复杂网络的中心化及其在代谢网络中的应用

分析基因组规模的生化网络是后基因组时代的一项重要研究任务.由于缺乏详尽的热力学参数,近年来科研人员已经开发出了大量基于网络拓扑结构的分析方法.其中,中心化指标可用于确定网络中的重要节点,因而有助于理解代谢网络的交互和调控机制.本文首先比较地分析了10种不同的中心化指标,随后将它们运用于分析苏云金芽孢杆菌的代谢网络,确定了其代谢网络巨强连通成分中的10个关键节点并分析了它们的生物学功能意义.     

基于Petri网方法的红血球代谢系统研究

随着生物网络数据的迅速增长,对这些数据进行模拟分析的工具也随之发展。由于组合了图形化和数学化的特征,Petri网成为这一领域的重要模拟分析工具之一。但是,通过Petri网模拟分析的生物系统大多是一些孤立的生化途径。本文采用Petri网技术对红血球细胞的新陈代谢系统进行建模分析。首先介绍了基本的Petri网概念和分析方法,然后采用Petri网技术研究红血球的新陈代谢系统,建立了红血球新陈代谢系统的Petri网模型,最后计算了该模型中的P、T不变量,并讨论了它们的功能意义。     

代谢网络的全局结构特征和反应中心性(英文)

图(或复杂网络)是大规模代谢网络研究的重要工具。传统上,主要使用代谢物图研究代谢网络,特别是人类的代谢网络。本文则使用反应图来研究人类的代谢网络,即:如果反应x的某个代谢产物是反应Y的某个代谢底物,则将反应x链接到反应Y。首先,从公开发表的文献获取了人类的反应网络,它包含了1099个节点和5208个弧。然后,根据"蝴蝶结"的结构分解方法,提取了人类的反应网络巨强组成部分,它包含了682个节点和4119弧。此外,研究了人类代谢网络反应图巨强组成部分的全局结构特性,结果表明它是一个"小世界","无尺度"和"自相似"网络。最后,依据10种不同的中心化分析方法(度,偏心率,紧密度,发散性,质心值,最短路径介数,.Katz状态,交易,网页排名和HITS中心),我们将另一研究重心放在了人类代谢网络反应图巨强组成部分的反应中心性分析方面,并确定了前15个关键反应(R00351b,R00256a,R00220a,R00253a,R00352b,R01177b,R00181a,R00344a,R00355b,R00485b,R03778b,R03858b,R03991b,R04742b和.R04747b)。     

地火(长篇小说连载之二)

７．和火魔决战 地下室的第二通道和各通风口被打开了，排烟机也在通道口架了起来，地下室烟雾稀少了，能见度提高了，照明车上四只支灯也深入地下室，地下室一下明亮起来。 然而，由于地下室增加了通风强度，物质燃烧加剧了，火源中心在扩展。 这要在地面上，三四支水枪一围，     

基于QPSO算法的3D多模医学图像配准

基于互信息的配准方法具有精度高、鲁棒性强的特点。但基于互信息的目标函数存在许多局部极值,给配准的优化过程带来了很大的困难。把量子行为的粒子群优化算法（QPSO）应用到了3D医学图像配准中。QPSO不仅参数个数少,其每一个迭代步的取样空间能覆盖整个解空间,因此能保证算法的全局收敛。实验结果表明,该算法能够有效地克服互信息函数的局部极值,大大提高了配准精度,与美国Vanderbilt 大学的“金标准”比较,达到了亚像素级的精度。     

月光下的罪恶（四）

看到石升木讷的眼神,一向沉稳的肖剑却耐不住了,他指着照片上安然的衣服说,"你看,这是什么?"石升这才发现了照片上的秘密,他的脸部肌肉顿时抽搐了一下:"铜纽扣!"安然身上穿的牛仔服上竟然钉的是铜纽扣!