD-19T载体上, 转化到DH5α感受态细胞中, 对重组质粒进行鉴定后送至测序公司进行测序, 用DNASTAR软件对测序结果进行拼接及3组基因之间核苷酸同源性比较分析, 将测序结果与NCBI上已公布的13组ORFV全基因组相应基因核苷酸序列进行同源性比对分析、构建系统进化树及氨基酸序列比对分析。结果表明, 3组基因与参考序列的B2L基因、F1L基因和VIR基因核苷酸同源性分别为92.1%~98.4%、96.1%~99.1%和94.6%~100%。将2株病毒基因组与参考序列进行氨基酸序列比较分析, 结果显示2株病毒基因组之间并没有较为明显的差异。 相似文献
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为建立检测牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3,BPIV3)3种基因型的多重RT-PCR方法,根据GenBank上发表的BPIV3 3种基因型病毒株的HN基因序列设计特异性引物,优化反应体系建立多重RT-PCR方法。结果显示,方法可同时扩增出BPIV3 A型150 bp、B型253 bp和C型342 bp的特异性片段,与牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、小反刍兽疫病毒(PPRV)、牛支原体、牛布鲁氏菌、羊布鲁氏菌、牛源多杀性巴氏杆菌A型和B型均无交叉反应,A、B、C基因型BPIV3最低阳性质粒检测量分别为0.89×104、0.92×104和1.53×104拷贝/μL。本试验建立的多重RT-PCR检测方法操作方便、特异性强,应用于临床样本的检测,可快速检测BPIV3 3种基因型。 相似文献