中国大陆新发现丙型肝炎病毒3′非编码区终止密码子变异

目的获得全长中国大陆1b型丙型肝炎病毒(HCV)3′非编码区(3′UTR)cDNA,并分析一级结构的变异,为进一步研究其在HCV复制、翻译中的调控机制和开发新的抗HCV药物奠定基础。方法利用逆转录套式聚合酶链反应(RT-PCR)限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)初步筛选出1例1b型HCV感染者,采用半套式RT-PCR法扩增出约400bp的cDNA片段,克隆测序。结果获得的全长1b型HCV3′端序列,由高变区、Poly(u)区、Poly(u/c)区及98碱基区4部分组成;首次发现终止密码子突变由TGA突变为TGG,可导致NS5B的翻译不能及时终止。结论半套式RT-PCR法可有效获得病毒基因组的全长末端序列;首次报道终止密码子突变导致NS5B区延长,3′UTR缩短。该发现对了解HCV的复制和翻译机制可能有一定的理论和实践意义。     

丙型肝炎病毒1b型NS3基因扩增方案的改进

目的优化扩增武汉地区HCV1b型患者HCV非结构蛋白3(NS3)的cDNA,并进行测序。方法从患者血清中提取HCVRNA,采用型特异性引物扩增分型法检测HCV患者基因分型。设计3对外侧引物和3对内侧引物,采用套式PCR技术(方案一)分别扩增HCV1b型患者的HCVNS33个区段,然后用3对内侧引物进行测序。为了优化NS3扩增和测序效果和减少操作繁琐,对引物进行改进,设计1对外侧引物和1对内侧引物,采用改进的套式PCR技术(方案二)直接扩增HCV1b型患者的HCVNS3区,然后用3个正向引物和1个逆向引物进行测序。结果改进的套式PCR技术(方案二)与套式PCR技术(方案一)相比,操作较为简单,而且扩增效率增高,扩增效果较好。结论采用改进的套式PCR技术(方案二)扩增和测序HCVNS3区更迅速、有效、实用。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白5A反式激活基因8的克隆化研究

目的 丙型肝炎病毒(HCV)的非结构蛋白5A(NS5A)是一种具有显著反式激活作用的病毒蛋白质。为了探索HCV NS5A病毒蛋白反式激活作用的新的靶基因，我们应用抑制性消减杂交(SSH)技术对于转染和未转染的肝母细胞瘤细胞系HepG2进行分析。研究结果将有助于阐明HCV感染相关疾病的发病机制。方法 以HCV NSSA表达质粒peDNA3．1(-)-NSSA转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行SSH分析。对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段，与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性，利用表达序列标签(EST)序列的搜索和比对，进行电子拼接。根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列，确定新型基因序列。结果 结果从HepG2细胞提取总RNA，多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，测序证实，命名为NSSATP8在GenBank中注册，注册号为．AF529369.NSSATP8基因的编码序列全长为1449(nt)，编码产物由483个氨基酸残基(aa)组成。结论 HCV NS5A反式激活新型靶基因NSSATP8筛选与克隆，进一步研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

丙型肝炎病毒调节基因结合蛋白的研究

0 引言 丙型肝炎病毒(HCV)是一种单股正链RNA病毒,其基因组的长度约10千碱基对(kb),其中含有唯一的开放读码框架(ORF)1-4].在其基因组RNA翻译起始点的上游,有一段341个核苷酸(nt),称为5'非翻译区(5'-NTR),控制着HCV基因组的翻译过程[5-7].HCV的3'-非翻译区(3'-NTR)的核苷酸序列自身能够相互结合以形成复杂的二级结构,与一系列蛋白质因子结合,形成病毒复制过程所必须的复制酶(replicase)复合物[8-10].HCV 3'-NTR结合的蛋白质因子除了其自身编码的RNA依赖性RNA聚合酶(NS5B)以外,还能够与感染宿主细胞的某些蛋白进行结合,以决定HCV的复制过程.HCV还必须借助病毒感染的靶细胞的一些蛋白质分子[11-13].     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS5A反式激活基因NS5ATP9的克隆化研究

目的 筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白5A(NS5A)反式激活新型靶基因，研究HCV NS5A反式激活作用的分子生物学机制。方法 应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术，以HCV NS5A表达质粒pcDNA3．1(-)-NS5A转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段，与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性，利用表达序列标签(EST)序列数据库的搜索和比对，进行电子拼接，根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列，确定新型基因序列。从HepG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，并测序证实，命名为NS5ATP9，在GenBank中注册，注册号为AF529370。结果 Ns5ATP9基因的编码序列全长为336个核苷酸(nt)，编码产物由111个氨基酸残基(aa)组成，并成功的克隆化。结论 HCVNS5A反式激活新型靶基因NS5ATP9的筛选与克隆，为进一步研究HcvNs5A反式激活作用的分子生物学机制开辟了新的研究方向。     

广西地区HCV 1b型感染者NS5B区基因耐药多态性分析

目的分析我国广西地区HCV 1b型感染者NS5B区耐药基因相关变异(RAV)的发生率及不同性别间的差异。方法选取2016年4月-2018年9月广西医科大学第一附属医院收治的60例HCV 1b型感染初治患者,留取基线血清样本,采用巢式聚合酶链式反应扩增NS5B区片段并进行基因测序,测序结果与基因库标准株进行比对。不同性别患者间的年龄、HCV RNA、ALT和AST水平比较采用t检验,耐药位点变异率采用Fisher确切概率法检验。结果入选的60例患者中,55例获得完整的NS5B区序列信息,RAV发生率为96. 3%,其中C316 (94. 5%)、A338(70. 9%)、T19(74. 5%)为主要的变异位点,同时检测到C316+T19、C316+T19+A338等多位点联合突变。男性RAV发生率为95. 8%(23/24),女性为96. 8%(30/31),差异无统计学意义(P=1. 000)。结论广西地区HCV 1b型感染者NS5B区存在较高的RAV发生率,既有单位点突变,也存在多位点联合突变,且不同性别间RAV发生率无明显差异。     

丙型肝炎病毒调节基因区结合蛋白的研究

0引言丙型肝炎病毒(HCV)是一种单股正链RNA病毒,其基因组的长度约10千碱基对(kb),其中含有唯一的开放读码框架(ORF)[1-4].在其基因组RNA翻译起始点的上游,有一段341个核苷酸(nt),称为5'非翻译区(5'-NTR),控制着HCV基因组的翻译过程[5-7].HCV的3'-非翻译区(3'-NTR)的核苷酸序列自身能够相互结合以形成复杂的二级结构,与一系列蛋白质因子结合,形成病毒复制过程所必须的复制酶(replicase)复合物[8-10].HCV3'-NTR结合的蛋白质因子除了其自身编码的RNA依赖性RNA聚合酶(NS5B)以外,还能够与感染宿主细胞的某些蛋白进行结合,以决定H…     

山东省丙型肝炎病毒分离株NS5区核苷酸序列分析

目的：了解山东省丙型肝炎病毒（HCV）分离株的基因型及其基因的变异情况，方法：应用德国UBI HCV EIA 4．0诊断试剂盒筛选山东省部分地区64例临床检验为抗－HCV阳性的血清标本，有54例阳性，随意抽取其中28例，应用逆转录套式－聚合酶链反应（RT－nested-PCR)扩增319bp的HCV NS5区基因片段，结果12例出现特异性条带，随后将这12个NS5区片段直接进行T载体克隆，并用Sanger法对克隆成功的10个NS5区基因片段进行序列测定，将所得到的10个序列与GenBank中所有的HCV分离株进行同源性比较。结果：10例山东省部分地区HCV分离株的基因型均属于HCV－1b型，对获得的10个NS5区片段进行是性分析发现，所有的核苷酸变化都是由于替代作用引起的，没有碱基的插入和缺失；大部分的突变属于同义突变，占突变总数的74％。RNA－依赖性RNA聚合酶的G－D－D基序和所有的半胱氨酸都完全保守，结论：本研究证明了HCV－1b型是山东省部分地区主要的基因型。     

基于核心基因、非结构基因5B序列的丙型肝炎病毒基因分型法与线性探针技术对广东地区慢性丙型肝炎患者基因分型的比较

目的 利用核心基因(core)、非结构基因5B(NS5B)序列与线性探针技术(LiPA)研究广东地区慢性丙型肝炎患者HCV的基因型分布,探讨LiPA基因分型的准确性.方法 分别采用core和NS5B片段序列和INNO-LiPA 2.0对广东地区110例慢性丙型肝炎患者进行基因分型.使用SPSS 10.0统计软件对数据进行分析,两样本间的比较采用x2检验.结果 110份HCV样本中有97份扩增到core区段序列,62份扩增到NS5B区段序列,同时扩增到core、NS5B序列的样本有57份.core与NS5B序列的分型结果一致,102份标本被分为1b、2a、3a、3b、6a 5个亚型,分别占61.8％、9.8％、3.9％、3.9％和20.6％.在基因型水平,除6型外,其他基因型均能通过INNO-LiPA2.0正确分型;在亚型水平,除1b和3b型,其他亚型未能被准确区分,其中81.5％的6a型被错分为1b型.结论 6a型已成为广东地区慢性丙型肝炎患者中第二大基因型,LiPA技术是否能准确区分6a型与1b型,有待进一步研究.     

庚型肝炎病毒多聚蛋白的翻译及基因变异研究进展

庚型肝炎病毒(HGV)是单股正链RNA病毒,其基因结构及保守序列类似于黄病毒科的成员。HGV基因组全长约9400个核苷酸(nt),与HCV相似,在5’端和3’端各有一段非翻译区(UTR),一个大开放读码框架(ORF)编码约2900个氨基酸的多聚蛋白前体,其氨基端(N端)和羧基端(C端)分别为结构蛋白(C、E1、E2)和非结构蛋白(NS2、NS3、NS4a/b、NS5a/b)。NS3区编码丝蛋白酶、解旋酶,NS5区编码RNA聚合酶。HGV与HCV全序列氨     

State of knowledge of helminth fauna of freshwater fishes of Poland

A total 89 fish and lamprey species has been recorded from Polish freshwater habitats. Twenty-seven of them (30.3%) have not been surveyed for parasitic helminthes. Some of the latter fishes are either rare or not easily accessible. Other live only in specific habitats in scattered localities. An important obstacle for studying parasite faunas of some fishes may be their status on an endangered species. Among the non-surveyed fishes, are those which have been relatively recently introduced to Poland or migrated there on their own. The present paper attempts to review all hitherto not studied helminthologically fish species, their habitats, localities and current protection status.