土鳖虫DNA的RAMP-PCR反应体系的建立及优化

目的 建立并优化土鳖虫基因组DNA的RAMP-PCR反应体系及扩增程序,为土鳖虫遗传多样性的研究提供依据。方法 以雌性土鳖虫为材料,常规酚/氯仿提取基因组DNA。使用RAMP引物（ISSR807＋RAPD A₅）,采用正交优化方法对影响PCR反应的Mg²⁺、dNTPs、引物、DNA聚合酶、模板进行体系优化,同时选择最佳的引物退火温度。结果 最适引物（ISSR807＋RAPD A₅）组合进行土鳖虫的RAMP-PCR分析的反应体系为总体积25 μL,包括10×缓冲液2.5 μL、Mg²⁺ 1.00 mmol/L、dNTPs 2.00 mmol/L、引物0.50 μmol/L、TaqDNA聚合酶1.00 U、DNA模板1.50 ng/μL,最佳退火温度为46.8 ℃。结论 本实验建立的最佳RAMP-PCR反应体系稳定、重复性好,可用于土鳖虫种质资源鉴定和遗传多样性研究。     

头花蓼重复片段多态性分析-多聚酶链式反应体系建立与正交优化

目的: 建立头花蓼ISSR的反应体系。 方法: 通过正交试验,研究了Mg²⁺浓度、dNTP 浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度这4个因素在3个水平上对ISSR-PCR的影响。 结果: 确立了适合于头花蓼ISSR PCR的优化体系:25 μL PCR反应体系中含有1×buffer 缓冲液(10 mmol ·L^-1 KC1,8 mmol ·L^-1 (NH₄)₂SO₄,10 mmol ·L^-1 Tris ·HC1,pH 8.0),3.0 mmol ·L^-1 MgC1₂,d NTP 200 μmol ·L^-1,2.0 U ·25 μL^-1 Taq酶,0.25 mmol ·L^-1引物,40 ng ·L^-1模板DNA。利用温度梯度PCR,确定了最适宜的退火温度为48 ℃。 结论: 该优化体系的建立为进一步对头花蓼进行种质资源的遗传多样性分析奠定了基础。     

正交设计优化翼梗五味子ISSR-PCR反应体系

目的对影响翼梗五味子ISSR-PCR扩增反应的各因素进行优化,建立稳定的反应体系。方法基于正交极差分析方法,以Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物5因素4水平的正交试验对翼梗五味子ISSR-PCR反应体系进行优化。结果翼梗五味子ISSR-PCR的最佳反应体系(20μL)为:Taq酶1.00 U、Mg2+1.50 mmol/L、模板DNA 40.00 ng、dNTP 0.25mmol/L、引物0.50μmol/L。筛选出12条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并确定了每个引物的最佳退火温度。结论所建立的翼梗五味子ISSR反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、重复性好等优点,为翼梗五味子的分子水平研究提供实验依据。     

传统中药金钱草ISSR-PCR反应体系的正交优化研究

建立稳定、可靠的金钱草ISSR-PCR反应体系,为金钱草遗传多样性分析、优良品种选育、药材分子鉴定奠定基础。该研究在7水平单因素实验的基础上,采用L₁₆（4⁵）正交试验设计,应用SPSS 19.0进行方差分析,对影响反应体系的5个主要因素在4个水平上进行优化。利用优化的反应体系,筛选引物最适退火温度,以23份不同产地金钱草材料检测体系稳定性。结果显示模板DNA,引物,dNTP,Mg²⁺,Taq酶5个因素对金钱草ISSR-PCR反应结果均有极显著影响,影响大小依次为引物>Taq酶>模板DNA>Mg²⁺>dNTP,确定最优反应体系为总体积25 μL,模板DNA 60 ng,引物0.3 μmol·L^-1,dNTP 0.2 mmol·L^-1,Mg²⁺ 1.8 mmol·L^-1,Taq酶1.25 U。经不同产地样品检测,该优化体系稳定、可靠。该研究为其他物种ISSR-PCR体系的优化提供参考。     

铁皮石斛SCoT-PCR反应体系的优化

目的 对铁皮石斛的目标起始密码子(start condon targeted polymorphism,SCoT)多态性反应体系进行优化,为进一步对铁皮石斛遗传多样性的SCoT分析奠定基础.方法 以铁皮石斛的新鲜叶片为试验材料,采用控制单一变量的方法分别研究模板DNA用量、引物浓度、TaqDNA聚合酶用量、dNTPs浓度、及退火温度共5个因素对SCoT-PCR扩增结果的影响.结果 铁皮石斛SCoT标记的20 μL优化反应体系为:DNA模板20 ng、引物浓度为30 μmol/L、Taq DNA聚合酶用量为1.0 U、dNTP浓度为100 μmol/L.适宜的PCR扩增程序为95℃预变性4 min; 95℃变性50 s,56.1℃复性退火40 s,72℃延伸2 min,循环36次;72℃延伸5 min,4℃保存.1.5％琼脂糖凝胶电泳显示扩增产物在600～2 000 bp.结论 该体系的建立为铁皮石斛种质遗传多样性分析、分子标记辅助育种等研究奠定了基础.     

金线莲ISSR反应体系的建立与优化

目的针对台湾金线莲ISSR反应的特点,建立一个稳定性高、重现性好,适合金线莲ISSR遗传差异分析的反应体系。方法确立金线莲ISSR初始反应体系并对引物进行初筛;设定反应体系中各因子的不同浓度并进行PCR扩增,依据稳定性高、重现性好的原则,对该反应体系进行调整与优化,最终建立稳定可靠的ISSR反应体系。结果首次建立了金线莲ISSR反应的最适体系(25μL):1×PCR buffer,2 mmol/L MgCl2,200μmol/L dNTP Mixture,0.2μmol/L引物,1 U Taq酶,DNA模板约20 ng;扩增程序:94℃充分变性7 min,94℃变性30 s,52℃退火45 s,72℃延伸2 min,45个循环后,最后72℃延伸10 min。结论所建立的金线莲ISSR反应体系具有稳定性高、重现性好、标记位点清晰、检测多态性能力强等特点,可以较好地应用于野生金线莲的居群差异研究及经长期组培繁殖后金线莲无菌苗的遗传变异研究。     

水母雪莲ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

目的优化并建立适合于水母雪莲的ISSR-PCR反应体系并筛选出稳定的ISSR引物。方法采用L16(45)正交设计方法,以Taq DNA聚合酶浓度、d NTP浓度、模板DNA浓度、引物浓度、Mg~(2+)浓度5种因素4个水平对水母雪莲ISSRPCR反应体系进行优化;并对反应体系进行验证。采用优化后的反应体系筛选出条带清晰且稳定的ISSR引物,通过退火温度梯度试验确定最佳退火温度。结果最终确立了水母雪莲20μl ISSR-PCR最佳反应体系,即包含Taq DNA聚合酶0.7U、d NTP 0.125mmol/L、引物0.3μmol/L、模板DNA 40ng、Mg~(2+)1.5mmol/L。在此基础上,从84条ISSR引物中筛选出条带清晰且稳定的8条引物,并通过梯度PCR反应确定最佳退火温度。结论经过11份水母雪莲种质验证,证明所建立的体系稳定可靠,可用于后续水母雪莲遗传多样性分析和种质资源鉴定。     

金钗石斛相关序列扩增多态性反应体系的正交优化研究

目的建立金钗石斛Dendrobiumnobile相关序列扩增多态性(SRAP)反应体系,为金钗石斛分子生物学研究提供技术支持。方法运用L25(56)正交设计对影响金钗石斛SRAP反应的5个因素:模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶、引物在5个水平上进行优化试验,对PCR结果进行极差分析。结果金钗石斛SRAP反应最佳体系为:25μL PCR体系中含有20 ng模板DNA,2.0 mmol/L Mg2+,0.2 mmol/L dNTPs,1 UTaq酶,0.6μmol/L引物。各因素对SRAP反应的影响依次为:Taq酶Mg2+dNTPs模板DNA引物。结论所建立的金钗石斛SRAP反应体系具有标记位点清晰、多态性丰富、稳定性好等特点,可用于金钗石斛分子生物学的研究。     

当归ISSR-PCR反应体系的建立优化及引物筛选

目的建立并优化当归的ISSR-PCR反应体系,并进行引物筛选。方法以当归基因组DNA为模板,通过单因素实验研究了ISSR反应体系中主要成分(Taq DNA聚合酶、d NTP、模板、引物)以及热循环参数(退火温度、退火时间、变性时间、延伸时间、循环数)对扩增结果的影响。结果找出了各自的最适条件,建立了适合当归ISSR分析的反应体系和扩增程序,即在20μl反应体系中,内含10×Taq Buffer(含1.5 mmol·L-1Mg Cl2)、1.25U Taq DNA聚合酶、250μmol·L-1d NTP、40 ng模板、0.25μmol·L-1引物。扩增程序为94℃预变性5 min,然后进行35个循环:94℃变性30 s,(根据引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸150 s,循环结束后72℃延伸7 min,-4℃保存。结论以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出17条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。该研究为当归药材DNA鉴定、种质资源研究以及优良品种选育奠定了基础。     

何首乌ISSR—PCR反应体系的建立与优化

目的 建立和优化ISSR-PCR反应体系.方法 通过单因素实验研究ISSR反应体系中主要成分(模板、Taq DNA聚合酶、Mg2 、引物、dNTPs)以及退火温度对扩增结果的影响.结果 建立了适合何首乌ISSR分析的反应体系和扩增程序,即在25μl反应体系中,内含1×Taq酶配套缓冲液、100ng模板、1.5 U Taq DNA聚合酶、1.5 mmol/L Mg2 、0.6μmol/L引物、0.2 mmol/L dNTPs.扩增程序为94℃预变性5 min;然后是94℃变性45s,(据不同引物的退火温度)复性1 min,72℃延伸1.5 min,共35个循环;72℃延伸7 min,4℃保存.结论 这一优化体系的建立为今后利用ISSR标记技术进行何首乌鉴定及种质资源遗传多样性分析提供了一个标准化程序.     

柴胡ISSR—PCR反应体系的建立与优化

目的建立适于柴胡ISSR分析的PCR反应体系；筛选适宜引物，并确定最佳退火温度。方法CTAB法提取叶片DNA，通过单因子实验分别找出合适的ISSR-PCR反应条件，利用梯度PCR确定引物最佳退火温度。结果适于柴胡ISSR分析的PCR反应体系为25μl总体积中含有1×Taq酶缓冲液，2．0mmol／L MgCl2，各0．15mmol／L的dNTPs，0．3μmol／L引物，1．5U Taq酶（上海生工），20ng模板DNA，2％去离子甲酰胺。在100条引物中筛选出30条扩增条带清晰且条带数目较多的引物，最佳退火温度为49．9～63．6℃（因引物不同而异）。结论建立了柴胡ISSR—PCR反应体系，筛选出30条引物并确定了最佳退火温度，为应用ISSR技术鉴定柴胡种质资源、分子标记辅助选择育种及其遗传多样性研究奠定了基础。     

夏枯草ISSR分子标记技术的建立与体系优化

目的 建立并优化夏枯草ISSR-PCR反应体系和扩增程序.为探讨夏枯草种质问遗传多样性奠定基础.方法 采用单因子试验和正交设计方法,研究.Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA、退火温度及循环次数对PCR扩增的影响.结果 夏枯草ISSR-PCR的最佳反应体系为:在20 μL的反应体系中含模板DNA 30ng,Mg2+ 2.2 mmol/L、dNTP 175 μmol/L、引物0.75μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U.在此基础上,从92条引物中筛选出18条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物.并通过梯度PCR试验.确定引物最佳退火温度.结论 采用单因子试验和正交设计方法可以快速建立ISSR-PCR反应体系,经过24份夏枯草种质检验,证明该体系稳定可靠,可用于夏枯草遗传分析.     

天门冬ISSR分子标记技术的建立与体系优化

目的建立并优化天门冬ISSR-PCR反应体系和扩增程序,为探讨天门冬种质间遗传多样性提供依据。方法采用单因子试验和正交设计法,研究Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA、延伸时间及循环次数对PCR扩增的影响。结果天门冬ISSR-PCR的最佳反应体系为25μL的反应体系中含模板DNA 40 ng、Mg2+1.25 mmol/L、dNTP 320μmol/L、引物1.2μmol/L、Taq DNA聚合酶1.5 U。在此基础上,从50条引物中筛选出13条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并通过梯度PCR试验,确定引物最佳退火温度。结论建立的天门冬ISSR-PCR反应体系,经过17份天门冬种质检验,证明该体系稳定可靠,可用于天门冬遗传分析。     

青天葵ISSR-PCR体系优化及引物筛选

目的:建立适合青天葵遗传差异分析的简单重复序列区间(ISSR)-聚合酶链式(PCR)反应体系。方法:采用正交试验设计对影响青天葵ISSR-PCR反应体系的5种因素(dNTP、模板DNA、引物、Mg2+和Taq DNA聚合酶)4个水平进行优化,并结合新复极差法,对试验中各单因素进行分析。结果:确立了青天葵最佳反应体系,即在20μL的总反应体积中含有10×PCR buffer 2μL,dNTP 225μmol·L-1,Mg2+2.5 mmol·L-1,引物0.4μmol·L-1,Taq DNA聚合酶1.0 U,模板DNA60 ng;从100条引物中筛选出16条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。结论:建立的青天葵ISSR-PCR反应体系,经过24份青天葵样品检验,得出该体系稳定可靠,可用于青天葵遗传差异分析。     

穿龙薯蓣ISSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

目的建立穿龙薯蓣ISSR-PCR扩增的稳定体系。方法利用单因素及正交试验设计的方法对影响穿龙薯蓣ISSR-PCR扩增效果的d NTPs浓度、引物浓度、模板DNA用量Taq DNA聚合酶用量、Mg~(2+)浓度进行优化。结果穿龙薯蓣的ISSR-PCR的20μl最佳反应体系为:2.0μl 10×Taq Buffer,2.0 mmol/L Mg~(2+),0.225mmol/L d NTPs,1.5 UTaq DNA聚合酶,1.0μmol/L引物,2.0 ng/μl DNA模板,dd H2O补齐。应用该反应体系筛选出来适用于穿龙薯蓣ISSR扩增的12条引物,并确定了各引物的最佳退火温度。结论确立了一个适用于穿龙薯蓣ISSR-PCR扩增的体系。     

瓜蒌ISSR-PCR最佳反应体系的研究

为了得到适合研究瓜蒌农家品种的ISSR-PCR反应条件,本研究采用单因素实验和正交实验,对瓜蒌ISSR反应体系进行了优化,确立了适合瓜蒌的ISSR反应体系:20μL反应体系,含0.5μmol/L引物、2×Master Mix(Taq DNA Polymerase)10μL、35 ng模板DNA。通过性状差异较大样品的单因素试验,确定了能够适合尽量多样品的ISSR最佳反应程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,退火1 min,72℃延伸45 s,35个循环;72℃延伸7min,4℃保存。不同的引物所需要的退火温度不尽一致。     

桔梗ISSR反应体系的建立和优化

目的建立并优化桔梗ISSR-PCR反应体系和扩增程序。方法采用正交试验和单因子试验,对ISSR反应体系主要因子(dNTPs、Taq酶、引物、Mg2+、模板)进行筛选。之后通过单因子试验,进行引物退火温度、循环次数的筛选。结果桔梗ISSR-PCR的最佳反应体系(20μl)为:dNTPs 0.25mmol/L、Taq酶1.0U、引物0.30μmol/L、Mg2+1.50mmol/L、模板DNA10ng。利用此反应体系从54条引物中筛选出12条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,确定了引物UBC853[序列为(TC)8RC]的最佳退火温度为55℃和循环次数为45次。结论建立的桔梗ISSR-PCR反应体系,经过白、紫花桔梗共20份样品检验,证明该体系具有稳定性和可靠性,可用于桔梗遗传多样性研究。     

云南沉香ISSR-PCR反应体系的建立与优化

目的建立并优化出清晰稳定的云南沉香ISSR-PCR反应体系和扩增程序,并筛选出适合的引物。方法利用正交设计试验,对云南沉香ISSR-PCR反应体系中的5个主要因素进行优化,并设置温度梯度检测最佳退火温度。结果首次建立了云南沉香ISSR-PCR的最佳反应体系,即在20μl反应体系中,各个因素的浓度分别为:模板DNA 10 ng/20μl、Mg2+3mmol/L、Taq DNA聚合酶2.4 U/20μl、d NTP 0.6mmol/L、引物0.2μmol/L;引物UBC811的最佳退火温度为53.0℃。并且,从100条引物中筛选出16条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物。结论优化确立的云南沉香ISSR-PCR反应体系稳定可靠,可为后续云南沉香的遗传多样性分析研究奠定基础。     

金槐ISSR-PCR反应体系的优化和引物筛选

目的优化和建立稳定的金槐ISSR-PCR反应体系并筛选出稳定的ISSR-PCR引物。方法采用L16(45)正交设计方法,以dNTP、Tap酶、ISSR引物、Mg~(2+)浓度和模版DNA 5个影响因素进行4水平优化试验,并对反应体系进行验证;采用优化所得的最佳反应体系进行引物筛选。结果确立了金槐的最佳ISSR-PCR反应体系:即在25μl总体积反应体系中包含10×Buffer2.5μl,MgCl22.5mmol·L~(-1),ISSR引物0.6μmol·L~(-1),dNTPs0.25mmol·L~(-1),Taq酶1.0U,模板DNA约50ng。通过最佳体系进行引物筛选,获得11条适宜金槐扩增的ISSR引物。结论经过12份金槐样品的验证,证明所建立的体系稳定可靠,可用于金槐遗传多样性、指纹图谱和标记辅助育种等方面的研究。     

地龙ISSR-PCR反应体系的建立与优化

目的 建立和优化地龙ISSR-PCR反应体系.方法 以地龙药材为实验试材,采用异丙醇沉淀法提取了地龙总DNA模板,对地龙ISSR-PCR反应体系中各个主要影响因子进行了优化和筛选.结果 建立了标记位点清晰、稳定、重复性好,可用于地龙ISSR分析的最佳反应体系,50 μl体系中含有:1×Taq酶配套缓冲液,DNA模板50 ng,2.5U Taq DNA聚合酶,2 mmol/L MgCl2,0.8 μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTPs.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,(据不同引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸1.5 min,共35个循环;72℃延伸5 min,反应结束后,4℃保存.结论 这一优化体系的建立为今后利用ISSR标记技术进行地龙类药用动物鉴定及种质资源遗传多样性分析奠定了基础.