猕猴桃EST序列的SSR信息分析（摘要）

[目的]通过筛查猕猴桃EST数据库中的SSR重复序列,为开发出新型的猕猴桃EST-SSR标记和分子生物学研究奠定理论基础。[方法]从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）中随机抽取56 400条序列,应用SSRHunter软件查找微卫星（Microsatellite,SSR）重复序列。搜索的标准是：二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸最少重复次数分别为7次、5次、4次、4次、3次,包括复合型微卫星。微卫星的重复次数越多,相应的检验出等位基因数目就越多。[结果]从猕猴桃EST序列中获得了7 939条SSR,其中包括二核苷酸重复5 131条（64.63%）,三核苷酸重复1 237条（15.58%）,四核苷酸重复284条（3.58%）,五核苷酸重复397条（5.00%）,六核苷酸重复890条（11.21%）。大约每2.48 kb长度的单一基因序列中即存在1个SSR,即平均7个单一基因中存在1个SSR。在二核苷酸重复序列中,AG/CT共分布4 654条（90.70%）。在三核苷酸中,较为丰富的3种重复基元是ACC/GGT,AAG/CTT和CGC/GCG,共分布817条,它们占三核苷酸重复中各重复基元的66.04%。在其他基元中,还包括AGG/CCT,AGC/GCT,AAC/GTT,ATC/GAT,AGT/ACT,CGA/TCG,AAT/ATT7种重复基元,共420条SSR序列,占33.96%。AGT与CGT重复基元未见分布。[结论]在称猴桃EST序列中,二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复。在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复。     

猕猴桃EST序列的SSR信息分析

[研究目的]通过筛查猕猴桃EST数据库中的SSR重复序列,可为开发出新型的猕猴桃EST-SSR标记和分子生物学研究奠定理论基础;[方法]从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)中随机抽取56400条序列,应用SSRHtmter软件查找微卫星(Microsatellite,SSR)重复序列;[结果]研究结果表明,从猕猴桃EST序列中获得了7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条(64.63%),三核苷酸重复1237条(15.58%),四核苷酸重复284条(3.58%),五核苷酸重复397条(5.00%),六核苷酸重复890条(11.2l%).在二核苷酸重复序列中,AG/CT共分布4654条(90.70%).大约每2.48 kb长度的单一基因序列中即存在1个SSR,即平均7个单一基因中存在1个SSR;[结论]在猕猴桃EST序列中,二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复.在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复.     

猕猴桃抗逆性研究进展

指出了猕猴桃果实风味独特,营养丰富,有较高的商业价值,在我国得到迅速的发展,成为世界猕猴桃产业化面积及产量最大的国家。从猕猴桃的各种逆境,如低温、干旱、高盐、高温、重金属、病害等条件下对其生理的影响研究进展方面进行了综述,为猕猴桃抗逆性分子机理研究及新品种的选育提供参考。     

中华猕猴桃矮型性状EST-SSR连锁标记的筛选

以中华猕猴桃（Actinidia chinensis Planch）矮型种质‘赣猕5号’为母本,普通型中华猕猴桃‘奉雄2号’为父本构建F1群体,采用优越而高效的基于表达序列标签（Expressed Sequence Tags,EST）的简单序列重复（Simple Sequence Repeats,SSR）标记技术,结合群体分离分析法（Bulked Segregant Analysis,BSA）在荧光DNA测序仪（ABI3130）上进行了‘赣猕5号’矮型性状连锁的EST-SSR分子标记研究。结果表明,通过本实验室开发并设计的85对EST-SSR荧光引物的扩增筛选,其中引物EST-Ad042在亲本及其矮型与普通型DNA 池之间扩增出一条285 bp 的多态性片段,经对其F1代分离群体部分矮型与普通型单株的随机验证,该片段稳定出现,在矮型植株中表现为有带,在普通型植株中表现为无带。遗传连锁分析表明,该标记与矮型基因之间的连锁距离为8.8 cM。EST-SSR荧光引物能够有效地筛选到中华猕猴桃的特异标记,可以作为鉴别矮型与普通型植株的标记引物。     

猕猴桃EST序列的SSR信息分析

从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）中随机抽取56,400条序列,应用SSRHunter软件查找微卫星（Microsatellite,SSR）重复序列。研究结果表明,从猕猴桃EST序列中获得了7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条（64.63%）,三核苷酸重复1237条（15.58%）,四核苷酸重复284条（3.58%）,五核苷酸重复397条（5.00%）, 六核苷酸重复890条（11.21%）。大约每2.48kb 长度的单一基因序列中即存在1个SSR, 即平均7个单一基因中存在1个SSR。二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复。在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复,共分布4654条（90.70%）。通过筛查猕猴桃EST序列中的SSR,可为猕猴桃基于EST-SSR的分子生物学研究奠定理论基础。     

江西几种野生猕猴桃果实主要营养成分分析

猕猴桃Actinidia L．是20世纪人工栽培野生果树最有成就的四大果种之一。目前,全世界猕猴桃属植物共有66种,除尼泊尔猕猴桃A．strigosaHook．＆Thoms．、越南沙巴猕猴桃A．petelotii Diels、日本山梨猕猴桃A．rufa Planch ex Miq．及白背叶猕猴桃A．hypoleuca Nakai外,其余62个种均原产在中国,绝大部分为中国所特有,种质资源极为丰富。     

植物EST-SSR技术及其应用

EST是指从EST cDNA文库中随机挑取克隆进行单轮自动测序所获得的短的、常常是未加编译的cDNA序列.目前,大约有200种植物共超过1 500多万条的EST的序列,研究表明对EST进行大规模研究已成为功能基因组学研究的最佳途经之一.分析和比较EST序列就可以得到关于基因的表达、功能及进化信息,利用大量的EST序列已经成为发现新基因及了解植物新陈代谢一种简便有效的方法.通过介绍基于植物表达序列标签(EST)的微卫星(SSR)标记的研究现状,并对一些植物中利用EST-SSR标记在遗传图谱构建、遗传多样性、通用性等方面的应用进行了综合评述.同时也提出利用EST存在的一些不足及发展趋势.