安徽地区耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌分子流行病学研究

目的 研究安徽地区耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药性、碳青 霉烯酶基因型及分子流行病学研究,为控制医院感染提供理论依据。方法 收集安徽地区43家三级医院2015年9月和2016年9月 CRAB非重复菌株312株,从中挑选出两年内均有CRAB的医院12家,菌株147株。对挑选出的147株CRAB采用琼脂稀释法测定 16种抗菌药物的最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration, MIC);PCR扩增碳青霉烯酶耐药基因;采用多位点序列分型技 术(multilocus sequence typing, MLST)进行分子分型,使用eBURST软件分析菌株亲缘性。结果 147株临床分离的CRAB均为多 重耐药菌株,对16种抗菌药物耐药性均较高,其中对替加环素和米诺环素耐药性较低,分别为9.27%和54.26%。147株CRAB中 有134株携带blaOXA-23基因,1株携带blaOXA-24 基因,4株携带blaIMP基因,全部携带blaOXA-51基因,其余碳青霉稀类耐药基因均未检 出。147株CRAB分为26个ST基因型,其中13个ST分型属于CC92克隆群,ST195有48株,为安徽地区最常见ST型,另外新发现 15个ST基因型。结论 本研究中安徽地区147株CRAB对临床常用抗生素耐药性严重,除替加环素和米诺环素外,耐药率均在 76%以上。blaOXA-51是位于染色体上的固有基因,检出率为100%;blaOXA-23 是安徽地区最主要的碳青霉烯酶基因型,检出率为 91.15%。CC92为安徽地区最主要克隆群,与世界流行克隆群一致。本研究所测147株菌株间存在进化间关系,提示可能存在水 平传播趋势。     

院内多重耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学特征研究

目的 探讨某三级医院4年间多重耐药鲍曼不动杆菌(MDRAB)的分子流行病学特征。方法 对2013-2016年4年间某院临床筛选出的51株MDRAB用PCR法检测碳青霉烯酶基因, 多位点序列分型(MLST)鉴定菌株之间的亲缘关系。结果 51株MDRAB 100%都携带blaOXA-51型碳青霉烯酶基因，94.12%携带blaOXA-23型碳青霉烯酶基因。MLST分析发现有3种已报道的STs，依次为ST191(52.94%)、ST208(31.37%)和ST136(15.69%)，它们都属于克隆复合体CC92。其中4年间ST208在医院内持续性的播散，ST191和ST136在不同时间段间断性的播散。结论 该院各时间段分离的MDRAB都发生过相同ST克隆株的暴发流行，警示医院应加强预防院内感染暴发。     

血流感染的耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌的分子机制及临床研究

目的 探讨血流感染的耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)耐药机制,分析菌株同源性及患者的临床特征,为CRAB的感染控制提供实验依据。方法 采用Bact/Alert 3D全自动血培养系统进行血培养,细菌鉴定和药敏使用Vitek-2 Compact全自动微生物分析系统。对2010年6月-2016年5月临床血流感染患者分离到的27株碳青霉烯类药物(亚胺培南和/或美罗培南MIC≥16μg/mL)耐药的CRAB复苏菌株,重新采用Vitek-MS质谱分析仪鉴定,采用改良Hodge试验检测碳青霉烯酶,PCR法检测B类酶基因(blaNDM、blaIMP和blaVIM)和D类酶基因(blaOXA-23、blaOXA-24、blaOXA-51和blaOXA-58)并测序比对。采用MALDI-TOF分析菌株同源性,并分析患者的临床资料及感染相关信息。结果 血流感染的CRAB绝大多数对常用抗生素耐药。27株CRAB改良Hodge试验均阳性。所有CRAB均未检测到B类酶基因(blaNDM、blaIMP和blaVIM);25株CRAB同时检测到blaOXA-23和blaOXA-51;另2株CRAB则为blaOXA-58阳性。采用Vitek-MS进行同源性分析,细菌分成3大簇(Ⅰ型13株、Ⅱ型12株、Ⅲ型2株)。85.2%(25/27)患者来自重症监护病房或专科的监护病床,原发感染灶以肺部炎症最常见(11例)。所有的患者在血培养出CRAB前的30d内均有抗菌药物使用史,使用频率较高的抗菌药物有：碳青霉烯类、氟喹诺酮类、头霉素类。15例CRAB血流感染患者死亡。结论 厦门地区的CRAB以D类产碳青霉烯酶OXA-23和OXA-51最为多见。CRAB血流感染的原发感染多为肺部炎症。     

耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药机制的研究

目的：调查和研究南昌地区鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类抗生素的耐药机制。方法：收集南昌大学第二附属医院2012年间临床分离的耐亚胺培南鲍曼不动杆菌（CRAB）非重复株。Vitek-32型全自动微生物分析仪进行菌株鉴定,K-B法进行药敏试验,三维试验检测AmpC酶,EDTA协同试验检测金属β-内酰胺酶,采用聚合酶链反应（PCR）扩增耐药基因,并对阳性产物进行双向测序分析,确定其基因型。结果：84株CRAB对临床常用的12种抗菌药物有9种耐药率〉90%,对头孢哌酮-舒巴坦的耐药率最低（44.0%）,所有菌株均为多重耐药株。三维试验在83株菌（98.8%）中检出AmpC酶,协同试验未检出产金属酶菌株。所有菌株均携带blaOXA-23、blaOXA-51及blaADC基因,1株携带blaOXA-58基因,未检测到blaOXA-24及金属酶基因（blaIMP、blaVIM-2、blaNDM-1及blaSIM-1）;外排泵编码基因adeB、调控基因adeS和adeR的检出率分别为98.8%（83/84）、81.0%（68/84）和67.9%（57/84）;所有菌株均检出外膜蛋白carO基因;69株（82.1%）检测出I类整合酶基因（intI1）,全部菌株携带插入序列ISAba1。结论：南昌地区CRAB耐药性及多重耐药性非常严重,鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类抗生素耐药的主要机制为产OXA-23型碳青霉烯酶,AmpC酶、外排泵AdeABC、I类整合子和插入序列ISAba1,可能与CRAB的多重耐药性密切相关。     

重症监护病房耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌6种耐药基因检测

目的 研究医院重症监护病房(intensive care unit,ICU)患者感染鲍曼不动杆菌的耐药性及耐药基因,以指导临床合理用药,控制ICU病房感染暴发流行。方法 采用VITEK2-Compact全自动细菌鉴定药敏系统对细菌进行鉴定及药敏试验,用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)方法检测6种常见碳青霉烯酶耐药基因(blaIMP、blaVIM、blaNDM、blaOXA-23、blaOXA-24和blaOXA-58)。结果 38株耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌对15种临床常用青霉素类、头孢菌素类、氨基糖苷类、喹诺酮类及β-内酰胺酶抑制剂类抗菌药物全部耐药,对头孢哌酮/舒巴坦、米诺环素的耐药率分别为92.1%和81.6%,仅对替加环素保持较高敏感性,敏感率为94.7%。38株CRAB中携带blaOXA-23基因共36株(94.7%),未检出blaIMP、blaVIM、blaNDM、blaOXA-24和blaOXA-58基因。结论 我院ICU分离耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌对临床常用抗菌药物耐药广泛,携带blaOXA-23基因是可能该院ICU耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药的主要原因。临床医生应合理使用抗菌药物,加强细菌耐药性监测,防止耐药菌株的产生和进一步传播。     

亚洲地区肺炎克雷伯菌耐药基因和毒力基因分析

目的:分析亚洲地区肺炎克雷伯菌毒力基因和耐药基因的携带情况,为制定菌株防治措施提供依据。方法:从GenBank中收集并分析了4 549株肺炎克雷伯菌的完整基因组(下载日期:2020年12月31日)。通过MLST、Kleborate和ABRicate等生物信息学软件分析肺炎克雷伯菌的MLST分型、KL分型、毒力基因以及耐药基因。结果:MLST分型结果显示,ST11是亚洲地区肺炎克雷伯菌的主要序列类型,共检测到1 519(33.39%)株,其中ST11-KL64、ST11-KL47,分别占51.15%(777/1 519)、37.20%(565/1 519)。毒力基因检测发现,ST11-KL64型菌株中,有36.04%(280/777)的菌株同时携带4种铁载体基因,有33.33%(259/777)的菌株同时携带rmpA和rmpA2基因。在ST11-KL47型菌株中,有13.52%(76/565)的菌株同时携带4种铁载体基因,有5.49%(31/565)的菌株同时携带rmpA和rmpA2基因。耐药基因检测发现,有97.25%(4 424/4 549)的菌株检测出β-内酰胺类耐药基因,有3.06%(139/4 549)的菌株携带粘菌素耐药基因。结论:亚洲地区肺炎克雷伯菌MLST分型以ST11为主、血清荚膜型以KL64、KL47为主。ST11-KL64型菌株的高毒力表型基因携带率高于ST11-KL47。应规范抗菌药物使用,加强对肺炎克雷伯菌的监测和医院内感染的防控工作,防止肺炎克雷伯菌的大规模流行。     

耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌耐药性与毒力基因的相关性分析

摘要：目的 探讨耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌耐药性与毒力基因的相关性。方法 收集2018年11月至2019年11月安徽医 科大学第一附属医院173株非重复的鲍曼不动杆菌菌株,分析其对碳青霉烯类抗生素的耐药性。采用PCR检测耐药相关基因 (blaOXA-23、blaOXA-51、blaKPC、blaOXA-24、blaIMP、blaOXA-58、blaVIM和blaSIM)和毒力基因(cusE、bap、abaI和bfmS)。分析鲍曼不 动杆菌耐药性与毒力基因的关系。结果 经筛选后有84株耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌对哌拉西林/舒巴坦、头孢他啶、头孢吡 肟、头孢噻肟、头孢曲松、庆大霉素、阿米卡星、环丙沙星、左氧氟沙星、加替沙星、复方磺胺甲恶唑、米诺环素、替加环 素、亚胺培南和美罗培南的耐药率分别为95.23%、94.04%、94.04%、96.42%、95.23%、95.23%、84.52%、96.42%、76.19%、 79.76%、97.61%、57.14%、0、100.00%和100.00%;其中检测出带有耐药基因blaOXA-23有76株;带有耐药基因blaOXA-51有84株, 未检测出blaKPC、blaOXA-24、blaIMP、blaOXA-58、blaVIM、blaSIM基因;不同毒力基因的鲍曼不动杆菌均具有较高的耐药性,其中 含有毒力基因abaI和bfmS的鲍曼不动杆菌与不含abaI和bfmS基因的耐药性比较存在明显差异(P<0.05)。结论 本院鲍曼不动杆菌 对碳青霉烯类抗生素耐药严重,主要携带blaOXA-23和blaOXA-51耐药基因。耐药性与毒力基因abaI和bfmS密切相关。     

两株携带blaNDM-1基因布氏柠檬酸杆菌耐药性及同源性分析

目的 探讨携带blaNDM-1基因布氏柠檬酸杆菌的耐药特点及同源性。方法 试验菌株为从临床尿液标本中分离到的两株耐碳青霉烯类的布氏柠檬酸杆菌。采用Vitek-2全自动微生物鉴定与药敏分析系统进行鉴定及药敏试验，PCR扩增blaNDM-1基因并测序验证，质粒接合试验了解blaNDM-1基因是否可通过质粒进行水平传播，并对两菌株进行多位点序列分型(MLST)及ERIC-PCR分析。结果 两株菌对青霉素类、头孢菌素类、氨基糖苷类、四环素类、喹诺酮类和碳青霉烯类均高度耐药，并携带blaNDM-1基因。接合试验成功将两株菌的blaNDM-1基因转移至大肠埃希菌EC600。MLST分型为ST171，ERIC-PCR发现扩增条带位置完全相同，即为同一基因型。结论 检出两株具有相同基因型ST171携带blaNDM-1基因的布氏柠檬酸杆菌，且菌株对碳青霉烯类在内的多种抗生素均高度耐药。     

2017-2020年某院临床分离耐碳青霉烯阴沟肠杆菌检测及分析

摘要：目的 通过研究本院近3年耐碳青霉烯阴沟肠杆菌,探讨其临床分布及相关耐药基因分布情况。方法 收集2017年1月至2020年9月山西白求恩医院分离的33株耐碳青霉烯阴沟肠杆菌为研究对象,利用全自动快速生物质谱检测系统(美国Bruker,MicroflexLT/SH)进行细菌鉴定,VITEK2-Compact全自动微生物分析系统进行细菌药敏试验。采用改良碳青霉烯灭活试验进行耐药表型筛选。采用PCR方法检测碳青霉烯酶基因(blaIMP、blaKPC、blaNDM 、blaVIM和blaOXA-48)。对所有菌株进行MLST分型和同源性分析。质粒接合转移实验研究耐药质粒的传播。结果 22株阴沟肠杆菌对厄他培南、亚胺培南、美罗培南均耐药,11株仅对厄他培南耐药。其中16株阴沟肠杆菌产NDM-1,4株产NDM-5,2株产IPM-1,1株菌同时产NDM-1和KPC-2。11株仅对厄他培南耐药阴沟肠杆菌中有两株检出blaNDM-1、两株检出blaKPC-2基因。MLST分型主要流行株为ST418型。质粒接合转移实验有14株转移成功。结论 本院耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌从2017年逐年增加,2020年出现暴发流行。携带的碳青霉烯酶基因以blaNDM为主,ST418型菌株占多数。耐药基因可通过质粒水平传播,所以加强临床耐药菌株筛检及控制对临床抗感染治疗作用关键。     

重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药基因型及系统进化分析

目的 通过分析某三甲医院重症监护病房（ICU）的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）的耐药基因及系统进化关系，为耐药菌防控的管理提供参考依据。方法 收集安徽医科大学第二附属医院2018年3―7月ICU住院病人分离的19株CRKP，使用VITEK-2 Compact系统进行细菌鉴定及药敏试验，应用Illumina Hiseq 2500平台进行全基因组测序（WGS），应用MLST软件测定ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用Staramr软件筛查菌株的耐药基因，应用Ridom SeqSphere+软件进行cgMLST分型及最小生成树（MST）的构建，并应用CSI Phylogeny 1.4软件及FigTree v1.4.4软件构建最大似然树（MLT），以分析其系统进化关系。结果 19株CRKP除了对替加环素敏感，对其他常用抗菌药物均呈现耐药，19株CRKP均携带blaKPC-2耐药基因，均属于ST11-KL64型，MST图中以AY7007、AY7003为中心聚集为一簇，cgMLST分型均为CT1774型，MLT图显示分为四组克隆型，组内亲缘性关系相近。结论 该院ICU分离的CRKP...     

耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌中碳青霉烯酶基因的检测

目的 研究本院耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)中碳青霉烯酶基因流行状况,为治疗和控制其感染提供参考依据。方法 收集抚州市第一人民医院2015—2016年间临床分离的CRAB非重复株,Vitek-2 Compact型全自动微生物分析仪进行菌株鉴定和药敏实验,改良Hodge试验进行碳青霉烯酶初筛,EDTA协同试验检测金属β-内酰胺酶,采用聚合酶链反应(PCR)扩增耐药基因。结果 69株CRAB对替加环素耐药率为1.4%,复方磺胺甲噁唑耐药率81.2%,其他抗生素耐药率均在90%以上,全部表现为多重耐药。改良Hodge试验阳性55株(80.0%),EDTA协同试验未检出阳性菌株。基因扩增KPC酶基因38株(55%),OXA-23酶基因68株(98.6%),OXA-51酶基因69株(100%),未检测出IMP-1、VIM-1、NDM-1、SIM-1、OXA-24和OXA-58等酶基因。结论 本院69株CRAB耐药性非常严重,OXA-23和OXA-51型酶基因是其携带的主要碳青霉烯酶基因。     

2018—2020年多中心耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌的耐药及分布特点

摘要：目的 分析全国11家三级医院耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌的分布和耐药情况,为预防和控制医院感染,合理使用 抗生素提供依据。方法 回顾性分析2018—2020年,全国11家三级医院临床分离的耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌分布及耐药性特 点;药敏分析采用WHONET5.6软件。结果 2018—2020期间11家三级医院临床各类标本中共检出鲍曼不动杆菌17599株,检 出率8.05％,其中耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)检出11508株,占检出鲍曼不动杆菌的65.39%;11家医院中10家医院检出 CRAB在鲍曼不动杆菌中的占比>50%;检出CRAB患者中以70岁以上患者最多,占全部患者的28.9%~35.3%;CRAB主要分离自 呼吸道标本(78.59%)、脓/分泌物标本(5.81%)及血培养标本(4.02%);CRAB对常用抗菌药物耐药性都处于较高水平,5种抗生素 耐药率在95%以上,2种抗生素耐药率在85%以上,妥布霉素、阿米卡星、左氧氟沙星、复方磺胺甲恶唑耐药率介于61%~81%之 间,对米诺环素相对较为敏感。结论 整体来看鲍曼不动杆菌中CRAB占比一直较高,各地区各级医院应继续做好医院感染的 监测,加强对多重耐药菌的管理工作,指导临床准确用药,延缓耐药菌上升趋势。     

耐碳青霉烯酶铜绿假单胞菌外膜蛋白OprD2基因型的研究

目的分析耐亚胺培南铜绿假单胞菌携带耐药基因,为临床合理选用抗菌药物提供依据,为降低细菌的耐药性和控制医院感染提供参考依据。方法收集临床标本分离出的耐亚胺培南铜绿假单胞菌的耐药性;聚合酶链式反应(PCR)检测碳青霉烯类相关基因及外膜蛋白基因OprD2的携带情况。结果 PCR法检测出携带OprD2基因5株(33.3%);携带blaVIM基因4株(26.7%);携带blaOXA-10基因8株(53.3%)。blaGES、blaIMP、blaGIM、blzSIM、blaTEM、blaPER、blaVEB基因均未检出。结论铜绿假单胞菌感染以上呼吸道为主,其耐药性高,应规范临床用药,加强铜绿假单胞菌耐药性监测,有效控制院内感染。     

某院2015-2019年肺炎克雷伯菌的耐药性及耐药基因分析

摘要：目的 分析某院临床分离的肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)耐药情况及耐药基因,指导临床规范使用抗菌药物。方法 收集该院2015-2019年临床分离的2416株肺炎克雷伯菌,使用VITEK-2 Compact系统对临床分离株进行细菌鉴定,药敏试验采用MIC法和K-B纸片扩散法,采用WHONET 5.6软件对菌株的标本来源、科室分布、检出率及耐药率进行统计,采用SPSS 26.0软件对5年期间菌株的检出率、耐药率进行比较及趋势分析,选取2019年内科重症监护病房(Intensive care unit,ICU)的19株耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CR-KP),通过二代测序平台对其进行全基因组测序(whole genome sequencing, WGS),运用丹麦技术大学(DTU)基因组流行病学中心(CGE)(https://cge.cbs.dtu.dk/services/ResFinder/)的ResFinder 4.0工具进行耐药基因筛查,运用MORPHEUS(https://software.broadinstitute.org/morpheus/)在线制作耐药基因热图。结果 2015-2019年临床标本共分离出2416株KP,主要来自痰液、尿液,分别占51.7%(1249/2416)、11.3%(273/2416),科室主要分布于内科ICU、外科ICU,分别占23.2%(561/2416)、19.1%(461/2416)。每年KP的分离率呈上升趋势(χ2趋势=18.190,P＜0.001),其对常用抗菌药物的耐药率呈逐年升高趋势,除对替加环素的耐药率无法统计外,对其他各类抗菌药物的耐药率差异均有统计学意义(P＜0.001),对亚胺培南、美罗培南耐药率分别从2015年的2.9%、3.0%上升至2019年的16.0%、13.7%。5年间共检出354株CR-KP,主要来自痰液、尿液,分别占43.8%(155/354)、10.7%(38/354),分布较高的科室为外科ICU、内科ICU,分别占14.4%(51/354)、10.2%(36/354),每年的检出率呈上升趋势(χ2趋势=46.176,P＜0.001),其对各类抗菌药物的耐药率呈逐年升高趋势,除对庆大霉素的耐药率差异无统计学意义(P=0.105)、对替加环素的耐药率差异无法统计外,对其他各类抗菌药物的耐药率差异均有统计学意义(P＜0.05)。采用WGS技术对19株CR-KP进行分析,共筛查出15种耐药基因,主要包括β-内酰胺酶耐药基因(blaKPC-2)、喹诺酮类耐药基因(qnrS1)、磷霉素耐药基因(fosA)、四环素耐药基因(tetA)、氯霉素耐药基因(catA2)以及氨基糖苷类耐药基因(aadA2b、rmtB)等。结论 该院KP、CR-KP的耐药情况日趋严重,CR-KP同时携带多种耐药基因,耐药表型多样化。运用WGS结合生物信息学分析技术研究细菌耐药机制,有助于耐药菌防控措施的精准实施,未来将成为耐药菌研究的主流技术之一。