基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相...     

网络药理学联合GEO测序数据和分子对接探索大黄素治疗急性胰腺炎的作用机制

目的 利用网络药理学联合GEO测序数据、分子对接技术探索大黄素治疗急性胰腺炎的潜在作用机制。方法 借助PubChem、SwissTargetPrediction、DrugBank、PharmMapper、TTD、CTD数据库获取大黄素作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank、CTD数据库以及GSE194331数据集差异分析结果获取急性胰腺炎疾病靶点,二者取交集得到大黄素治疗急性胰腺炎靶点。使用String数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络,R软件ClusterProfiler包对靶点功能富集分析,Cytoscape的CytoNCA插件筛选核心靶点。使用PyMOL和Autodock软件进行分子对接和结果可视化。结果 大黄素治疗急性胰腺炎的潜在作用靶点有246个,主要涉及脂质与动脉粥样硬化、P13K-AKT信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路以及IL-17信号通路等。其中20个核心靶点与大黄素均有结合潜力,CTNNB1、HIF1A和IL1B等9个靶点与大黄素有良好的结合潜力。结论 大黄素通过多靶点、多通路发挥治疗急性胰腺炎的作用。     

阿尔茨海默病相关差异表达基因及其生物信息学分析

目的:为阿尔茨海默病(AD)发病机制的阐释、早期预防与诊断以及治疗靶点的筛选提供参考。方法:从美国国立生物技术信息中心公共数据平台基因表达数据库中下载基因芯片数据集GSE28146,使用GEO2R在线分析工具筛选出AD相关差异表达基因(DEGs);使用DAVID 6.8生物信息学资源数据库进行基因本体(GO)分析和KEGG通路富集分析;使用STRING数据库和Cytoscape 3.2.1软件进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析。结果与结论:筛选出AD相关DEGs共1 478个,其中上调913个、下调565个。GO分析结果显示,DEGs主要分布于细胞质、膜、细胞外隙中,主要通过转录的正/负调节、核因子κB活性的正调节、Rho蛋白信号转导的调节、蛋白质磷酸化的调节等生物学过程以及蛋白质结合、DNA结合、转录因子活性(序列特异性DNA结合)等分子功能来诱导AD的发生。KEGG通路富集分析结果显示,DEGs显著富集于癌症途径、肺结核、破骨细胞分化、Janus激酶/信号传导及转录激活因子信号通路、叉头转录因子信号通路、EB病毒感染等信号通路上。DEGs编码蛋白的PPI网络含节点蛋白共1 205个、边3 931条;其中的关键核心基因为SOCS3、NEDD4、CBLB,可能是AD发生发展的潜在靶点。     

神经母细胞瘤血浆外泌体差异表达miRNA靶基因预测及生物信息学分析

目的通过生物信息学分析筛选出神经母细胞瘤外周血血浆外泌体中差异表达miRNA,并对其靶基因功能进行分析预测。方法从高通量基因表达数据库下载数据集GSE128004,分析神经母细胞瘤血浆外泌体中miRNA的差异表达;通过miRTarBase数据库筛选差异表达miRNA的靶基因;进一步通过运用clusterProfiler进行靶基因的基因本体(GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集。结果经筛选发现,数据集GSE128004包含41个表达差异在2倍以上的血浆外泌体miRNA。靶基因预测显示,hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-196b-5p, hsa-miR-127-3p, hsa-miR-410-3p和hsa-miR-487b-3p为靶基因最多的前5个差异表达miRNA。GO功能分析发现,这些靶基因大都在细胞运动正调节、细胞迁移正调节、血管生成等生物过程富集;在膜侧、细胞-基底连接、细胞-基底黏附连接、焦点黏连等细胞组成富集;在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白异二聚体化活性、转录因子活性和RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等分子功能富集。KEGG分析显示:这些差异表达miRNA的靶基因主要参与磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、癌症相关miRNA、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等通路富集。结论 hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-127-3p和hsa-miR-410-3p可能作为神经母细胞瘤的潜在生物标志物或治疗靶标,进一步为该病的发病机制提供研究思路。     

整合化学物质组学与网络药理学的四逆汤抗脓毒症“成分-靶点”相关性研究

目的 探讨四逆汤治疗脓毒症的活性成分、作用靶点及机制。方法 采用超高效液相色谱-四级杆飞行时间质谱(UHPLC-Q-TOFMS)鉴定四逆汤的潜在活性成分，通过中药系统药理学数据库与分析平台和Swiss Target Prediction数据库预测其作用靶点，GeneCards、GisGeNET和comparative toxicogenomics database (CTD)数据库寻找脓毒症靶点，分别用String平台、Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白-蛋白相互作用、成分-靶点-通路网络，筛选活性成分和潜在靶点，借助DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体论(gene ontology, GO)注释和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析，最后采用分子对接、表面等离子共振技术验证成分和靶点之间的结合能力与亲和力。结果 共鉴定出46种潜在活性成分、筛选到156个关键靶点；GO富集得到1 019个条目、151条通路，涉及癌症信号、脂质与动脉粥样硬化等；验证结果显示宋果灵、1-脱氢-8-姜酮、芒柄花...     

基于网络药理学探讨山茱萸-牡丹皮药对抗肝纤维化作用机制

目的通过网络药理学方法探讨山茱萸-牡丹皮药对抗肝纤维化的作用机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选牡丹皮和山茱萸的活性成分,并利用Swiss Target Prediction数据库预测活性成分候选靶点;从GeneCards数据库中预测并筛选肝纤维化候选靶点。利用在线作图工具绘制中药与疾病候选靶点韦恩图,得到抗肝纤维化的关键靶点,采用STRING数据库及DAVID数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析及GO富集分析和KEGG通路分析;最后通过Cytoscape软件构建疾病、活性成分、关键靶点、通路网络并进行拓扑结构分析。结果通过筛选得到山茱萸-牡丹皮药对活性成分45个,837个候选靶点,肝纤维化候选靶点291个,两者匹配映射得到关键靶点54个。通过疾病-活性成分-关键靶点网络和PPI网络分析筛选出与肝纤维化关联程度较大的化合物为齐墩果酸、谷甾醇、山楂酸、山奈酚、槲皮素等,核心靶点为白细胞介素(IL)-6、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶(MMP)9、原癌基因(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)8等。KEGG通路分析显示,山茱萸-牡丹皮药对抗肝纤维化的主要通路有癌症信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、cAMP信号通路等。结论山茱萸-牡丹皮药对通过齐墩果酸、谷甾醇等活性成分作用于IL-6、TNF、MMP9等靶点发挥抗肝纤维化作用,其机制与调控TNF、Toll样受体、cAMP等信号通路有关。     

基于网络药理学探讨畲药十二时辰镇痛作用机制

目的 通过网络药理学方法探究畲药“十二时辰”镇痛作用的有效成分及可能的作用机制。方法 利用TCMSP数据库对十二时辰已知化学成分进行活性筛选并收集对应的相关靶点,利用GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集疼痛相关靶点,利用Venny网站筛选出二者的交集基因,作为十二时辰镇痛作用的潜在靶点;利用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络、利用STRING数据库构建PPI网络、利用David 6.8数据库对十二时辰潜在靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,利用Cytoscape软件构建十二时辰成分-靶点-信号通路网络。结果 网络分析确定十二时辰中11个化合物与24个靶点基因与镇痛作用有关,蛋白互作网络的核心基因是ACTB、NOS3、CASP3、PTGS2、RELA和PPARA,通过KEGG确定核心通路主要包括非酒精性脂肪肝、心肌细胞的肾上腺素能信号传导、流体剪切应力与动脉粥样硬化等。结论 十二时辰可能通过多靶点、多信号途径的相互作用对炎症、癌症引起的疼痛及神经性疼痛起到镇痛作用。可为下一步实验研究提供依据。     

基于网络药理学对沙利度胺治疗原发性肝癌作用机制的研究

目的在网络药理学的基础上探讨沙利度胺治疗原发性肝癌的作用机制。方法 2018年6月至 2018年12月,通过整合靶点预测网站及 GeneCards、CTD、Liverome数据库的方法预测和筛选沙利度胺治疗原发性肝癌的作用靶点。通过 DisGeNET数据库对作用靶点类型进行分类,并利用 String数据库和 Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络。通过 DAVID数据库对沙利度胺潜在作用靶点进行基因本体论( Gene Ontology,GO)分析,通过 KEGG Mapper进行代谢通路分析。最后通过系统对接网站( SystemsDock Web Site)对沙利度胺分子与作用靶点进行分子对接验证。结果通过预测和筛选得到沙利度胺治疗原发性肝癌的 11个潜在作用靶点,主要通过调控癌症通路、核因子 κB信号通路、肿瘤坏死因子信号通路及癌症蛋白聚糖通路发挥对原发性肝癌的治疗作用。结论沙利度胺治疗原发性肝癌体现了沙利度胺多靶点、多途径的治疗特点,为阐明其治疗原发性肝癌的作用机制提供了科学依据。     

甘草中黄酮类化合物的网络药理学研究

目的:分析、预测甘草中黄酮类化合物的潜在药理作用及可能作用机制。方法:采用网络药理学方法,依据中药整合药理学计算平台(TCMSP)等数据库,以化合物的口服药物生物利用度(OB)>30%和类药性(DL)>0.18为标准,筛选甘草中的黄酮类化合物。采用药效团匹配与PharmMapper数据库预测其潜在的作用靶点,随后借助生物学信息注释数据库V 6.8(DAVID V 6.8)分析工具对获得的靶点蛋白进行京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路分析和基因本体(GO)生物过程富集分析(以P<0.05为标准判断相关),并运用Cytoscape 3.5.1软件构建甘草中黄酮类化合物-靶点蛋白-信号通路网络图。结果:共从甘草中筛选出了19个黄酮类化合物(如甘草苷、异甘草苷、甘草素等),涉及细胞视黄酸结合蛋白2、脑啡肽酶等78个靶点蛋白(共188次),以及胰岛素信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-丝氨酸/苏氨酸激酶(PI3K-Akt)等40条信号通路(其中与癌症相关的通路8条、与内分泌系统相关的通路7条、与信号转导相关的通路6条、与传染病相关的通路5条、与代谢相关的通路3条等);所建黄酮类化合物-靶点蛋白-信号通路网络图显示,甘草中黄酮类化合物可通过多个靶点作用于不同的疾病代谢通路。结论:甘草中黄酮类化合物对癌症、内分泌系统、传染病、代谢系统等方面疾病可能具有治疗作用,且可能有潜在的抗帕金森症作用。     

整合生物信息学探究骨质疏松症和类风湿性关节炎潜在关键共同生物标志物及其靶向治疗中药活性成分筛选

目的 利用生物信息学探讨骨质疏松症（OP）和类风湿性关节炎（RA）的关系并进一步挖掘其潜在靶向治疗中药活性成分。方法 从GEO数据库下载基因芯片GSE56116和GSE93776,利用GEO2R在线分析工具分别筛选OP和RA的差异基因,进一步从GeneCards数据库下载OP和RA相关靶点,将两个数据库获得的结果合并去重后构建PPI互作网络图;用Cytoscape软件（3.7.2版本）中的插件MCODE和Cytohubba识别关键Cluster和Hub基因,然后用R软件（3.6.3版本）进行GO富集和KEGG通路分析,最后利用CTD数据库筛选靶向Hub基因的中药活性成分。结果 通过GEO数据库分别获得OP和RA差异基因815个和22个,从GeneCards数据库分别获得OP和RA相关靶点4 463个和1 135个,合并去重后分别得到OP相关靶点4 968个,RA相关靶点1 144个,两者映射出673交集靶点;以degree≥10为条件筛选获得10个Hub基因STAT3、MAPK1等;GO分析获得OP和RA相关生物学过程（BP）964条,细胞成分（BP）34条,分子功能（MF）50条;KEGG通路富集获得144条;进一步筛选出白藜芦醇、槲皮素、姜黄素等28个可能靶向调控OP和RA的中药活性成分。结论 OP和RA的发生发展涉及众多靶点和通路,其中,STAT3、MAPK1等10个Hub基因与OP和RA有着密切的联系,这些共有靶点可能是通过IL-17、Toll样受体、Th17细胞分化、T细胞受体、HIF-1、MAPK、破骨细胞分化等通路从而调控OP和RA的发生发展,挖掘出28个潜在中药活性成分,这为进一步深入揭示OP和RA的共同调控机制和靶向调控药物的发现提供依据。     

网络药理学联合生物信息学及分子对接探索黄芪甲苷抗肝癌的作用机制

目的 利用网络药理学结合TCGA和GEO数据集以及分子对接系统性探索黄芪甲苷抗肝癌的分子机制。方法 通过CTD、OMIM及PharmMapper数据库预测黄芪甲苷靶点。计算TCGA和GEO数据集差异基因作为肝癌预测靶点并检索CTD和GeneCards数据库作为补充。用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白相互作用（PPI）网络，并筛选核心靶点。“clusterProfiler”R包用来对靶点富集分析。运用AutoDuck和PyMOL软件进行分子对接。结果 共预测到201个黄芪甲苷抗肝癌靶点，主要与老化、氧化应激及脂质代谢有关，且京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集通路与肝癌密切相关。201个靶点中有9个关键靶点，分子对接发现白细胞介素-6（IL-6）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白蛋白（ALB）与黄芪甲苷有良好结合力。结论 黄芪甲苷通过多靶点和多通路实现抗肝癌作用。     

基于网络药理学联合加权基因共表达网络分析黄精治疗代谢性相关脂肪性肝病的作用机制

目的 运用网络药理学结合加权基因共表达网络分析（WGCNA）探究黄精治疗代谢性相关脂肪性肝病的作用机制。方法 利用中药系统药理数据分析平台（TCMSP）检索黄精主要活性成分，并采用Pharm Mapper平台挖掘黄精活性成分相关靶点。在GeneCards数据库中下载并整理了代谢性相关脂肪性肝病相关基因。通过GEO平台下载代谢性相关脂肪性肝病相关基因芯片GSE89632，使用R软件limma包进行差异分析，并运用WGCNA筛选出的模块基因作为疾病靶点基因。R软件Venn Diagram包进行交集分析并可视化。采用R软件clusterProfiler包对交集靶点基因进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用Cytoscape软件进行“药物–活性成分–共同靶点”网络的构建与分析。将交集靶点基因上传至String数据库，把结果数据导入至Cytoscape软件构建蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心靶点基因。采用MOE软件进行分子对接。结果 共筛选出黄精活性成分12个，成分相关靶点327个；GeneCards数据库整理获得代谢性相关脂肪性肝病相关基因1 227个；WGCNA关联模块基因2 639个；最终获得黄精治疗代谢性相关脂肪性肝病靶点基因18个。富集分析发现18个靶点基因通过调控胰岛素抵抗、脂质和动脉粥样硬化、代谢性相关脂肪性肝病等信号通络，参与细胞间信号传导、脂质代谢、氧化应激、炎症反应等生物过程。分子对接研究显示核心靶点与相关黄精活性成分结合稳定。结论 黄精具有治疗代谢性相关脂肪性肝病的作用，且在治疗代谢性相关脂肪性肝病中具有多靶点、多成分、协同作用的特点。     

MiR-199a-5p and miR-375 affect colon cancer cell sensitivity to cetuximab by targeting PHLPP1

Objectives: We aimed to analyze the differentially-expressed miRNAs in colon cancer cells in order to identify novel potential biomarkers involved in cancer cell resistance.

Design and methods: We investigated the miRNA expression profile of GEO human colon carcinoma cells, sensitive to the EGFR inhibitor Cetuximab (CTX) and their CTX-resistant counterpart (GEO CR) by using a miRNA chip.

Results: We found 27 upregulated and 10 downregulated miRNAs in GEO CR compared with GEO cells with a fold change ≥ 2. Among the upregulated miRNAs, we focused on miR-199a-5p and miR-375. We report that their enforced expression promotes CTX resistance, whereas their silencing sensitizes to the same drug. The ability of miR-199a-5p and miR-375 to target PHLPP1 (PH domain and leucine-rich repeat protein phosphatase 1), a tumor suppressor that negatively regulates the AKT pathway, accounts, at least in part, for their drug-resistance activity. Indeed, restoration of PHLPP1 increases sensitivity of the GEO cells to CTX and reverts the resistance-promoting effect of miR-199a-5p and miR-375.

Conclusion: This study proposes miR-199a-5p and miR-375 as contributors to CTX resistance in colon cancer and suggests a novel approach based on miRNAs as tools for the therapy of this tumor.     

基于网络药理学对参麦注射液缓解CIPN作用机制分析

目的 探讨参麦注射液缓解化疗所致周围神经毒性(CIPN)的作用机制。方法 借助ETCM及TCMSP检索红参及麦冬的化学成分和作用靶点,通过OMIM、Disgenet、GeneCards等多个数据库查询与CIPN相关的基因。运用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,并利用String工具获得PPI网络筛选出核心靶点,最后通过Metascape对PPICN的靶蛋白进行基因富集分析。结果 参麦-靶点网络包含38个化合物和相应靶点105个;PPI核心网络包含23个蛋白;GO分析得到条目34个,KEGG通路富集筛选得到9条信号通路（P＜0.01）。结论 参麦注射液中对CIPN关键活性成分源自麦冬的组分占比60%;GO富集分析与KEGG通路分析结果显示参麦注射液通过多靶点与多通路的协同作用缓解CIPN。     

Screening and introduction of key cell cycle microRNAs deregulated in colorectal cancer by integrated bioinformatics analysis

Colorectal cancer (CRC) is the second most common cancer in women and the third most common in men worldwide. Impaired cell cycle regulation leads to many cancers and is also approved in CRC. Therefore, cell cycle regulation is a critical therapeutic target for CRC. Furthermore, miRNAs have been discovered as regulators in a variety of cancer-related pathways. This study is designed to investigate how miRNAs and mRNAs interact to regulate the cell cycle in CRC patients. Utilizing the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG), Gene Expression Omnibus (GEO), and Therapeutic Target Database (TTD), cell cycle-associated genes were identified and evaluated. Seven of the 22 differentially expressed genes (DEGs) implicated in the cell cycle in three GSEs (GSE24514, GSE10950, and GSE74604) were identified as potential therapeutic targets. Then, using PyRx software, we performed docking proteins with selected drugs. The results demonstrated that these drugs are appropriate molecules for targeting cell cycle DEGs. Tarbase, miRTarbase, miRDIP, and miRCancer databases were used to find miRNAs that target the indicated genes. The ability of these six miRNAs to impact the cell cycle in colorectal cancer may be concluded. These miRNAs were found to be downregulated in SW480 cells when compared to the normal tissue. Our data imply that a precise selection of bioinformatics tools can facilitate the identification of miRNAs that impact mRNA translation at different stages of the cell cycle. The candidates can be investigated more as targets for cell cycle arrest in cancers.     

儿童克罗恩病差异表达基因的生物信息学分析

目的：应用生物信息学方法探讨儿童克罗恩病的差异表达基因,为阐明儿童克罗恩病的发病机制及干预靶点提供新思路。方法：从公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载儿童克罗恩病相关的基因芯片数据集GSE9686,使用在线分析工具GEO2R筛选出儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因。使用数据库DAVID对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路分析,使用数据库STRING进行蛋白互作网络(PPI)分析,使用Cytoscape筛选出儿童克罗恩病的关键基因。结果：筛选出85个儿童克罗恩病差异表达基因,包括63个上调基因和22个下调基因。GO分析揭示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、CXCR趋化因子受体结合、细胞外空间、细胞外区域、趋化因子介导的信号通路及炎症反应等过程,KEGG分析揭示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、TNF信号通路等。Cytoscape筛选出了15个关键基因,所有关键基因在儿童克罗恩病结肠组织中表达均上调。结论：采用生物信息学对儿童克罗恩病结肠组织与正常结肠组织的差异表达基因进行综合分析,可为儿童克罗恩病的早期诊断及靶向治疗提供新的理论依据。     

基于多数据平台探讨桂枝茯苓丸对乳腺癌的干预机制

目的 利用多数据平台与生物信息分析技术探讨桂枝茯苓丸对乳腺癌的干预机制,并通过细胞试验对分析结果进行验证。方法 从GEO数据库下载乳腺癌相关数据集,分析乳腺癌差异基因;从TCMSP数据库中筛选出桂枝茯苓丸的主要有效成分及作用靶基因;2组靶基因映射出桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的关键靶基因。通过TCGA数据平台分析关键靶基因在乳腺癌中的表达,并通过TIMER、CPTAC Data Portal、Kaplan-Meier plotter、TISIDB、SangerBox等数据平台分析该表达与乳腺癌免疫微环境、免疫浸润水平、基因组异质性、免疫亚型和分子亚型以及不良预后的关系。通过Metascape分析平台对关键靶基因进行KEGG通路富集,寻找可能信号通路。最后采用血清药理学方法通过CCK-8试验、细胞划痕试验、Transwell小室试验及Westernblotting技术在体外对分析结果进行验证。结果 桂枝茯苓丸中有效成分42个,对应靶点185个,与GEO数据库映射得到与乳腺癌治疗相关的关键靶点14个,经与TCGA中乳腺癌差异基因比对,得到桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的6个关键靶基因。这6个靶基因表达与乳腺...     

基于网络药理学和分子对接探讨西黄丸治疗宫颈癌的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接的方法研究西黄丸治疗宫颈癌的分子机制。方法 采用计算机检索TCMSP、BATMAN-TCM数据库,并筛选西黄丸的有效活性成分及作用靶点。检索OMIM、GeneCards数据库,获得宫颈癌的疾病靶点,合并去重后,与西黄丸获得的有效成分靶点取交集。运用String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络图。利用Cytoscape3.9.1软件进行可视化,并采用DAVID数据库对交集基因进行（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后运用AutoDock Vina、Pymol软件进行分子对接验证。结果 筛选得到西黄丸70个主要活性成分,包括表雄酮、槲皮素、雄甾酮等。与宫颈癌相关的靶点有116个,核心靶点有肿瘤蛋白P53(TP53)、表皮生长因子受体（EGFR）、蛋白激酶B1(Akt1)、白细胞介素（IL）-6、原癌基因（MYC）、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶3(CASP3)、IL-1B、肿瘤坏死因子（TNF）、雌激素受体1(ESR1)、B淋巴细胞2(Bcl-2)、低氧诱导因子-1A(HIF-1A)、基质金属蛋白酶9(M...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨小白菊内酯治疗肺癌的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究小白菊内酯治疗肺癌的分子机制。方法 从Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库筛选小白菊内酯的作用靶基因。通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集肺癌的疾病靶基因。使用Cytoscape软件构建“药物–靶基因–疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白互作网络（PPI）;通过Bioconductor平台进行基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用分子对接技术确定小白菊内酯与核心靶基因结合作用。结果 小白菊内酯靶基因共88个,肺癌相关基因8 814个,取交集得到小白菊内酯–肺癌共同靶基因68个。在PPI网络中,组蛋白去乙酰化酶2（HDAC2）、细胞色素P450（CYP）2D6、CYP3A4、CYP2A6、前列腺素内过氧化物酶2（PTGS2）、Toll样受体4（TLR4）、溴结构域包含蛋白（BRD）2、BRD4、单胺氧化酶A（MAOA）、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶-1（APEX1）是小白菊内酯作用于肺癌的10个核心基因。共同靶基因的GO分子功能主要涉及对外源性刺激的反应、花生四烯酸代谢过程、质膜外侧、氧化还原酶活性加入分子氧的掺入或还原,作用于成对供体、p53结合和G蛋白偶联胺受体活性等623个生物学过程。KEGG信号通路主要富集在化学致癌作用–DNA加合物、药物代谢–细胞色素P450、细胞色素P450对异种物质的代谢等11个信号通路。分子对接分析表明,小白菊内酯与10核心基因之间均有良好的结合活性,氢键和π-π堆叠是相互作用的主要形式。结论 小白菊内酯能通过多个靶点和多条信号通路治疗肺癌。