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21.
丁德武  陆克中  须文波  吴璞  黄海生 《计算机工程》2010,36(13):162-163,166
比较几种常用的社团结构分析方法,讨论它们在代谢网络分析中的不足之处。模拟退火算法在代谢网络模块分析中具有一定优势,选用该算法分析苏云金杆菌代谢网络巨强连通体中的功能模块,并将所得的结果与KEGG数据库中的途径信息进行对比研究,发现大部分的模块都对应于1~2个KEGG途径。进一步的研究表明这些模块均具备重要的生物学功能意义。  相似文献   
22.
 研究了Fe(OH)3在240℃~360℃高温条件下与元素硫的反应和硫化产物在95℃空气中的氧化反应,研究了硫化温度、硫化时间、氧化温度及水分对产物氧化自燃性的影响;同时采用X射线衍射仪鉴定硫化产物组成.结果表明,Fe(OH)3高温硫腐蚀产物主要是FeS2,该腐蚀产物在氧化温度95℃以上时具有较高氧化自燃性;硫化温度及氧化温度越高,硫化时间越长,有水存在时硫腐蚀产物的氧化自燃性越大,越容易氧化放热,引起油品自燃.  相似文献   
23.
一清晨,黎明前的暗。偶有几户早起的人家,屋里透出了亮,道旁高悬的路灯,忠于着自己的职守,为夜行的人儿引路。漫无边际的天空,繁星点点,天上人间遥相辉映。他右手拎着黑色的帆布旅行袋,左肩斜挎着绿色的军用背包,独自行走在  相似文献   
24.
视杆细胞(Rod cells)可检测进入眼内的光亮程度,其灵敏度依赖于视紫红质(rhodopsin)的数量。由于视杆细胞 ROS 区域的蛋白质活性较高,加之视紫红质也高度集中在 ROS 区域。文章从网络生物学的角度研究了视杆细胞 ROS 区域的蛋白质交互作用。首先,获取,修订和构造了一个 ROS 区域蛋白质交互的复杂网络模型。随后,研究了该模型的重要网络性质。最后,研究的重点集中在 ROS 网络的模块化和中心化分析上,通过使用链接聚类分析方法和多种中心化分析方法,我们确定了 ROS 网络的生物功能模块和关键蛋白质。  相似文献   
25.
生物网络的功能模块识别有助于理解网络的结构和功能关系,有助于发现网络中的隐藏规律以及预测网络的行为等,是当前生物网络研究方面的一个重要研究主题。然而,当前的功能模块识别方法大多依赖于对网络中的节点进行聚类分析,其主要缺陷在于:每个节点只能属于某一个模块,而生物网络中的节点很难划分到某个独立的模块中。本文介绍了新近发展的基于边相似性的聚类方法,通过2个具体的生物网络功能模块识别实例,考察了这种新兴的方法在生物网络研究中的应用,结果表明了该方法的高效性。  相似文献   
26.
新陈代谢在细胞的生命活动过程中发挥着至关重要的作用。代谢网络的重建、分析以及其应用等方面的研究在代谢工程上受到了广泛的关注,已取得了良好的理论与实践经济效益。然而,这些研究大多是以某一独立的生物体为载体完成的。本文比较地分析了人类与鱼类的基因组尺度代谢网络模型,进而构造了一个人类与鱼类的公共代谢网络模型,文章主要研究了该网络模型的拓扑结构特征,确认了它们的"小世界","无标度","自相似"等重要复杂网络特性。此外,文章也考察了该网络模型的一些生物学意义,为全面揭示二者代谢交流研究奠定了基础。  相似文献   
27.
中心化分析有助于识别复杂网络中的重要节点,已经被广泛应用于代谢网络研究中。当前,人们已经提出了多种中心化指标,然而如何合理地综合使用它们是一个严峻的挑战。本文使用主成分分析来整合多种中心化方法。首先简单介绍了主成分分析的基本概念及其原理等,随后构造了人类代谢网络的巨强连通成分,并使用10种中心化指标计算了该模型中各代谢物的中心化值作为样本进行主成分分析。最后,我们以第一主成分为例,论证了主成分分析可以合理地整合多种中心化方法用于代谢网络研究。  相似文献   
28.
蛋白激酶与磷酸酶是细胞信号转导途径中的最重要元素,最近出版了酵母的全局蛋白激酶与磷酸酶交互(KPI)网络。由于缺乏详尽的热力学参数,拓扑的(或结构的)分析方法被用于研究该网络,例如,度中心化指标被用于识别该网络中央的蛋白。但是,对真实世界的网络模型使用单一的中心化指标明显不合理,需要组合多种指标综合考虑。本文首先比较了14种不同的中心化指标,然后将它们应用于蛋白激酶与磷酸酶交互网络,最后确定了该网络的10个中央的蛋白并讨论了它们的生物学意义。  相似文献   
29.
细胞的新陈代谢过程可以抽象地描述成交互的复杂网络,越来越多的证据表明这种描述和分析有助于理解代谢网络的结构和功能.本文首先对高质量金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)代谢网络数据进行整理,构建了该网络中的所有代谢反应列表.随后用代谢物图(即节点表示代谢物,连线表示代谢反应)来表示这些反应,形成的...  相似文献   
30.
一个穿黑西装的人突然闯进了红菱旅店。苹果脸姑娘放下手中的水瓶领着“黑西装”上楼。这时,凌志鹏正好走进旅店,神思恍惚的他昏脑地抬脚上了楼。 房间里传出了一阵厮打的声音。远处传来了尖利的警笛声。  相似文献   
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