酸乳中葡糖杆菌的LAMP检测方法研究

为了给酸乳生产企业提供一种快捷、简便、灵敏的葡糖杆菌的LAMP检测方法,本研究选取葡糖杆菌属的模式菌株氧化葡糖杆菌为代表菌株。根据Gen Bank中公布的氧化葡糖杆菌的16S r RNA(X73820)基因的强特异性序列设计四条引物,优化引物、Mg2+、温度等反应条件,建立了环介导等温扩增技术检测酸乳中葡糖杆菌的方法。对该方法的特异性和灵敏度进行评价,并与PCR方法的灵敏度进行比较。结果显示,该组引物的特异性强,对反应产物进行酶切分析,酶切产物的片段与理论值相符;该LAMP方法检测纯菌的灵敏度为7.5×101 CFU/m L,是PCR检测方法的10倍;用纯菌液对酸奶进行人工污染,提取模拟变质酸奶的DNA进行LAMP扩增,其最低检出限为7.5×102 CFU/m L。综上所述,本研究建立的LAMP检测方法特异性强、灵敏度高,耗时短,实现了对葡糖杆菌的快速检测,在食品检测行业具有很好的应用前景。     

改良LAMP快速检测酸土脂环酸芽胞杆菌的 研究

建立改良环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测酸土脂环酸芽胞杆菌的方法。以酸土脂环酸芽胞杆菌的16S r RNA基因保守区域设计4条特异性引物,优化反应体系,通过荧光曲线、琼脂糖凝胶电泳和白色沉淀判定扩增结果。同时,对LAMP引物特异性、灵敏度、检出限进行研究。LAMP法在61℃,60 min内完成酸土脂环酸芽胞杆菌的检测。2株酸土脂环酸芽胞杆菌呈阳性结果,17株非酸土脂环酸芽胞杆菌呈阴性结果,表明该种检测方法具有高特异性。检测纯菌灵敏度为7.2 CFU/m L,对人工污染苹果汁样品中酸土脂环酸芽胞杆菌的检出限是18 CFU/m L。LAMP法检测酸土脂环酸芽胞杆有操作简单、灵敏度高、特异性强等优点,应用前景广阔。     

乳酸菌饮料中嗜酸乳杆菌的实时荧光定量PCR检测方法

目的：为快速准确检测乳酸菌饮料中的嗜酸乳杆菌,建立实时荧光定量聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法。方法：根据嗜酸乳杆菌NCFM的SPIDR保守区域设计特异性引物与探针,借助建立的实时荧光定量PCR方法进行特异性、灵敏度、重复性以及抗干扰能力验证,并利用模拟样品对方法进行检验,最后对市售的实际样品进行检测。结果：该方法的特异性较好;方法的绝对灵敏度达到3pg,相对灵敏度达103 CFU/mL;重复性检测表明相对标准偏差在2.6%以下。同时进行杂菌干扰实验,在纯基因组水平和培养物水平混合大肠杆菌,扩增均无明显影响,表明建立的方法抗干扰能力较好。利用建立的实时荧光定量PCR方法对模拟样品进行检测并建立标准曲线,得出R2为0.987,线性较好,可进行实际样品的检测。对市售的11 份样品进行检测,其中6 份含有嗜酸乳杆菌菌株,5份不含嗜酸乳杆菌菌株,标记嗜酸乳杆菌的样品全部检测出嗜酸乳杆菌且含量在5.83×102～3.68×104 CFU/mL之间。结论：建立的实时荧光定量PCR方法可快速、准确地检测出乳酸菌饮料中嗜酸乳杆菌。     

葡糖杆菌的SYBR Green Ι荧光定量PCR方法的建立

基于Gen Bank提供的葡糖杆菌的16S r RNA保守序列设计PCR引物,利用SYBR GreenΙ荧光定量PCR技术建立一种快速灵敏检测酸乳制品中葡糖杆菌的方法。用本研究建立的SYBR GreenΙ荧光PCR方法对3株葡糖杆菌以及18株非葡糖杆菌进行特异性检测,并用凝胶电泳验证其可靠性,结果显示,本研究所设计的引物具有良好的特异性。对扩增结束后的PCR产物进行溶解曲线分析,证实此引物的扩增产物存在引物二聚体,但可通过溶解曲线的出峰时间排除非特异性扩增。利用SYBR GreenΙ荧光定量PCR检测葡糖杆菌建立的标准曲线相关性良好,R2=0.9968,对葡糖杆菌进行灵敏度检测,最低检出限可达75 CFU/m L。利用该方法可成功检测出5份人工污染样品中的葡糖杆菌,研究表明,该方法灵敏度高、操作简便快捷,适用于酸乳制品的定量检测。     

可视化环介导恒温扩增法检测蔬菜产地环境灌溉水源中沙门氏菌

目的建立可视化环介导恒温扩增体系(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)检测灌溉水源中沙门氏菌的分析方法。方法以沙门氏菌侵袭蛋白A(invA)基因序列设计特异性LAMP检测引物,优化LAMP反应体系和反应条件后,通过特异性实验、灵敏度实验对LAMP检测方法进行测试,并与国标检测方法对比检测人工污染的灌溉水源样品,验证该方法的准确性。结果灵敏度实验结果显示本LAMP检测方法最低检出限为7 CFU/25μL,特异性实验结果显示本LAMP检测方法具有良好的特异性,干扰菌株对本LAMP检测方法无影响。该方法在与国家标准检测方法对比,检测人工污染的灌溉水源样品时具有相同的准确性,检测灵敏度为1×10^2 CFU/mL。结论本研究建立了快速、准确、灵敏的恒温扩增体系,可以应用于灌溉水源中沙门氏菌的快速检测。     

发酵奶中乳酸菌菌种检出及活菌计数调查

目的分析北京市场发酵奶(酸奶)在保质期内的乳酸菌数及乳酸菌菌种的检出率。方法对11个酸奶厂家的20种不同酸奶产品进行乳酸菌活菌计数及所用菌种的检验。结果在保质期间,双歧杆菌和嗜酸乳杆菌检出率分别为23.08%和27.27%;保加利亚乳杆菌与嗜热链球菌分别为72.22%和94.44%。在保质期末,嗜热链球菌的平均活菌数为3.23×106CFU/ml,保加利亚乳杆菌为4.17×105CFU/ml,双歧杆菌为1.12×104CFU/ml,嗜酸乳杆菌为1.32×104CFU/ml。结论酸奶中嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌的检出率及活菌数均高于双歧杆菌和嗜酸乳杆菌。     

一种检测β溶血性链球菌的荧光环介导等温扩增方法的建立

目的 研究β溶血性链球菌的荧光环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification, LAMP）检测方法,实现对β溶血性链球菌的快速检测。方法 针对β溶血性链球菌spy1258基因设计4对特异性引物,对建立的LAMP体系优化其反应扩增条件,并对该方法特异性和灵敏度评价,并将该方法和国标法分别应用于10份牛奶样品的检测。结果 该方法特异性强,内外引物比为3:1,反应温度为63℃时达到最佳反应条件,检测灵敏度达100 fg/μL,检出限低至9.8 CFU/mL ,且10种样品的LAMP法与传统国标法检测结果一致。结论 本研究建立的荧光LAMP法具有快速,直观,灵敏度高和特异性强等优点,可应用于食品β溶血性链球菌的初步筛选。     

环介导等温扩增技术快速检测椰毒假单胞菌的研究

建立环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测椰毒假单胞菌的方法.根据公布的椰毒假单胞菌16S～23SrRNA基因序列设计引物,建立了LAMP反应体系,在此基础上检测了蜡样芽孢杆菌菌液和人工污染蜡样芽孢杆菌的银耳样品,并将LAMP法与PCR法进行比较.结果表明,LAMP检测方法具有较高的特异性和敏感性,椰毒假单胞菌的检出限为5.4CFU/mL,是PCR方法检测灵敏度的1000倍,人工污染银耳样品中的椰毒假单胞菌的检出限为76CFU/g,样品中椰毒假单胞菌的检测过程(包括DNA提取、LAMP和电泳)可在2h内完成,因此LAMP可以简便快速有效地检测食品中的椰毒假单胞菌.     

解旋酶恒温基因扩增方法快速检测酸乳中醋化醋杆菌

目的建立解旋酶恒温基因扩增方法(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)快速检测酸乳中醋化醋杆菌的分析方法。方法以醋化醋杆菌的16S-23S rRNA ITS序列为目的基因,设计一对特异性引物,优化反应条件UvrD helicase、T4 gp32的浓度,通过解旋酶恒温基因扩增方法直接检测酸乳中醋化醋杆菌,扩增产物通过电泳进行检测。结果 HDA法检测酸乳中醋化醋杆菌的特异性强,实验涉及的其他菌株均未发生扩增,只有醋化醋杆菌得到与设计序列长度一致的197 bp基因片段,方法检出限为3.6×10~1 CFU/g,实验条件优化后T4 gp32、UvrD helicase的终含量分别为4.0、0.15μg。结论该方法灵敏度较高,时间较短,为酸乳中醋化醋杆菌的检测提供了新的思路,同时也为其他食品污染菌的快速检测提供了借鉴意义。     

实时荧光LAMP技术快速检测变形杆菌

建立一种快速检测变形杆菌的方法。采用实时荧光LAMP(Real Amp)技术检测变形杆菌,分析Gen Bank中公布的变形杆菌atp D基因序列,针对其6个区域设计4条引物,利用实时荧光监测仪等温(62℃)扩增模板DNA,通过与电脑相连进行实时监测,对该方法检测变形杆菌的特异性、灵敏度、人工污染猪肉检出限等方面进行研究,并将该检测法的灵敏度与普通环介导等温扩增(LAMP)检测法进行比较。结果表明,Real Amp检测方法比普通LAMP检测方法更加方便快捷,20 min内即可判定结果;用于特异性试验的19株试验菌株中,6株变形杆菌呈阳性结果,其他13株非变形杆菌均呈阴性结果;检测纯菌的灵敏度为8.1CFU/m L,是普通LAMP检测方法的10倍;人工污染猪肉的检出限为81CFU/m L。本研究建立的Real Amp检测方法操作简单,耗时短,特异性强、灵敏度高,能够实现对变形杆菌的快速检测。     

环介导等温扩增检测猪血中金黄色葡萄球菌

采用环介导等温扩增(LAMP)技术,检测猪血中金黄色葡萄球菌.以金黄色葡萄球菌(CMCC10201)的femA基因作为靶序列,设计LAMP和PCR引物,通过凝胶电泳,判断检测结果.对8株常见致病菌进行LAMP特异性实验,表明对金黄色葡萄球菌的检测具有很高的特异性;LAMP检测金黄色葡萄球菌的灵敏度为8.7CFU/mL,直接检测猪血中金黄色葡萄球菌的检出限为8.7×102CFU/mL,PCR法的检出限为8.7×103CFU/mL.本实验所建立的快速检测猪血中金黄色葡萄球菌的LAMP法具有较高的特异性和敏感性,能够满足快速检测的需要.     

实时荧光环介导等温扩增技术检测猪肉中的假单胞菌

根据假单胞菌16S rDNA基因序列设计引物,并向反应体系中加入饱和型核酸染料Eva Green,利用实时荧光检测仪,建立假单胞菌属实时荧光环介导等温扩增技术(LAMP)。研究中对62株假单胞菌的16S rDNA基因通过DNAMAN软件进行序列比对后,针对共有片段设计扩增引物。对扩增体系进行了优化,优化结果经电泳鉴定。通过12株假单胞菌和23株非假单胞菌进行特异性验证,并比较了实时荧光LAMP与普通LAMP的灵敏度,对人工污染样品的检出限进行了测定。结果表明,特异性验证中12株假单胞菌为阳性,23株非假单胞菌为阴性。实时荧光LAMP检测纯菌的灵敏度为36 CFU/mL,是普通LAMP灵敏度的10倍。人工污染样品的检出限为1.73×10~3 CFU/g。本研究中建立了一种检测冷鲜猪肉中假单胞菌属的方法,实现了多个菌种的同时检测,避免了单一菌种检测的局限性,该方法快速、准确、灵敏度高,可在2 h内完成冷鲜猪肉中假单胞菌的检测。     

LAMP,PCR, and real-time PCR detection of <Emphasis Type="Italic">Acetobacter aceti</Emphasis> in yogurt

Acetic acid bacteria (AAB) can spoil food. Acetobacter aceti as a core subgroup of AAB is usually isolated from yogurt. A. aceti should be timely and effectively detected to prevent yogurt contamination. The present study focused on A. aceti to establish an assay that can be performed to detect AAB in yogurt. LAMP, PCR, and real-time PCR were applied and compared for detecting A. aceti from pure culture and artificially contaminated yogurt samples. In pure culture, LAMP showed the highest detection sensitivity with 10^?1 CFU/mL. For yogurt samples, the sensitivity limit of LAMP was 10² CFU/mL, which was lower than that of real-time PCR (10¹ CFU/mL). The results indicated that these methods could be quickly and efficiently applied to detect A. aceti. As LAMP technology has low cost and high detection efficiency, it can potentially be applied for detecting A. aceti in production and quality control programs of yogurt.     

Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification assay for the rapid detection of <Emphasis Type="Italic">Staphylococcus aureus</Emphasis> in food

A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the rapid detection of Staphylococcus aureus in food was developed and evaluated. Heat-stable nuclease (nuc) gene was the target sequence amplified by LAMP. LAMP includes primer design, amplification at 64 °C, macroscopic observation, and estimation of the results. The LAMP detection of S. aureus was sensitive up to 1.25 CFU per reaction tube, with a detection limit of 10.3 CFU per reaction tube in the artificial contamination test, and the experiment took less than 1 h. Sensitivity of the method in Staphylococcus aureus detection was 100%, with 97.93% specificity and a 98.5% match ratio when compared using Chinese National Standard. The LAMP method is superior to the Chinese National Standard method in terms of sensitivity, cost, testing time, and convenience.     

食品中沙门氏菌FTA膜结合跨越式滚环等温扩增检测方法的建立

为实现食品中沙门氏菌的简便和快速现场检测,本研究采用FTA膜(Flinders technology associates,FTA)结合跨越式滚环等温扩增(Saltatory rolling circle amplification,SRCA)方法(FTA-SRCA)建立一种新型的沙门氏菌检测方法。利用FTA膜快速提取模板DNA,根据沙门氏菌的inv A基因设计及筛选引物,建立FTA-SRCA反应体系。扩增反应在能够实现集约化检测的凹孔板中进行,反应结束后添加荧光染料观察结果。确定了该方法的特异性、灵敏度和人工污染样品的检出限,并对60个实际样品进行检测,评估其敏感性、特异性和符合率。结果表明:检测的17株沙门氏菌均为阳性结果,29株非沙门氏菌均为阴性结果,特异性良好。FTA-SRCA方法的灵敏度为6.81×100 CFU/m L,比PCR方法高100倍,比SRCA方法高10倍。对于人工污染的牛奶样品检测,FTA-SRCA方法的检出限为3.22×100CFU/m L,比PCR方法低1000倍,比SRCA方法低10倍。检测实际样品的敏感性、特异性和符合率分别为100.00%,94.64%,95.00%。本研究建立的FTA-SRCA方法具有操作简便快速、成本低廉、特异性强、灵敏度高、检出限低等优点,可用于食品中沙门氏菌的大批量集约化快速现场检测。     

恒温实时荧光法快速检测奶粉中阪崎肠杆菌方法的建立

为实现奶粉中快速检测阪崎肠杆菌,本文建立了检测阪崎肠杆菌的恒温实时荧光法。针对阪崎肠杆菌16S r RNA设计三组LAMP引物,采用Deaou-308C恒温实时荧光检测平台,选取常见病原菌标准株进行引物特异性检测;选取阪崎肠杆菌标准菌株进行基因组DNA灵敏度和最低检测限测定,同时利用人工污染方式检测此方法在脱脂和全脂奶粉中的灵敏度和最低检测限,利用Real Amp法和国标法对20份市售奶粉进行对比实验。结果显示,引物组16S-11扩增效率最优,与常见病原菌无交叉反应,对阪崎肠杆菌基因组DNA、阪崎肠杆菌污染的脱脂和全脂奶粉的灵敏度分别达到102 CFU/m L、102 CFU/m L和103 CFU/m L;对阪崎肠杆菌基因组DNA和阪崎肠杆菌污染的脱脂和全脂奶粉的最低检测限分别达到103 CFU/m L、103 CFU/m L和104 CFU/m L;在20份市售奶粉样品中Real Amp检测结果与传统国标培养结果一致,表明本文建立的阪崎肠杆菌Real Amp检测方法适用于阪崎肠杆菌的快速检测。     

实时荧光单引物等温扩增(SPIA)技术检测大肠杆菌O157的方法研究

建立一种快速、灵敏的食品中肠出血性大肠杆菌O157的检测方法。以大肠杆菌O157的特异性基因(rfbE)为靶序列,设计相应的RNA/DNA组合引物和链终止序列,优化引物浓度、Mg2+浓度、温度等反应条件,建立实时荧光单引物等温扩增(Real Time Fluorescence Single Primer Isothermal Amplification,实时荧光SPIA)检测大肠杆菌O157的方法,并对该方法的特异性、灵敏度以及人工污染检出限进行检测。确定了实时荧光SPIA法的最适反应条件,该方法可以在55 min内完成检测工作,除大肠杆菌O157外,其他细菌均未产生特异性荧光扩增曲线,而且实时荧光SPIA检测大肠杆菌O157的灵敏度为2.0 CFU/m L,对猪肉人工污染样品中大肠杆菌O157的检出限是4.0 CFU/g。实时荧光SPIA方法检测大肠杆菌O157具有耗时短,灵敏度高,特异性强,方法简便的优越性,为检测食源性致病菌构建了一个技术平台。     

溶血性链球菌LAMP检测方法的建立

目的：研究溶血性链球菌的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,实现对溶血性链球菌的快速检测。方法：针对溶血性链球菌的scpA 基因设计4 条特异性LAMP 内外引物进行LAMP扩增;优化扩增反应条件;采用包括溶血性链球菌在内的6 种不同菌株进行LAMP 的特异性检测,并酶切鉴定;对溶血性链球菌菌液以无菌水进行10 倍系列梯度稀释后,进行LAMP 扩增检测其灵敏度;将菌掺入牛奶样本并进行LAMP 检测。结果：本法可快速灵敏地检测出溶血性链球菌,反应特异性高,检出限为16.7CFU/mL,而牛奶样本的检出限则达10CFU/mL。结论：LAMP 法可用于食品溶血性链球菌的快速检测。