60Coγ-射线及电子束辐照对冷鲜鸡菌群多样性的影响

为探明γ-射线与电子束辐照对冷鲜鸡微生物含量和微生物群落多样性的影响,采用2.5 kGy剂量的γ-射线和电子束辐照处理真空包装冷鲜鸡,对其贮藏期内菌落总数、群落结构进行测定分析。结果表明,两种射线均能显著(P<0.05)降低冷鲜鸡菌落总数;高通量测序后得到了9门,62属的菌群结构,在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群;在属水平上,贮藏0 d时,对照组内环丝菌属(Brochothrix)、希瓦氏菌属(Shewanella)、不动细菌属(Acinetobacter)为优势菌群;贮藏5 d时,对照组内希瓦氏菌属(Shewanella)、γ-射线组内嗜冷菌属(Psychrobacter)、电子束处理组内希瓦氏菌属(Shewanella)为优势菌群;贮藏10 d时,对照组内嗜冷菌属(Psychrobacter)、γ-射线组不动细菌属(Acinetobacter)、电子束处理组内希瓦氏菌属(Shewanella)为优势菌群;贮藏15 d时,对照组内嗜冷菌属(Psychrobacter)、γ-射线组希瓦氏菌属(Shewanella)、电子束处理组内希瓦氏菌属(Shewanella)成为优势菌群。由此可知,γ-射线与电子束辐照均对冷鲜鸡微生物数量和群落结构产生显著(P<0.05)影响。     

高通量测序对不同工艺厌氧处理下污泥微生物的群落分析

为研究工业废水处理领域IC厌氧反应器和水解酸化池工艺处理下污泥微生物群落结构,本研究通过Illumina Mi Seq平台对不同工艺厌氧污泥16S r DNA高变区V3～V4区进行测序分析。水解酸化池污泥中优势菌群为变形菌门(Proteobacteria),而IC反应器颗粒污泥里主要的优势菌门主要为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),变形菌门(Proteobacteria)所占比例大幅降低,推测在厌氧处理废水过程中致病菌大幅减少,IC反应器对该水质有显著的微生物净化作用。此外,IC反应器污泥中出现一定比例的古生菌门(Archaea),产甲烷菌较为活跃,且在运行过程中形成了特定的菌群结构,所占比例较稳定,利于反应进行,可在IC反应器处理毛皮废水厌氧产甲烷体系的微生物快速构建及优化方面提供理论指导。     

乳酸对浓香型白酒窖泥微生物群落的影响研究

利用高通量测序仪分析乳酸胁迫下浓香型白酒窖泥中微生物群落结构变化规律。结果表明,在门水平下,在发酵环境pH≤4.0时,窖泥微生物群落结构变化具有显著性差异;当pH≤4.0时,优势菌门主要为厚壁菌门（Fimicutes）（90%以上）;当pH＞4.0,优势菌门主要为厚壁菌门（Fimicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,前者随发酵时间增加呈逐渐增加的趋势,后者随发酵时间增加呈逐渐减少的趋势。在属水平下,优势菌群以热厌氧杆菌属（Thermacetogenium）和梭菌属（Clostridium）为主,随发酵时间增加呈逐渐增加的趋势;在pH≤4.0时,热厌氧杆菌属（Thermacetogenium）和梭菌属（Clostridium）的相对含量均高于在pH5.0胁迫发酵条件下和对照组。     

沤麻废水处理池微生物多样性分析及其Fosmid文库酶活初步筛选

通过构建元基因组16S r RNA文库和Fosmid文库,对富含纤维素、半纤维素等大分子有机物的湖南沅江明星麻厂碱性沤麻废水处理池(p H9.35)微生物多样性进行了分析和新的工业用酶基因筛选,发现该碱性处理池原核微生物主要以细菌为主,包括厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、绿菌门等四个细菌类群,其中变形菌门弯曲杆菌科硫磺单胞菌属细菌和腐败希瓦氏菌为优势菌群,其次为拟杆菌门和厚壁菌门。该环境古菌的生物量和丰度较少,以广古菌门马氏甲烷八叠球菌为优势类群。并且从该碱性池元基因组Fosmid文库中筛选出包括淀粉酶(36个)、脂肪酶(9个)、蛋白酶(4个)、纤维素酶(4个)在内的一系列食品和工业用酶活性克隆。为进一步开发和利用该碱性处理池微生物基因资源奠定了基础。     

高通量测序技术解析五粮液窖泥原核微生物群落结构

为清晰认识五粮液特殊窖泥微生态群落结构及功能,利用Illumina NextSeq 500高通量深度测序平台首次分析了五粮液不同窖泥原核微生物群落16S rDNA V4高变区序列;优化了QIIME程序并整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)的数量,分析了不同窖泥中原核微生物群落的丰度、多样性;利用系统发育分析确定了优势菌群的系统发育地位。该研究结果表明,从五粮液窖泥中共获得7 555 164条高质量目标片段。在相同的测序深度条件下(300 000条),五粮液窖泥原核微生物主要由细菌和古菌构成,共检出22个门,52个纲,89个目,168个科,330个属原核微生物,细菌占92.3%,古菌占7.6%。厚壁菌门(Fimicutes)是所有样品的绝对优势菌群(85.6%),共检出74个属,Clostridium、Lactobacillus,Coprococcus,Caldicoprobacter,Soehngenia是丰度最高的细菌属。结合系统发育分析确定窖泥中优势菌群为Lactobacillus,Caldicoprobacter,Caloramater,Clostridium,Caloribacterium,Garciella,Eubacterium,Syntrophomonas,Sedimentbacter,Sporanaerobacter,Tissierella,Methanosarcina,Methanobacterium,Methanobrevibacter,Methanoculleus。五粮液窖泥中蕴藏了显著区别于其他浓香型白酒窖泥的原核微生物群落,尤其是群系复杂的厚壁菌门细菌,较高丰度的产己酸菌群和促进己酸生成的甲烷菌群。     

基于高通量测序技术分析广味香肠中细菌群落结构和演替规律

以广味香肠为对象,采用高通量测序技术研究广味香肠自然发酵过程中细菌群落结构和演替规律,结果表明:广味香肠发酵过程中,在门的水平主要有厚壁菌门、变形杆菌门、拟杆菌门、放线菌门,优势菌门厚壁菌门随发酵时间先增后减,第20天时,厚壁菌门占比达95.4%;在属的水平上,主要有弧菌属、乳酸杆菌属、魏斯氏菌属、不动杆菌属、环丝菌属、肠杆菌属、耶尔森氏菌属,优势菌属乳酸杆菌属随发酵时间先增后减,第20天时,乳酸杆菌属占比达84.61%,优势菌属乳酸杆菌属不仅影响细菌菌群结构的变化,而且影响风味物质等的生成。通过对广味香肠发酵过程中细菌群落结构和演替规律的研究,以期找到其优势菌群,并控制有害微生物的增长,减少有害物质的生成。     

原料预处理对柿子酒发酵过程中微生物群落演替的影响

为获得不同预处理的柿子在发酵过程中的单宁含量和微生物群落的动态变化以及它们之间的相关性，本实验在相同条件下分别以柿子果肉（S）、冻柿子果肉（D）、柿子皮（P）、经单宁酶处理的柿子果肉（M）酿造柿子酒，并对其发酵过程中的单宁含量和微生物菌群结构及多样性进行分析，为后期调控柿子酒中的单宁含量提供理论基础。结果表明：四种预处理在发酵过程中单宁含量均呈现先增加后逐渐下降的变化趋势，但经单宁酶处理的柿子果肉（M）酿造的柿子酒中的单宁含量与其它预处理相比一直处于最低；在细菌微生物群落结构的门水平上，发酵第1 d的优势菌门均为蓝藻菌门（Cyanobacteria），而第3～9 d主要的优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）；在属水平上，优势菌属差异较大，分别为片球菌属（Pediococcus）(S)、明串珠菌属（Leuconostoc）(D)、不动杆菌属（Acinetobacter）(P)、葡糖杆菌属（Gluconobacter）和片球菌属（Pediococcus）(M)。在真菌微生物群落的门水平上，子囊菌门一直处于绝对优势菌门；在属水平上，优势菌属均为...     

葡萄籽原花青素对营养肥胖模型大鼠肠道菌群的影响

以高脂膳食喂养大鼠,复制营养肥胖模型,然后灌胃原花青素,采用变性梯度凝胶电泳,实时荧光定量等不依赖微生物培养的手段和多元统计分析方法,研究葡萄籽原花青素对营养肥胖模型大鼠肠道菌群生态的影响。结果表明,低剂量(100 mg/(kg·体重·d))原花青素可以显著抑制大鼠肥胖,处理后大鼠肠道菌群结构与模型组分离;葡萄籽原花青素显著降低了肥胖大鼠肠道菌群中厚壁菌门的含量,提高了拟杆菌门的含量,显著降低了厚壁菌门与拟杆菌门比值;实时荧光定量检测显示,原花青素可以促进拟杆菌增殖,抑制柔嫩梭菌增殖,初步揭示出葡萄籽原花青素可能具有调节肠道菌群的功能;原花青素作用的关键微生物种属为Blautia,Bacteroides,Lactobacillus,Anaerostipes,Clostridium,Anaerofilum。     

叔丁基对苯二酚对小鼠肠道菌群的影响

目的 研究食品添加剂叔丁基对苯二酚(tert-butylhydroquinone, TBHQ)对小鼠肠道菌群的影响。方法 BALB/c小鼠随机分为空白对照组和TBHQ处理组, 分别饮用纯水和TBHQ溶液(200 mg/L)。干预5周后, 利用酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)测定小鼠血液样本炎症因子水平; 收集两组小鼠的粪便, 利用16S rDNA扩增子高通量测序分析肠道微生物群落结构和组成变化, 判断TBHQ对肠道菌群的影响。结果 与对照组相比, TBHQ处理显著降低了小鼠肠道疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、阿克曼氏菌(Akkermansia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)等菌的相对丰度, 提高了厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、毛罗菌属(Lachnospira)、螺杆菌属(Helicobacter)等微生物的相对丰度。结论 本研究剂量TBHQ显著影响了小鼠的肠道菌群组成, 该变化对机体健康的影响有待进一步研究。     

黄精多糖体外消化特性及对Ⅱ型糖尿病小鼠肠道菌群的调节作用

本研究探讨黄精多糖体外消化特性、体外降血糖活性及对Ⅱ型糖尿病鼠肠道菌群的调节作用。以空白作对照,对黄精多糖进行体外消化,采用DNS法和凝胶色谱法测定黄精多糖在消化过程中还原糖含量和分子量的变化;对黄精多糖进行体外酵解实验,对酵解物进行16S rDNA分析,研究黄精多糖对糖尿病鼠肠道菌群的影响。研究结果表明,在胃部消化模拟阶段,黄精多糖相对分子质量从24.19 ku降低到20.39 ku,在肠道消化模拟级阶段,相对分子质量从28.85 ku降低至24.35 ku,说明黄精多糖经过消化过程后大部分能够到达肠道末端被肠道菌群利用,少量被直接消化吸收。通过对酵解液细菌16S rDNA的测序分析结果进行α多样性分析和β多样性分析,黄精多糖显著提高肠道菌群的丰富度和多样性,改变菌群物种组成结构;在门水平上,黄精多糖显著改变优势菌门厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门的相对丰度;在属水平上,黄精多糖显著改变乳酸菌属、韦荣氏球菌属、埃希氏菌属、克雷伯氏菌属等优势菌属的相对丰度,结果表明,黄精多糖可以通过对糖尿病鼠的肠道菌群进行调节进而起到一定的改善病情作用。     

高粱乌米对小鼠肠道菌群结构的调控作用

本研究将ICR雄性小鼠分为对照组（喂食普通饲料）和乌米组（喂食乌米饲料）,分析小鼠喂食高粱乌米后的体重、血清生理生化指标的变化,并利用高通量测序技术分析肠道微生物的多样性、群落组成以及结构的变化。研究结果显示:乌米可以抑制小鼠体重的增长,与对照组相比,可以显著降低血清的总胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白（LDL）的含量以及高密度脂蛋白（HDL）的含量显著升高。乌米还可以使小鼠的肠道菌群结构发生变化。与对照组相比,在门水平上,乌米组小鼠肠道菌群中的放线菌门（Actinobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）丰度增加,拟杆菌门（Bacteroidetes）丰度减少;在属水平上,乌米可以使小鼠肠道菌群中的不动杆菌属（Acinetobacter）、梭菌属（Clostridium）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium XlVa）、和瘤胃球菌属（Ruminococcus）等产生短链脂肪酸的细菌属丰度增加,巴氏杆菌属（Barnesiella）和乳杆菌属（Lactobacillus）丰度降低;在种水平上,Muribaculum intestinale丰度显著降低,Kineothrix alysoides丰度显著增加。所以,高粱乌米可以有效地控制小鼠体重的增加以及降低血清中的血脂水平,调节小鼠肠道菌群的结构和多样性,增加有益菌的丰度。     

冰鲜鸽肉贮藏过程中的微生物菌群多样性

采用Ion Torrent PGM高通量测序技术,从分子水平上对冰鲜鸽肉贮藏过程中的细菌在4 ℃与37 ℃ 2 种增菌温度下的细菌群落结构、丰度及演替规律进行深入研究。结果表明：在整个贮藏过程中,4 ℃与37 ℃增菌处理的结果表明：在门水平上,冰鲜鸽肉中的微生物菌群均以变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门为优势菌门,其中变形菌门占比达78%;在科水平上,4 ℃增菌条件下,假单胞菌科、莫拉氏菌科、假诺卡氏科及肠杆菌科为优势菌科,37℃增菌条件下,气单胞菌科、动球菌科、肠杆菌科及假单胞菌科为优势菌科,占比最多的为假单胞菌科。2 种增菌温度下细菌群落的多样性及菌群结构变化反映了冰鲜鸽肉潜在的安全风险,可用于冰鲜鸽肉冷藏过程或贮藏过程中温度失控情况下的质量管理。     

膳食结构对人体肠道微生物代谢的影响

选择120位志愿者参加试验,任意将其划分成高脂膳食结构组、高糖膳食结构组和高纤维膳食结构组3组,针对每种膳食结构受试者,随机将其划分成对照组和试验组。分析肠道微生物菌群变化,提取DNA,并进行PCR扩增与产物纯化处理,测试生物学指标。研究结果表明,高脂膳食结构能够使人体体重增加,促进肠道有害微生物的代谢,试验组受试者肠道微生物多样性比对照组高;试验组受试者体重明显高于对照组,高糖膳食结构能够令血糖值升高,对照组受试者肠道微生物多样性高于试验组,试验组样本厚壁菌门含量明显高于对照组,而拟杆菌门含量明显低于对照组;高纤维对照组与试验组丰富度、Shannon指数与均匀性无显著性差异,随着高纤维膳食结构处理时间的增加,拟杆菌门以及后壁菌门数量在一定程度上有所升高,而变形菌门细菌数量无显著改变。高脂、高糖膳食结构会促进有害微生物代谢,高纤维膳食结构会促进有益微生物代谢。     

模拟冷链流通中温度波动对养殖金鲳鱼鱼肉品质及微生物多样性的影响

为研究温度波动对冷鲜养殖金鲳鱼鲜度品质的影响,通过模拟冷链流通的温度条件,分析样品流通过程中菌落总数、嗜冷菌数、pH值、挥发性盐基氮值、硫代巴比妥酸值及K值的变化趋势,并采用高通量测序技术研究了流通过程中微生物群落演替规律。结果表明:随着流通时间的延长,鱼肉中的菌落总数和嗜冷菌数呈上升趋势,鲜度指标呈劣变趋势,其中断链组的品质劣变速度显著高于冷链组(P<0.05),鲜度指标与微生物指标之间具有显著相关性(P<0.05),能较好反映冷鲜金鲳鱼在流通过程中的鲜度损失情况。Alpha多样性指数和主成分分析表明,金鲳鱼中的微生物群落多样性与结构受环境温度波动的影响。样品流通过程中的菌相分析表明:在门水平上主要优势菌以变形菌门和厚壁菌门为主,在属水平上以苯基杆菌属为主,其中冷链组的次要优势菌是鞘氨醇单胞菌属、长绳菌属和unclassified_Anaerolineaceae;断链组的次要腐败菌是八叠球菌属、长绳菌属和unclassified_Anaerolineaceae。同时,从微生物代谢水平上发现,冷藏过程中断链组参与新陈代谢的相关基因相对丰度高于同一时间的冷链组。研究结果反映了冷链流通过程中金鲳鱼因温度波动产生潜在的质量安全风险,同时希望为从微生物层面开发针对性的金鲳鱼保鲜技术和冷链物流建设提供参考。     

应用MiSeq测序分析自然发酵豆酱酱块中微生物的多样性

为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平上,主要细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc),主要真菌为青霉菌属(Penicillium)、毛霉菌属(Mucor)。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,同一地区不同农家制作的酱块,绝大多数样品的微生物细菌菌群之间都存在紧密联系。     

贵州腌鱼中微生物群落的多样性研究

采用高通量测序技术对发酵腌鱼进行微生物群落多样性分析（采样于贵州省黔东南州6个县）。结果表明,腌鱼的微生物群落呈复杂多样性,不同样品间丰度存在较大差异性,且取样至不同地方的腌鱼乳酸含量、蛋白质含量和脂肪含量等指标呈明显差异,其中剑河县的腌鱼pH最高,天柱县的腌鱼乳酸含量最高,为剑河县的28倍。通过对腌鱼的微生物群落结构分析发现,门水平上,腌鱼的优势细菌和真菌分别为厚壁菌门（Firmicutes）和子囊菌门（Ascomycota）。属水平上,剑河县、榕江县、天柱县、从江县腌鱼的优势细菌为乳酸菌（Lactobacillus）,锦屏县和黎平县腌鱼的优势细菌为四联球菌（Tetragenococcus）,剑河县、锦屏县、黎平县、榕江县、从江县腌鱼的优势真菌为接合酵母（Zygosaccharomyces）,天柱县腌鱼的优势真菌为酿酒酵母（Kazachstania）。由群落Heatmap可知,剑河县、锦屏县、黎平县、榕江县腌鱼的细菌及真菌的优势菌属组成最为相似。基于典范分析方法（Canonical Correspondence Analysis,CCA）分析表明,细菌及真菌属水平上,对微生物群落影响最大的环境因子为乳酸。本研究可为贵州传统发酵腌鱼产业化发展提供了理论依据。     

基于Illumina MiSeq技术分析腌干鱼加工过程中微生物群落多样性

为研究传统和乳酸菌法加工腌干鱼过程微生物的变化规律,为优化腌干鱼工艺提供理论依据,采用MiSeq测序技术,研究腌干鱼在不同加工阶段的细菌多样性,结果表明:腌干鱼加工过程微生物种类丰富,主要分为三大类:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变性菌门(Proteobacteria);蓝圆鲹初始菌相中优势细菌为肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcactae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和希瓦氏菌科(Shewanellaceae);海鲈初始菌相中优势菌主要是气单胞菌科(Aeromonadaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、摩式摩根菌科(Moraganellaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)等。传统腌制加工过程中菌相比较单一,优势菌主要是弧菌科(Vibrionaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和动性球菌科(Planococcaceae);而接种乳酸菌发酵后,加工过程中细菌多样性呈现增加趋势,并且乳酸菌成为优势菌,促进了微杆菌科(Exiguobacteracea),葡萄球菌(Staphylococcaceae)等优势菌的繁殖;此外还检测到气单胞菌(Aeromonadaceae)和乳杆菌(Lactobacillaceae)等传统蓝圆鲹腌制加工过程中没有出现的菌。海鲈在腌制加工过程中细菌多样性明显高于蓝圆鲹,乳酸菌法腌制加工过程中细菌多样性明显增加。     

凝固型苦荞酸奶对小鼠肠道菌群的调节作用

通过动物实验,利用实时荧光定量聚合酶链式反应方法、气相色谱-质谱、Illumina高通量测序技术,对小鼠肠道菌群数量和种类,以及主要代谢产物——短链脂肪酸（乙酸、丙酸、丁酸、乳酸）的含量进行分析,探究凝固型苦荞酸奶对小鼠肠道菌群的调节作用。结果表明：与对照组相比,凝固型苦荞酸奶使肠道中3 种有益菌（乳酸杆菌、双歧杆菌、柔嫩梭菌）的数量分别增加了523.81、911.01、12.18 倍,3 种有害菌（肠杆菌、肠球菌、拟杆菌）的数量分别减少了99.89%、97.31%、99.02%。同时,凝固型苦荞酸奶组小鼠粪便中的乙酸、丙酸、丁酸、乳酸的含量分别增加了36.87%、75.59%、56.26%、92.36%,且效果优于普通酸奶组。高通量测序结果表明,凝固型苦荞酸奶较普通酸奶可以显著增加小鼠肠道菌群多样性,在门水平上显著降低厚壁菌门和疣微菌门的丰度,显著提高拟杆菌门的丰度（P＜0.05）;且在属水平上显著提高norank_f__Bacteroidales_S24-7_group、Faecalibaculum菌属的相对丰度,显著降低Ruminococcaceae_UCG-014、unclassified_f__Lachnospiraceae、Lachnospiraceae_UCG-006菌属的相对丰度（P＜0.05）,提高肠道菌群优势菌属的地位。综上所述,凝固型苦荞酸奶相较于普通酸奶,可以更好地促进小鼠肠道内有益菌的增殖并抑制有害菌的增殖,促进短链脂肪酸的生成,增加肠道菌群多样性,优化菌群结构。     

基于高通量测序技术分析东北豆酱的微生物多样性

为了解东北市售豆酱中的微生物多样性及其结构组成,本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对东北市售5种常见豆酱进行细菌16S rDNA V4区及真菌ITS1~2区基因序列分析,探究其微生物的群落结构组成及其多样性。结果表明,5种豆酱中细菌有效序列共131462条,1732个OUT,真菌有效序列120336条,1040个OUT。样本在门的水平上,优势细菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),真菌为子囊菌门(Ascomycota)。在属水平上,细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、芽孢杆菌属(Bacillus)、色盐杆菌属(Chromohalobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)。真菌主要为接合酵母属(Zygosaccharomycse)、曲霉属(Aspergillus)、赤霉属(Gibberella)、毛霉菌属(Mucor)、青霉菌属(Penicillium)。经OTU稀释性曲线的验证,能够证明本次实验结果覆盖了样品中绝大多数物种,实验结果较准确。综上所述,通过对豆酱进行高通量测序研究,发现其微生物群落和风味与其地理位置以及加工方式存在一定关系,加深了对成品豆酱中微生物群落结构和多样性的认识,能为今后豆酱的生产、保藏和优良菌种选育提供一定的理论支持。     

基于16S rRNA高通量测序方法比较新疆冷水鱼肠道中微生物多样性

为了解新疆阿勒泰地区额尔齐斯河流域野生冷水鱼肠道微生物多样性及其群落结构组成。采用NGS高通量测序技术,分析3?种冷水鱼肠道内容物和黏膜中细菌16S?rRNA?V4区基因序列,进而比较不同种类冷水鱼肠道内容物和黏膜中微生物的群落结构组成及多样性差异。结果共获得58?328?条有效序列,242?个OTU。多样性分析表明,哲罗鱼样品中的Shannon指数明显低于细鳞鱼和黑斑狗鱼,细鳞鱼和黑斑狗鱼在群落结构上更为接近。在门水平6?个样品中的菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）、丙型变形菌门（Gammaproteobacteria）为主;哲罗鱼中Firmicutes是最占优势的菌群门,而细鳞鱼和黑斑狗鱼中Gammaproteobacteria显著增加,Firmicutes显著减少。属水平上哲罗鱼中主要以肉杆菌属（Carnobacterium）为主,细鳞鱼和黑斑狗鱼中嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、不动杆菌属（Acinetobacter）、梭菌属（Clostridium sensu stricto）等比例较高。不同种鱼肠道微生物的组成及多样性在门和属水平上有明显差异,而同种冷水鱼的肠道内容物和黏膜间微生物群落组成较为相似,无显著差异。