19株甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌的同源性分析

随着β-内酰胺类抗生素广泛的应用,甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌(MRSA)在临床分离的葡萄球菌中比例不断增加,为了控制MRSA感染,我们对2002年1-10月临床分离的MRSA菌株,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术作同源性分析。 1.材料与方法:     

增强子

增强子 (enhancer)是使基因转录速率显著提高的一类顺式作用元件。各种增强子相互间在结构上同源性较少 ,但具有一些短的和简并的共有序列。增强子具有以下特性 :(1)增强子能 (通过启动子 )提高同一条DNA链上靶基因转录的速率 ;(2 )增强子对同源或异源基因同样有效 ;(3)增强子的位置可在基因 5′上游、基因内或其 3′下游序列中 ;(4)增强子在DNA双链中没有 5′与 3′固定的方向性 ;(5 )增强子可远离转录起始点 ,通常在 1～ 4kb(个别情况下可远离转录起始位点达 30kb)起作用 ;(6 )增强子一般具有组织或细胞特异性 ;(7)增强子的活性与其在D…     

医院环境中曲霉菌监测及同源性分析

目的 监测医院环境中曲霉菌含量、分布特点及分析其同源性.方法 运用分离培养及DNA测序方法对医院不同病区、不同环境中真菌进行监测分析,并运用随机扩增多态性DNA (RAPD)方法分析其同源性.结果 不同病区、不同环境曲霉菌污染程度不同,其中空气中以呼吸科、血液科最高,分别为325 cfu/m3、250 cfu/m3;空调出气口以肿瘤科、呼吸科、血液科较高,分别为0.176 cfu/cm2、0.176 cfu/cm2、0.118 cfu/cm2;曲霉菌同源性分析(RAPD)结果示H4株(血液科空气)、H5株(呼吸科空气)、H6株(呼吸科空调出气口)之间,H7株(神经科空气)与H3株(神经科空调出气口)之间；Y1株(血液科空气)与Y4株(血液科空调出气口)之间,Y2株(消化科空气)与Y5株(呼吸科空气)之间的指纹图谱较一致.结论 医院环境中曲霉菌污染较严重,且部分来源不同曲霉菌之间同源性较高.     

基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。     

ERIC-PCR分析铜绿假单胞菌菌种分型及耐药性特征

目的:探讨肠杆菌基因间重复一致序列为引物的聚合酶链反应同源性技术(ERIC-PCR)在铜绿假单胞菌(PA)菌种分型与耐药性特征分析中的应用。方法:采用ERIC-PCR快速检测526份临床感染标本中PA各亚型及其耐药基因。结果:共分离出57株PA(10.84%),均分离于下呼吸道感染痰液标本;PA分布以呼吸科为主(49.12%),其余为外科危重症科(35.09%)、神经内科(24.56%)和妇儿科(5.26%),差异具有统计学意义(P<0.05)。ERIC-PCR图谱显示,A、B型PA比例显著高于C、D、E、F、G、H型PA,差异具有统计学意义(P<0.05)。PA对哌拉西林和氨曲南耐药率很高,分别为91.23%和85.96%;而对头孢吡肟耐药率最低,为40.35%,差异具有统计学意义(P<0.05)。PA浓度≥103CFU/ml时,ERIC-PCR对PA和耐药基因阳性检出率为100%,PA浓度为102、10 CFU/ml时,PA阳性检出率分别为80%、70%。结论:该方法可用于PA菌种分型和耐药特征评估,对指导临床抗感染治疗具有重要意义。     

医院环境多药耐药菌同源性鉴定与分析

目的对医院环境卫生学监测中筛选的多药耐药菌(MDROs)及临床标本进行同源性鉴定与分析,探讨MDROs感染与环境定植的关系、MDROs在医院的传播方式及控制措施。方法运用MDROs鉴定显色培养基对呼吸内科重症监护病房环境卫生学进行监测,筛选目标MDROs,用VITEK-32型全自动细菌分析仪再次进行菌种鉴定与药敏试验,采用重复序列聚合酶链反应技术(rep-PCR)对环境卫生学筛选MDROs及患者分离的同种MDROs标本进行同源性鉴定。结果环境卫生学监测共分离出5株多药耐药鲍氏不动杆菌(环境物体表面4株、护士手1株),经VITEK-32型全自动细菌鉴定药敏分析系统再次鉴定,符合率为100.00%,药敏试验均为耐碳青霉烯类鲍氏不动杆菌(CRAB),收集同期临床标本检出的2株CRAB;对以上7株标本进行DNA同源性分析显示,4株环境物体表面、1株护士手标本与1株患者标本PCR显示为同一基因型,1株临床标本为其他基因型CRAB。结论 MDROs患者易对医院环境造成传播,环境中存在MDROs的定植,医疗机构对MDROs患者应及早采取接触隔离预防控制措施,加强环境清洁消毒频次,严格执行手卫生,防止医院感染暴发流行。     

耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌第1类整合子可变区启动子检测及同源性分析

目的了解医院耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(CR-PA)中第1类整合子可变区启动子的种类和排列方式,分析其与介导的耐药基因表达之间的关系;并明确整合子阳性菌株的同源性情况。方法运用聚合酶链反应(PCR)、琼脂糖凝胶电泳以及测序的方法,以2012-2014年医院临床分离42株第1类整合子阳性CR-PA为对象,检测其可变区启动子和同源性。结果 42株实验菌株中强启动子PcS为2株、弱启动子PcW为2株,剩余38例皆为杂合1型启动子PcH1;位于Pc下游的P2启动子42例皆为-35到-10区间隔有14个碱基序列的无活性型的启动子;42株CR-PA经肠杆菌基因间重复共有序列PCR(ERIC-PCR)基因分型,主要分为A、B、C、D、E 5型,其中A1型32株,A2型6株,B、C、D和E型各为1株,A型菌株主要是来源于ICU及神经外科。结论本地区临床分离CR-PA中第1类整合子可变区的启动子主要以杂合1型启动子PcH1为主,P2启动子全为无活性型;整合子阳性菌株的基因分型间呈现高度的同源性,可能存在着医院的克隆传播。     

KRASP1于KRAS基因突变检测中的潜在影响

目的 论证KRAS假基因对KRAS基因突变检测结果存在潜在性影响.方法 检测5个确证结直肠癌的肿瘤组织序列,并以序列比对的方式对KRASP1与KRAS基因进行同源性比较与分析.结果 KRASP1与KRAS存在高度同源性.在KRAS基因突变检测的实验中,KRASP1的存在对扩增类反应产生一定的不良影响,影响程度与检测方法的类型以及实验的设计有关.结论 KRASP1的产生与其原始序列可能是来自于同期的KRAS基因的一个转录本,并随着时间的推移逐渐差异化,但仍保留着大部分的相似性,并有进一步的分析所证实.KRASP1对KRAS基因突变检测结果存在潜在影响,如何避免同源性干扰将取决于分子诊断方法的实验设计.     

医院环境中物体表面碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌污染及同源性分析

目的调查某院重点部门物体表面碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌污染情况及其同源性。方法对该院重症监护室(ICU)、急诊重症监护室(EICU)、血液透析室、手术室进行环境卫生学监测,采用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应(ERIC-PCR),对ICU、EICU环境中污染的条件致病菌鲍曼不动杆菌进行扩增分型。结果除EICU医务人员手卫生结果达标外,ICU及EICU各检测项目细菌计数均不达标;血液透析室及手术室采样标本均合格。ICU、EICU物体表面共采集标本53份,检出鲍曼不动杆菌7株,检出率为13.21%;此7株菌均为碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌,其中6株基因型相同,与患者痰中分离的鲍曼不动杆菌基因型相同。结论该院重点部门环境中物体表面分离的碳青霉烯耐药鲍曼不动杆菌具有同源性,应加强其环境物体表面清洁与消毒,降低医院感染的发生。     

应用肠杆菌科基因间重复序列聚合酶链反应对鲍曼不动杆菌进行同源性分析

目的了解临床不同来源的鲍曼不动杆菌是否存在同源性,判断其是否存在耐药菌株的克隆播散,追踪其在医院交叉感染的可能途径,以便有效防控鲍曼不动杆菌在医院中传播。方法收集2012年10月至2013年6月临床分离的73株多重耐药鲍曼不动杆菌,用肠杆菌科基因间重复序列-聚合酶链反应(enterobacterial repetitive intergenic consensus-polymerase chain reaction,ERIC-PCR)对菌株进行同源性分析。结果 73株多重耐药鲍曼不动杆菌经ERIC-PCR分型分为8个基因型,分别用A、B、C、D、E、F、G、H表示,其中A型31株,B型15株,C型12株,D型8株,E型3株,F型2株,G和H型各为1株。A型为主要的流行株,分布在多个不同的科室。重症监护室(intensive care unit,ICU)分离的菌株存在6个基因型;骨科系统病区存在4个基因型;急诊科有5个基因型;内科发现有6个基因型;外科发现3个基因型。ICU病房环境物体表面共分离出4株鲍曼不动杆菌,其中9号和10号菌株来自于不同患者的床旁,12号和13号来自于护理站电脑键盘。结论临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌存在多个基因型。多重耐药鲍曼不动杆菌存在时间和空间的聚集性。