利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪，26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）测定，通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控，用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算，分析杭猪保种群的遗传多样性；使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH）、构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵，并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数；采用Gmatrix软件构建G矩阵，分析杭猪保种群的亲缘关系；使用Mega X软件构建公猪进化树，分析保种群体的家系结构。结果表明，30头杭猪共得到57 466个SNPs标记，平均检出率为0.988 3±0.000 4，通过质检SNPs数为34 156；平均最小等位基因频率为0.228±0.137，平均多态信息含量为0.255±0.098；平均观察杂合度为0.359±0.181，平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6，公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5；G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致，两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs，83.33%的ROH长度在10 Mb以内，平均长度为（6.96±9.62） Mb，个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082，其中公猪平均近交系数为0.219±0.082，说明杭猪保种群整体的近交程度不严重，但公猪存在近交。进化树结果表明，杭猪保种群体目前只有2个家系，其中1个家系包含4头公猪，另一个家系不含公猪。综上所述，杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少，母猪近交程度低，公猪存在近交，需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存，防止杭猪遗传多样性的丢失。     

民猪种群近交程度分析及对保种的启示

保种的主要目标是最大限度地保持种群内的遗传多样性,在利用小群体保种的情况下,为使有限的个体能够携带更丰富的基因类型,单纯从保种的角度来看,应尽量避免近交.因此,经常地准确地分析和监测保种群近交程度的变化自然成为保种实践的重点工作.     

民猪不同保种方案的保种效果与经济评价

根据盛志廉（１９８９）提出的保种、选育、利用相结合的系统保种思想．考虑到现实的一些条件．目前在兰西民猪保种场最可行的保种方案也是小群体保种、在保种场,以保种为中心。对东北民猪进行适当选育以保持其原有性能。并生产纯种民猪或（和）杂交猪以实现对民猪的利用。参考国内外有关猪小群体活体保种之经验、从兰西种猪场的实际出发、总结了三种可能的民猪保种方案。现分别对每种方案的保种效果做出分析与经济评价。为寻找适宜民猪的科学保种方法提供依据。１只保留纯种民猪、全群随机交配的保种选留模式这是最传统的保种方式。在保种…     

三种民猪保种方案的保种效果及其经济评价

根据盛志廉提出的保种、选育、利用相结合的系统保种思想,考虑到现实的一些条件,目前在兰西民猪保种场最可行的保种方案也是小群体保种.在保种场,以保种为中心,对东北民猪进行适当选育以保持其原有性能,并生产纯种民猪或(和)杂交猪以实现对民猪的利用.参考国内外有关猪小群体活体保种之经验,从兰西种猪场的实际出发,总结了三种可能的民猪保种方案,现分别对每种方案的保种效果做出分析与经济评价,为寻找适宜民猪的科学保种方法提供依据.     

东北半细毛羊种群近交程度分析及对保种的启示

对于东北半细毛羊种群的近交程度，近年来鲜有分析和研究。本文通过全面整理黑龙江省勃利地区东北半细毛种羊场自建场以来的留种与产仔资料，在理清系谱关系的基础上，对该场东北半细毛种羊场的近交程度作了系统分析，并探讨了引起近交程度变化的原因及其与保种措施的关系。     

利用SNP标记进行上杭槐猪群体系谱构建研究

为了对新组建的上杭槐猪保种群实施有效管理，维持群体遗传多样性，本研究通过“中芯一号”50K芯片对229头上杭槐猪DNA样本进行基因分型，并下载杜洛克猪、大白猪、长白猪等西方商业猪种60K芯片数据，合并后进行群体遗传结构分析，重构上杭槐猪保种群系谱并对上杭槐猪公猪群进行家系划分。结果显示：该上杭槐猪保种群与西方商业猪种群体在遗传结构上有明显区别，其个体种质资源纯正，是良好的保种材料。在5次重复系谱构建中，229个基因型个体亲缘关系均相同，系谱早期的22个虚拟个体及其所属亲缘关系在5次重复中均保持一致从而被保留。上杭槐猪保种群中公猪个体之间的亲缘关系较远，可划分为8个家系进行保种管理。本研究表明，通过数量丰富的SNP数据对多世代上杭槐猪群进行系谱构建与公猪家系划分以进行群体保种管理，可为上杭槐猪群体的保种工作提供科学的指导与建议。     

皖南花猪繁殖性能近交情况的初步分析

<正> 皖南山区的地方品种——皖南花猪,在历史上由于山区交通的闭塞和山岭的阻隔,形成了若干个自然团锁群体。这些群体由于长期地实行着不同程度的亲缘交配和人工选择,淘汰了大量的不良性状,逐渐形成具有一定程度的近交不衰的猪群,而成为当今比较优良的地方品种。为了研究皖南花猪的近交不衰的特性,以及为今后的保种、育种工作提供依据,对我场的皖南花猪生产群进行不同程度近交结果的观察和分析。     

兰西县种猪场发展现状、保种措施及存在的问题

1发展现状 兰西县种猪场始建于1970年,建场40多年来,一直担负着东北民猪的保种、选育和提高繁殖性能等任务。20世纪90年代后期,在民猪市场低迷,企业面临经济困难的时候,保种呈现负效益情况下,千方百计保原种,使民猪种猪核心群保证在100头以上。     

运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度，分析保种群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵和分析连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH），采用Gmatix软件构建G矩阵，分析保种群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析保种群体的家系结构。结果显示，39头保种马身猪中共检测到43 832个SNPs位点，平均基因型检出率为0.980 1；通过质控的SNPs位点有28 859个，其中72.4%具有多态性，该款SNP芯片适用于分析马身猪的遗传多样性。有效等位基因数为1.563 4，多态信息含量为0.412，最小等位基因频率为0.258，表明马身猪保种群体的遗传多样性比较丰富；平均观察杂合度为0.354 1，平均期望杂合度为0.349 9，说明马身猪保种群体出现了分化；平均IBS遗传距离为0.284 2，其中公猪为0.285 2，IBS距离矩阵和G矩阵结果均表明部分种猪之间存在亲缘关系；ROH共有8 131个，其中46.15%的长度在400～600 Mb之间，平均近交系数为0.237，说明保种群体的近交程度高；群体进化树结果表明，马身猪保种群体来源于3个家系，各家系的个体数量差异明显。马身猪保种群体的遗传多样性较丰富，但近交程度高，家系少，各家系的个体数量差异大，容易引起遗传多样性的丢失，因此，需从原种场引入新的血统，扩大保种群体数量，降低近交系数。     

互助猪保种群遗传多样性的RAPD分析

利用随扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术分析了互助猪两个保护核心群１８头个体的遗传变异,用Ｓｈａｎｎｏｎ指数计算了遗传变异在两个保种核心群群体内和群体间的分布。结果表明：互助猪两个保护核心群遗传变异有一定差异,分别为４９．００％和３４．５８％。这是由于两个保种群规模不同,导致世代近交增量也不同,同时长期的自群繁育阻碍了基因的相互交流。     

二花脸猪近交对繁殖性状影响的初步研究

<正> 二花脸猪是我国著名地方良种——太湖猪的一个重要品系,以产仔性能特高而驰名中外。我场在该猪种的选育过程中,结合提纯复壮工作,对部分种猪有计划地进行了不同近交程度的探索,研究近交对其高繁殖性能的影响,为以后的保种选育和杂交利用积累资料。     

峨边花牛繁育场群体近交程度分析与交配方案的优化

为了解峨边花牛保种场内个体间的近交程度,以便进行科学的繁殖管理,采用亲缘协方差法分析了峨边花牛保种场内81个个体间的近交系数。结果表明:峨边花牛保种场内11个个体存在近交;结合保种场分区轮牧的生产实际,以后代的平均近交程度最小为目标,科学筛选了4头种公牛,并优化了交配方案,建立了推荐交配组合。该研究对于有效防止峨边花牛核心群近交衰退具有重要意义。     

民猪保种群产仔数基因、基因型分布变化分析

本文检测了2002年民猪保种群中,雌激素受体(ESR)基因和促卵泡素β亚基(FSHβ)基因的基因与基因型分布,并将其与2000年保种群的检测结果进行了比较。结果表明:与2000年保种群相比较,两个基因的基因、基因型分布均发生了变化,意味着民猪的产仔性能也发生了变化,这同已有报道的生产性能统计结果相符。因为2000-2002年期间,群体只有部分个体更新,所以尽管上述频率变化经检验部分差异不显著(P>0.05),仍说明群体遗传结构发生了一定变化。这两个基因分布的检测分析可以作为标记辅助保种的参考依据。     

基于全基因组SNPs对太行鸡保种群保种效果的评价

本研究利用全基因组低深度重测序技术及相关分析方法对2个太行鸡保种群的保种效果进行评价。结果显示：天凯和宁晋保种群的多态性标记比例分别为83.26%和84.45%;平均期望杂合度■和平均观察杂合度■分别为0.256、0.260和0.259、0.263,表明2个群体遗传多样性较为丰富;基于连续性纯合片段值计算近交系数,2个群体分别为0.053 1和0.048 7,天凯群体显著高于宁晋群体;亲缘关系分析显示,天凯群体中存在亲缘关系为全同胞的个体。2个群体遗传相似系数为0.795,此值偏低,遗传距离为0.230,此值偏大,说明2个保种群遗传结构存在显著差异,推测可能与天凯保种场在进行禽白血病净化过程中采用了不完善的方案而导致全同胞个体进入保种群有关。遗传结构、PCA和种系发生分析等的结果与上述结果一致,表明利用低深度重测序技术可更全面地评价保种效果。根据结果,建议天凯保种场重新组建保种群,制定科学的保种方案。     

CRP配套系母系种猪血缘与近交分析报告

猪群血缘结构在新品种培育的基础群组建、选择强度、留种方式、近交增量的控制和品系维持年限、养猪生产及保种等方面起着重要作用;近交在加快选育进程、品系繁育、杂种优势利用、实验动物培育等方面具有独特作用。育种上常常利用近交加速遗传性稳定、暴露有害基因、增强猪群同     

坝上长尾鸡保种群遗传多样性和保种效果评价

为了评估坝上长尾鸡种质资源遗传多样性和保种群的保种效果,本研究采用微卫星标记和毛细管电泳相结合的方法,对坝上长尾鸡保种群进行了遗传多样性分析。结果表明:20个微卫星座位在3个世代保种群共检测到215个等位基因,其中3个世代共有等位基因数81个,随着世代的繁育,共有等位基因数呈上升趋势,0世代和1世代等位基因总数为205个,共有等位基因数为98个;1、2世代的等位基因总数是161个,共有等位基因数是110个;20个位点3个世代平均期望杂合度分别为0.7343、0.6832、0.6652,平均多态信息含量分别为0.6973、0.6380和0.6136;近交系数分别为0.3324、0.1512和0.0722。坝上长尾鸡保种群经过3个世代的保种仍然具有丰富的遗传多样性,近交系数下降,有效地避免了近交衰退,说明所采用的保种方法是可行的。     

充分利用八眉猪种资源发展湟中县特色养猪业

本文提出了加大青海八眉猪保种选育力度,扩大保种核心群,选择最佳保种方案;推行“场 农户”生产商品杂优猪的繁育推广模式;探讨了开发“优质、安全、绿色”猪肉的广阔利用前景。     

秦川牛保种群的群体分析

<正> 1 材料与方法1.1 群体及饲养管理以陕西省秦川牛场秦川牛保种群作分析对象。该场秦川牛保种群组建于60年代,已有30多年的保种历史。群体规模在年度间有一定波动,从1965～1990年期间母牛群平均每年在群61.1±17.8头。后备母牛主要靠自繁,迁入量甚小,后备公牛及繁殖公牛有相当部分由群外迁入(防止近交)。虽然该牛群为指定保仲群,但仍进行选育,选择性状主要是初生重、断奶重及毛色等。母牛的淘汰有多种原因,主要是空怀、不孕及疾病。另有部分母牛因生产性能低或缩群需要而被出售。1.2 种群统计分析     

东北民猪近交与生产性能关系的研究

根据国外报道,猪的近交通常对某些性状(外型结构、繁殖性状等)造成不良后果。但国内的一些地方猪种在近交情况下所得结果并非如此。为此,我们于1987年进行了东北民猪近交试验,主要观察不同程度近交,影响东北民猪的哪些性状及影响程度。现将结果报告如下。     

江口萝卜猪的发展对策

为改变江口萝卜猪的保种与选育工作不受重视的现状,笔者对江口萝卜猪主产区的发展现状进行了调查,提出因地制宜,科学合理地规划江口萝卜猪保种区域;加大保种力度,以保种带开发,用开发促保种;优化种群结构,提高良种化水平;强化饲养管理,提高生产水平;加大资金投入力度,完善产业链,促进市场流通,树立品牌效应等发展对策。