金荞麦中优效组分的网络药理学研究

目的:研究金荞麦中优效组分的药理作用及可能的分子机制。方法:基于网络药理学,以类药性(DL)>0.18和生物利用度(OB)>30%为标准,借助中药整合药理学计算平台(TCMSP)筛选金荞麦中的优效组分;利用药效基团匹配与潜在识别靶标数据库(PharmMapper)获取金荞麦优效组分的潜在作用靶点;利用生物学信息注释数据库(DAVID)对获得的靶点蛋白进行京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路分析和基因本体(GO)生物过程(包括生物过程、分子功能及细胞组分)富集分析(均以P<0.05为标准)。结果:从金荞麦中共筛选出15种优效组分[如槲皮素、木犀草素、原矢车菊素B_1、(+)儿茶素、β-谷甾醇等]和114个潜在作用靶蛋白[如雌二醇17-β-脱氢酶1、环腺苷酸(cAMP)特异性3,5-环磷酸二酯酶4D、维生素D_3受体、尿苷胞苷激酶2、HRAS基因编码的三磷酸尿苷酶等];涉及34条重要通路,如丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、趋化因子信号通路和胰岛素信号通路,其中与癌症相关的通路11条,与代谢相关的通路7条,与内分泌系统相关的通路4条;涉及的分子功能有类固醇激素受体活性、配体依赖的核受体活性、蛋白激酶活性等,细胞组分有细胞液、细胞碎片、可溶性部分等,生物过程有细胞凋亡的调节、有机物反应的过程、内源性刺激反应的过程等。结论:金荞麦可能通过MAPK信号通路、VEGF信号通路、趋化因子通路、胰岛素信号通路等发挥抗肿瘤、抗炎及调节糖脂代谢的作用。     

基于网络药理学探讨知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的作用机制

目的通过网络药理学探讨知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌(NPC)的作用靶点及分子机制。方法利用Swiss Target Prediction数据库获取知母皂苷A-Ⅲ作用靶点,通过GeneCards数据库检索NPC相关疾病靶点,将其与知母皂苷A-Ⅲ作用靶点映射,使用Cytoscape 3.6.1软件构建知母皂苷A-Ⅲ-鼻咽癌疾病靶点网络图,并运用DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果获得知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的潜在靶点31个,化合物-关键靶点-通路网络图显示关键靶点主要包括PRKCA、IGF1R、VEGFA和KDR等。GO功能富集分析获得分子功能条目13个、生物过程条目55个和细胞组成条目10个,KEGG通路富集得到20条相关通路,涉及蛋白多糖通路、癌症信号通路和PI3K-Akt信号通路等信号通路。结论基于网络药理学多靶点、多通路的整体作用特点,预测了知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的作用靶点和潜在作用机制,以期为下一步实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学的枳术宽中胶囊治疗功能性消化不良的作用机制研究

摘要：目的:基于网络药理学筛选枳术宽中胶囊药效物质基础及治疗功能性消化不良潜在作用靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索枳术宽中胶囊的主要活性化合物及其相关作用靶点,构建药物-化合物-靶点网络图。通过OMIM数据库和Gene Cards数据库筛选功能性消化不良相关靶点。筛选药物和疾病的交集基因构建靶标蛋白互作蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体（GO）富集和京都基因与基因组合百科全书（KEGG）通路注释分析。结果:根据筛选条件得到枳术宽中胶囊中的48个活性成分和219个相关蛋白靶点。PPI核心网络包含153个蛋白,关键蛋白涉及AKT1、IL-6、MAPK8、MAPK1等。GO功能富集分析得到613个条目,KEGG通路富集筛选得到114条通路与功能性消化不良相关,涉及癌症信号通路、乙型肝炎通路、PI3K-Akt信号通路等。结论:枳术宽中胶囊中的活性化合物能通过多靶点、多通路治疗功能性消化不良。     

基于网络药理学方法探讨黄芪-半枝莲抗结直肠癌的作用机制

目的基于网络药理学分析方法探讨黄芪-半枝莲抗结直肠癌的有效成分及分子机制。方法运用中药药理学分析平台数据库(TCMSP)检索黄芪与半枝莲的有效成分及作用靶点, 通过GeneCards数据库等筛选结直肠癌相关靶点, 运用Cytoscape(Version 3.9.1)软件构建药物-成分-潜在靶点网络关系图。通过String数据库平台构建蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络图, 并用Metascape数据库对潜在靶点进行功能和信号通路富集分析。结果通过数据库筛选出黄芪有效成分17种, 半枝莲有效成分28种, 黄芪-半枝莲与结直肠癌靶点交集共24个潜在蛋白靶点。基因本体论(gene ontology, GO)富集分析显示黄芪-半枝莲主要与DNA损伤、细胞凋亡、调节酶活性等生物学功能相关, 京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析显示主要通路包括磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TN...     

基于网络药理学研究三草降压汤抗糖尿病合并高血压的分子机制

目的采用网络药理学方法研究三草降压汤抗糖尿病合并高血压的活性成分、潜在作用靶点和信号通路,探讨其抗糖尿病合并高血压的“多成分 -多靶点 -多通路”分子机制。方法基于中药系统药理学数据库和分析平台( TCMSP)和毒性与基因比较数据库( CTD)及中国知网筛选三草降压汤相关的成分及作用靶点,利用 CTD、药物靶标数据库( TTD)、生物信息学和化学信息学数据库( DrugBank)和遗传药理数据库( PharmGKB)检索糖尿病合并高血压相关靶点;采用 Cytoscape 3.7插件获得三草降压汤活性成分和糖尿病合并高血压的共同作用靶点。通过 String在线分析平台获得共同作用靶点的“蛋白质 ?蛋白质”相互作用关系( PPI)网络图,最后通过 DAVID的 GO富集分析和 KEGG通路富集分析研究共同作用靶点。结果筛选出三草降压汤的 22个活性成分, 72个关键靶点, 21条显著信号通路。三草降压汤抗糖尿病合并高血压的主要活性成分是槲皮素、山柰酚、木樨草素等,潜在作用靶点和信号通路分别为肿瘤抑制蛋白( TP53)、肿瘤坏死因子( TNF)、白细胞介素 ?6(IL?6)等靶点和 Toll样受体信号通路、丝裂原活化蛋白激酶( MAPK)信号通路、脂肪因子信号通路等,涉及细胞增殖、凋亡、炎症反应等生物学过程。结论三草降压汤抗糖尿病合并高血压的主要分子机制是固醇类、黄酮类和萜类化合物通过影响丝裂原活化蛋白激酶信号通路、脂肪因子信号通路中的相关靶点如 TP53、TNF、IL?6等发挥药效。     

雷公藤多苷片治疗肾病综合征作用机制的网络药理学研究

目的通过网络药理学方法研究雷公藤多苷片主要活性成分治疗肾病综合征的作用机制。方法通过检索雷公藤多苷片的主要活性成分及其对应人体作用靶点、肾病综合征相关靶点,找到雷公藤多苷片治疗肾病综合征相关靶点,进行分子对接验证化合物与靶点的结合活性。绘制蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络图、化合物–靶点网络图、化合物–靶点–通路网络图,并分析作用机制。结果得到雷公藤甲素、雷公藤乙素等主要活性成分14种,获得肾病综合征相关靶点1 124个,共同靶点136个。分子对接验证结果化合物与靶点具有较好的结合活性。通过GO富集分析获得11种主要分子功能(MF)、10种主要细胞组分(CC)、12种主要生物学过程(BP)。获得核心靶点间相互作用网络、化合物–核心靶点–信号通路网络图。结论雷公藤多苷片中14种主要活性成分通过作用于人体内肾病综合征相关靶点,影响体内信号通路传导,从而起到干预肾病综合征疾病进程的作用。     

加味丹参饮治疗心肌梗死的网络药理学研究

目的 基于网络药理学的方法，分析加味丹参饮对于治疗心肌梗死的潜在作用机制。方法 借助TCMSP、Drugbank、Pubchem、Swiss Target Prediction等数据库及参考文献获取加味丹参饮的有效成分及靶标。通过HPO、OMIM平台检索心肌梗死疾病相关的靶标，并借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络（PPI），获得关键靶标。使用Cytoscape3.6.0软件对加味丹参饮-心肌梗死疾病进行网络可视化，并构建“加味丹参饮-化学成分-靶点”、“疾病-靶点”、“加味丹参饮-相关化学成分-疾病-关键靶点”网络图，使用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物过程和KEGG代谢通路分析。结果 从加味丹参饮中共筛选出94个有效成分，148个与心肌梗死相关的作用靶点，其中有效成分与疾病对应的相同靶点21个，其中包含血管内皮生长因子A（VEGFA）、酪氨酸激酶2（JAK2）、肿瘤坏死因子（TNF）等。经GO和KEGG通路富集分析，靶点主要涉及G蛋白偶联受体信号通路、调节细胞增殖、RNA聚合酶II转录因子活性等功能过程，可能通过调节PI3K-Akt信号通路、微小RNA-癌症相关通路、AMPK信号通路、VEGF信号通路、JAK-STAT信号通路等多条代谢通路来发挥加味丹参饮治疗心肌梗死的作用。结论 通过建立靶点网络图，可从多方位阐明复方加味丹参饮治疗心肌梗死多成分、多靶点的机制，可进一步为深入研究加味丹参饮治疗心肌梗死相关疾病机制提供理论依据。     

基于网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的作用机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮通过理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的关键有效成分及作用靶点与通路，以探究其可能的药效物质基础及潜在的分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台对陈皮主要化学成分及相关作用靶点进行收集。从GeneCards数据库中检索理气、代谢相关脂肪性肝病相关靶点，对理气靶点、代谢相关脂肪性肝病靶点与药效靶点进行映射，得出陈皮理气功效治疗非酒精性脂肪肝的功效靶点。将功效靶点输入STRING数据库中得出蛋白相互作用（PPI）网络，并用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化。通过DAVID数据库进行基因本体（GO）与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。筛选出陈皮关键活性化合物和靶基因后，进行分子对接，预测活性化合物与核心靶点的结合，得出其可能作用的分子机制并构建“化合物–靶点–通路”网络图。结果 陈皮中共有63种活性成分和540个相应靶点，理气靶点580个，代谢相关脂肪性肝病靶点478个。最终筛选获得56个关键靶点和16个重要的信号通路，包括磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B1（Akt）信号通路、Ras信号通路、胰岛素信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）信号通路、核因子-κB（NF-κB）信号通路等。陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的主要成分为川陈皮素、柚皮素、橙皮苷等，关键靶点为Akt1、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）α、PPARγ、表皮生长因子受体（EGFR）等。分子对接显示柚皮素、川陈皮素、柚皮苷分别与Akt1、PPARγ、原癌基因c（JUN）、雌激素受体α（ESR1）、PPARα结合良好。结论 陈皮中的柚皮素、川陈皮素、柚皮苷可能为其发挥理气功效的主要活性成分，能够多靶点、多途径地调控氧化应激、炎症反应、脂质代谢等生物效应过程治疗非酒精性脂肪肝，为陈皮在临床上治疗非酒精性脂肪肝的深入研究提供理论基础和科学依据。     

基于网络药理学的理中汤作用机制分析

目的采用网络药理学方法探讨理中汤的作用机制。方法依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索理中汤的4味中药的化学成分、相关作用靶点与疾病。分别采用Cytoscape 3.7.0、STRING10.5软件构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络和蛋白互作(PPI)网络,运用DAVID 6.8软件进行基因本体(GO)富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究理中汤的作用机制。结果通过TCMSP软件筛选,得到22个化合物,相关靶点68个,相关疾病200种。PPI网络包含60个靶点(其中8个靶点未显示相互作用关系),涉及到的关键蛋白有F2、BCL2、CSBP和HTR2等。基因本体GO条目有40个,其中生物过程30个,分子功能7个,细胞组成3个。KEGG富集通路有7条,包括神经活性受体-配体相互作用信号通路、癌症通路、结肠癌通路、非酒精性脂肪肝疾病(NAFLD)通路、钙信号通路、乙型肝炎通路和c GMP-PKG信号通路。结论采用网络药理学方法初步阐明了理中汤的基本药理作用及其作用机制,挖掘出潜在的作用靶点与疾病,为进一步深入研究提供参考依据。     

水飞蓟黄酮提取物治疗非酒精性脂肪肝病的网络药理学研究

基于网络药理学及分子对接探讨水飞蓟中主要黄酮类活性成分对非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver diseases, NAFLD)的治疗作用及分子机制。通过TCMSP、PubChem数据库及文献调研确定水飞蓟中9种黄酮成分为研究对象,借助SwissTargetPrediction、GeneCards、Venny 2.1.0平台预测这9种成分与NAFLD之间的潜在治疗靶点。利用String平台和Cytoscape软件对潜在靶点进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析,基于DAVID 6.8数据库对潜在靶点进行GO和KEGG通路富集分析,使用AutoDock软件模拟分子对接验证。体外实验选取“成分-靶点-通路”网络图中度值较大的组分,以L02细胞为研究对象建立脂质堆积模型并给药处理,根据油红O染色结果来衡量药物分子对脂代谢的积极作用。结果筛选得到水飞蓟主要黄酮成分治疗NAFLD的作用靶点共24个,通过KEGG富集分析筛选得到与NAFLD进程密切相关通路,包括磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B (PI3K-Akt)通路、2型糖尿病通路、肿瘤坏死因子(TNF)通路及胰岛素...