基于网络药理学与分子对接技术的金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎的潜在药效物质研究

目的探究金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索金花清感颗粒中11味药材所含化学成分与作用靶点。借助Uniprot数据库查询靶点对应基因,采用Cytoscape软件构建"药材-成分-靶点"网络,运用DAVID对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。通过分子对接评价"药材-成分-靶点"网络中核心成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果金花清感颗粒"药材-成分-靶点"网络包含154个化合物和276个相关靶点,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等。GO功能富集分析得到278个条目,主要涉及ATP结合、转录因子活化、细胞凋亡进程调控等。KEGG通路富集得到127条信号通路,涉及TNF、PI3K/Akt及HIF-1等与肺损伤保护相关通路。分子对接显示金花清感颗粒中芒柄花黄素、豆甾醇、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素等核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的亲和作用较好。结论金花清感颗粒可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等靶点调节相关信号通路,从而防治COVID-19。     

基于网络药理学和分子对接技术的款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中的作用分析

目的采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中发挥的作用。方法基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用SwissTargetPrediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接。结果款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个(P0.05),其中包括生物过程(BP)条目325个、细胞组成(CC)条目44个、分子功能(MF)条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示异绿原酸B(3,4-dicaffeoylquinicacid)和异绿原酸C(4,5-dicaffeoylquinic acid)与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论款冬花中主要化合物能通过与SARS-Co V-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液抑制新型冠状病毒肺炎炎症风暴机制

目的:基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)炎症风暴的作用机制。方法:利用TCMSP数据库获取热毒宁注射液的活性成分及对应靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选COVID-19的预测靶点。将药物靶点与疾病靶点映射获取共同靶点,利用String数据库及Cytoscape3.7.2软件构建蛋白质相互作用网络图,通过Metascape数据库进行GO分析及KEGG通路富集分析预测其作用机制。利用Autodock将关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:热毒宁注射液-成分-靶点网络图中包含活性成分50个,相应靶点127个;关键靶点涉及IL-6、TNF、CCL2、MAPK1等;GO分析及KEGG富集分析通路得到1 367个,其中主要涉及氧化应激反应通路、MAPK信号通路、趋化因子通路等炎症风暴相关通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶均有较好的结合力,槲皮素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇、异鼠李素与ACE2有较好的结合力。结论:热毒宁注射液的槲皮素、山柰酚等关键活性成分通过干预白介素信号通路、趋化因子通路、MAPK信号通路、氧化应激反应等通路发挥抗COVID-19炎症风暴作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的玉屏风散防治新型冠状病毒肺炎活性化合物研究

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨玉屏风散防治新型冠状病毒肺炎的活性化合物。方法:通过TCMSP数据库检索玉屏风散中黄芪、防风、白术的活性化合物,并筛选出药物成分作用靶点;通过Uniprot、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因。通过Cytoscape 3.7.2软件和STRING数据库构建药物-化合物-靶点网络、靶标蛋白互作PPI网络。利用DAVID数据库对核心靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析,预测其作用机制。最后将重要活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果:药物-化合物-靶点网络中包含药物3个、化合物30个和相应靶点115个。GO功能富集分析得到GO条目1 595个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目1 372个,细胞组成(CC)条目78个,分子功能(MF)条目145个。KEGG通路富集筛选得到121条信号通路(P<0.05),涉及前列腺癌、乳腺癌、胃癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌等。分子对接结果显示玉屏风散中山柰酚、黄花菜木脂素A、常春配基等核心活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶和ACE2具有一定的亲和力。结论:玉屏风散中的核心活性化合物能通过与ACE2结合作用于ESR1、AR、PTGS2等靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨半夏-藿香抗新型冠状病毒肺炎作用机制

目的:基于网络药理学筛选半夏-藿香药对治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、核心靶点、信号通路。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选半夏-藿香药对活性成分和靶点,与GeneCards、NCBI数据库中COVID-19基因集相互映射获取关键靶点,同时通过STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建关键靶点相互作用网络。利用DAVID数据库进行基因本体（GO）-生物过程(BP)及KEGG通路富集分析,获得分子对接证据支持。结果:半夏-藿香药对有效活性成分24个,关键靶点45个,共富集出生物过程、细胞组分和分子功能条目443条,通路103条。分子对接结果显示在半夏-藿香药对中,与3CLpro结合最好的是β-谷甾醇;与血管紧张素转换酶2结合最好的为槲皮素。结论:半夏-藿香药对关键化合物可能从结构上作用于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)入侵及从多成分多靶点多通路抑制细胞因子风暴,广谱抗病毒、抑菌及免疫调节,干预网状激活系统起到治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接方法的疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制与活性成分研究

目的采用网络药理学与分子对接法探索疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制与活性成分。方法借助TCMSP数据库检索疏风解毒胶囊组成药材板蓝根、虎杖、连翘、芦根、败酱草、马鞭草、柴胡、甘草的化学成分和作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库剔除可能性为0的靶点。以"冠状病毒(coronavirus)""肺炎(pneumonia)""咳嗽(cough)""发热(fever)"为检索词在GeneCards及OMIM数据库中检索疾病相应靶点。通过Uniprot数据库校正靶点名称,取疏风解毒胶囊与疾病靶点交集,进而运用Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化合物-靶点网络进行可视化,通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测交集靶点作用机制,并绘制柱状图及气泡图进行可视化。然后将所有化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行对接,选取结合能最小的前5个化合物与血管紧张素转化酶II(ACE2)进行对接。结果中药-化合物-靶点网络包含了8种中药,157个化合物和相应靶点260个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AR等。GO功能富集分析得到条目393个(P0.05),KEGG通路富集分析筛选得到139条信号通路。分子对接结果显示6-(3-氧吲哚-2-亚立德)吲哚[2,1-b]喹唑啉-12-酮、荷包牡丹碱、大黄素甲醚葡萄糖苷、双氢轮叶十齿草碱和甘草异黄烷酮5个核心化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的结合能较推荐化学药小。结论疏风解毒胶囊中的化合物能通过与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合作用于PTGS2、ESR1、AR等靶点调节人巨细胞病毒感染、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、IL-17信号通路等信号通路、小细胞肺癌等发挥治疗COVID-19作用。     

基于网络药理学和分子对接技术芩苏胶囊干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质预测分析

目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索出芩苏胶囊中4味药材(黄芩、紫苏子、苦参和丹参)所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneCards和OMIM数据库,筛选出COVID-19相关靶点,得到与芩苏胶囊有效成分作用的共同靶点,采用String数据库构建PPI网络;借助Cytoscape3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络;运用DAVID数据库对相关靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析;通过分子对接技术评价"中药-成分-靶点"网络中核心成分与COVID-19的3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果芩苏胶囊"中药-成分-靶点"网络121个化合物和274个相关靶点,包含14个核心化合物和33个核心靶点。GO功能富集分析得到527个条目,主要涉及药物应答、炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG路富集共得到111条信号通路,筛选得到20条信号通路,涉及乙型肝炎、甲型流感、肺结核等与病毒感染相关的通路。分子对接表明,芩苏胶囊中14个核心成分与COVID-19的3CL水解酶和ACE2的亲和作用较好。质谱指认出芩苏胶囊中5个成分可能是防治COVID-19的核心成分。黄芩素、汉黄芩素、隐丹参酮、丹参酮ⅡA和木犀草素是芩苏胶囊治疗COVID-19的核心药效物质。结论芩苏胶囊可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于IL-6、TNF和TP53等关键靶点调节多条信号通路,从而对COVID-19起到治疗作用。     

十神汤治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学探寻十神汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分、关键靶点和作用机制,为该方的临床应用提供参考。方法:采用TCMSP数据库检索十神汤中葛根、升麻、陈皮、甘草、川芎、紫苏叶、白芷、麻黄、赤芍、香附的化学成分和作用靶点,并通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,通过度值(Degree)筛选关键靶点、通过DisGeNET数据库对关键靶点所属的类型进行归属;运用Cytoscape 3.7.2软件构建、分析网络;使用DAVID数据库对十神汤治疗COVID-19关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析,以探究其作用机制。结果:十神汤中的中药大多归肺、脾经,共有活性化合物213个,其265个靶点中有73个靶点是与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的受体血管紧张素转化酶2 (ACE2)在结肠中呈现共表达;关键靶点涉及CASP3、MAPK3、EGF、CTNNB1、CASP8、BCL2L1等;GO分析得到GO条目136个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目91个,细胞成分(CC)条目21个,分子功能(MF)条目24个;KEGG通路富集筛选得到61条信号通路(P<0.05),主要涉及细胞凋亡、MAPK、Ras信号通路等。结论:十神汤可能以多成分、多靶点形式调控与ACE2共表达的蛋白以及细胞凋亡、MAPK、Ras信号通路,发挥抑制COVID-19患者炎症反应、缓解肺损伤的作用,从而达到治疗COVID-19的目的。     

醒脑静注射液保护新型冠状病毒致神经系统损害的功效网络分析与机制预测

目的探寻醒脑静注射液(XNJI)保护新型冠状病毒(SARS-CoV-2)致神经系统损害的活性成分、靶点及通路,以期阐述其作用机制。方法利用TCMSP、BATMAN、Swiss Target Prediction等数据库检索醒脑静注射液的中药的化学成分和作用靶点,使用Cytoscape软件分别构建醒脑静注射液"中药-活性成分-相关靶点"功效作用网络,通过GO富集和KEGG通路注释分析预测潜在的作用机制,并将醒脑静注射液中核心成分与SARS-CoV-2 3CL Mpro、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、2019-nCoV RBD/ACE2-B0AT1 complex进行分子对接验证。结果筛选出醒脑静注射液105个活性成分,928个药物靶点,741个冠状病毒靶点,611个神经保护靶点,得到药物-疾病共同靶点83个,核心成分12个,关键靶点7个。GO富集分析共得到204个条目,KEGG注释分析共得到120条信号通路,涉及乙型肝炎通路、致癌通路、TNF、HIF-1及VEGF信号通路等。分子对接结果显示醒脑静注射液核心成分与3CL Mpro、ACE2、和complex的结合活性较好,其中绿莲皂苷元、山柰酚与3个蛋白的结合能均最低。结论醒脑静注射液中核心成分绿莲皂苷元、山柰酚、5-羟基-6,7,3′,4′,5′-五甲氧基黄酮、异山柰素、桑黄素、栀子黄素A、槲皮素、艾黄素、染料木素、龙脑香内酯、姜黄素、榄香素等可能通过作用PARP1、PTGS2、MMP9、CDK2、ADORA2A、ALOX5、GSK3B等关键靶点,干预多种信号通路,调控炎症反应、细胞凋亡、氧化应激、血管生成等过程改善SARS-CoV-2对神经系统的损害,还可能与3CLMpro、ACE2和complex结合以抑制病毒复制及对宿主细胞的感染,提示醒脑静注射液可能对SARS-CoV-2引发的神经系统损害具有积极的治疗作用。     

以血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2）为受体挖掘治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）潜在中药及单体成分

目的以血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)为受体探讨中药及单体成分治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索作用于ACE2受体的中药及单体成分。通过UniProt、GeneCards等数据库查询中药单体成分作用靶点对应的基因名,进而运用Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果葛根素-靶点网络中靶点54个,关键靶点涉及AKT1、VEGFA、TNF等。GO功能富集分析得到GO条目554个(P0.05),其中生物过程(BP)条目486个,细胞组成(CC)条目26个,分子功能(MF)条目42个。KEGG通路富集筛选得到162条信号通路(P0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肾素-血管紧张素系统通路等。分子对接结果显示葛根素与ACE2和新型冠状病毒(SARS-CoV-2)水解酶的亲和力与推荐用药相近。结论葛根素与ACE2结合作用于AGTR1、NOS3、HIF1A等靶点调节多条信号通路,从而可能对COVID-19有治疗作用。     

小柴胡汤治疗早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)邪热郁肺、枢机不利证功效网络分析与机制预测

目的研究小柴胡汤在治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)邪热郁肺、枢机不利证过程中的功效作用网络及潜在机制,分析方剂中抗新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的活性成分。方法首先查阅文献分析COVID-19邪热郁肺、枢机不利证与小柴胡汤适应证的方证对应关系,继而运用网络药理学技术Cytoscape3.6.0等软件分别构建小柴胡汤"中药方剂-活性成分-关键靶点"功效作用网络,并确认方中抗SARS-CoV-2活性成分,从多方面分析小柴胡汤治疗早期COVID-19邪热郁肺、枢机不利证的功效作用及机制。结果已有文献报道中药潜在抗SARS-CoV-2活性成分48个;共分析出小柴胡汤中治疗肺炎、调节免疫的活性成分140个,其中黄芩素、芒柄花素、槲皮素等12个成分具有潜在抗SARS-CoV-2活性。小柴胡汤中活性成分通过IL-6、NOS2、ESR1等95个关键靶点进行肺炎治疗和免疫调节,涉及TNF信号通路、IL-17信号通路、甲型流感等多条通路。基因共表达和蛋白-蛋白互相作用(PPI)分析发现,血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)仅与上述靶点中NOS2具有共表达,并且在PPI互作网络中也仅与5个靶点有相互作用关系,推测ACE2靶点仅在SARS-CoV-2入侵人体的时候起到重要作用,而在病毒感染后的肺炎治疗中作用甚微。结论小柴胡汤中活性成分在抑制SARS-CoV-2活性、阻断SARS-CoV-2入侵途径、抑制炎症风暴、调节机体免疫等多方面发挥治疗COVID-19的作用;值得注意的是针对ACE2靶点设计药物可阻断病毒入侵,但对肺泡内炎症等病变疗效可能不佳,因此,这也为小柴胡汤对早期COVID-19治疗提供了多靶点、多向性空间。另外,小柴胡汤用于治疗早期COVID-19时尤应注意精准辨证用药,一是避免产生不良反应,二是避免加重COVID-19病情出现细胞因子损伤。     

Exploration of Hanshi Zufei prescription for treatment of COVID-19 based on network pharmacology

Objective: Network pharmacology combines drug and disease targets with biological information networks based on the integrity and systematicness of the interactions between drugs and disease targets. This study aims to explore the molecular basis of Hanshi Zufei formula for treatment of COVID-19 based on network pharmacology and molecular docking techniques. Methods: Using TCMSP, the chemical constituents and molecular targets of Atractylodis Rhizoma, Citri Reticulatae Pericarpium, Magnoliae Officinalis Cortex, Pogostemonis Herba, Tsaoko Fructus, Ephedrae Herba, Notopterygii Rhizoma et Radix, Zingiberis Rhizoma Recens, and Arecae Semen were investigated. The predicted targets of novel coronavirus were screened using the NCBI and GeneCards databases. To further screen the drug-disease core targets network, the corresponding target proteins were queried using multiple databases (Biogrid, DIP, and HPRD), a protein interaction network graph was constructed, and the network topology was analyzed. The molecular docking studies were also performed between the network’s top 15 compounds and the coronavirus (SARS-CoV-2) 3CL hydrolytic enzyme and angiotensin conversion enzyme II (ACE2). Results: The herb-active ingredient-target network contained nine drugs, 86 compounds, and 49 drug-disease targets. Gene ontology (GO) enrichment analysis resulted in 1566 GO items (P < 0.05), among which 1438 were biological process items, 35 were cell composition items, and 93 were molecular function items. Fourteen signal pathways were obtained by enrichment screening of the KEGG pathway database (P < 0.05). The molecular docking results showed that the affinity of the core active compounds with the SARS-CoV-2 3CL hydrolase was better than for the other compounds. Conclusion: Several core compounds can regulate multiple signaling pathways by binding with 3CL hydrolase and ACE2, which might contribute to the treatment of COVID-19.     

基于分子对接与网络药理学预测防治新冠肺炎高频藏药潜在活性成分及其作用机制＊

目的 基于分子对接和网络药理学方法，探究西藏自治区、青海地区高频藏药防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分及作用机制。方法 从西藏自治区、青海省级卫生健康部门发布的防治COVID-19藏医方剂中筛选高频藏药，在TCMSP等数据库中搜集整理高频藏药成分及作用靶点，在GeneCards数据库检索整理COVID-19相关蛋白。通过pubchem数据库下载高频藏药成分3D结构，采用AutoDock Vina将其与新型冠状病毒SARS-CoV-2、血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2）两种蛋白结构进行分子对接。其次，通过STRING富集分析潜在活性成分与疾病交集蛋白、疾病自身相关蛋白的GO功能和KEGG通路，预测其防治COVID-19的可能机制。最后，预测潜在活性成分的药代动力学（ADME）特征，分析其研究应用价值。结果 筛选出26个高频藏药中与SARS-CoV-2结合能 < -35 kJ·mol^-1或与ACE2结合能 < -44 kJ·mol^-1的38个成分。其中Leptocarpinine、Dianthramide B、Tiliroside（银锻苷）等12个成分与两种蛋白的亲和力较强，可能防止或抑制新冠病毒蛋白入侵机体。且与COVID-19有31个交集蛋白，可能通过免疫调节、抗炎、提高细胞增殖功能、发挥抗病毒抗菌、抗凋亡等作用而防治COVID-19。结论 西藏自治区、青海地区藏医推荐治疗新冠肺炎方剂中高频藏药具有防治COVID-19的潜在活性成分，其可能作用机制涉及多靶点、多通路，说明了藏医药抗SARS-CoV-2的可行性和科学性，为藏医药广泛用于治疗新型冠状病毒肺炎提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于分子对接柴胡桂枝干姜汤干预初期寒湿郁肺型新型冠状病毒肺炎的活性成分及功效作用机制探讨

目的预测柴胡桂枝干姜汤干预初期寒湿郁肺型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的药效成分及关键靶标,明确其作用机制。方法查阅文献及临床报道,总结COVID-19中医分期、临床表现及柴胡桂枝干姜汤的功用进行方证关系分析。运用TCMSP数据库筛选柴胡桂枝干姜汤中潜在活性成分及相关靶点,PubMed等数据库筛选肺炎、咳嗽、发热相关靶点,借助Cytoscape软件构建"药物-疾病-靶点"的可视化网络图、蛋白互作网络,并通过STRING数据库进行关键靶点的GO和通路(pathway)富集分析,药效成分采用AutoDock与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶蛋白及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果方证关系分析柴胡桂枝干姜汤可奏温阳散寒化湿、兼清郁热、开达膜原之功干预初期寒湿郁肺型COVID-19,通过筛选,预测柴胡桂枝干姜汤中发挥治疗作用主要为156个化学成分作用于159个相关靶点,核心基因有EGFR、TP53、YWHAZ、HSP90AB1、PIK3R1、GRB2等27个,GO和pathway分析柴胡桂枝干姜汤主要参与细胞调节等生物过程及免疫系统相关通路发挥治疗作用,对10个核心成分进行分子对接所得,方中柴胡中柴胡皂苷A、柴胡皂苷D与桂枝中的过氧麦角固醇与SARS-CoV-23CL水解酶蛋白和ACE2有较好的亲和力。结论通过网络药理学与分子对接技术预测柴胡桂枝干姜汤可用于初期寒湿郁肺型COVID-19治疗,方中柴胡、桂枝等中药含有的潜在抗病毒成分可通过调控免疫系统等发挥治疗作用,阐释了中药"多成分-多靶点-多疾病"的作用特点,为临床用药提供理论依据。     

基于网络药理学与化学成分研究的连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）作用机制探讨＊

目的 通过网络药理学与分子对接的方法，根据最新研究进展，探讨连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 纳入相关化学成分研究，从中明确连花清瘟胶囊内所含有的化学成分与入血成分信息；于TCMSP、STITCH数据库搜索药物作用靶点蛋白后使用UniProt数据库进行相关转化；通过GeneCards、DisGeNET、UniProt数据库筛选COVID-19相关靶点，同时利用PubMed数据库搜索SARS-CoV-2病毒全基因组信息；将药物有效成分作用靶点与疾病靶点比对筛选后构建连花清瘟内有效化合物治疗COVID-19的核心成分-靶点相互作用网络图；利用STRING平台对核心靶点进行PPI网络分析，找出关键靶点信息；使用CytoScape插件ClueGo对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析；将核心成分与相关受体通过Autodock Vina软件进行分子对接分析。结果 筛选出连花清瘟胶囊中25个活性成分和146个潜在靶点，新冠肺炎相关靶点为122个，经比对后选出与连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎核心作用靶点为26个；通过PPI网络数据选出IL6、IL10、TNF、CCL2、DPP4等核心靶点，KEGG通路与GO富集分析筛选出17条信号通路，7个相关的生物进程；分子对接结果显示大黄素、芦荟大黄素、山奈酚、芦丁等成分同与ACE2结合的SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域结合能较强。结论 通过网络药理学证实了连花清瘟胶囊多成分、多靶点、整体调节的作用特点，预测了LQC治疗COVID-19的主要可能的作用机制，为其活性成分研究和实验研究提供理论依据，并有助于阐明连花清瘟胶囊对新冠肺炎的治疗原理。     

基于网络药理学及高通量分子对接研究金花清感颗粒中结合SARS-CoV-2特定靶蛋白的活性化合物干预COVID-19的潜在分子机制＊

目的 运用网络药理学及高通量分子对接技术，筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体蛋白结合活性较好的有效化合物，并对其干预COVID-19的机制进行预测。方法 本研究利用TCMSP数据库及高通量分子对接技术筛选金花清感颗粒中与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体对接活性较高的的活性化合物，并获取其对应靶标，利用STRING数据库进行靶标的蛋白网络互作，运用数据包进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，预测其作用机制。结果 金花清感颗粒共筛选有效活性化合物276种，涉及靶标基因325个。“药物-活性化合物-靶标”网络图中筛选出关键化合物11个，高通量分子对接筛选得到与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体结合活性较好的8个化合物，其靶基因的PPI网络主要涉及AKTI、HSP90AA1、RELA等核心靶蛋白。KEGG富集分析获得94条相关通路，主要包括卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、丙型肝炎、麻疹、人巨细胞病毒感染、EB病毒感染等病毒相关通路以及IL-17通路、TNF通路、AGE-RAGE等途径。结论 金花清感颗粒中3-甲氧基光甘草定、粗毛甘草素C、甘草查尔酮B等活性成分与人类新型冠状病毒3CL水解酶及ACE2受体酶结合活性较强，并且通过多种生物学途径及通路发挥干预COVID-19的作用。