2015—2017年我国部分地区猪非典型瘟病毒的遗传变异分析

猪非典型瘟病毒（atypical porcine pestivirus,APPV）是一种能引起仔猪先天性震颤的病原。为了解我国APPV感染状况、基因组以及遗传变异特征,采用套式RT-PCR方法,对2015—2017年我国22个省（自治区、直辖市）93个猪场的285份血清样本进行了APPV核酸检测和E2基因序列分析;并对发病猪组织样本进行了APPV全基因组扩增与序列测定和遗传变异分析。结果显示,检测样本的APPV阳性率为25.26%（72/285,95% CI=20.3%~30.7%）,且阳性率逐年升高;猪场APPV阳性率为38.71%（36/93,95% CI=59.7%~94.8%）。扩增出的35条APPV E2基因的核苷酸序列相似性为83.4%~100.0%,推导氨基酸序列相似性为90.5%~100.0%。基于E2基因的遗传变异分析显示,APPV临床毒株可被分为4个亚群,大多数国内APPV临床毒株可归入亚群1,与美国的000515株遗传关系较近;少数临床毒株与Bavaria S5/9、NL1 Farm1等欧美毒株同属于亚群2;6条测定序列被划分至亚群3;亚群4的成员均来自广东;其中亚群3与亚群4均由国内APPV临床毒株构成。全基因组序列遗传变异分析表明,全球APPV毒株可归为2大分支,本研究中测序的毒株CHheb1701与所有国外毒株属于同一分支,且与GX04/2017遗传关系最近,与美国毒株000515同聚为一簇;而第二分支中的毒株均来自我国广东省。以上研究表明,我国猪群中APPV感染已较为普遍,毒株多样且变异广泛,同时,也提示毒株可能有不同的来源,为进一步开展APPV的防控及相关研究奠定了重要基础。