基于传统分离培养和宏基因组测序分析不同产地小龙虾菌群的多样性

采用传统培养和宏基因组测序法研究浦口、太湖东山两产地小龙虾整体、表面、尾肉3个部位的初始菌群,解析其携带污染菌的差异。结果表明:浦口、太湖东山小龙虾的整体初始菌落总数差异不显著,分别为7.78 lg(CFU/g)和7.76 lg(CFU/g),而在选择性培养基上菌落数有明显差异,经16S rRNA序列鉴定,浦口小龙虾整体样品的优势菌为柠檬酸杆菌和气单胞菌,蜂房哈夫尼菌是太湖东山小龙虾整体样品的优势菌。在科水平上,宏基因组测序发现肠杆菌科肠杆菌是两产地小龙虾整体样品的优势菌;在属水平上,浦口小龙虾整体样品中的主要菌属为微小杆菌属和气单胞菌属,而太湖东山小龙虾整体样品的主要菌属为黄杆菌属、气单胞菌属和希瓦氏菌属。两产地小龙虾不同部位初始菌群的分析结果反映小龙虾潜在食品安全风险,并且不同产地的小龙虾污染菌群不同,为今后小龙虾保鲜、运输研究提供参考依据。     

冰鲜鸡预冷过程中微生物菌群多样性动态分析

为了对肉鸡屠宰预冷过程中预冷水、鸡胴体的微生物群落结构进行动态分析,研究二者优势菌群的消长规律。本文对第一批屠宰鸡通过预冷水0、2、4、6、8 h时预冷池中一阶、二阶预冷水以及鸡胴体进行菌落总数(TVC)检测,然后采用高通量测序的方法对二者的群落结构进行动态分析。菌落总数测定结果表明:在预冷过程中,一阶预冷水菌落总数由103 CFU/mL增长到105 CFU/mL,二阶预冷水菌落总数由102 CFU/mL增长到104 CFU/mL,在预冷前,鸡胴体的菌落总数为4.53 lg CFU/g,经预冷后在6~8 h内,鸡胴体表面菌落总数高于预冷前,说明预冷水已经失去了清洗减菌的作用,还可能会对鸡胴体造成交叉污染。高通量测序发现:在预冷过程中,一阶预冷水中气单胞菌属减少,假单胞菌属、链球菌属增加;二阶预冷水的不动杆菌属减少,假单胞菌属增加;与预冷前相比,预冷过程中鸡胴体的魏斯氏菌和漫球菌属减少,金黄杆菌属和假单胞菌属增加。本研究表明预冷后期预冷水失去减菌作用,对鸡胴体造成污染,预冷工艺主要对气单胞菌属、魏斯氏菌和漫球菌属有较好的减菌效果,对金黄杆菌和假单胞菌属减菌效果不佳。这为宰后胴体预冷工艺的优化提供参考依据,同时为冰鲜鸡产品的质量安全提供保障。     

基于传统培养和宏基因组测序分析泗洪小龙虾不同部位的菌群多样性

通过传统培养和宏基因组测序方法分析泗洪地区小龙虾整体、表面、尾肉等不同部位的菌群多样性,确定不同部位的特定污染菌组成。结果表明:小龙虾整体的初始菌数达8.4 (lg(CFU/g)),且不同部位的微生物群落有明显差异;通过宏基因组测序发现,在科水平上,黄杆菌科(Flavobacteriaceaea)是泗洪小龙虾不同部位的优势菌科,丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)和气单胞菌科(Aeromonadaceae)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌科;在属水平上,金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)和气单胞菌属(Aeromonas)分别是小龙虾整体、表面和尾肉的优势菌属,黄杆菌属(Flavobacterium)在3个部位中相对丰度均较高。     

淡水养殖罗非鱼中病原菌和腐败菌的分离与鉴定初探

本实验分析了刚捕获淡水养殖罗非鱼的体表黏液、腮、肠道、腐败肉和养殖池水的细菌菌相,结果表明,以上样品的菌落总数分别为1.0×103CFU/cm2、2.2×103CFU/g、1.4×105CFU/g、5.4×107CFU/g和2.6×104CFU/ml;共分离出353株菌,以革兰氏阴性菌为主.池水和新鲜鱼体的优势菌为芽孢杆菌、肠杆菌科、弧菌科,其主导地位随样品不同而有所差异,还有少量假单胞菌属、肠球菌属、葡萄球菌属等.腐败肉中的菌相较单一,优势菌为洋葱假单胞菌、嗜水气单胞菌和短芽孢杆菌,迟钝爱德华菌和克吕沃尔菌属少量.同时参照GB和SN标准对刚捕获罗非鱼的体表黏液、腮、肠道中病原菌进行分析,结果表明,在鱼体中检出大肠埃希氏菌、粪链球菌和铜绿假单胞菌,未检出单核增生李斯特氏菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、副溶血弧菌和溶血性链球菌等病原菌.     

母乳及婴儿粪便菌群分析及功能菌株筛选

目的 探究母乳喂养婴儿粪便菌群及母乳菌群相关性,获得具有潜在益生功能菌株.方法 对健康母子母乳及婴儿粪便样本进行Illumina高通量测序,探究母乳与婴儿粪便样本菌群结构组成,母乳菌群在婴儿肠道垂直传递情况.通过体外益生性质研究,对分离的菌株进行筛选.结果 母乳中的主要菌科为肠杆菌科、莫拉氏菌科、葡萄球菌科和链球菌科;...     

黄羽肉鸡屠宰过程中胴体表面腐败菌的变化

为了分析黄羽肉鸡屠宰加工环节的肉鸡胴体污染菌的菌群组成,本试验利用平板倾注法及Illumina MiSeq高通量测序高效地测定黄羽肉鸡屠宰过程中加工环境和胴体表面腐败菌的多样性。结果表明,净膛、预冷及分级是黄羽肉鸡菌落总数增长的主要污染来源工序,分级秤、分级车间工人手套、预冷槽及净膛工人手套为以上三个工序中污染来源接触面,且分级秤及分级车间工人手套所污染菌群是黄羽鸡胴体菌群的主要来源,使黄羽鸡胴体表面菌落总数及假单胞菌增长率高达24.13%、41.27%,经过分级秤及分级车间工人手后黄羽鸡菌落总数显著（P<0.05）增加至4.63 lg(CFU/g)。打毛后（DM）、净膛后（JH）、净膛消毒后（CH）黄羽鸡胴体优势菌主要为链球菌属（Streptococcus）,大肠杆菌属（Escherichia）和气单胞菌属（Aeromonas）。黄羽鸡经预冷槽预冷后气单胞菌属丰度大幅增加,链球菌属次之。经过分级秤分级后黄羽鸡胴体菌群中不动杆菌属（Acinetobacter）为主要优势菌,巨球菌属（Macrococcus）次之。添加次氯酸电解水减菌后,黄羽肉鸡胴体表明气单胞菌属和链球菌属丰度大幅...     

屠宰过程中猪胴体表面及环境的细菌菌相分析

应用传统培养方法结合高通量测序技术分析屠宰分割过程中猪胴体表面微生物污染情况，并对屠宰车间刀具和分割车间接触面进行细菌菌落计数，以确定屠宰分割过程中的关键污染环节。结果表明：测序共得到881 458 个有效序列，864 个可操作分类单元，样品共注释到了22 门、33 纲、79 目、162 科、382 属和613 种的微生物信息。变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidota）和厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门，不动杆菌属（Acinetobacter）和气单胞菌属（Aeromonas）为主要的优势菌属。屠宰分割过程中群落多样性的排序为放血＞脱毛＞分割＞开膛＞冲淋＞冷却，冷却环节胴体表面的微生物多样性最低，分割后有所增加，表明分割是关键污染环节。传统微生物计数与测序的结果一致，从脱毛到冷却环节，猪胴体表面各类微生物数量呈下降趋势，分割后显著上升；分割车间各接触面菌落总数平均为6.11（lg（CFU/cm2）），高于屠宰车间刀具（平均为4.86（lg（CFU/cm2））），表明分割车间各接触面是关键污染源，进一步证明猪胴体分割环节为关键污染环节。     

基于Illumina MiSeq技术分析腌干鱼加工过程中微生物群落多样性

为研究传统和乳酸菌法加工腌干鱼过程微生物的变化规律,为优化腌干鱼工艺提供理论依据,采用MiSeq测序技术,研究腌干鱼在不同加工阶段的细菌多样性,结果表明:腌干鱼加工过程微生物种类丰富,主要分为三大类:拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变性菌门(Proteobacteria);蓝圆鲹初始菌相中优势细菌为肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcactae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和希瓦氏菌科(Shewanellaceae);海鲈初始菌相中优势菌主要是气单胞菌科(Aeromonadaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)、肠杆菌科(Enterbacteriaceae)、肠球菌科(Enterococcaceae)、摩式摩根菌科(Moraganellaceae)、链球菌科(Streptococcaceae)等。传统腌制加工过程中菌相比较单一,优势菌主要是弧菌科(Vibrionaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)、假单胞菌科(Pseudomonadaceae)和动性球菌科(Planococcaceae);而接种乳酸菌发酵后,加工过程中细菌多样性呈现增加趋势,并且乳酸菌成为优势菌,促进了微杆菌科(Exiguobacteracea),葡萄球菌(Staphylococcaceae)等优势菌的繁殖;此外还检测到气单胞菌(Aeromonadaceae)和乳杆菌(Lactobacillaceae)等传统蓝圆鲹腌制加工过程中没有出现的菌。海鲈在腌制加工过程中细菌多样性明显高于蓝圆鲹,乳酸菌法腌制加工过程中细菌多样性明显增加。     

肉鸡屠宰加工过程中胴体微生物污染分析及不同冲淋条件对胴体减菌的影响

测定肉鸡在屠宰加工过程中脱毛后、掏内脏后、胴体清洗后、预冷后、分割后、速冻后胴体表面的菌落总数、大肠菌群、肠球菌数量以及检测产品的金黄色葡萄球菌、沙门氏菌;通过对不同浓度乳酸、不同温度热水、不同冲淋时间进行均匀设计分组,冲淋处理胴体清洗前的肉鸡胴体,测定其菌落总数。肉鸡在整个屠宰生产链上胴体污染的菌落总数、大肠菌群和肠球菌数分别为4.56⁵.74、2.665.74、2.66⁴.81、2.014.81、2.01³.57(log10CFU/cm2)。肉鸡产品的菌落总数4.57(log10CFU/cm2)符合GB16869-2005鲜、冻禽产品标准,大肠菌群3.50(log10 CFU/cm2)、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌的检出率分别为37.25%、12.75%,不符合标准,肠球菌没有限量标准,但产品的肠球菌数(2.53(log10CFU/cm2))较高;对肉鸡胴体表面减菌的适宜条件为乳酸浓度1.5%、热水温度50℃、冲淋时间15 s,可减少菌落总数1.998(log10CFU/cm2)。肉鸡屠宰过程中胴体微生物污染较严重,存在致病菌污染,乳酸结合热水冲淋可显著减少肉鸡胴体表面的菌落总数。     

闽东大黄鱼在养殖和处理加工过程中的细菌污染

为了解闽东养殖大黄鱼的食品卫生状况,研究了闽东三都湾刚捕获及其经过冷却处理加工的养殖大黄鱼可食部分的细菌总数和细菌相。由于受不同养殖海区卫生状况的影响,刚捕获大黄鱼的细菌总数差别很大,为103～106CFUg。处理加工后大黄鱼细菌总数变化不明显。养殖密集海区刚捕获大黄鱼菌群中,嗜水气单胞菌居优势(25.2%),阴沟肠杆菌和弗氏柠檬酸杆菌占较大比例。处理加工后,嗜水气单胞菌所占比例下降为0,阴沟肠杆菌有所下降,其它菌群的比例有不同程度的上升。刚捕获和处理加工后大黄鱼的细菌总数和细菌相表明,大黄鱼的微生物污染主要来自养殖海区,处理加工过程没有明显的细菌污染,但是在处理加工结束时鱼体温度没有下降到0～8℃的冷却链范围,有待改进。     

应用PCR-DGGE技术研究贮藏期内冷鲜羊肉表面的优势菌

为研究冷鲜羊肉表面存在的主要菌群,应用传统微生物培养方法和变性梯度凝胶电泳方法,探讨冷鲜羊肉在4 ℃条件下的贮藏期以及这期间其表面的主要优势菌。结果表明,随着4 ℃贮藏时间的延长,羊肉表面细菌总数增加,当贮藏第7天时,菌落总数达到1.4×106 CFU/g,肉已腐败变质;对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳图谱进行切胶回收测序后表明,冷鲜羊肉中检测到的细菌为假单胞菌（Pseudomonas）、热死环丝菌（Brochothrixsp.）、乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）、嗜冷杆菌（Psychrobacter）以及芽孢杆菌（Bacillus）,其中,假单胞菌和热死环丝菌是导致冷鲜羊肉腐败变质的主要优势菌。     

肉牛屠宰过程中胴体表面及接触环境污染情况分析

为研究肉牛屠宰场屠宰过程中牛胴体表面污染及接触环境污染变化情况,选取某牛屠宰场采集样品共计322 份,分别在剥皮扯皮、去内脏、修整称质量、冲洗及排酸环节对牛胴体后腿、背部、胸部、前腿及颈部以及屠宰前后的工人手部及刀具进行采样,测定菌落总数、乳酸菌、大肠菌群、金黄色葡萄球菌及假单胞菌的污染情况。结果表明：胴体表面污染情况总体呈现先上升后下降的趋势,修整称质量环节污染最为严重,菌落总数可达到2.82（lg（CFU/cm2））;胸部为屠宰过程中污染最严重的部位,平均菌落总数可达到2.10（lg（CFU/cm2））;屠宰空气在冲洗时污染最为严重,空气沉降菌落总数高达271.33 CFU/皿;屠宰工人的手部及刀具也是胴体污染的主要来源。     

羊肉屠宰加工场主要污染菌的分布及其对熟制羊肉的致腐能力

对江苏省苏州市具有代表性的某羊屠宰场的屠宰环境及熟制品加工车间进行微生物检测,重点对熟制品加工过程进行检测,包括煮制车间的接触面、各加工车间的空气以及清洗前后的生肉与煮制后的熟肉,以确定熟制品加工过程中污染菌群的分布。结果表明,熟制品加工过程中各加工车间空气细菌数均低于10 CFU/皿,表明空气质量合格。而煮制车间的接触面污染较严重致使交叉污染造成熟制羊肉的菌落总数达到3.23(lg(CFU/cm~2))。结合形态观察和16S rDNA菌种鉴定,所污染的菌主要为芽孢杆菌、腐生葡萄球菌、变形杆菌、金黄杆菌和微杆菌等。随后选取3个污染菌芽孢杆菌(Bacillus sp.M1、Bacillus sp.M9)和腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus M7),通过对熟制羊肉的感官评分、pH值、菌落总数、挥发性盐基氮值和腐败代谢产物产量因子的测定评定它们对熟制羊肉的致腐能力。结果显示,Bacillus sp.M1的致腐能力最强且明显高于S.saprophyticus M7和Bacillus sp.M9,为有效预防和控制熟制羊肉的微生物污染提供依据。     

冷鲜牛肉贮藏中菌群结构及优势菌致腐性的分析

为探究牛肉在0?℃冷藏下微生物菌群变化和优势腐败菌,采用培养依赖的16S rRNA结合高通量测序技术分析牛肉样品的微生物多样性变化。通过定期测定接种牛肉汁的生长、感官、蛋白酶活性、pH值和挥发性盐基氮（total volatile basic nitrogen,TVB-N）值,分析分离株的致腐特征。结果表明,牛肉冷藏中感官品质保持良好,15?d出现异味,18?d有腐臭味。而样品中菌落总数第3天快速上升,15?d菌落总数为8.73（lg（CFU/g））,之后呈现稳定,假单胞菌（Pseudomonas spp.）、热死环丝菌（Brochothrix thermosphacta）、肠杆菌（Enterobacter）和乳酸菌4 种分离培养基中细菌与菌落总数增长趋势相似,其中假单胞菌增长最快,肠杆菌数和乳酸菌数生长最慢。两种菌群鉴定结果显示,冷鲜牛肉初始微生物构成复杂,包括热死环丝菌、不动杆菌属（Acinetobacter spp.）、气单胞菌属（Aeromonas spp.）和假单胞菌等多种菌属构成,而腐败末期菌群构成趋于单一,假单胞菌和热死环丝菌为优势腐败菌,特别是莓实假单胞菌（P. fragi）。将腐败分离株10?株假单胞菌、4?株热死环丝菌和1?株蜂房哈夫尼菌（Hafnia alve）接种于冷藏的牛肉汁,发现假单胞菌和蜂房哈夫尼菌的接种组感官评分、pH值和TVB-N值高于热死环丝菌,且假单胞菌有较强的蛋白酶活性。研究表明,结合感官和微生物评价冷鲜牛肉贮藏期为15?d,且菌群多样性下降,假单胞菌和热死环丝菌是优势腐败菌,其中假单胞菌致腐性较强。     

4 ℃贮藏期内冷鲜羊肉表面菌相变化分析

研究4 ℃条件下贮藏时间对冷鲜羊肉表面菌相组成的影响,以菌落总数为指标,结合菌落聚合酶链式反应法,了解冷鲜羊肉在其贮藏期内的菌群构成,以及随着贮藏时间延长其优势菌群的变化。结果表明,冷鲜羊肉在4 ℃托盘贮藏条件下,菌落总数随贮藏时间的延长而增加,第7天其菌落总数超过106 CFU/g,样品已经腐败变质;其表面主要菌群包括假单胞菌属、芽孢杆菌属、不动杆菌属等。随着贮藏时间的变化,假单胞菌占总菌相的大部分,是造成冷鲜羊肉腐败变质的主要优势菌。     

Tracking spoilage bacteria in commercial poultry processing and refrigerated storage of poultry carcasses

Four trials were conducted to examine the effect of commercial processing and refrigerated storage on spoilage bacteria in the native microflora of broiler carcasses. Prescalded, picked, eviscerated, and chilled carcasses were obtained from a commercial processing facility, and psychrotrophs in the bacterial flora were enumerated on Iron Agar, Pseudomonas Agar, and STAA Agar. The size of the population of spoilage bacteria on processed carcasses stored at 4 degrees C for 7, 10, or 14 days was also determined. Bacterial isolates were identified and dendrograms of the fatty acid profiles of the isolates were prepared to determine the degree of relatedness of the isolates. Findings indicated that although some processing steps increased the level of carcass contamination by selected bacteria, the number of spoilage bacteria recovered from processed carcasses was significantly (P< or = 0.05) less than the number of bacteria recovered from carcasses entering the processing line. Acinetobacter and Aeromonas spp. were the primary isolates recovered from carcasses taken from the processing line. During refrigerated storage, there was a significant (P < or =0.05) increase in the population of bacteria on the carcasses, and Pseudomonas spp. were the predominant bacteria recovered from these carcasses. Dendrograms of the fatty acid profiles of the isolates indicated that bacterial cross-contamination of carcasses occurs during all stages of processing and that some bacteria can survive processing and proliferate on carcasses during refrigerated storage. Furthermore, cross-contamination was detected between carcasses processed on different days at the same facility. Findings indicate that although poultry processing decreases carcass contamination by psychrotrophic spoilage bacteria, significant levels of bacterial cross-contamination occur during processing, and bacteria that survive processing may multiply on the carcasses during refrigerated storage.     

肉鸡屠宰加工中减菌处理前后细菌菌相分析

基于16S rDNA V6～V8可变区的聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-denaturinggradient gel electrophoresis,PCR-DGGE）技术分析肉鸡屠宰加工过程中减菌处理前后胴体或产品细菌多样性。在预冷环节前采用50 ℃、1.5%乳酸溶液对肉鸡胴体冲淋15 s进行减菌处理,采集屠宰加工环节中减菌处理前后的胴体或分割产品表面样品,提取样品中的细菌总DNA,通过16S rDNA V6～V8可变区的PCR扩增,变性梯度凝胶电泳,对PCR扩增片段割胶回收、克隆测序分析减菌前后细菌菌相变化。结果表明,减菌前,胴体清洗环节DGGE条带的数量最多、亮度最强,细菌污染最严重,其次是分割环节,而预冷环节细菌种类及数量最少,污染程度最低;减菌后,各屠宰加工环节细菌种类与数量较减菌前均有所减少,其中胴体清洗环节与分割环节细菌的种类与数量减少量最多,预冷环节细菌的种类及数量最少,不同屠宰加工环节细菌种类并不完全一致;乳杆菌属细菌在整个肉鸡屠宰加工过程中均有出现,与肠杆菌科和假单胞菌属细菌为肉鸡屠宰加工过程中的优势腐败菌。     

真空包装冷藏鲟鱼中优势腐败菌的分离、鉴定及生长预测

为监测真空包装鲟鱼在冷藏过程中的优势腐败菌动态变化,通过感官评价和传统选择性培养的方法,对真空包装冷藏鲟鱼中的优势腐败菌进行了分析;同时选择性分离筛选出代表性菌株Q-1和C-1,并基于16S rRNA基因进行了鉴定。结果表明:气单胞菌和肠科菌是真空包装鲟鱼在冷藏过程中的优势腐败菌;菌株Q-1可能为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)新亚种,菌株C-1为路德维希肠杆菌(Enterobacter ludwigii);同时与菌株C-1相比,菌株Q-1的生长延滞期较长,但生长较快,修正的Gompertz模型能够可靠地分别预测菌株C-1和菌株Q-1在真空包装鲟鱼在冷藏过程中生长动态。     

冷藏卵形鲳优势腐败菌的分离鉴定及致腐能力分析

为研究卵形鲳鲹冷藏末期的优势腐败菌及其致腐能力,采用传统选择性培养结合16S rDNA序列分析法,对卵形鲳鲹4℃贮藏期间腐败菌分别进行分离纯化、菌相分析及菌属确定,并以腐败物质的产量因子Y_TVB-N/CFU为评价标准,定量分析了贮藏末期优势菌的致腐能力。结果得出,卵形鲳鲹4℃贮藏过程中共分离纯化出16株细菌,其中革兰氏阴性菌10株,革兰氏阳性菌6株,其分属6个菌属。贮藏初期（0 d）时菌相丰富,希瓦氏菌属（Shewanella sp.）、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、芽孢杆菌属（Bacillus sp.）、乳酸杆菌属（Lactobacillus sp.）与肠杆菌属（Enterobacter sp.）等均有出现;中期（3 d）菌群种类有所减少,以希瓦氏菌属（Shewanella sp.）与假单胞菌属（Pseudomonas sp.）所占比例较高,后期（6 d）种类进一步减少,只有3株菌占较高,分别是2号腐败希瓦氏菌（Shewanella putrefaciens 48%）、5号奥奈达希瓦氏菌（Shewanella oneidensis 26.6%）与16号霍氏肠杆菌（Enterobacter hormaechei 19.4%）;致腐能力由高至低依次为腐败希瓦氏菌 > 奥奈达希瓦氏菌 > 霍氏肠杆菌,其中腐败希瓦式菌致腐能力显著强于另两株菌;综合贮藏末期所占比例及致腐能力结果,最终确定腐败希瓦氏菌为4℃贮藏下卵形鲳鲹的优势腐败菌。