基于COI基因解析我国茶网蝽种群遗传多样性和遗传结构

茶网蝽(Stephanitis chinensis)是我国西南茶区的重要害虫，近年有入侵成灾事件发生。为解析茶网蝽的生态适应机制和成灾规律，测定了茶网蝽12个种群共240头成虫COI基因序列，利用Dna SP 6.12.03、Arlequin3.5.2.2、MEGA 7.0.26等软件进行了遗传分化程度、基因流(N_m)以及分子变异情况的分析。结果显示，茶网蝽12个地理种群的240条COI基因序列共包含75个变异位点和38个单倍型，其中仅Hap13是共享单倍型。茶网蝽总群体的单倍型多样性指数(H_d)为0.827 79，地理种群的H_d在0.00～0.85，总群体的遗传分化固定系数(F_ST)为0.864 26,N_m为0.039 87，表明我国茶网蝽群体遗传分化程度较高，基因交流较小。重庆城口、重庆巫溪、湖北恩施、湖北十堰、陕西汉中等5个种群相互之间遗传分化程度较低，基因交流频繁(F_ST<0.06,N_m>4.50)，其他种群对之间...     

120份小桐子种质的分子遗传多样性分析

应用32条ISSR引物对13个自然居群的小桐子(Jatropha curcas Linnaeus)共120个个体进行遗传多样性分析.结果表明:(1)小桐子的遗传多样性水平很高.在物种水平上,平均每个位点的多态位点百分率PPB=90.68%,有效等位基因数Ne=1.4005,Nei遗传多样性He=0.2430,Shannon多态信息指数Ho=0.3743;在居群水平上,PPB=69.64%,Ne=1.1138,He=0.1098,Ho=0.163 3.(2)居群间的遗传分化低于居群内的遗传分化.居群间遗传多样性分化系数Gst=0.4718,居群间遗传分化占总遗传变异的47.18%,居群内的遗传变异为52.82%,基因流Nm=0.5598.导致居群内高的遗传变异水平原因主要是有限的基因流和遗传漂变.根据Nei遗传多样性分析和主成分分析结果,居群间的地理距离与遗传一致度不存在相关性.     

野生和栽培大理茶居群的遗传多样性与群体结构

大理茶是栽培型茶树的野生近缘种,了解大理茶居群的遗传多样性和群体结构,对于大理茶资源的有效保护和开发利用至关重要。利用30对茶树核心SSR引物,对3个代表性的野生和栽培大理茶居群进行遗传分析。结果表明,30对SSR引物在所有大理茶样本中都能扩增出特异性产物,每个位点检测到的等位基因数为2~14个,PIC范围为0.041~0.877,平均0.491。3个大理茶居群具有中等水平的遗传多样性,其中大雪山（DXS）野生居群的遗传多样性相对较低。香竹菁（XZQ）和白莺山（BYS）栽培居群的近交水平很高,近交系数（Fis）分别为0.728和0.913。居群配对分析显示,居群间遗传分化指数（Fst）均小于0.15,基因流（Nm）大于1。分子方差分析表明3个大理茶居群的遗传差异主要来源于居群内（94.1%）。聚类分析显示,野生和栽培大理茶单株的遗传距离相对较大。基于PCoA和Structure的群体结构分析显示,野生居群的遗传背景单一,栽培居群的遗传背景较复杂,其中7个BYS栽培居群单株可能是大理茶和阿萨姆茶通过渐渗杂交形成。     

利用EST-SSR标记研究黄金茶群体遗传多样性及遗传分化

利用19对茶树EST-SSR引物对黄金茶群体的38个单株进行了遗传多样性和亲缘关系分析。19对引物共检测到等位位点37个,每个引物1~3个,平均1.95个;期望杂合度(He)在0.03~0.65之间,平均值0.32;观测杂合度(Ho)在0~0.97之间,平均值0.33;群体内的Shannon指数0.55。以上结果均说明黄金茶群体的遗传多样性较低。基于EST-SSR数据以SAHN邻接法对供试种质资源进行UPGMA遗传相似性聚类,并绘制树状聚类图,按相似系数0.77可将参试的38份种质资源分为六大类。根据不同单株间的相似系数可为黄金茶群体的遗传改良提供一定参考。同时,AMOVA分析表明,黄金茶群体的遗传变异21.77%发生在种群间,78.23%发生于单株间,不同区域的种群间基因流为1.80,这可以为黄金茶群体的保护提供一定理论依据。     

云南大理茶资源遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP标记对仅在云南南部及周边地区狭域分布的茶树近缘植物大理茶11个居群204个个体的遗传多样性进行了研究。分析结果表明:(1)大理茶遗传多样性水平低。在物种水平上,He=0.099,Ho=0.178;在居群水平上,He=0.083,Ho=0.137;(2)居群间的遗传分化较低。基于Nei’s遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数Gst=0.1606;Shannon’s居群分化系数为16.04%。AMOVA分析显示:大理茶的遗传变异主要存在于居群内,占总变异的80.97%,居群间的遗传变异占19.03%;(3)两两居群间的Nei’s遗传一致度(I)的范围为0.971～0.997。经Mantel检测,居群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的正相关关系(r=0.1127,P<0.001)。推测人类活动的干扰和生境的片断化是导致大理茶濒危现状的主要因素。基于观察到的居群遗传信息,建议采取就地保护和迁地保护的保护策略。     

湖南江永普通野生稻原位和异位保存种质的SSR多样性差异

用48对SSR引物对湖南江永普通野生稻异位保存和原位保存居群进行了遗传多样性分析。48对SSR引物在异位保存和原位保存群体中分别检测出166和119个等位基因,平均每对引物检测到的等位基因数分别为3.55和2.60,多态位点百分率为99.4％和95.2％, 平均等位基因观察数为1.99和1.95,平均有效等位基因数为1.428和1.508, Nei基因多样性指数为0.272和0.304;原位保存居群遗传变异大,但异位保存样本中发现新的变异单株。江永野生稻原位保存4个亚居群（G4 1、G4 2、G4 3、G4 4）的遗传分化系数为0.156～0.935,平均0.434,江永野生稻4个亚居群间变异量占总变异量的比值差异较大, 总变异的43.4%存在于亚居群之间。除G4 2亚居群外,原位保存各亚居群内基因多样性大于亚居群间基因多样性,4个亚居群内基因多样性水平从高至低的顺序为G4 1＞G4 3＞G4 4＞G4 2。     

东亚和北美裸大麦(青稞)籽粒硬度基因HINA的分子进化分析

随着现代经济社会的发展,裸大麦(青稞)的多元化加工也成为裸大麦(青稞)口粮外的另一类发展趋势,籽粒硬度是决定裸大麦加工用途的一个重要品质性状,HINA基因编码的HINA蛋白是影响籽粒硬度性状的一个重要蛋白。本研究通过对108份来自北美和东亚(中国青藏高原)6个地区裸大麦(青稞)HINA基因进行重测序,结果在群体序列中发现58个多态性位点(包括30个SNP和28个Indel),可以将群体序列分成13种单倍型。其中单倍型1(Hap1)和单倍型4(Hap4)是分布范围最为广泛的2种单倍型。各地区的单倍型多样性指数范围为0.000~0.833,总群体单倍型多样性指数为0.575,各地区核苷酸多样性系数范围为0.000~0.010,总群体的核苷酸多样性系数为0.007,6个地区群体的基因序列配对分化系数(Fst)范围为-0.08~0.16,分子方差分析显示东亚和北美群体的基因遗传变异主要是由群体内的变异为主(总群体中91.16%的基因变异来源于群体内,8.84%的变异来源于群体间)。群体结构分析将所有材料的HINA基因序列分成2个亚群群体。材料的地理来源与亚群分类相关性较低。利用中性检测及错配分析对选择压力与群体HINA基因遗传分化的关系进行考察,发现中性检验值在东亚(中国青藏高原)、北美和总群体中均为负值,同时群体错配曲线为多峰曲线,说明群体在HINA基因位点上是稳定群体,这些结果为了解HINA基因在裸大麦(青稞)遗传特征上的作用提供了理论依据。     

沙生冰草遗传多样性的SSR分析

为给进一步保护、收集和利用沙生冰草种质资源提供依据,采用26个多态性小麦SSR引物对采集自中国不同生态环境的18个沙生冰草居群进行遗传多样性的SSR分析.结果表明,26个SSR引物多态性带纹数目变化为2～27条,平均每个引物在沙生冰草居群中扩增出了9.384条多态性带纹;不同引物间总遗传多样性指数最高为0.944(引物Xgwm544),最低为0.375(引物Xgwm257),平均遗传多样性指数为0.745;SSR检测到地区内遗传多样性占总体的82.2%,地区间为17.8%;在Nei遗传距离0.67处,18个沙生冰草居群被分为3个类群;UPGMA聚类和PCA分析表明,采集地生态环境相似的沙生冰草居群遗传距离较近.沙生冰草遗传多样性与居群的遗传和生态环境相关,在沙生冰草的有效保护和持续利用中,对其主要生态环境居群保护和利用基础上还需进一步加强不同生态环境中特异类型居群的保护和研究.     

山西省西伯利亚远志种质资源的ISSR分析

应用ISSR标记对山西省7个野生居群和1个人工栽培居群共60份西伯利亚远志种质进行遗传多样性分析。结果表明：从100对ISSR引物中共筛选出20条多态性好、条带稳定的引物,60份材料DNA共获得338个扩增位点,其中多态性位点334个,多态性比率为98.82%;有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)及Shannon多样性信息指数(I)分别为1.433 7、0.265 6和0.414 2,居群的遗传相似度在0.655 2～0.977 9,表明8个居群具有丰富的遗传多样性,这与其自身繁殖特点有     

茶组植物亲缘关系的ISSR分析

对张宏达系统山茶属茶组植物19个种和变种,应用ISSR标记进行亲缘关系的分析。从100个ISSR引物中,筛选得到11个多态性较好的引物,ISSR反应共得到166条可重复条带,多态性条带有155条,多态位点百分率(PPB)为93.4%,分析揭示茶组植物的Nei氏遗传距离(He)为0.295 1,Shanon多样性指     

利用EST-SSR分析江北茶区茶树资源的遗传多样性和遗传结构

利用25对EST-SSR引物对江北茶区的45份茶树初级核心种质的遗传多样性、遗传结构和亲缘关系进行了分析。25对引物共检测到83个等位位点,平均每对引物可检测到等位位点3.3个,可鉴定的基因型为6个。引物的PIC值平均为0.61,扩增位点的观测杂合度高于期望杂合度。45份供试种质中可观测的等位位点平均为4.2个,有效等位位点为2.8个。等位位点观测杂合度平均为0.73,基因多样性指数为0.61,Shannon信息指数为1.11。江北茶区主要省份间茶树种质的遗传分化程度较低(Gst=0.2),而基因流(Nm=3.9)较高。AMOVA分析显示,95.97%的变异发生于居群内。45份供试种质间的遗传相似系数在0.32~0.89之间,聚类分析表明供试资源在亲缘关系上未表现出明显的地区分化。湖北、安徽和陕西三个主要省份茶树种质间的遗传距离平均为0.048,其中陕西资源在亲缘关系上略远于湖北和安徽。     

乌龙茶品种（系）遗传多样性与亲缘关系的SSR分析

利用40对具有多态性的SSR引物对我国46份乌龙茶品种（系）的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。结果表明,40对引物在供试材料中共检测到179个等位基因,329个基因型,平均检测4.48个等位基因,8.23个基因型,平均多态性信息量（PIC）为0.52。46份供试品种（系）的基因多样性指数（H）为0.57,观测杂合度（Ho）为0.40,遗传距离为0.59。按照地理来源分组分析表明,地区间乌龙茶品种（系）的遗传多样性以广东最高,其次为福建,最低的为台湾。亲缘关系分析表明,大部分品种（系）都按照其地理来源和遗传背景进行了聚类。根据育种方式分组的分析表明,杂交选育的品种（系）遗传多样性水平较其他方式选育的品种（系）低。     

基于叶绿体rbcL和trnH-psbA序列的湖南茶树资源遗传多样性与亲缘关系研究

DNA序列分析在物种进化、亲缘关系、遗传多样性研究中得到了广泛应用。采用筛选的叶绿体rbc L序列和trn H-psb A序列对湖南新收集的26份茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果表明:扩增的序列在去除边缘不准确的部分后,分别获得了582 bp(rbc L)和426 bp(trn H-psb A)的片段序列,rbc L序列的变异位点共27个,占扩增位点数的5.15%,trn H-psb A序列的变异位点共134个,占扩增总位点数的31.46%。rbc L序列在26个参试材料中共产生17个单倍型,Hd和π分别为0.961和0.008 32,trn H-psb A序列共产生26个单倍型,Hd和π分别为0.998和0.046 79,收集的茶树资源具有较高的遗传多样性。采用MEGA 6.0软件按照UPGMA法分别对rbc L序列和trn H-psb A序列构建了分子系统树,各序列对参试材料的聚类结果有一定差异,rbc L序列和trn H-psb A序列在自展数值大于50%情况下分别将参试材料分为了3个类群和4个类群。参试资源除部分江华苦茶由于亲缘关系较近而聚在一起外,大部分资源都单独形成1个分支,彼此间亲缘关系较远。     

川、渝地方茶树品种的遗传多样性和群体结构

利用自主开发的EST-SSR标记分析了四川（川）和重庆（渝）的90份地方茶树品种资源的遗传多样性和群体结构。84对EST-SSR引物在供试样本中共扩增出275个等位位点,平均每对引物可鉴定3.3个等位位点,平均位点杂合度为0.33。90份地方品种的平均基因多样性（H）和多态性信息含量（PIC）分别为0.462、0.407。比较分析表明,重庆地方茶树品种的遗传多样性略高于四川,川、渝南部（Lat.相似文献   

利用ISSR和EST-SSR标记分析茶树遗传多样性的比较

为了比较EST-SSR和ISSR 2种标记在茶树遗传多样性分析上的适用性,应用这2种技术分析了33份茶树资源的遗传多样性.12个ISSR引物共扩增出248条谱带,多态性比率为91.94%,平均多态信息量(PIC)为0.318.30对EST-SSR引物每个位点平均等位基因数为4.9个,平均多态信息量(PIC)为0.499.2种标记都能揭示茶树资源较高的遗传多样性,但从信息量上比较,ISSR标记比EST-SSR标记有较高的分析效率.ISSR和EST-SSR揭示的茶树遗传相似系数分别为0.709和0.734,二者接近.聚类分析表明二者有一定差异,遗传相似系数矩阵相关性分析结果表明2种标记间存在一定的正相关性(r=0.817,P<0.01).因此,这2种标记均可适用于茶树遗传多样性分析.     

云南白莺山地区茶树遗传多样性研究

云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（H_E）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。     

4个茶树品种自交后代群体遗传结构分析

利用 EST-SSR 对茶树品种紫玫瑰、金牡丹、茗科1号（金观音）、悦茗香及其自然杂交后代,进行亲缘关系、遗传多样性、群体结构分析。16对 EST-SSR 标记共检测到等位位点125个,反映位点多态性水平的PIC 值平均值为0．617,变幅为0．159～0．840。参试材料的观测杂合度、期望杂合度、Nei′s 基因多样性、Shannon 信息多样性指数的平均值分别为0．579、0．639、0．632、1．281。结果表明,参试自然杂交后代有较强母本遗传效应,4个群体具有明显的群体遗传组成特征,Structure 软件适宜茶树品种群体遗传结构分析。     

32份茶树地方群体种资源的遗传多样性和群体结构分析

选取均匀分布于茶树15个连锁群上的30对SSR引物,对来自12个省份的32份茶树群体种资源进行遗传多样性和群体结构分析,以期为茶树杂交育种亲本选择和演化路线推断提供参考。研究共获得149个等位基因,平均每个SSR标记检测到5.96个等位基因,引物多态性信息含量均值为0.660。32个茶树群体Shannon’s多样性指数范围为0.691~1.089,平均数为0.954;观测杂合度的范围为0.253~0.633,平均数为0.510;期望杂合度范围为0.430~0.653,平均数为0.590。供试茶树群体遗传分化系数（Fst）均值为0.205,遗传分化水平较高。基于Nei’s遗传距离的聚类和群体结构分析结果一致,供试种质可划分为四大类型,具有明显的地域分布规律。     

基于EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术分析广东2个历史名茶群体遗传多样性

利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术对罗坑和马图2个广东历史名茶茶树群体的共52份种质资源进行研究。结果表明:27对引物共检测到204个位点,平均每对引物检测7.56个位点,引物检测到的基因型数为11.22个;观测等位基因数为7.56,有效等位基因数为3.42;观测杂合度和期望杂合度平均值分别为0.55和0.66;多态性信息指数(PIC)平均值为0.61;反应遗传多样性的Shannon’s遗传信息指数为1.40。2个茶树群体的基因流Nm平均值为3.19,表明2个群体间在过去的某个时间可能有过基因交流,群体间遗传分化系数(Fst)的平均值为0.072 7;2个亲体的遗传多样性水平相近。依据Evanno统计模型分析可将52份茶树种质分为3个亚群,分别包含18、24、9份茶树种质资源,MT4种质没有明确的亚类特性。      

千家寨不同海拔野生茶树的EST-SSR遗传多样性研究

利用5对EST-SSR引物对千家寨内7个海拔梯度的野生茶树居群进行遗传多样性和遗传结构的研究。在物种水平上,Shannon信息指数（I）和Nei基因多样性（He）分别为1.33和0.66,表现出很高的遗传多样性;千家寨不同海拔梯度上野生茶树居群的遗传多样性有差异,且随着海拔梯度的递增,居群的遗传多样性呈现出低—高—低的分布,并在海拔2β100βm处达到最大值;野生茶树居群间的基因流（N_m）为1.84,群体分化系数（F_st）为0.12,且基于AMOVA软件分析结果显示有16.32%的变异发生在居群间,表明野生茶树群体间属于中度分化,且大部分变异存在于居群内。野生茶树本身的遗传特性和不同海拔居群所处生境的异质性是其现有遗传格局的主要原因。