2015-2021年江苏省徐州市住院儿童严重急性呼吸道感染病例鼻病毒感染分析

目的 了解2015—2021年江苏省徐州市住院儿童严重急性呼吸道感染（SARI）病例中病毒谱的构成，进一步探究人鼻病毒（hRV）的分子流行病学特征。方法 使用实时荧光定量聚合酶链式反应技术（RT-PCR）对咽拭子标本中的常见呼吸道病毒进行检测。巢式PCR法扩增hRV阳性样本的VP4/VP2区基因序列，构建系统发育树，并进行同源性分析。结果 1 663份标本中呼吸道病毒检出阳性641份（38.54%）。hRV的检出率位居第1位，为13.95%(232/1 663)。2018年hRV的检出率明显较高（28.08%）；呈现夏秋高峰的季节性流行特征。2020年后，hRV在1—6月的检出率明显降低，但7月后检出率迅速回升，且在3～6岁年龄组中明显上升，≥6岁组中明显下降。hRV的VP4/VP2区序列比对分析发现涉及29种血清型，以hRV-A组为主。结论 hRV是2015—2021年徐州市住院儿童SARI病例中主要流行的呼吸道病毒，以hRV-A组为主要流行，血清型具有多样性。hRV的流行在2020年受到了短暂的抑制之后迅速回升，提示需要对hRV感染进行持续监测。     

山东省青岛市5种蜱携带的优势微生物种群鉴定分析

目的 分析山东省青岛市蜱携带的优势微生物种群差异，构建蜱微生物资源库。方法 收集2019年山东省青岛市野生刺猬携带的蜱，通过形态学和16S核糖体RNA测序对蜱进行分类，随后构建RNA文库，并使用Illumina NovaSeq6000进行PE2×150测序。对测序下机数据进行宏基因组分析和微生物分类学分析，并对大别班达病毒开展遗传进化分析。结果 经鉴定收集的蜱分别为褐黄血蜱（n=155）、血红扇头蜱（n=62）、中华革蜱（n=67）、长角血蜱（n=77）和铃头血蜱（n=59）。不同蜱的细菌丰度差异性大，从样本中共鉴定出6门19目35科101种细菌。褐黄血蜱和铃头血蜱中相对丰度最高的细菌为微球菌，丰度分别为37.9%和71.5%；血红扇头蜱、中华革蜱和长角血蜱中相对丰度最高的细菌均为假单胞菌，丰度分别为51.9%、49.6%和34.8%。褐黄血蜱、中华革蜱和铃头血蜱病毒种群的丰度为0.28%～2.82%，血红扇头蜱病毒种群丰度为22.98%，长角血蜱病毒种群丰度为59.31%。永嘉蜱病毒和大别山蜱病毒在5种蜱中均检出，其相对丰度分别为12.0%～51.4%和2.4%～12.2%;Nick...     

2021年安徽蚌埠秋冬季肺炎患者鼻病毒检测及基因特征分析

目的了解人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)在成人住院肺炎患者中的检出率及基因特征。方法采集2021年9～12月安徽蚌埠某医院住院肺炎患者咽拭子, 以实时荧光定量PCR方法进行14种常见呼吸道病原体检测。巢式PCR法扩增HRV阳性样本的VP4/VP2编码区基因, 扩增产物测序。使用MEGA7.0软件构建HRV-VP4/VP2基因序列系统发育树。结果共采集住院肺炎患者咽拭子146份, 其中检出阳性样本52份, 检出率为35.62%(52/146), HRV、腺病毒、冠状病毒OC43和乙型流感病毒检出率位居前四位。HRV共检出23例, 占检出病毒样本的44.23%(23/52), 其中HRV混合感染有9例(39.13%, 9/23);结合临床数据分析, HRV混合感染组白细胞、中性粒细胞计数、合并高血压、糖尿病、辅助通气比例以及不良预后比例均高于单一感染组(P<0.05)。系统发育树结果显示本研究的HRV感染主要以A组与B组为主。结论 HRV是2021年安徽蚌埠秋冬季成人肺炎患者中最常见的病原体, 其中HRV-A与HRV-B为优势株。HRV与其他呼吸道病毒混合感染易...