IgA肾病肾阴虚证cDNA文库的构建

目的应用抑制性消减杂交（suppression subtractive hybridization,SSH）技术构建汉族人IgA肾病肾阴虚证cDNA消减文库。方法选择IgA肾病且中医辨证为肾阴虚证的患者以及正常人作为其对照组,进行正向和反向消减杂交。采用Trizol BD法提取总RNA,用SMART技术逆转录并扩增总cDNA,用RsaⅠ酶切基因组cDNA成大小不等的片段,分别与两种不同的接头连接,进行2次消减杂交及2次抑制性PCR,然后将PCR产物与U载体连接,经蓝白斑筛选后,再用PCR方法插入片段筛选出阳性重组质粒,构建IgA肾病肾阴虚证消减文库。结果用SSH方法筛选出了IgA肾病肾阴虚证的差异cDNA片段,其中正向消减文库共获得325个阳性克隆．反向消减文库获得306个阳性克隆,从而成功地构建了IgA肾病肾阴虚证的cDNA消减文库。结论SSH技术能够快速有效地分离差异cDNA片段,成功构建了IgA肾病肾阴虚证的cDNA文库,为进一步克隆肾阴虚证的相关基因奠定了基础。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS4A反式激活基因的克隆化研究

目的应用抑制性消减杂交（SSH）技术构建丙型肝炎病毒非结构蛋白4A（HCV NS4A）转染细胞差异表达cDNA消减文库，克隆HCV NS4A蛋白反式激活相关基因。方法以HCV NS4A表达质粒pcDNA3．1（-）-NS4A转染Hep G2细胞，以空载体pcDNA3．1（-）为对照，制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为cDNA，进行SSH分析。将富集的二次PCR产物与TIA载体连接，并转染大肠埃希菌进行文库扩增，随机挑取克隆，聚合酶链反应（PCR）扩增后进行测序及同源性分析。结果文库扩增后得到36个阳性克隆，经菌落PCR分析显示200～1000bp插入片段。对其中的25个片段测序，并进行同源性分析，显示18种已知基因编码蛋白和2种未知功能基因序列，包括一些与细胞周期、细胞凋亡、信号传导及肿瘤发生等细胞生长调节密切相关的蛋白编码基因，可能是NS4A反式激活靶基因。结论成功构建了HCV NS4A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，为进一步阐明HCV NS4A反式调节的靶基因等提供了相关的平台。     

应用抑制性消减杂交技术克隆PS1TP1的反式激活基因

目的 应用抑制性消减杂交（SSH）技术构建乙型肝炎病毒（HBV）前-S1蛋白（preS1）反式激活蛋白1（PS1TP1）的相关基因cDNA消减文库,克隆PS1TP1反式激活相关基因,以期发现PS1TP1蛋白反式激活作用的靶位点.方法 以PS1TP1表达质粒PcDNA3.1（-）-PS1TP1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1（-）为对照;提取mRNA并逆转录为cDNA,进行两次消减杂交及两次抑制性PCR,将产物与pGEM-Teasy载体连接,构建cDNA消减文库.结果 文库扩增后得到90个阳性克隆,随机挑选43个克隆测序,并进行同源性分析,获得12种编码基因,其中10个为已知功能基因,另外2个为未知功能序列.结论 成功构建PS1TP1反式激活的相关基因cDNA消减文库,为今后进一步分析、研究病毒蛋白的致病机制奠定基础.为进一步研究PS1TP1蛋白的功能及其在HBV感染中的分子生物学机制提供理论依据和研究方法.     

应用抑制消减杂交技术构建结核分枝杆菌差异表达基因消减cDNA文库

目的:构建结核分枝杆菌H37Rv与H37Ra的差异表达基因消减文库,分离结核分枝杆菌差异表达cDNA片段.方法:利用抑制性消减杂交技术分析结核分枝杆菌强毒株H37Rv和弱毒株H37Ra的基因组mRNA的表达差异,并进行两轮消减杂交和两次PCR,将第二次PCR产物与pGEM-T载体相连,电击转化大肠杆菌E.coff DH5α进行文库扩增和蓝白斑筛选,RT-PCR承鉴定差异表达文库.结果:以结核分枝杆菌强毒株H37Rv的cDNA为检测子的正相杂交和以弱毒株H37Ra的cDNA为检测子的反相杂交各自高表达或特异性表达的片段都得到选择性扩增,成功构建了差异表达cDNA文库 A库和B库.所长出的菌落中90%为白色克隆,其中单一条带的克隆占75%和80%,片段大小集中在100～800 bp之间.结论:利用SSH技术成功构建了结核分枝杆菌强毒株H37Rv和弱毒株H37Ra差异表达基因消减cDNA文库,该消减文库的建立为进一步筛选、克隆这两种菌株之间差异表达的新基因奠定了基础.     

高温致金黄地鼠神经管畸形的上调表达基因筛选及其鉴定

目的:筛选高温致金黄地鼠神经管畸形的上调表达基因,探讨其分子生物学机制。方法:通过抑制性消减杂交技术获得消减产物,转化大肠杆菌DH5α,构建高温致金黄地鼠胚胎神经管畸形的消减cDNA文库;联合蓝白斑和菌落PCR方法筛选含插入片段的阳性克隆,进行测序和同源性分析,并经Northern杂交技术检测基因的表达。结果:成功构建高温致金黄地鼠胚胎神经管畸形的消减cDNA文库,其中2个克隆插入片段的基因序列与小鼠磷酸甘油酸酯激酶(Pgk-1)同源。Northern杂交证实该基因在高温致畸胚胎神经管的表达较其在同龄正常胚胎神经管明显升高。结论:Pgk-1的上调表达可能与高温致神经管畸形密切相关。     

构建不稳定型心绞痛淋巴细胞差异表达cDNA消减文库

目的:构建不稳定型心绞痛淋巴细胞差异表达cDNA消减文库。方法:将不稳定型心绞痛病人(n=15)和稳定型心绞痛病人(n=15)的淋巴细胞的RNA进行抑制性消减杂交(SSH), 将获得的顺向和逆向消减产物分别与T/A载体连接, 采用1×TSS一步法转化大肠杆菌JM109, 获得消减cDNA文库, 采用蓝白斑筛选和菌落PCR筛选有插入片段的克隆。结果:各组cDNA文库各获得2000个阳性克隆, cDNA片段大部分分布于(200-600)bp之间。结论:本研究构建了不稳定型心绞痛淋巴细胞消减cDNA文库, 此cDNA文库有助于进一步筛选不稳定型心绞痛淋巴细胞中的差异表达基因。     

应用抑制性消减杂交技术筛选HBeAg蛋白结合蛋白E36的上调基因

目的应用酵母双杂交及生物信息学(bioinformatics)技术获得HBeAg蛋白结合蛋白HBEBP36(E36),为了解该基因的反式调节机制,利用抑制性消减杂交技术筛选并克隆E36蛋白反式激活的靶基因。方法E36基因表达质粒pcDNA3·1/myc-his(A)(-)-E36转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3·1/myc-his(A)(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应,将产物与pGEM-TEasy载体连接,构建cDNA消减文库,转化大肠埃希菌进行文库扩增,随机挑选30个克隆进行测序及同源性分析。结果成功构建人E36基因反式激活基因差异表达的cDNA消减文库。随机挑选的30个克隆测序后得到27个序列,它们代表17种编码基因,包括ATP合酶、ADP/ATP转运体、NADH脱氢酶、乳酸脱氢酶、核糖体蛋白L23、核糖体蛋白S21、核糖体蛋白L2、胰岛素样生长因子结合蛋白6、甲基转移酶类似物7A、CD46抗原、间质抗原2、转录激活因子4、真核转录延伸因子1α、人微管蛋白α、肌动蛋白α,和2个未知片段。结论E36上调HepG2细胞中的17种基因,它们参与能量代谢、蛋白合成、免疫功能调节等生理过程。     

大鼠肝细胞热适应差异表达基因消减文库的构建与鉴定

目的: 构建大鼠肝细胞热适应差异表达基因消减文库。方法: 实验采用热适应大鼠模型、常温对照。提取肝组织mRNA,反转录cDNA并酶切、接头连接后分别以其中一组cDNA片段为tester, 另一组为driver进行抑制性消减杂交(SSH)构建消减文库。PCR扩增文库和未消减对照样品中的G3PDH基因以对比评估文库特异性。初步分离、筛选以评估文库的可靠性。结果: PCR证实文库中G3PDH丰度大幅低于对照组,说明文库特异性较高。从文库中分离获得300个目的基因片段, 其中27个经鉴定为差异表达基因, 证实文库高效可靠。结论: 通过构建优质的热适应差异表达基因消减文库, 为深入研究热适应机理奠定了基础。     

肝癌组织差异表达基因cDNA序列的筛选与鉴定

目的：筛选并鉴定肝癌组织特异表达基因。方法：通过菌落原位杂交技术筛选用抑制消减杂交法构建肝癌与癌旁肝组织差异表达基因消减cDNA文库，用PCR方法进一步筛选出有插入片段的阳性克隆，将阳性克隆进行DNA测序和同源性比较分析，用Northern印迹方法对新的cDNA序列进行初步鉴定。结果：从消减文库中随机挑取的100个白色克隆中筛选出13个阳性克隆，DNA测序获得11个不同的cDNA序列；同源性比较分析表明，6个cDNA片段与在基因高度同源，5个cDNA片段为新的序列。其长度大于300bp的3个新序列，Norther印迹证实它都来源于肝癌组织。结论：用抑制消减杂交方法构建的肝癌差异表达基因消减cDNA文库富含肝癌特异表达基因，经验证的3个新的cDNA序列可能为肝癌特异的基因序列。     

骨质疏松症骨组织cDNA差减文库的构建

目的构建人抑制差减文库,为筛选骨质疏松骨相关基因奠定基础。方法分别从正常骨和骨质疏松症骨组织分离mRNA并反转录成cDNA,酶切后骨质疏松cDNA分成两组,分别与不同的接头连接。经过两轮差减杂交和两次抑制性PCR后得到两者之间差异表达的cDNA挑取克隆进行PCR扩增鉴定。结果成功地构建了骨质疏松相关的的差减cDNA文库,获得的正、反向差减文库分别含652、345个重组子;插入片段的平均大小为526bp。结论该差减cDNA文库的建立为进一步在分子水平上阐明骨质疏松症的分子机制奠定了基础。     

利用ssh对胰腺癌中TGF-β1的SMAD4非依赖性途径的研究

目的 筛选胰腺癌中TGF-β1的smad4非依赖性途径作用的相关基因,初步探讨TGF-β1在肿瘤发生、发展过程中的作用机制.方法 应用抑制性消减杂交技术,构建TGF-β1作用后差异表达的cDNA消减文库,采用反向Northern blot的方法鉴定是否存在差异表达的基因,对插入片段测序后进行blast的同源性搜索.结果 筛选出TGF-β1作用后上调表达的基因10个,下调表达的基因12个,其中13条具有已知功能,9条为未知基因.体外刺激试验也验证了结果中的PKC-α是随着TGF-β1浓度的升高而表达增强.结论 TGF-β1作用相关的cDNA消减文库的建立为进一步研究其smad4非依赖性途径与胰腺癌发生、发展的分子机制提供了实验依据.     

血管生成素1基因真核表达质粒的构建及测序

目的:构建血管生成素1(Ang1)的真核表达质粒psecTagBk-Ang1。方法:用PCR方法从人心脏文库中扩增Ang1基因全外显子片段, 并定向插入真核表达载体psecTagBk中, 用限制性内切酶酶切和测序鉴定克隆的Ang1基因。结果:扩增出人Ang1cDNA片段, 测序结果显示扩增的Ang1cDNA包括长为1497bp、1494bp的2种剪切体, 分别编码498和497个氨基酸残基。限制性内切酶酶切和DNA测序证实获得正确的重组质粒psecTagBk-Ang1。结论:发现2种共存的Ang1cDNA剪切体, 并成功构建真核表达质粒psecTagBk-Ang1。     

小鼠生发泡完整卵母细胞一个特异基因的克隆及其在胚胎的表达

目的：克隆和筛选小鼠生发泡完整卵母细胞(Gv卵)特异基因，并检测其一在胚胎中的表达。方法：应用抑制性消减杂交技术(SSH)，建立Gv卵特异的cDNA文库。通过斑点杂交法进一步筛选并对阳性克隆进行序列测定和同源性分析；采用RT-PC方法观察其一在着床前胚胎的表达。结果：克隆发现18个基因和8个EST序列在GV卵中特异表达。RT-PCR显示该阳性克隆的基因在GV卵、MII卵、1-细胞胚胎和2-细胞胚胎有表达，其短片段是预期要扩增者，从MII卵开始表达下降；长片段在Gv卵、MII卵、1．细胞胚胎和2-细胞胚胎表达未见明显变化。长、短片段两端序列一致。结论：该基因是GV卵特异cDNA文库中的一个基因，且是母源性基因，提示该基因在卵母细胞成熟和合子基因激活中起一定作用。     

应用抑制性消减杂交技术筛选及鉴定高温致金黄地鼠神经管畸形下调表达基因

目的克隆高温致金黄地鼠神经管畸形下调表达基因，探讨其分子生物学机理。方法应用抑制性消减杂交技术构建高温致畸金黄地鼠胚胎神经管反向消减cDNA文库；联合蓝白斑和菌落PCR方法筛选阳性克隆进行测序和同源性分析；用Northern印迹方法证实这些基因的表达。结果成功构建高温致畸金黄地鼠胚胎神经管反向消减cDNA文库，从中筛选到15个基因，均与GenBank中已知基因有同源性。Northern印迹证实这些基因在高温致畸胚胎神经管中均呈下调表达。结论发现了高温致金黄地鼠神经管畸形过程中的一些重要相关基因并对其功能进行了初步探讨。     

SARS-CoV S1蛋白基因克隆及其在Vero E6细胞中的表达

目的：克隆表达SARS-CoV S1蛋白，构建SARS基因疫苗。方法：从SARS病毒的cDNA中以PCR方法扩增编码人SARS-CoV S1蛋白的编码序列，将该序列克隆入真核表达载体pVAX1，构建重组表达载体。采用脂质体法转染Vero E6细胞，用Western blot检测S1蛋白的表达。结果:PCR方法扩增出2000bp左右的基因片段，插入pVAXl构建重组表达载体后，经序列测定证实扩增的片段为SARS-CoV Tor2株S1蛋白编码序列。将重组子转染Vero E6细胞，收集细胞总蛋白，Western检测获得特异蛋白带。结论：成功克隆并表达了SARS-CoV S1蛋白，为其作为SARS基因疫苗研究打下基础。     

以报告基因荧光素酶研究HPRE功能元件与IFN-α应答的关系

目的:以荧光素酶(luciferase,LUC)基因为报告基因,探讨HBV转录后调节序列(HPRE)的功能元件(α、β1和β2)对IFNα作用的影响。方法:用PCR法从载体pGEMluc中扩增LUC基因,并克隆入真核表达载体pcDNA3.0中。以含乙肝病毒(HBV)基因组的质粒A01为模板,扩增HPRE(完整的HPRE)、HPREαβ1及HPREβ1β2片段,并分别插入LUC基因的下游。利用脂质体介导的转染法,将重组质粒分别导入人肝癌细胞株HepG2中,用LUC检测系统检测IFNα作用前后LUC表达活性的变化。结果:经测序证实,重组质粒pcDNA3.0luc、pcDNA3.0lucHPRE、pcDNA3.0lucHPREαβ1及pcDNA3.0lucHPREβ1β2构建成功。检测结果显示,IFNα作用前,HPRE、HPREαβ1和HPREβ1β2均能提高LUC的活性,IFNα作用后,HPRE和HPREβ1β2能明显降低LUC的活性,而HPREαβ1对其表达则没有显著影响。结论:HPRE的功能元件β2与IFNα作用的关系最为密切,而功能元件α和β1在IFNα应答中作用甚小,提示IFNα诱导产生的HPRE抑制性结合蛋白很可能是与β2结合的,为进一步研究IFNα在治疗HBV感染和慢性肝炎中的作用机制,以及HPRE抑制性结合蛋白的作用提供了一定的实验依据。     

致肾盂肾炎大肠杆菌132特异性基因的筛选

目的通过抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,比较致肾盂肾炎大肠杆菌132(UPEC132)与非致病性E.coli K-12 MG1655之间基因组的差异,筛选UPEC132特有的基因片段。方法应用SSH技术构建UPEC132(tester)与非致病性E.coli K-12 MG1655(driver)菌株差异DNA消减文库,经PCR和斑点印迹法筛选鉴定阳性克隆,并进行测序及生物信息学分析。结果获得约1600个重组菌的UPEC132消减文库,随机挑取其中的300个克隆,有37个含有UPEC132特异的DNA序列。特异性片段测序后进行生物信息学分析,发现与其相关的37个基因为UPEC132所特有,其中1个为新发现的DNA片段,9个为与致病相关基因,7个为与代谢和物质转运相关基因,2个为与外膜蛋白相关基因,3个为与调节相关基因,10个为未知功能蛋白的基因,其他5个为功能未分类的基因。结论SSH技术是筛选病原菌特异基因的有效方法,已确定了37个UPEC132的特异基因,为进一步阐明其致病分子机制打下了基础。     

利用抑制性减数杂交技术(SSH)研究IL-10抑制表达的新基因

目的　利用抑制性减数杂交 (SSH)技术筛选IL 10抑制表达的新基因。方法　以PHA刺激的U937细胞为tester,以PHA刺激同时IL 10抑制的U937细胞为driver,提取mRNA ,反转录构建cDNA文库 ,利用SSH技术筛选IL 10抑制表达的新基因。结果　通过SSH技术 ,发现了 15个可能的IL 10抑制表达的基因 ,其中 6个与GenBank中已公布的表达序列检签 (expressedsequencetag ,EST)片段没有明显同源性 ,为新基因 ,其中之一经EST拼接 ,得到全长cDNA ,为一种新的C C家族趋化因子 ,已被GenBank收录 ,收录号码为AF0 96 985。挑选 4个新基因进行Northernblot分析 ,发现IL 10可抑制其中 3个新基因表达。结论　SSH技术是一种高效的差异基因筛选方法 ,IL 10可抑制多种包括新细胞因子基因的表达     

低压缺氧延迟预适应小鼠海马差异表达基因的筛选及鉴定研究

目的：探索低压缺氧延迟预适应小鼠海马差异表达基因。 方法： 将近交系Babl/c小鼠放入减压舱，模拟海拔 7 000 m高度减压2.5 h/d，连续3 d。第3次减压毕36 h后，提取海马总RNA，SMART PCR合成cDNA，经抑制消减杂交，建立消减cDNA文库。随机挑取文库单克隆，用反向Northern杂交，分别对来自于正、反向文库的452个和74个克隆进行了筛选。 结果： 用消减探针筛选时，217个基因片段的杂交信号在延迟预适应海马增加2倍以上，85个基因片段的杂交信号则降低66%以下。用未消减探针筛选时，135个基因片段的杂交信号在延迟预适应海马增加2倍以上，44个基因片段的杂交信号则降低66%以下。对部分基因片段测序显示，小鼠线粒体细胞色素C氧化酶亚单位1、线粒体NADH脱氢酶亚单位1和6、小鼠DSS1和克隆号为IMAGE:3582855的基因在延迟预适应海马表达增加。克隆号为IMAGE: 3593193的基因、与成年雄性小鼠嗅脑的一个cDNA高度相似的基因及与小鼠bladder RCB-0544 MBT-2 cDNA高度相似的基因在延迟预适应海马表达降低。 结论： 小鼠海马低压缺氧延迟预适应多种基因表达发生改变，它们可能是产生低压缺氧延迟预适应的重要机制之一。