广东地区乙肝病毒基因型B及血清型adw2流行株参照序列的建立

目的建立广东地区乙型肝炎病毒流行株全基因参照序列。方法测定16例慢性无症状HBV携带者HBV基因组全序列，应用同源性分析及对齐比较等方法确定基因型和血清型，并选相同基因型和血清型的HBV全基因建立参照序列。结果10例基因型B／血清型adw2、4例基因型C／血清型adrq＋、2例基因型C／血清型adw2；相同基因型和血清型HBV各序列间X基因差异最大，不同亚型间C基因差异最小；建立的广东地区基因型B／血清型adw2乙型肝炎病毒流行株参照序列与根据GenBank中我国不同地区相同亚型HBV全序列建立的标准参照序列相比仅有两个核苷酸的差异，引起X基因一个氨基酸不同。结论初步建立了广东地区乙型肝炎病毒基因型B／血清型adw2流行株全基因参照序列，为研究本地区乙肝病毒基因变异奠定基础。     

酶联免疫测定法在肝吸虫病诊断的应用

目的探讨一种简便、敏感、特异的肝吸虫检验方法。方法以成虫粗蛋白为抗原，用ELISA方法检测肝吸虫病患者血清中的肝吸虫抗体。肝吸虫病患者均为大便检出虫卵。设健康人及其他疾病患者作对照。结果肝吸虫病患者血清31例，本法阳性30例；其他疾病患者血清102例，本法阳性10例；健康人血清65例，本法阳性5例。本法敏感性为96．8％，特异性为93．1％；诊断准确度为93．1％。结论本法敏感性高，操作比较简便，可作为肝吸虫病的初诊及普查筛选方法。     

HIV-1亚型分子流行病学研究进展

HIV-1具有高度的遗传变异性,利用基因分型技术,对HIV-l基因亚型进行分类,得出HIV-l亚型流行特点及其地域分布等,对HIV-l的传播及其流行模式、病毒耐药研究和疫苗研发均具有重要意义。本文综述了近年来HIV-1基因分型相关技术及研究进展,为进一步研究HIV-1分子流行病学提供依据。     

实时荧光PCR技术在HCV基因型检测中的应用

目的 探讨实时荧光PCR技术在丙型肝炎病毒（HCV）基因型检测中的应用价值。方法 采用一步法逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合TaqMan技术,对HCV基因型进行实时荧光PCR检测;巢式RT-PCR扩增HCV的NS5B基因区域,测序后进行HCV基因亚型分析并与实时荧光PCR分型结果进行比较。结果 实时荧光PCR共分型119例,其中110例成功进行测序分型,实时荧光PCR分型的119例中1型71例,占59.7％,非1型48例,占40.3％;测序分型的110例中,1型73例（均为1b型）,占66.4％,非1型37例（其中2a型7例、3a型6例、3b型3例、4a型1例、4k型1例、5a型1例、6a型17例、6n型1例）,占33.6％。与110例测序分型的结果比较,实时荧光PCR分型总的符合率为71.8％（79/110）,其中1型的符合率为80.8％（55/68）,非1型的符合率为57.1％（24/42）。 结论 实时荧光PCR进行HCV基因型检测操作简便、快速,但分型结果特异性不高。     

HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型分析

目的使用二代测序技术检测广州地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/丙型肝炎病毒(HCV)混合感染者和HCV感染者HCV基因型,了解本地区HCV基因型的流行特点。方法在233例HCV感染者中,包括95例HIV/HCV混合感染者和138例HCV感染者,使用Illumina Miseq平台PE300模式对HCV Core和NS5B片段进行测序,采用生物信息学分析确定HCV基因型,对测序结果提示混合基因型感染的样本,使用NS5A基因型特异引物进行验证。结果 HIV/HCV混合感染者静脉吸毒感染构成比显著高于HCV感染者(77.7%对19.6%P0.001),HCV感染者输血感染的构成比显著高于HIV/HCV混合感染者(48.6%对3.2%P0.001);HIV/HCV混合感染者HCV Core基因片段平均数据量为(15456±6689) reads,HCV感染者为(14323±5321) reads,两组无显著差异(P0.05);HIV/HCV混合感染者HCV NS5B基因片段平均数据量为(16432±3467) reads,HCV感染者为(17611±5632) reads,也无显著差异(P0.05);本组228例(97.9%)HCV感染者为单一HCV基因型感染,HIV/HCV混合感染者HCV 6a型和3b型感染率显著高于HCV感染者(分别为47.4%对26.8%,P=0.001和13.7%对3.6%,P=0.005),HCV 1b型感染率显著低于HCV感染者(20.0%对59.4%,P0.001);在233例入组的HCV感染者中,发现5例(2.1%)为混合基因型感染,其中4例为HIV/HCV混合感染者,1例为HCV感染者。结论广州地区HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型构成比存在差异,其临床意义还需要探讨。     

乙肝病毒外膜大蛋白检测在阿德福韦抗病毒治疗中的应用

目的 通过检测抗病毒治疗患者血清中乙肝病毒外膜大蛋白(HBV-LP)和病毒载量(HBV-DNA),探讨阿德福韦抗病毒治疗过程中HBV-LP与HBV-DNA的关系,观察HBV-LP用于评估抗病毒治疗效果的应用价值.方法 采用酶联免疫吸附试验(ELISA)方法对HBV-LP进行检测;采用荧光定量PCR方法对HBV-DNA进行检测.结果 抗病毒治疗有效组患者HBV-DNA和HBV-LP下降趋势一致;抗病毒治疗无效组患者HBV-DNA始终没有出现阴转,HBV-LP的含量维持在较高水平;抗病毒治疗效果反复组患者HBV-LP的含量维持较高水平或变化不明显,HBV-DNA则出现暂时阴转.结论 动态监测HBV-LP的含量可用于阿德福韦抗病毒治疗效果的评估.     

纳米孔三代测序在HIV/AIDS合并肺部感染者快速病原学鉴定的应用价值探讨

目的通过对人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征（Human Immunodeficiency Virus/Acquired Immunedeficiency Syndrome,HIV/AIDS）合并肺部感染者纤维支气管镜肺泡灌洗液样本进行研究,探讨纳米孔三代测序（Oxford Nanopore Technologies）对样本快速病原学鉴定的准确性。方法本研究共纳入2例HIV/AIDS合并肺部感染并留取肺泡灌洗液样本的患者,使用纳米孔三代测序对样本DNA进行测序,提取不同时间点的测序数据进行生物信息学分析,并与常规病原体检查和二代测序（Illumina）等方法进行比较,评价纳米孔三代测序对样本快速病原学鉴定的准确性。结果本研究纳入的患者A常规病原学检查和二代测序的结果均提示铜绿假单胞菌感染,纳米孔三代测序仅需1 h测序数据即发现样本中存在铜绿假单胞菌的基因序列;患者B常规病原学检查和二代测序的结果均提示肺炎克雷伯杆菌,屎肠球菌和结核分枝杆菌混合感染,纳米孔三代测序1 h的测序结果即可检测出肺炎克雷伯杆菌和屎肠球菌的基因序列,6 h的测序结果即可检测出结核分枝杆菌的序列。因此,加上对肺泡灌洗液样本处理、DNA文库构建和生物信息学分析的耗时（合计约2 h）,仅需8 h左右即可检测出上述样本的致病微生物。结论纳米孔三代宏基因组测序可对HIV/AIDS合并肺部感染者进行快速病原微生物鉴定,其准确性与常规病原学检查和Illumina二代测序的结果一致。     

AIDS患者血清中卡氏肺孢子虫的检测

卡氏肺孢子虫是ＡＩＤＳ患者发生机会性感染常见的病原体 ,能引起肺部感染 ,称为卡氏肺孢子虫肺炎 (ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓｃａｒｉｎｉｉｐｎｅｕｍｏｎｉａ ,ＰＣＰ) ,是一种严重的呼吸系统机会性感染疾病 ,早期有 75 %患者感染上ＰＣＰ ,常成为ＡＩＤＳ诊断的首先表现。ＰＣＰ患者临床可表现为气喘、干咳多、肺部音少 ,胸片可示弥漫性小斑片浸润、肺间质改变、肺纹理增多伴小点片状渗出[1] 。虽然ＰＣＰ患者的临床表现比较明显 ,但ＰＣＰ的临床诊断十分困难。因此 ,需要一种方法敏感特异的检测标本 ,及时、准确诊断出卡氏肺孢子虫。…     

基因芯片技术在乙肝病毒基因型及YMDD变异检测中的应用

目的评价基因芯片技术在HBV基因型及HBVP基因YMDD变异检测中的应用价值,并对不同基因型病例的临床情况进行分析。方法抽提HBV DNA,用PCR方法扩增S基因及P基因部分区域,扩增产物与基因芯片上的寡核苷酸探针进行杂交,杂交结果通过芯片影像读取仪扫描到计算机上,经软件分析可得到HBV基因型、HBVYMDD野生型及YVDD、YIDD变异型结果;部分标本通过HBV preS/S基因序列测序证实。结果38份高病毒滴度标本(HBV DNA定量>1.0×105拷贝/毫升)中22例为B基因型(58%),16例为C基因型(42%);32例为HBV YMDD野生型,2例为YVDD变异型、4例为YIDD变异型。临床情况方面,无症状携带者中有2例为基因型B、3例为基因型C,慢乙肝患者中有16例为基因型B1、2例为基因型C,肝硬化患者中有4例为基因型B、1例为基因型C;B型和C型患者e抗原阳性率分别为54.5%(12/22)和87.5%(14/16)。10份HBV DNA定量<1.0×105拷贝/毫升的标本不能检测出HBV基因型及YMDD变异情况。11例阳性标本的基因测序结果与基因芯片检测结果一致。结论(1)基因芯片检测HBV基因型及HBV P基因区YMDD变异准确性高、特异性好,同时每次实验得到的信息量多,适合于临床开展应用,但需提高灵敏度;(2)C基因型乙肝患者HBV e抗原阳性率高于B型患者。     

逆转录病毒的研究和应用

逆转录病毒是一类重要的ＲＮＡ动物病毒 ,病毒ＲＮＡ在自身编码的逆转录酶的催化作用下 ,逆转录成病毒双链ＤＮＡ中间体 ,整合入宿主细胞ＤＮＡ ,形成前病毒 (Ｐｒｏｖｉｒｕｓ)形式 ,进行复制增殖。某些逆转录病毒可转导发生了微小遗传改变的细胞癌基因 (ｃｅｌｌｕｌａｒｏｎｃｏｇｅｎｅ,ｃ ｏｎｃ)或原癌基因 (ｐｒｏｔｏ ｏｎｃｏｇｅｎｅ) ,并将之置于病毒的调节成分控制之下。逆转录病毒感染敏感宿主细胞可建立慢性感染。病毒基因的连续表达通常对细胞无毒性效应 ,大多数逆转录病毒都是非杀细胞的。逆转录病毒科的肿瘤病毒亚科很多成…