碱蓬转录组分析及油脂合成相关基因表达模式

碱蓬（Suaeda salsa）籽粒具有较高的含油量及丰富的不饱和脂肪酸,作为潜在的特种油料作物具有极高的开发和利用价值。为了全面研究碱蓬中油脂合成相关基因的构成及表达模式,本文利用Illumina HiSeq 2000高通量测序平台对碱蓬根、叶和发育期种子进行转录组检测和分析,筛选碱蓬发育期种子和叶片转录组中参与油脂合成途径的关键脂类基因,并对其差异表达模式进行了比较分析。本研究测序共计产出106 647条Unigenes,通过与各蛋白数据库比对,其中76 755条Unigenes成功获得了功能注释。共有45个Unigenes编码参与脂肪酸（FA）合成的关键酶,其中25个Unigenes在发育期种子中上调表达;多个编码ACCase、KASⅢ和EAR等的Unigenes上调表达;且7个编码酰基载体蛋白去饱和酶（SAD）的Unigenes中有5个在发育期种子中显著上调,可能与碱蓬油脂中不饱和脂肪酸的生成相关。共有30个Unigenes编码参与三酰甘油（TAG）合成的关键酶,其中16个Unigenes在发育期种子中上调表达,包括多个编码GPAT和DGAT的Unigenes。本研究对解析碱蓬脂类代谢途径的调控模式及发掘参与碱蓬油脂合成的关键基因具有重要的意义和参考价值。     

低温处理不同恢复时间高粱幼苗渗透调节相关指标的变化

为揭示低温对高粱幼苗生长的影响,以高粱龙杂17为研究对象,对三叶一心期高粱幼苗进行5℃低温处理,分别于恢复1、3、5和7d取样测定生理生化指标。结果表明:与未处理对照相比,除低温恢复1d的高粱幼苗根冠比显著抑制外,其余处理均表现为显著增加;高粱幼苗的株高和地上鲜重变化在供试时间点均表现为显著抑制。供试时间点脯氨酸和可溶性糖含量基本都增加,其中恢复1和3d的高粱幼苗脯氨酸含量显著增加,恢复3d的高粱幼苗可溶性糖含量显著增加。高粱幼苗TBARS含量也在整个供试期增加,在恢复3和5d显著增加;但过氧化氢含量变化不显著。上述结果表明,低温处理造成了生物膜不同程度的损伤,脯氨酸和可溶性糖等渗透调节在高粱幼苗耐冷的过程中发挥重要作用。     

高粱AGO蛋白家族基因鉴定及表达分析

Argonaute (AGO)蛋白是RNA介导的沉默复合物RISC的核心成分,在小RNA、Dicer?like酶等的协同下共同激发RNA沉默反应。为阐明高粱中AGO蛋白的功能,本研究采用生物信息学的方法首次在高粱全基因组水平鉴定15个SbAGOs,分别定位于高粱的7条染色体上,根据氨基酸序列将其划分为三个亚家族。亚家族Ⅲ中SbAGO7和SbAGO3都含有3个外显子,亚家族Ⅱ中SbAGO4和SbAGO6都具有22个外显子,成员最多的亚家族Ⅰ中基因外显子数量介于19~24之间。其中,亚家族Ⅰ中SbAGO1-1和SbAGO1-3、SbAGO1-3和SbAGO1-4、SbAGO5-2和SbAGO5-4发生过基因复制事件,可能存在功能冗余现象。NCBI表达谱数据库分析发现,SbAGO1-1、SbAGO1-2、SbAGO1-3和SbAGO4在高粱不同组织器官和生长发育阶段均有较高表达,其中SbAGO1-1和SbAGO1-2、SbAGO1-3和SbAGO4表达时期和表达量基本一致,可能在调控高粱生长发育方面发挥协同作用。高温、干旱及高温与干旱复合逆境表达谱芯片数据分析发现,高温处理引起5个SbAGOs基因差异表达,干旱处理SbAGOs表达变化不明显,复合逆境引起7个SbAGOs基因差异表达;2个处理共同差异表达基因为SbAGO1-3、SbAGO1-1、SbAGO5-2和SbAGO3,表达量变化趋势相近。其中SbAGO1-1、SbAGO1-2、SbAGO1-3和SbAGO5-6下调表达,SbAGO3、SbAGO5-2、SbAGO1-4和SbAGO10上调表达。本研究结果为揭示SbAGO蛋白功能和发掘高粱的抗逆育种靶向基因资源提供了一定的理论依据。     

玉米rboh基因家族鉴定及非生物逆境表达分析

在玉米基因组水平鉴定13个rboh蛋白基因,分别定位于6条染色体上。家族蛋白被分成3个亚组,第2亚组成员Zmrboh B、Zmrboh D和Zmrboh G基因均含有14个外显子、定位叶绿体;其余两个亚组成员具有不同亚细胞定位,其中第1亚组基因间具有较强的正向选择压力。Zmrbohs基因在不同组织和发育阶段的表达模式不同,其中Zmrboh D、Zmrboh E和Zmrboh M为组成型高表达,Zmrboh C和Zmrboh L在花药特异表达。通过转录测序数据分析,Zmrboh B、Zmrboh D、Zmrboh E、Zmrboh G、Zmrboh I、Zmrboh K和Zmrboh M等7个基因不同程度参与对低温、高温、盐、紫外和干旱胁迫的应答。