面向肿瘤精准医学的综合数据资源TCGA及其相关在线分析工具推荐

癌症基因组图谱（TCGA）是一个公共资助的项目,旨在编目和发现引起癌变的主要人类基因组变化,目标是创建癌症基因组的全面“图谱”。TCGA数据库收录了多种癌症组学数据,包括转录组数据、表观遗传组学数据、基因突变数据和疾病样本临床数据等,为认识肿瘤发生的相关知识提供了丰富的资源,可以帮助科研人员更好地学习和认识癌症相关领域知识并促进肿瘤精准医学的实现。调查整理了TCGA数据在线分析工具并对其进行筛选推荐,可以帮助研究人员方便地进行TCGA数据分析。     

基于铁死亡基因的乳腺癌预后模型构建

目的 通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库挖掘与乳腺癌预后相关的铁死亡基因,构建乳腺癌预后模型.方法 下载TCGA数据库中转录组与临床数据,获取与预后相关的在乳腺癌组织与癌旁正常组织中存在差异表达的铁死亡基因,利用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归法构建风险评分模型.将TCGA数据库中获取的患者信息作为模型测试集...     

基于文本挖掘的高通量癌症基因组数据注释

癌症基因组学科学计划的实施,推进了分子层面疾病诊断、疾病预防检测和靶向治疗等临床应用,积累了大规模的癌症基因组学数据,对癌症基因组数据进行有效挖掘和利用,成为该领域的研究重点。在高通量癌症基因组学数据挖掘的基础上,以美国国家癌症研究中心的癌症基因组数据为研究对象,利用文本挖掘技术对特异癌症基因加以注释和可视化展示,即从基因功能描述文本中识别疾病实体和药物实体,从临床应用的角度注释高通量数据挖掘结果,便于研究人员从高通量的数据和科学文献中发现疾病、药物及基因之间的关系。     

长链非编码RNA GIHCG在胆管癌组织中表达及其临床意义

目的:通过分析癌症基因组图谱（TCGA）数据库,筛选胆管癌预后相关长链非编码RNA（lncRNA）GIHCG,检测其在胆管癌组织中的表达水平,探讨其临床意义。方法:使用R语言的limma包分析TCGA中31例胆管癌组织和9例癌旁组织的数据,后用survival包及survival ROC包筛选与患者生存相关的差异基因表...     

两种癌症基因组图谱已绘出

美国MD安德森癌症中心肿瘤基因组学核心实验室主任张微近日透露,由美国发起的癌症基因组图谱研究计划,已成功绘制出卵巢癌和神经胶母细胞瘤的基因组图谱。未来5年,结肠癌、乳腺癌、白血病、子宫癌等全球25种最主要癌症的基因组图谱将陆续被描绘出来,     

MsrA在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义

目的 分析探讨甲硫氨酸亚砜还原酶A(MsrA)在肾透明细胞癌和癌旁组织中的表达及其临床意义.方法 利用免疫组织化学染色方法检测并观察比较MsrA在5对肾透明细胞癌及其癌旁组织中的蛋白表达差异,并结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库,分析MsrA的表达量与肾透明细胞癌患者临床数据特征之间的关系,应用Kaplan-Meie...     

LncRNA HOTAIR对胶质母细胞瘤细胞增殖的影响及在临床治疗中的意义

目的：探讨在胶质母细胞瘤（GBM）中lncRNA HOTAIR基因表达的生物学价值。方法：利用生物信息学技术挖掘癌症基因组图谱（TCGA）和中国胶质瘤基因组图谱计划（CGGA）的测序及芯片数据，评估HOTAIR表达水平与GBM患者预后的关系并分析其可能的机制，构建HOTAIR过表达质粒并转染U251人脑胶质瘤细胞系，细胞增殖及克隆实验研究HOTAIR对胶质瘤细胞的作用。利用癌症治疗反应数据库（CTRP）和PRISM数据库中的药敏数据探寻靶向HOTAIR的潜在药物。结果：HOTAIR在GBM中表达明显上调，其表达量越高患者预后越差。过表达HOTAIR显著提高U251细胞的增殖活力。烟酰胺磷酸核糖转移酶抑制剂等9种药物对HOTAIR高表达患者或许具有靶向治疗作用。结论：HOTAIR可能通过调控细胞周期影响GBM患者预后，有可能作为药物治疗的潜在靶点。     

多数据库联合分析卵巢癌预后相关基因

目的 寻找卵巢癌预后的关键基因,为卵巢癌治疗提供新的靶点.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库GSE18520和GSE14407数据集、癌症基因组图谱(TCGA)数据库及基因型-组织表达(GTEx)数据库中下载卵巢癌相关数据,用R 3.6.2软件limma包进行差异表达基因分析,随后使用R 3.6.2软件cluster...     

结肠癌核心基因和独立预后因子筛选的生物信息学分析

挖掘基因表达综合（GEO）数据库和癌症基因组图谱（TCGA） 数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子。     

甲状腺癌铁死亡预后风险模型的构建及其潜在机制的生物信息学分析

目的：筛选甲状腺癌（TC）差异预后铁死亡基因（PFRGs）,构建TC铁死亡相关基因（FRGs）预后风险模型,并阐述其潜在作用机制。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获取基因表达及临床数据,从铁死亡疾病数据库（FerrDb）和人类基因数据库（GeneCards）中获取FRGs,采用R软件筛选TCPFRGs;从TCGA和GTEx数据库获取TC组织和甲状腺组织中PFRGs mRNA表达数据,从人类蛋白图谱（HPA）数据库获取免疫组织化学结果,验证PFRGs mRNA和蛋白表达的差异;采用时间依赖性受试者工作特征（time-ROC）曲线和Kaplan-Meier曲线评估PFRGs与TC患者生存和预后的关系;采用单因素和多因素Cox回归分析计算PFRGs表达的风险评分,纳入TC患者临床数据,进行独立预后分析,并构建Nomogram图;TCGA数据库中PFRGs与各基因表达的相关性采用Spearman相关分析,计算相关系数并筛选共表达基因;采用生物信息学方法对PFRGs共表达基因进行蛋白-蛋白互作（PPI）网络图、基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：在TC...     

中医药科学数据汇交制度的建立

旨在通过对中医药学科学数据汇交的目的和意义论述,证实加强、加速对中医药科学数据保护与共享对中医药发展的重要战略意义。特别阐述了对最新科研项目所产生的科学数据汇交中存在的问题以及解决这些问题的对策,说明此项工作对政府确立研究项目分布比重、资助重点等的辅助决策和对研究者科研项目申报参考依据的重要意义。建议在加紧建立中医药数据共享平台的同时,尽快建立和完善中医药科研项目的科学数据汇交制度及相关数据汇交、统计分析平台的利用研究。     

肿瘤大数据中心和单病种科研平台建设及应用

目的:建立基于医院肿瘤大数据中心的单病种科研平台,为科研工作者提供一个肿瘤数据价值可挖掘、科研流程规范化的工作平台,提高科研效率,增加科研产出。方法:利用大数据技术对医院各业务系统数据抽取、整合,建立肿瘤大数据中心。通过自然语言处理等技术对非结构化文本数据进行后结构化处理,使数据更具分析价值。结果:建成基于数据中心的肺癌、胃癌、乳腺癌、宫颈癌、鼻咽癌、食管癌、直肠癌、结肠癌、肝癌9大单病种的科研平台,实现了科研灵感搜寻、研究对象自动入组、CRF数据智能填充、填充数据及时溯源、科研数据辅助统计等系统化、全流程的科研管理。结论:提升了医院的科研效率并加速成果产出。     

开展医学研究注重科研档案的开发利用

目的加强医学科研档案管理,提高档案的开发利用效率,为医学科研的发展提供有效服务。方法通过参与医院的一项医学科研计划项目的档案管理,收集、整理资料,并加以分析,提出整改意见,为课题结题和评奖提供有效服务。结果该课题实验研究方法科学,资料完整,数据结果可信。结论重视医院科研档案建设,充分利用现代化信息技术,有效开发利用档案资源,发挥科研档案在医院科研、医疗活动中的指导作用,促进医院的可持续发展。     

基于USGS生命周期模型的肿瘤流行病学数据管理研究

随着科研数据的增长,对海量数据进行有效的管理和利用成为科学数据共享的研究重点之一。基于USGS数据生命周期模型,以国际癌症研究中心（IARC）发布的肿瘤流行病学发病数据和相应的人口数据为分析对象,介绍了数据的整合与管理方法,为科研人员提供整合和管理科学数据的具体案例和可行性方法,为制定宏观政策提供基础数据和知识支撑。通过使用USGS数据生命周期模型,实现了对不同类型数据的对比分析,验证了数据生命周期模型在数据管理方面的有效性。     

传染病监测技术平台信息管理系统开发与应用

传染病实验室监测网络平台信息系统旨在加强对五大症候群和新发突发传染病的监测信息的采集、管理、整合、共享与利用,满足国家传染病重大专项“传染病监测技术平台”的信息管理需要。介绍了传染病监测技术平台信息管理系统建设背景、系统架构与技术特点,简要描述了系统主要功能和应用情况。通过系统开发实现了对传染病监测技术平台的症候群、病例、样本、实验室检测、毒菌种株等信息综合集成管理、实时共享、动态追踪与查询、在线分析和可视化展示,以及对新发、突发传染病的预警、预测等功能;通过系统应用提升了传染病防控、突发传染病事件应急的能力,为疾病控制、传染病疫情分析、预警和防控策略的制定提供科学支撑和技术服务。     

我国科研数据管理与共享政策体系研究

在调查分析国内外科研数据管理与共享政策体系建设的理论和实践的基础上,构建了一个由宏观层面的法律法规、中观层面的政策规章、微观层面的管理制度 构成的科研数据管理与共享政策体系。     

临床研究数据管理策略

 临床研究中产生的大量医学数据使临床科研人员逐渐认识到数据长期保存和共享的重要性,进而在实践中形成了研究数据管理的理念和方法。临床研究数据管理,可以促进临床研究的准确和高效进行,满足研究人员、机构、研究资助者的预期和要求。本文通过单个临床研究数据管理和机构临床研究数据管理两个层面,讨论了临床研究数据管理的关键事项及相关策略,帮助临床科研人员及科研管理人员了解临床研究数据管理流程,促进临床科研活动规范执行和机构数据管理的发展。     

我国军事科研自产数据资源融合共享体系的构建思路

论述了构建军事科研自产数据资源融合共享体系的意义,分析了美国国防科技信息管理和开发利用的经验,提出了构建我国军事科研自产数据资源融合共享体系的总体构想和推进路径,以及强化管理协调机制、着力数据资源的汇聚挖掘、推动数据资源的融合共享、确保数据安全和保护知识产权等建议。     

人口健康科学数据中个人敏感信息分类研究

目的：细化人口健康科学领域个人敏感信息类型,以期推进人口健康科学数据的开放和共享及个人敏感信息的立法保护提供参考,为人口健康科学数据平台的数据管理工作提供借鉴。方法：基于文献调研法考察了国内外个人敏感信息的界定,基于内容分析法总结了人口健康领域中个人敏感信息的类型,并进行了多维特征分析。结果：将人口健康领域中个人敏感信息细化为身份标识信息、生物特征信息、健康医疗信息3个大类,下分9个小类。结论：个人敏感信息细化分类符合依据不同领域特点将敏感个人信息具体化的国际立法的趋势,可作为制定人口健康科学数据收集管理策略和共享策略的参考。