不同醇化卷烟原料表面微生物的群落结构及对大分子物质的降解功能

为探究醇化卷烟原料表面微生物的群落结构及对大分子物质的降解功能,采用宏基因组测序技术分析醇化2年的烤烟烟梗、香料烟和烤烟片烟样品的表面微生物群落结构,并对3种醇化卷烟原料中的果胶、纤维素、淀粉、蛋白质和木质素含量与表面微生物群落组成进行相关分析。结果表明,3种醇化卷烟原料中,醇化烤烟烟梗淀粉和蛋白质含量最低,醇化烤烟片烟果胶、纤维素和木质素含量最低。醇化烤烟烟梗的优势菌属为泛菌属（Pantoea）、不动杆菌属（Acinetobacter）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）和假单胞菌属（Pseudomonas）,醇化香料烟的优势菌属为泛菌属（Pantoea）、假单胞菌属（Pseudomonas）和不动杆菌属（Acinetobacter）,醇化烤烟片烟的优势菌属为泛菌属（Pantoea）、芽孢杆菌属（Bacillus）和土地芽孢杆菌属（Terribacillus）。鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）含有较多与淀粉降解相关的基因,其相对丰度与醇化样品淀粉含量显著负相关;鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）和克雷伯氏菌属（Kl...     

四段式气调醇化过程不同形态烟梗的质量变化

为了解不同形态烟梗在四段式气调醇化条件下的质量变化情况。以复烤后福建C梗和云南B梗的条状（梗条）和片状烟梗（梗片）为研究对象，通过四段式气调醇化技术（设计21.0%、<2.0%、6.0%～10.0%和<2.0%4组氧气浓度分别贮存不同时间），对比分析醇化过程中不同形态烟梗的质量差异。采用Illumina MiSeq测序平台对醇化过程不同形态烟梗表面细菌16S rDNA进行高通量测序分析，跟踪分析醇化过程中不同形态烟梗的含水率和颜色变化，对比评价醇化后制得梗丝的感官质量。结果表明：(1)醇化过程中与梗条相比，梗片含水率和颜色较稳定，色差值变化小，转深速率较低；(2)四段式醇化过程不同形态烟梗的细菌群落优势菌门均为变形菌门，云南B梗和福建C梗共有的优势菌属为链霉菌属、甲基杆菌属、假单胞菌属和鞘氨醇单胞菌属4种，梗片醇化6～18个月的OTU数、Chao值和ACE值的平均值均大于梗条，细菌群落丰度高于梗条；(3)梗片醇化过程假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属和芽孢杆菌属3种优势产香菌属含量较高，对改善烟梗品质起到了有利作用。(4)醇化后，梗片制得的梗丝较梗条制得的梗丝杂气降低、刺激性减弱、...     

基于高通量测序的废次烟末水提液中细菌群落分析

为了解造纸法再造烟叶生产过程中不同烟末提取液的微生物变化,利用Roche 454 FLX焦磷酸高通量测序法,比较废次烟末水提液中细菌16S rRNA基因序列的多样性,获得了废次烟末水提液中细菌种群的组成和丰度的变化。结果表明:在废次烟末水提液的原液(M1)、浓缩液(M2)及醇化液(M3)样品中,细菌种群组成非常丰富,其中占主导地位的细菌种群是厚壁菌门,而厚壁菌门中的优势菌属是乳杆菌属和赖氨酸芽孢杆菌属。从M1到M3的过程中,乳杆菌属丰度呈下降趋势,而赖氨酸芽孢杆菌属丰度呈上升趋势。基于高通量测序的细菌群落变化趋势可为改善造纸法再造烟叶的品质提供依据。     

0℃冷藏下三文鱼片菌相变化规律及特定腐败菌的分离鉴定

以冰鲜的三文鱼片为研究对象,利用形态学观察和16S r DNA序列分析法探究其在0℃冷藏过程中腐败菌的变化规律,并结合VITEK2微生物自动鉴定系统对其特定腐败菌进行分离和鉴定。结果表明:0℃冷藏三文鱼片在贮藏初期(第0 d)的腐败菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、片球菌属(Pediococcus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)、气单胞菌属(Aeromonas sp.)、肉食杆菌属(Carnobacterium sp.)及部分鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas sp.)。随贮藏时间的延长,腐败菌菌相逐渐单一,葡萄球菌属、片球菌属、微球菌属呈明显的下降趋势;气单胞菌属及鞘氨醇单胞菌属完全消失;肉食杆菌属变化较小,而假单胞菌属呈上升趋势且到贮存后期数量占绝对优势。腐败菌的PCR产物经测序后通过NCBI数据库比对,并经MEGA5.05软件构建系统发育树分析及微生物自动鉴定仪共同鉴定,确定荧光假单胞菌(Ps.Fluorescens)为冷藏三文鱼片的优势腐败菌。     

烟草角斑病叶际微生物群落结构与多样性分析

为揭示烟草角斑病叶际微生物群落结构和多样性，采用高通量测序技术研究感角斑病与健康烟叶叶际细菌和真菌群落结构和多样性间的差异。结果表明，感病和健康烟叶叶际细菌主要分布于厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）；真菌主要分布于子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上，感病烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、黄杆菌属（Xanthomonas）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、泛菌属（Pantoea）和属水平未分类的根瘤科（unidentified＿Rhizobiaceae）；优势真菌属为小不整球壳属（Plectosphaerella）、亚格孢壳属（Didymella）、赤霉菌属（Gibberella）和链格孢属（Alternaria）。健康烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属、泛菌属和甲基杆菌属；优势真菌属为小不整球壳属、亚格孢壳属、枝孢霉属（Cladosporium）和B...     

不同产地和部位对片烟自然醇化过程中细菌群落结构的影响

为探明不同产地及不同部位的片烟在自然醇化过程中细菌群落结构的差异,以福建三明尤溪、云南曲靖沾益、贵州黔南长顺、河南驻马店确山4个产地,上中下3个烟叶部位的12份自然醇化片烟为材料,利用Illumina Mi Seq测序平台对自然醇化片烟中细菌16S rDNA进行高通量测序分析。结果表明:12份自然醇化片烟样品共获得940个操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)。福建三明尤溪C3F自然醇化片烟细菌群落的多样性最丰富。12份样品细菌群落的优势菌门均为变形菌门,大多数样品的优势菌属为鞘氨醇单胞菌属。不同产地自然醇化片烟细菌OTU的韦恩图分析表明,4个产地共有的OTU数量为195个,福建三明尤溪、云南曲靖沾益、贵州黔南长顺和河南驻马店确山特有的OTU数量分别为300、9、4和0个。     

雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化

为揭示雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化的规律，采集雪茄茄芯烟叶混配堆积发酵过程中的样品，采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性和结构。结果表明：(1)在雪茄烟叶发酵过程中，与混配发酵前相比，混配发酵完成后样品细菌群落的OTU数量和物种丰富度降低，物种多样性提高；(2)优势菌门由厚壁菌门（Firmicutes）转变为变形菌门（Proteobacteria）；优势菌属由海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、芽胞杆菌属（Bacillus）转变为丛毛单胞菌属（Comamonas）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）；(3)10个菌属的平均相对丰度显著增加，分别为鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）、细粒类极小单胞菌属（Parapusillimonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、DSSF69、溶杆菌属（Lysobacter）、假黄色单胞菌属（Ps...     

不同品质烟叶微生物群落与其挥发性成分的关联研究

为揭示烟叶表面优势微生物群落与其品质的关系,采用高通量技术分析了不同品质烟叶的微生物群落结构,使用固相微萃取与气相色谱-质谱联用技术检测其挥发性香气物质,通过计算Pearson相关系数分析与烟叶挥发性香气成分形成相关的优势微生物种属。结果显示,烟叶中优势细菌为贪噬菌属（Variovorax）、鞘氨醇单胞菌属（Spingomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）,优势真菌为桑帕约氏酵母（Sampaiozyma）、曲霉（Aspergillus）、枝孢霉属（Cladosporium）。细菌群落与烟叶品质差异相关,贪噬菌属（Variovorax）、鞘氨醇单胞菌属（Spingomonas）、红球菌属（Rhodococcus）等的相对丰度在上等烟、中等烟中上调;而真菌群落与烟叶的地域差异相关。在中、上等烟中含有较高呈焦糖香的糠醛和5-羟甲基糠醛,呈甜奶香的香兰素等挥发性成分;下等烟中则含有更多α-尼古丁,增加烟气刺激性。结合相关性分析,发现细菌物种与烟叶中多种挥发性香气物质呈正相关,红球菌属（Rhodococcus）、贪噬菌属（Variovorax）和芽孢杆菌属（Bacillus）是烟叶中主要的风味关联菌。结果表明烟叶中优势菌群在促进其香气品质形成中发挥着重要作用,这为实现以微生物技术对烟叶提质减害、风味定向调控提供了理论参考。     

醇化方式对津巴布韦烟叶微生物和香味成分的影响

为了解醇化方式对烟叶微生物和烟叶香味成分的影响，采用MiSeq高通量测序技术和气相色谱-质谱法，分析了不同醇化库（保湿库、机械库和自然库）不同醇化时间（3、9、12、15和18个月）津巴布韦烟叶微生物多样性及香味成分的差异。结果表明：(1)同一醇化库内醇化时间为3、9和12个月时物种组成相似度较高，但不同醇化库之间的物种组成差异较大；(2)在门、属水平上，醇化时间和醇化库对菌落的相对丰度有一定影响，醇化18个月后，机械库中烟叶变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）的总相对丰度达最大值，假单胞菌属（Pseudomonas）、泛菌属（Pantoea）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、节杆菌属（Arthrobacter）和甲基杆菌属（Methylobacterium）的总相对丰度达最大值；(3)功能预测表明，在一级功能层共有7类代谢通路，参与代谢的细菌占绝对优势；(4)在二级功能层共有41种代谢通路，参与膜运输、能量代谢和碳水化合物代谢等细菌的相对丰度较大。醇化18个月后，机械库中参与碳水化合物代谢、氨...     

感染赤星病烟草叶际细菌的多样性分析

为揭示田间感染赤星病烟草叶际细菌属水平上的多样性,提取了感病烟叶样品DNA,PCR扩增样品的16S区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段测序,并对其细菌群落结构进行分析。结果表明,田间感赤星病烟草叶片叶际细菌群落结构较为典型。在门水平上,优势菌门为变形菌门Proteobacteria(71.59%);属水平上,优势菌为泛菌属Pantoea(31.23%)、假单胞菌属Pseudomonas(22.44%)、甲醇杆菌属Methylobacterium(6.17%)、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas(6.02%)、Aureimonas(2.08%)、Falsirhodobacter(1.35%)。因此,感烟草赤星病叶片叶际优势细菌属为泛菌属和假单胞菌属。     

烟草种子附生细菌群落结构与多样性分析

为揭示烟草种子附生细菌的群落结构和多样性,采用分离培养法分析了6个烟草品种（烤烟K326、云烟85、云烟87及红花大金元,雪茄烟301和白肋烟L8）种子可培养附生细菌种类,并采用Illumina高通量测序技术研究了4个品种（K326、云烟85、雪茄烟301和白肋烟L8）种子附生细菌的群落结构与多样性。结果表明:6个品种种子上共分离鉴定出细菌35株,可培养优势附生细菌有假单胞菌（Pseudomonas）、芽胞杆菌（Bacillus）、肠杆菌（Enterobacte）、泛菌（Pantoea）、鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas）等菌属。高通量测序结果表明:K326、白肋烟L8和云烟85种子的附生细菌结构上存在共性与差异,共有的优势菌有假单胞菌、泛菌、鞘氨醇杆菌（Sphingobacterium）、肠杆菌、糖芽胞杆菌（Saccharibacillus）、寡养单胞菌（Stenotrophomonas）、根瘤菌（Rhizobium）等菌属,烟草品种附生细菌多样性排序依次为云烟85＞K326＞L8＞301。      

晒黄烟调制期叶面可培养细菌的多样性研究

以云南特色晒黄烟烟叶为供试样品, 对调制期三个部位烟叶定期取样, 研究叶面可培养细菌的动态变化和多样性。结果表明, 晒黄烟调制期叶面可培养细菌总量呈先升高后降低再略升高的趋势。细菌种群较为丰富, 主要分布在Bacillus 属、Pseudomonas 属、Arthrobacter 属和Exiguobacterium 属等10 个属。Bacillus 属菌株是整个调制期的优势细菌类群, 与烤烟烟叶的优势种群基本一致。      

烟草可培养内生细菌16S rDNA的PCR-RFLP和系统发育分析

为了解烟草内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基和稀释平板法从不同生长期的烟草的根、茎、叶中分离得到127株内生细菌.利用细菌16S rDNA特异引物扩增得到16S rDNA的部分片段,长约700 bp,分别用内切酶MspⅠ、HaeⅢ、AfaⅠ、HinfⅠ对扩增产物进行限制性酶切.16S rDNA PCR-RFLP分析中,在100％相似性水平处,除了cj23、ty16、cg23、wy6、cj25、wy13、my23、ty7、cj14、cg25、cg2、cj13、my11,my27单独成群外,其余菌株分为15个分类操作单元,其中Otu1、Otu2,Otu27类群最大,分别包括了27、18,26个菌株.对29个代表菌株16S rDNA序列系统发育分析表明,这些菌株主要分布于芽孢杆菌(Bacillus)分支,其余菌株分布于葡萄球菌属(Staphylococcus)、微杆菌属(Microbacterium)、单胞菌属(Sphingomonas)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)、纳西杆菌属(Naxibacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、寡养食单胞菌属(Stenotrophomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、泛菌属(Pantoea)、克雷伯菌属(Klebsiella)、Bifissio属系统发育分支.通过Shannon多样性指数对不同生长期分离到的菌株进行多样性分析和比较,结果表明团棵期叶片中分离到的内生细菌多样性最大,随后是旺长期,苗期次之,成熟期最小.     

应用16S rDNA克隆文库技术分析陈化烟叶细菌多样性

为较全面地分析陈化烟叶的细菌多样性,利用16S rDNA基因克隆文库技术分析了产自于福建的3个等级处于不同陈化阶段的12个烟叶样品中的细菌组成.采集C/S挑、B22、X21三个等级的陈化烤烟烟叶,陈化时间分别为3、6、12、24个月.实验结果表明,烤烟烟叶在陈化过程中共存在25种细菌,γ-变形菌纲(Gamma-proteobacteria)细菌种类最丰富,含有19种细菌,α-变形菌纲(Alpha-proteobacteria)含有3种细菌,芽孢杆菌纲(Bacilli)含有2种细菌,β-变形菌纲(Beta-proteobacteria)含有1种细菌.在12个烟叶样品中,肠杆菌属(Enterobacter)在8个样品中的比例最高,假单胞菌属(Pseudomonas)在2个样品中比例最高,泛菌属(Pantoea)和克洛诺菌属(Cronobacter spp.)分别在样品B6和C3中比例最高.在陈化过程中,烤烟叶面细菌组成没有明显的变化规律.     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

  目的  为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。  方法  以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。  结果  发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10 d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%~98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）;曲霉属（Aspergillus）为真菌绝对优势菌属,平均丰度达到87.40%。LEfSe分析结果表明,21种细菌在属水平上有显著性差异,6种真菌在科水平上有显著性差异。  结论  茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落的丰富度和多样性随着发酵时间的增加总体呈降低趋势。在属水平上,不同发酵时间茄芯烟叶细菌和真菌群落组成结构相似,相对丰度有明显差异,Staphylococcus和Aspergillus为二次发酵过程中的主要优势菌属。      

浏阳洞库陈化烟叶微生物多样性分析

[目的]为研究浏阳洞库3个不同香型陈化烟叶样品微生物多样性和群落组成差异.[方法]利用高通量测序对3个不同香型陈化烟叶样品微生物多样性、群落组成进行显著性差异分析,构建各样品微生物生态网络,并对各细菌群落进行功能预测.[结果](1)浏阳洞库3个不同香型陈化烟叶样品中细菌物种丰富,在门水平上主要由变形菌门和厚壁菌门组成,...     

健康与感染黑胫病烟株根际土壤与茎秆细菌群落结构与多样性

  背景和目的  黑胫病为烟草常见土传病害,当环境条件适宜时,土壤中的病原菌便会侵染烟株导致发病。  目的  研究感染黑胫病前后烟株根际土壤、发病茎秆以及病健交界茎秆细菌群落结构与多样性。  方法  以健康与感染黑胫病烟株根际土壤和茎秆为研究对象,通过PCR技术扩增样本中细菌16S rRNA基因的V3-V4可变区域,采用Illumina Miseq高通量测序技术对扩增片段进行测序,分析健康与感染黑胫病烟株不同部位细菌群落结构与多样性。  结果  感染黑胫病烟株根际土壤细菌群落较健康烟株丰富度增加,但多样性略有降低;发病烟株茎秆发病部位和病健交界部位的细菌群落丰富度和多样性较健康烟株均有增加,发病茎秆病健交界部位增幅显著。门水平上,变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）以及放线菌门（Actinobacteria）等为根际土壤优势菌门,且在健康与感染黑胫病烟株中各优势菌门相对丰度无显著性差异。茎秆样品中变形菌门与蓝细菌门为优势菌门,病健交界茎秆中2者的相对丰度与健康茎秆和发病茎秆存在显著性差异。属水平上,健康与感染黑胫病烟株根际土壤中主要菌属为Candidatus_solibacter、芽单胞菌属（Gemmatimonas）和鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）等。所有茎秆样品中优势菌属为蓝细菌（norank_c_Cyanobacteria）和劳尔氏菌属（Ralstonia）,病健交界茎秆中蓝细菌相对丰度与健康茎秆和发病茎秆差异显著。  结论  感染黑胫病后烟株各部位细菌群落结构发生改变,细菌群落多样性增加;所有样品中均检测到青枯病病原菌茄科劳尔氏菌,表明烟草黑胫病与青枯病存在混合发生的情况。因此在对烟草黑胫病防治的同时也需加强青枯病的防治。      

烟草内生细菌种群特征分析

采用研磨组织稀释分离法分离不同品种、不同器官、不同生长期的烟草内生细菌,以各菌群出现与否为指标,用类平均法对数据进行系统聚类分析,对内生细菌的种类组成,分布特征进行了研究。结果表明,烟草内生细菌种类分布存在品种差异、生长期差异和组织部位差异;优势菌群的组成随分离组织部位和生长时期的不同而变化。Bacillus sp.和Rhizobium sp.是四个品种烟草叶片共有的优势类群,从苗期到团棵期,内生细菌的种类在增加,B. pumilus广泛存在于成熟期烟草根、茎、叶中,且为主要菌群。部分内生细菌具有组织偏好性,Micrococcus sp.和Staphylococcus sp.对烟草的茎部具有偏好性,B. cereus对烟草叶片具有偏好性。对烟草这一重要经济作物内生细菌的种类组成、分布特征进行研究,可为科学认知和利用这类微生物资源奠定基础。      

诺邓火腿加工过程中细菌群落的动态变化

为研究诺邓火腿内部细菌的群落组成及动态变化,本文利用高通量测序技术对诺邓火腿腌制期、风干期、发酵期和成熟期4个加工阶段的细菌16S rRNA V₃-V₄区进行扩增和测序,并对其群落结构多样性及其与火腿理化性质的关联性进行分析。结果表明,腌制期诺邓火腿细菌多样性最高;厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门等细菌为发酵过程中优势菌群;葡萄球菌属、嗜冷杆菌属及假单胞菌属等在4个加工阶段均有分布;整个加工过程中丰度占比最高的为葡萄球菌属。含水量对腌制期细菌群落影响最大,成熟期含水量下降至33.4%左右;含盐量对风干期和发酵期样本影响最明显,在这两个时期丰度占比最高的葡萄球菌属与含盐量显著正相关,成熟期含盐量增加至约6.7%;酸碱度及游离氨基酸含量与成熟期样本关联度最大,这个时期的酸碱度为6.05左右,游离氨基酸达1.86%。通过以上研究将为理解诺邓火腿特殊品质的微生物影响机制,开发能够改善肉制品品质、提高发酵效率的发酵剂提供参考。     

基于16S rRNA的徽派腊肉加工过程中微生物群落结构分析

为探究徽派腊肉加工过程中的微生物群落演替规律,采用高通量测序技术对不同加工阶段的徽派腊肉中微生物16S rRNA进行V3～V4区测序,比较不同加工阶段（鲜肉、腌制中期、腌制结束、成熟中期、成熟结束）腊肉中细菌群落结构组成及多样性差异。结果表明：5 个加工阶段分别获得80 155、80 116、80 174、80 114、80 174 条有效序列;在门分类水平上,厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinomycetes）、拟杆菌门（Bacteroides）相对丰度较高;在属分类水平上,鲜肉、腌制中期和腌制结束的腊肉中主要优势菌为乳球菌（Lactococcus）和假单胞菌（Pseudomonas）,成熟中期和成熟结束的腊肉中主要优势菌为葡萄球菌（Staphylococcus）、盐弧菌（Salinivibrio）和放线菌（Actinomycetes）。微生物群落结构和多样性在徽派腊肉不同加工阶段存在明显差异。