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目的 基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法 使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-mer方法对测序reads进行分析,估算刺果甘草基因组大小和杂合率,使用生物信息学方法进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析。结果 Survey分析结果显示其基因组大小约为577.82 Mb,杂合度约为0.31%,重复序列比例约为53.72%。叶绿体基因组长度为127,267 bp,不具有典型的四分体结构,总GC含量为34.32%,包含110个基因,其中76个蛋白质编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。系统发育分析表明,刺果甘草与圆果甘草G. squamulosa Franch.亲缘较接近。结论 刺果甘草存在低杂合和重复序列较多的特点,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装,可尝试采用三代测序结合二代测序的分析策略进行基因组组装;刺果甘草叶绿体全基因组比对和系统发育分析,为后续开展甘草属遗传多样性研究和分子鉴定标记筛选提供了重要依据。 相似文献
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本研究拟探讨染料木黄酮对前列腺癌细胞LNCaP和CWR22RV1的增殖、迁移和侵袭能力的影响。一、材料与方法1.材料:前列腺癌细胞株LNCaP和CWR22RV1(中国科学院上海生命科学研究院);Genistein(天津科瑞泰科技有限公司);RPMI 1640、胎牛血清(FBS)、胰蛋白酶(美国Gibco公司);E-钙黏蛋白(E-cadherin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、波形蛋白(Vimentin,Abcam公司);聚氰基丙烯酸正丁酯(BCA)试剂盒、十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)上样缓冲液(×5)及蛋白质印迹法(Western blot)试剂盒(上海市碧云天生物公司);2.实验方法:采用噻唑蓝(MTT)实验、划痕实验和Transwell实验检测Genistein对细胞增殖、迁移及侵袭能力的影响。采用Western blot检测E-cadherin、N-cadherin、Vimentin、CD44和Oct-4的表达水平。 相似文献
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目的:研究Survivin-shRNA对视网膜母细胞瘤HXO-RB44细胞自噬及凋亡的影响。方法:培养视网膜母细胞瘤HXO-RB44细胞,构建Survivin-shRNA载体。按照处理不同分为Survivin-shRNA组、GFP组和CON组。分别采用流式细胞术检测Survivin-shRNA对HXO-RB44细胞凋亡和细胞周期的影响,应用MTT法检测Survivin-shRNA对HXO-RB44细胞活性的影响,Western blot法检测Survivin-shRNA对HXO-RB44 细胞自噬相关蛋白LC3、p62 与mTOR 表达的影响。结果:流式细胞术结果表明,与Control组和GFP组相比,Survivin-shRNA组细胞凋亡率增加,差异有统计学意义(P<0.05);随着作用时间的延长,S期出现阻滞,48 h阻滞最强,显著高于对照组(P<0.05)。MTT结果发现Survivin-shRNA可抑制HXO-RB44细胞增殖活性,与Control组和GFP组相比,差异有统计学意义(P<0.05);Western blot结果发现,与对照组相比,LC3表达量显著增加(P<0.01);而mTOR表达量降低(P<0.01)。结论:Survivin-shRNA可促进视网膜母细胞瘤HXO-RB44细胞的凋亡和自噬水平,进而特异性杀伤肿瘤细胞。 相似文献