红螯螯虾养殖群体遗传多样性的SSR分析

本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。     

基于线粒体Cytb和COⅠ基因的洞庭湖区养殖克氏原螯虾遗传多样性分析

为了解洞庭湖区养殖克氏原螯虾的遗传多样性，从线粒体Cytb和COⅠ基因入手，经基因组DNA提取、PCR扩增、序列测定和拼接，比较分析了岳阳华容县和益阳南县2处主养殖区内共11个采集点的克氏原螯虾遗传结构。试验结果显示，在华容县的6个采集点中，基于Cytb基因的克氏原螯虾的单倍型多样性指数为0.506,核苷酸多样性指数为0.272 65;基于COⅠ基因的克氏原螯虾的单倍型多样性指数为0.258,核苷酸多样性指数为0.136 1。在南县的5个采集点中，基于Cytb基因的克氏原螯虾的单倍型多样性指数为0.467,核苷酸多样性指数为0.259 74;基于COⅠ基因的克氏原螯虾的单倍型多样性指数为0.244,核苷酸多样性指数为0.122 3。单倍型系统进化树和遗传距离分析表明，11个采集点的克氏原螯虾呈现交叉分布，遗传分化不显著。结果表明，洞庭湖区养殖克氏原螯虾近亲交配严重，遗传多样性低。     

安徽地区克氏原螯虾群体的遗传多样性和遗传结构

为了解安徽地区克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性，实验以安徽芜湖 (WH)、宣城 (XC)、合肥 (HF) 3个地区克氏原螯虾人工养殖群体为研究对象，分别以安徽铜陵 (TL)、马鞍山 (MAS) 2个野生群体和监利 (JL)、建湖 (JH)、滆湖 (GH)、兴化 (XH) 4个人工养殖群体作为对照，选用10对克氏原螯虾微卫星引物对其进行微卫星遗传多样性和遗传结构研究。结果显示，安徽地区人工养殖克氏原螯虾群体的平均遗传多样性均高于2个野生群体和江苏、湖北4个地区的人工养殖群体，其中XC群体的遗传多样性最高。9个群体全部10个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。AMOVA分析表明遗传变异是由群体内部决定的；大多数组的F_st表现出中度分化 (0.05 < F_st < 0.15)。基因流表明不同群体之间存在着广泛的基因交换，尤其是GH和JH群体之间。基于群体间Nei氏遗传距离及UPGMA聚类树结果显示，WU、GH、MAS和JH群体聚为一组，XC和HF群体同属于一组，而JL、TL和XH群体分别自成一组。STRUCTUR结果显示，XC和HF群体的大多数个体被分配到相同的遗传群中，说明上述群体起源相同。研究表明，安徽地区克氏原螯虾人工养殖群体具有较高的遗传多样性。实验结果可为安徽地区克氏原螯虾种质资源的保护和改良提供参考资料。     

基于线粒体COⅠ序列比较长江口中华绒螯蟹放流与野生群体的遗传多样性

为探讨长江口中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)放流亲蟹与野生群体的遗传多样性和遗传结构的差异,对77个放流和野生亲蟹个体进行了线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列的比较分析,结果表明:所检测的样本共计77个COⅠ基因序列(630 bp)中,变异位点(V)41个,简约信息位点(P)37个,A+T(61.7%)的含量明显高于C+G(38.3%),表现出较为明显的碱基组成偏倚性;两个群体共检测出15种单倍型,其中单倍型Hap-1出现频率最大,为两个群体所共享,放流和野生群体各具有5种独有单倍型;两个群体的单倍型多样性指数(H)为0.825,核苷酸多样性指数(π)为0.004 66,平均核苷酸变异数(K)为2.910,其中野生群体的单倍型多样性指数(0.833)和核苷酸多样性指数(0.007 70)均高于放流群体(0.810和0.002 11)。AMOVA分子方差分析表明,长江口中华绒螯蟹放流与野生群体总的遗传变异主要来自群体内,其中96.53%遗传变异来自各群体内部,3.47%遗传变异来自群体间。群体内遗传分化指数(FST)野生群体(0.034 75)高于放流群体(0.034 57),两个群体间遗传分化指数(FST)为0.034 66(P0.05),两个群体遗传分化不显著。两个群体间的基因流(Nm)为13.93(Nm1),表明放流群体和野生群体的基因交流较为频繁。     

基于COⅠ序列绒螯蟹属DNA条形码和遗传多样性研究

对绒螯蟹属的中华绒螯蟹如东和七里海群体、日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹及狭颚绒螯蟹共80条线粒体COⅠ片段进行扩增和测序,并与GenBank中绒螯蟹属的台湾绒螯蟹2条和近方蟹属的绒毛近方蟹19条COⅠ基因序列进行联配分析。结果显示,101条序列包含44种单倍型,序列组成表现明显的碱基偏倚性。中华绒螯蟹如东、七里海群体与日本绒螯蟹间的遗传距离分别为1.210%和1.078%,明显低于COⅠ基因DNA条形码鉴别种的遗传距离为2%的阈值,表明中华绒螯蟹和日本绒螯蟹为同一物种;而合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹如东和七里海群体及与日本绒螯蟹的遗传距离分别为4.823%、5.101%以及5.011%,明显大于2%的鉴别阈值,说明合浦绒螯蟹为独立的种。以绒毛近方蟹为外群,基于群体内及群体间的遗传距离构建的邻接树显示,中华绒螯蟹与日本绒螯蟹聚在一起,合浦绒螯蟹则聚成单系。本文测序的5个群体除狭颚绒螯蟹外,其余均具有遗传多样性,单倍型多样性为0.593±0.144~0.779±0.068,核苷酸多样性为0.00156~0.01336;此外,中华绒螯蟹如东群体与日本绒螯蟹、合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹七里海群体分别共享单倍型H1、H2和H3,说明这些蟹类可能有种质资源混杂或是遗传污染的现象。     

长江水系中华绒螯蟹线粒体DNA的遗传多样性研究

本文对长江水系南京和江都地区中华绒螯蟹共61个个体的线粒体COI基因进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析。应用PCR技术扩增了中华绒螯蟹线粒体COI基因,选用8种能识别4碱基的限制性内切酶对该基因片段进行RFLP分析。在两个群体中共检测出8种复合单倍型,其中复合单倍型AAAAAAAA和BBBBBAAB为两个群体所共有,它的个体数所占的百分比在两个群体(南京和江都)中分别为87.9%、12.1%和50.0%、25.0%。在南京群体中,复合单倍型间的遗传距离为0.077,而在江都群体中,复合单倍型间的遗传距离为0.004～0.077；南京和江都群体的线粒体COI基因多态度(或称核苷酸多样性指数)π值分别为0.008和0.019。结果说明长江水系中华绒螯蟹具有一定的群体内遗传多样性。     

红螯螯虾高产荠殖经验谈

红螯螯虾是我国上世纪90年代初引进的水产养殖新品种，江阴市自2005年开始引种试养，2007年实现了苗种的自繁白育，2008年育苗量超100万尾，养殖面积近300亩。但根据我们多年来对各养殖点的跟踪调查，发现红螯螯虾的养殖产量差异很大，有的达数倍之多，为促进养虾水平，提高养殖产量，现将我们总结的高产塘养殖经验和自身的实践体会总结如下：     

14个克氏原螯虾养殖群体遗传多样性分析

克氏原螯虾种苗自繁自育使其种质严重退化。遗传多样性是反映种质退化与否的重要指标之一。为评估我国克氏原螯虾养殖群体的遗传多样性,采集我国江西、浙江、广东和湖北省14个地域的464尾克氏原螯虾养殖群体,利用35个微卫星分子标记分别对其等位基因数、期望杂合度、观测杂合度、多态性信息含量、哈迪-温伯格平衡、遗传距离及群体结构等进行分析。结果显示：14个养殖群体的不同标记位点的等位基因数为2～3个;多态信息含量、平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.33～0.43、0.32～0.41与0.36～0.44;各标记位点均存在杂合子缺失而未达到哈迪-温伯格平衡;14个群体可聚类为4个遗传群体,其中香树坝、温州、衢州群体与吉安、天荒坪、递铺群体分别聚为2个遗传群体,龙南群体及其余的群体属于另外2个遗传群体。以上结果表明,我国克氏原螯虾养殖群体仅具有中等遗传多样性,收集和保护遗传多样性较高的克氏原螯虾野生种质资源对其遗传育种具有重要意义。     

红螯螯虾的国内外养殖情况及其发展前景

红螯螯虾（CheranquadricariatuwVonMatens）俗称澳州龙虾，但真正的定名尚无权威广泛的确定，其分类属甲壳纲、十足目、长尾亚目、拟河虾科、河虾属，因其外形酷似海中龙虾又只生活在淡水中，故而又称淡水龙虾。红螯螯虾分布于澳大利亚北部的热带地区和新几内亚南部的溪流中，因栖息之地较为偏远而鲜为人知，直到九十年代初才被选为优良养殖品种开始广泛受到注意。国内于1992年广东珠海首先引进该种进行试养，之后又有不少省市也加入引种行列，1993年我所在浙江省率先从澳大利亚引进原种进行试养及人工繁殖试验，获得了成功。1红整整虾在…     

红螯螯虾主要病害的研究进展

红螯螯虾(Cherax quadricarinatus )属甲壳纲、十足目、长尾亚目、拟螯虾科、光壳虾属,原产地澳大利亚,具有个体大、生长快、食性杂、易饲养等养殖优势;同时,因其肉味鲜美、富含低胆固醇蛋白质,是目前世界上较名贵的淡水经济虾之一.目前,美国、拉丁美洲、西班牙、南非、东南亚、中国等许多国家引进了此虾,进行工厂化育苗及养殖.我国于1992年引入该种,先后在广东、湖北、福建、江苏、山东、北京等地试养,取得了初步的成功,并在繁殖生物学、自然水温育苗、室内工厂化育苗等方面进行了研究.但随着红螯螯虾养殖业的发展,疾病也逐渐增多.笔者就国内外近几年对红螯螯虾病害方面的研究情况进行概述.     

不同地区克氏原螯虾群体的形态差异分析

运用3种多元统计方法,对江苏、安徽、山东和湖北4个不同地区克氏原螯虾（Procambarus clarkii）野生群体的13个形态比例参数进行比较研究。聚类分析结果显示,山东和江苏2个克氏原螯虾群体之间的形态最为接近,而与湖北和安徽群体间趋异程度逐渐增大。主成分分析中,雌性群体贡献率分别是主成分1为46.104%、主成...     

中华绒螯蟹长江、黄河和辽河水系野生和养殖群体的遗传多样性

中华绒螯蟹(Eriocheirsinensis)是中国最重要的淡水养殖蟹类,广泛分布于东亚地区,养殖区域主要集中在长江、黄河和辽河流域。本研究基于线粒体DNAD-loop区评估辽河野生群体(LW)和养殖群体(LC)、黄河野生群体(HW)和养殖群体(HC)及长江野生群体(YW)和养殖群体(YC)的遗传多样性和种群结构。结果显示:(1)用于本研究的D-loop基因片段长度为477 bp,共包含234个变异位点和131个简约信息位点, 6个群体的262个个体中共有110个单倍型,包括90个独有单倍型和20个共享单倍型;(2)6个种群的单倍型多样性指数(Hd)范围为0.88889～0.96522,核苷酸多样性指数(π)范围为0.00887～0.01602,养殖和野生群体遗传多样性水平依次为:HCYCLC及HWLWYW;(3)6个群体的遗传距离(Da)范围为0.0119～0.0173,不论是养殖群体还是野生群体,辽河群体和长江群体之间的遗传距离均最小,且6个群体间遗传分化指数FST为0.12938。对6个群体进行中性检验显示Tajima’s D和Fu’s Fs的值均为负值。综上,基于线粒体D-loop基因的研究结果表明,三水系养殖和野生群体均具有较高的遗传多样性,且辽河和长江水系中华绒螯蟹的亲缘关系相对较近,该研究为中华绒螯蟹的种质资源评估、保护和开发提供了参考。     

基于线粒体COI序列的中华绒螯蟹养殖群体与野生群体遗传多样性与遗传结构分析

为了解不同地区野生、养殖中华绒螯蟹Eriocheir sinensis群体的遗传多样性、遗传结构及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因序列,研究中华绒螯蟹长江流域安徽无为江段、山东东营黄河口、文献报道的辽河野生群体以及湖南大通湖、辽宁盘锦养殖群体的遗传学特征。结果显示:上述5个群体共有36个变异位点,其中简约信息位点8个。盘锦养殖群体(PJ)、东营野生群体(DY)、无为野生群体(WW)、大通湖养殖群体(DTH)以及辽河野生群体(LH)的单倍型数分别为6个、5个、9个、5个和7个,其中单倍型Hap15、16、17为LH群体的独有单倍型,单倍型Hap6、7、8、10为DY群体的独有单倍型,单倍型Hap11为PJ群体独有单倍型,单倍型Hap12、13、14为DTH群体独有单倍型,其中DTH08个体的单倍型与合浦绒螯蟹更接近。LH群体的单倍型多样性(H_d)最高,而DTH群体的核苷酸多样性(P_i)最高;WW群体的单倍型与核苷酸多样性最低。中华绒螯蟹5群体间基于COI序列的固定指数F_(ST)值为-0.034～0.089,分化程度极低,群体间的基因流为5.119～∞,显示不同种群之间基因交流较为频繁,没有明显的遗传结构。系统发育树和单倍型网络图结果显示:单倍型之间不具有明显的地理分化特征,不同地理群体之间的种质混杂情况较为严重。     

魁蚶(Scapharca broughtonii)不同地理群体的遗传多样性及种群结构

采用PCR技术扩增了中国山东胶南、长岛、蓬莱、荣成和韩国统营5个地理群体魁蚶(Scapharca broughtonii)样本的COⅠ、12S rRNA、18S rRNA和28S rRNA基因部分序列,分析了魁蚶5个地理群体的遗传多样性和系统进化关系。经测序拼接、剪接后,分别获得67条776 bp的COⅠ序列、72条443 bp的12S rRNA序列、75条909 bp的18S rRNA序列和75条894 bp的28S rRNA序列。序列分析结果显示,5个群体75个个体的COⅠ序列中共检测到466个多态位点,32种单倍型,单倍型多样性指数为0.925,核苷酸多样性指数为0.086;12S rRNA序列中共检测到292个多态位点,43种单倍型,单倍型多样性指数是0.928,而核苷酸多样性为0.0856;在18S rRNA序列中,5个群体都表现出丰富的遗传多样性,共有74种单倍型,909个多态位点,单倍型多样性指数为1.0,核苷酸多样性指数为0.717,其中胶南群体变异位点最多、多样性最丰富;通过对28S rRNA部分序列的分析发现,75个个体共检测到27个多态位点,18种单倍型,单倍型多样性指数为0.778,核苷酸多样性指数为0.289,蓬莱群体多样性最丰富。遗传距离分析结果表明,韩国群体与其他4个群体的遗传距离较大;基于COⅠ序列的系统进化树显示有多个聚群。     

基于多个线粒体序列的中韩俄沿海不同地理群体刺参的遗传多样性及种群结构分析

为评价不同海域不同体色特征刺参群体的遗传结构,本研究采用PCR技术扩增了中国、韩国和俄罗斯沿海8个刺参(Apostichopus japonicus)群体的16S rDNA、COⅠ和D-loop序列。根据所获得的16S rDNA、COⅠ和D-loop序列分析这8个群体的遗传多样性和遗传进化关系。结果显示,16S rDNA、COⅠ和D-loop序列长度分别为543 bp、656 bp和509~527 bp。16S rDNA序列中共检测到16个多态位点,16种单倍型,单倍型多样性指数为0.629,核苷酸多样性指数为0.0016,平均核苷酸差异数0.880。COⅠ序列共检测到62个多态位点,38种单倍型,单倍型多样性指数为0.958,核苷酸多样性指数为0.0073,平均核苷酸差异数为4.796。D-loop序列共检测到200个多态位点,61种单倍型,单倍型多样性指数为0.922,核苷酸多样性指数为0.0157,平均核苷酸差异数为6.834。3个线粒体片段对于不同群体的遗传多样性检测结果显示,D-loop和COⅠ序列的多态位点数、单倍型数和核苷酸多样性均显著高于16S rDNA序列,更适用于同一物种不同群体遗传结构的解析。韩国浦项地区3个群体遗传多样性最高,这可能与其所处地理位置洋流影响有关。利用COⅠ基因对采自浦项的3种体色刺参进行遗传分化分析,遗传分化系数Fst<0.05,不存在遗传分化。对所采集的群体构建的系统进化树结果显示,青岛海参群体与烟台海参群体聚为一支,再与韩国群山黑参群体聚为一支,然后与韩国木浦黑参群体聚在一起,向外依次为俄罗斯群体及韩国浦项的3个群体,不同种群的遗传结构受洋流影响最大,其次跟其地理分布有关。     

3种中华绒螯蟹群体线粒体COⅡ基因序列测定与进化分析

对我国长江与移居到英国泰晤士河、美国旧金山湾的3个中华绒螯蟹群体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(COII)的全序列进行了测定.在693 bp的序列长度中,长江群体、泰晤士河群体和旧金山湾群体分别有20、8、7个变异位点;它们的单倍型多样性指数分别为0.8433、0.8158、0.7821;核苷酸多样性指数分别为0.0048、0.0031、0.0039.AMOVA分析表明:长江群体与泰晤士河群体和旧金山湾群体已出了显著的遗传分化,而泰晤士河群体和旧金山湾群体间却未出显著的遗传分化.邻接法(NJ)构建的系统关系树和最小拓展网络分析显示,旧金山湾群体与泰晤士河群体存在一定程度的基因流,旧金山湾的中华绒螯蟹群体除直接来自中国长江外,也可能有一部分来自先移居于欧洲的群体.     

眼柄摘除对红螯光壳螯虾生长、性腺发育及体色的影响

为探究眼柄摘除对红螯光壳螯虾(Cherax quadriarinatus)生长、性腺发育及体色的影响,对6月龄红螯光壳螯虾[体质量(47.47±3.48)g]进行了摘除眼柄处理实验。结果显示,4周后摘除双侧眼柄组红螯光壳螯虾体质量为(84.40±13.41)g,显著高于不摘除眼柄组[(49.63±6.47)g]和摘除单侧眼柄组[(51.47±4.08)g](P<0.05);摘除双侧眼柄组红螯光壳螯虾存活率为60.0%±4.8%,显著低于不摘除眼柄组和摘除单侧眼柄组(分别为94.4%±2.3%和97.2%±2.1%);摘除双侧眼柄组红螯光壳螯虾性腺指数为1.23±0.50,显著高于不摘除眼柄组(0.20±0.06)和摘除单侧眼柄组(0.35±0.08)。利用ImageJ软件对红螯光壳螯虾体色RGB值分析表明,摘除双眼柄组红螯光壳螯虾体色G值和B值(分别为99.26±5.23和98.40±3.58)显著高于摘除单侧眼柄组(59.02±3.85和44.07±4.57)(P<0.05)。结果表明,眼柄摘除能促进红螯光壳螯虾生长和性腺发育,影响体色变化。     

中华绒螯蟹和红螯螯虾生态混养试验

中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis),又称河蟹,是我国重要的淡水经济蟹类。全国河蟹养殖遍及全国三十个省(自治区、直辖市),养殖面积达666666.6 hm2左右。河蟹在全国平均每667 m²产量约77 kg,江苏地区2019年平均每667 m2产量达100 kg。2020年出现长时间的阴雨天气,江苏地区河蟹平均每667 m²产量在75 kg以下,较多养殖户产量仅有30~50 kg。这种产量养殖户很难收回成本,更难赚钱。河蟹产量低,养殖周期长,池塘空间利用率低。红螯螯虾(Cherax quadricarinatus),又称为澳洲淡水龙虾、澳洲淡水小青龙等,是澳大利亚东北部虾种。澳洲淡水龙虾个体大,生长速度快,养殖3至4个月能长到100 g以上,最大个体能长到500 g左右,是普通小龙虾的4~5倍。2018—2020年江苏农牧科技职业学院在江苏现代畜牧科技园水产实训中心开展了中华绒螯蟹和红螯螯虾生态混养试验,养殖效果较好,具有一定的推广前景,现将试验情况介绍如下,供业者参考。     

基于线粒体COⅠ基因序列的三疣梭子蟹东海区群体遗传多样性分析

通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体最低。由群体间遗传距离、系统进化树和单倍型网络关系图发现,东海区海域三疣梭子蟹种群间存在基因交流,亲缘关系的远近不以地理位置的远近为依据;AMOVA分子方差分析结果显示,三疣梭子蟹的遗传变异主要来自群体内,而群体间无显著遗传分化,不存在明显的地理趋势。     

稻田养殖红螯螯虾个体大小与肠道菌群相关性研究

为了解稻田养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与肠道菌群的相关性,实验采用16S rDNA高通量测序和生物信息学技术对稻田养殖红螯螯虾大个体(RB)组和小个体(RS)组肠道菌群的组成、多样性、指示物种、功能等进行比较分析.结果显示:RB组共产生615个OTUs(Operational t...