卡他莫拉菌对新型四环素药物Eravacylcine的敏感性分析

目的 探索卡他莫拉菌对新型四环素类抗菌药物Eravacylcine的敏感性,并对卡他莫拉菌四环素类抗菌药物耐药机制进行初步研究。方法 收集深圳市南山区人民医院2012—2017年临床分离出的卡他莫拉菌菌株,所有的菌株均通过BD细菌自动鉴定仪鉴定,同时采用质谱仪鉴定细菌种属。采用琼脂平板稀释法检测多西环素、米诺环素、Eracycline 的药物MIC值(最小抑菌浓度)。提取卡他莫拉菌菌株基因组DNA,同时采用PCR方法检测了四环素耐药相关基因tetB、tetM、tetW、tetQ、tetO和tetT。结果 本研究共收集了207株卡他莫拉菌,在痰液和咽拭子中检出率最高,各占77.8%、20.8%;科室分布以儿科为主,占78.7%,其次为呼吸科,占8.9%。207株卡他莫拉菌对四环素类抗菌药物表现出较高的敏感性,以EUCAST判定标准,米诺环素敏感率为98%,多西环素敏感率为97%,新型四环素类抗菌药物Eravacycline的MIC值基本在0.5 mg/L以下。207株细菌中共检测出tetB阳性菌株136株。结论 卡他莫拉菌对四环素类抗菌药物尤其是新型四环素类抗菌药物Eravacycline具有较好的敏感性,但关于卡他莫拉菌四环素类抗菌药物耐药机制仍需进一步研究。     

碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的毒力及多位点序列研究

目的:对临床分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)毒力因子及其分子分型进行初步研究。方法:收集广东医科大学附属深圳市南山区人民医院300例临床药敏试验提示美罗培南或亚胺培南耐药以及产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的肺炎克雷伯菌临床菌株,利用微量肉汤稀释法测定其对美罗培南和亚胺培南最低抑菌浓度(MIC)筛选CRKP临床菌株,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增毒力基因(rmpA、wabG、μge、fimH、mrkD、ycf、wcaG、entB、iroN、hly、cnf、aerobactin)。利用多位点序列分型技术(MLST)对菌株进行分子遗传学分析。结果:共筛选出45株CRKP临床菌株,临床抗菌药物敏感试验提示所有菌株仅对阿米卡星敏感性好。所有菌株都至少携带1个毒力基因。45株CRKP可成功分成21个ST型别,无优势ST型别CRKP流行。结论:本地区CRKP都携带多个毒力基因,具有基因多态性,主要ST型别为ST15、ST37和ST273。     

肠致病性大肠埃希菌EPEC Deng致病岛基因进化特点

目的分析肠致病性大肠埃希菌（EPEC）致病岛（PAIs）基因进化特点。方法EPEC Deng分离自我国婴幼儿腹泻患者粪便标本,鉴定该菌株血清型并进行药敏试验;采用Illumina 2000仪器对菌株进行全基因序列测序,PHAST软件定位菌株原噬菌体(prophages,PPs)在染色体中的位置,MUMmer软件进行共线性分析,构建系统发育树,了解同源基因进化规律。应用PAI_finder软件对基因组进行PAIs预测,了解PAIs核心区域（LEE）和核心基因同源进化规律,并进行遗传多态性分析。结果EPEC Deng菌株归属O119∶H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星及氨苄西林耐药,对其余的抗菌药物均敏感。基因组（染色体）序列大小为5 025 482 bp（GC含量为50.52%）,质粒序列大小为207 564 bp（GC含量为49.50%）。共找到17个PPs,系统发育树分析发现,EPEC Deng株基因组与O26∶H11、O111∶H同源性较高;EPEC Deng株PAIs和核心基因均与RDEC 1和O26∶H413/89 1株具有高同源性;遗传多样性分析结果显示,紧密素（eae）及其受体（tir）多态性丰富,π值均＞0.10,Ⅲ型分泌系统（TTSS）分泌蛋白相对稳定。结论此研究明确了EPEC Deng株基因组及PAIs的进化特点,有助于了解了本土分离的EPEC基因特点。     

肠球菌属血流感染的临床特征和预后分析

目的 分析肠球菌属血流感染的临床特征和入院后30 d死亡相关的危险因素。方法 回顾分析本院2008—2015年由肠球菌属细菌所致血流感染患者的临床和微生物学资料。结果 共59例肠球菌属血流感染患者,其中粪肠球菌33例,屎肠球菌24例,铅黄肠球菌和鹑鸡肠球菌各1例。屎肠球菌组Charlson合并症评分≥5、接受糖皮质激素治疗和静脉导管来源感染的患者多于粪肠球菌组,分别为(62.5%vs 30.3%、33.3%vs 9.1%、83.3%vs 45.5%,P0.05)。未发现耐万古霉素肠球菌(VRE),屎肠球菌血流感染对氨苄西林、环丙沙星和高浓度庆大霉素的耐药率明显高于粪肠球菌血流感染患者,分别为(79.2%vs 3.0%、75.0%vs 42.4%、54.2%vs 21.2%,P0.05)。通过单因素和多因素回归分析示仅糖皮质激素治疗(OR=7.644,P0.05),静脉导管感染(OR=9.727,P0.05)和环丙沙星耐药(OR=15.060,P0.05)是患者入院后30 d死亡的独立危险因素。结论 粪肠球菌和屎肠球菌是两种差别较大的病原体,所导致的血流感染有其不同特征,应更加积极的进行经验性抗感染治疗以改善预后。     

利奈唑胺耐药粪肠球菌感染患者临床分离株与定植株同源性分析

目的研究1例患者体内利奈唑胺(LZD)耐药粪肠球菌临床分离株与定植株同源性特点。方法对1例肺部感染患者分离的10株粪肠球菌(其中2株分离自尿标本,8株分离自粪便标本)进行细菌耐药分析,并通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)确定粪肠球菌之间的同源性。结果患者进行LZD治疗前后,尿标本分离出的2株粪肠球菌均为LZD耐药株(MIC值分别为8 mg/mL,16 mg/mL),粪便中培养挑取的8株(治疗前6株,治疗后2株),其中LZD敏感4株,中介2株,耐药2株(MIC值波动在0.25~12 mg/mL)。通过PFGE分型检测提示10株粪肠球菌具有同源性。结论该例患者泌尿道和肠道检出的粪肠球菌具有同源性,提示LZD耐药肠球菌可能长期定植于患者体内,并可能发生移位导致耐药细菌感染。     

利奈唑胺治疗反复发作脊柱术后植入物感染1例

脊柱术后植入物感染（spinal implant infection）属于难治性感染,需在系统分析患者基础状况、临床症状、影像学及实验室检查、病原菌类型及病原菌耐药谱的基础上,综合应用内外科治疗手段给予患者个体化治疗,治疗相对困难。治疗方法通常需要在静脉使用抗菌药物的基础上,联合外科清创、持续引流和内固定取出等外科治疗措施。部分患者可能造成内固定失败、局部愈合不良、神经功能障碍、假关节形成,甚至死亡等严重后果。本院于 2014年10月—2015年2月诊治1例脊柱术后植入物感染反复发作患者,现将其诊断和治疗情况总结分析如下。     

红霉素耐药粪肠球菌耐药基因erm(A)、erm(B)和erm(C)分布及耐药性分析

目的了解临床分离株红霉素耐药粪肠球菌耐药特点及耐药基因erm(A)、erm(B)和erm(C)分布特点及耐药机制。方法采用BD Phoenix-100全自动细菌鉴定/药敏系统对2010~2016年临床分离的313株粪肠球菌进行药敏试验,并用微量肉汤稀释法检测红霉素的MIC值,比较红霉素耐药组和红霉素敏感组细菌的耐药性差异,使用PCR方法检测erm(A)、erm(B)和erm(C)基因并分析其分布特点。结果 313株粪肠球菌主要分离自患者的中段尿、血液、胆汁和分泌物,红霉素耐药组和红霉素敏感组细菌对万古霉素、利奈唑胺、氨苄西林、替考拉宁和呋喃妥因的敏感性高,对庆大霉素的耐药率均90%。红霉素耐药基因erm(A)、erm(B)和erm(C)基因检出比例分别为3.51%、66.77%和0.32%;携带红霉素耐药基因erm(A)细菌利奈唑胺(LZD)耐药为81.82%。粪肠球菌对红霉素耐药率为76.04%。结论红霉素耐药株粪肠球菌主要携带erm(B)基因。红霉素耐药基因erm(A)阳性菌株LZD的MIC值偏高。     

313株粪肠球菌万古霉素药敏特点分析

目的:分析深圳大学南山医院临床分离313株粪肠球菌药敏特点及万古霉素(Van)耐药情况。方法:回顾性分析深圳大学南山医院院微生物室2010年1月至2016年6月分离出的313株粪肠球菌,统计粪肠标本来源、科室分布及药物敏感性情况,采用肉汤稀释法检测Van最小抑菌浓度(MIC)值,分析耐药分离患者临床特点。结果:313例粪肠球菌标本主要来自于中段尿、分泌物、胆汁和血液,分别为42.99%、17.83%、7.32%和9.55%;科室主要分布于泌尿外科、肝胆外科、骨一科、重症医学科、肿瘤科、急诊ICU、甲乳科和手显微外科,同时粪肠对Van不敏感株仅占0.64%(2株),最高MIC值为8μg·mL~(-1),313株粪肠球菌对庆大霉素、红霉素和四环素三种抗生素的耐药率比较高,对氨苄西林、替考拉宁、环丙沙星、Van和利奈唑胺敏感。结论:Van和利奈唑胺可作为临床用药治疗粪肠球菌感染,但是还需要注意其MIC值动态变化以及合理使用抗生素。     

医院获得性铜绿假单胞菌血流感染临床特点分析

目的:分析医院获得性铜绿假单胞菌血流感染患者临床特征及30 d内死亡相关因素,为临床诊治提供参考依据。方法:回顾性分析深圳大学南山医院2010年1月至2016年2月由铜绿假单胞菌引起的医院获得性血流感染患者临床资料,分析这些菌株的药敏特点;根据是否暴露于危险因素进行30 d内死亡相关单因素及多因素分析,单因素分析分别比较不同危险因素之间死亡率差异,多因素分析采用Logistic回归分析。结果:入组医院获得性血流感染46例患者中男性26例(56.5%),女性20例(43.5%),平均年龄为(53.65±2.04)岁。死亡相关单因素分析显示:肾功能不全(χ2=5.285,P=0.022)、急性生理和慢性健康评分II(APACHE II)评分≥22分(χ2=5.999,P=0.014)与死亡相关;Logistic回归分析提示肾功能不全(OR=19.541,P=0.022)、使用化疗药物(OR=22.949,P=0.037)及APACHE II评分≥22分(OR=25.132,P=0.003)为铜绿假单胞菌血流感染患者30 d内死亡的危险因素。结论:肾功能不全、APACHE II评分≥22分、化疗药物的使用为患者死亡危险因素,且化疗药物使用是本地区导致铜绿假单胞菌感染患者死亡风险系数最高的危险因素。     

一株肠致病性大肠杆菌的全基因组序列分析

目的 分析并找出肠致病性大肠杆菌Deng(Enteropathogenic Escherichia coli Deng,EPEC Deng)的全基因组序列特点.方法 EPEC Deng来源于我国婴幼儿腹泻患者的粪便标本,菌株采用诊断血清鉴定血清型,通过自动细菌鉴定仪,使用微量肉汤法进行药敏试验.进一步提取细菌总DNA,构建测序文库,通过Illumina 2000仪器测序,然后利用多引物PCR等方法进行补缺口及拼接,最终获得完整的全基因组.采用相关软件获得基因序列,通过对比已知的蛋白数据库进行基因功能注释及生物信息学分析.结果 EPEC Deng菌株归属O119:H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星、氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦耐药,对其余的抗菌药物均敏感.EPEC Deng基因组包含5 233 046 bp,GC含量50.48％.基因组通过注释后总共有5 347个编码蛋白序列,80个tRNA的编码基因,以及22个完整的rRNA基因编码的操纵子.EPEC染色体基因组中含有致病岛,大小约为40Kb左右,与数据库中的一个37Kb的致病岛(AF200363.1)序列极为相似,相似度达到99％.结论 完成了肠致病性大肠杆菌基因组精细测序分析,PAI是EPEC致病的关键,为进一步研究菌株的进化关系提供了基因数据.