原发性闭角型青光眼的分子生物学研究进展

原发性闭角型青光眼(PACG)是由遗传及环境因素相互作用所致的复杂疾病,其房角关闭的机制尚不清楚。对PACG相关基因的研究有助于探明PACG的发病机制,同时对PACG的早期诊断和治疗具有重要意义。全基因组关联研究(GWAS)及多中心合作的发展使得近年来国内外对PACG的易感基因研究越来越多。文章对PACG相关的研究背景及分子生物学研究进展进行综述,进一步探讨PACG的发病机制。     

原发性开角型青光眼易感基因研究中GWAS的应用

原发性开角型青光眼(POAG)是由多个基因及环境因素相互作用所致的复杂疾病,遗传因素在其发生发展中起重要作用。全基因组关联研究(GWAS)方法被广泛应用到该病的遗传学研究中,并取得了一系列研究成果。该方法除可分析POAG患者的候选易感基因外,还可定量分析POAG内在表型有关基因,包括垂直杯盘比(VCDR)、眼内压(IOP)、中央角膜厚度(CCT)和视神经盘区(ODA),这些异常表型的相关基因在POAG的发展中是至关重要的。文章归纳了GWAS在POAG易感基因研究中的应用。     

VAV2基因多态性与原发性开角型青光眼的相关性研究

目的探讨西南地区汉族人群原发性开角型青光眼(primary open-angle glaucoma,POAG)与VAV2基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs7852459和rs2156323的关联性。方法采用病例-对照研究,选择中国西南地区的病例组1021例和对照组1012例,通过Sequenom MassARRAY方法基因分型VAV2基因关联位点,进一步Meta分析验证其与青光眼易感的关联性。结果 VAV2基因的SNP位点rs7852459与POAG显著相关(P0. 05,OR=1. 46),另一个SNP位点rs2156323与POAG无相关性(P=0. 224,OR=0. 93)。结论本次西南地区的病例对照样本中VAV2基因SNP位点rs7852459与POAG显著相关。提示该基因在POAG的发生发展的致病机制值得进一步探索。     

基于WES识别中国人群甲状腺乳头状癌新易感基因变异EPB41L4A rs1455421289

目的 采用全外显子组测序(WES)结合靶向分析识别中国人群甲状腺乳头状癌(PTC)新的易感基因变异。方法 选取2018—2020年北京医院行手术治疗的PTC患者286例,用于识别PTC候选基因的变异位点。选取2021—2022年北京医院行手术治疗的PTC患者214例,用于验证变异位点的突变频率。采用WES检测所有研究对象外周血白细胞基因组DNA,并采用靶向分析识别全基因组关联研究(GWAS)定位的28个PTC候选基因的蛋白编码区,及其侧翼选择性剪接序列的罕见变异。检测变异携带者癌组织和癌旁组织中变异位点等位基因的表达情况。通过病例-对照关联分析评估变异位点对PTC发生风险的影响。对照人群的基因分型数据分别来自gnomAD数据库、TOPMed数据库、ChinaMAP数据库和HUABIAO数据库。结果 WES结合靶向分析识别出红细胞膜蛋白4.1样4A(EPB41L4A)基因上的2个极罕见错义突变(rs1455421289位点c.163G>C:p.D55H和rs761977647位点c.855G>C:p.W285C),可能潜在影响编码蛋白的功能。在用于识别PTC候选基因变异位点的...     

中国人群寻常型银屑病易感基因研究进展

银屑病是一种常见的多因子遗传模式的复杂疾病,复杂疾病的发病机制在不同人群中存在种族差异性和遗传异质性。随着全基因组关联分析（GWAS）技术的推广应用,中国人群寻常型银屑病易感基因与其他国家人群的种族差异性逐渐被揭示,LCE、MHC等银屑病易感基因在中国人群的遗传异质性均被论证,PSORS9则被证实为汉族人群银屑病患者所特有的易感位点。     

支气管哮喘全基因组关联研究进展

全基因组关联研究(GWAS)是一种在全基因组范围内通过测定单核苷酸多态性(SNP),研究确定疾病易感区域和相关基因,寻找疾病的标记物,从而探究复杂疾病遗传机制的方法[1].GWAS与传统的候选基因研究策略相比具有明显的优势,不再局限于预先选择的候选基因或者候选染色体区域,而是针对全基因组进行筛查.2005年,Science杂志首次报道了有关人类年龄相关黄斑变性的全基因组关联研究.此后,GWAS在世界范围内发展迅猛,研究者应用GWAS对心血管病、糖尿病、皮肤病、支气管哮喘等复杂性遗传疾病进行研究,发现了一系列疾病相关基因或变异,将疾病的基因组研究推向一个新的阶段.     

与儿童哮喘相关的易感基因的研究进展

支气管哮喘(bronchial asthma,简称哮喘)是一种遗传和环境因素相互作用导致的多基因遗传病。前基因时代,定位克隆法与候选基因法发现的重率高且有价值的易感基因共25个。伴随人类基因组技术的发展,全基因组关联研究广泛应用,众多哮喘易感基因位点相继被发现,且基因位点共同作用能增加易感风险。尽管基因对哮喘及其相关性状有重要作用,但多种环境暴露也同样影响哮喘的发生。该文就儿童哮喘易感基因研究方法、近年来发现的主要易感基因、基因位点间交互作用及环境因素等作一综述。     

东亚人群2型糖尿病易感基因的研究进展

2型糖尿病是一种复杂的多基因遗传性疾病,东亚人群全基因组关联研究(GWAS)使该地区2型糖尿病遗传易感性的研究进入一个崭新阶段。目前已鉴定出20余个东亚人群2型糖尿病易感基因,本文对这些参与胰岛β细胞功能维持和外周胰岛素抵抗等方面的基因作一简介。     

人类ErbB2转录因子1基因多态性与陕西汉族人群胃癌的关系研究

目的探讨人类ErbB2转录因子1(TOB1)基因多态性与陕西汉族人群胃癌之间的关系。方法选取320例胃癌患者为胃癌组,350例经胃镜检查及病理活检排除胃癌的门诊患者为对照组,对TOB1基因4个候选单核苷酸多态性(SNP)位点(rs61482741、rs34700818、rs12601477、rs4626)进行基因分型。分析TOB1基因候选SNP位点等位基因、基因型、显性模式和隐性模式频率与胃癌风险的关系;分析TOB1基因候选SNP位点连锁不平衡情况。结果胃癌组与对照组TOB1基因4个候选SNP位点基因分型结果均符合哈迪-温伯格平衡(P0.05)。TOB1基因易感位点包括内含子区域rs61482741位点G等位基因(P=0.011,OR=1.42,95%CI=1.15～1.78)、GG基因型(P=0.016,OR=1.91,95%CI=1.18～3.23)、显性模式GG+CG基因型(P=0.032,OR=1.44,95%CI=1.05～1.93)、隐性模式GG基因型(P=0.043,OR=1.68,95%CI=1.03～2.74);外显子区域rs4626位点G等位基因(P=0.006,OR=1.41,95%CI=1.16～1.76)、GG基因型(P=0.006,OR=1.85,95%CI=1.20～2.85)、显性模式GG+AG基因型(P=0.023,OR=1.53,95%CI=1.10～2.16)、隐性模式GG基因型(P=0.028,OR=1.56,95%CI=1.09～2.21);内含子区域rs34700818和rs12601477位点等位基因、基因型、显性模式和隐性模式频率在胃癌组与对照组间比较,差异均无统计学意义(P0.05)。结论TOB1基因内含子区域rs61482741和外显子区域rs4626位点可能是陕西汉族人群胃癌高风险易感基因位点。     

8q24 rs13281615基因多态性与中国汉族女性乳腺癌患病风险及临床病理特征的关系

乳腺癌发病是多因素共同作用的结果.与家族性乳腺癌相比,大多数散发性乳腺癌的发生主要与低外显率基因的多态性有关.最近,Easton等[1]和Hunter等[2]的2项大规模的全基因组关联研究(GWAS)发现了几个新的乳腺癌易感基因位点.     

多囊卵巢综合征易感基因DENND1A、LHCGR、THADA与子痫前期的相关性研究

目的评估汉族人群中子痫前期与多囊卵巢综合征易感基因单核苷酸多态性(包括LHCGR基因rsl3405728位点、THADA基因rsa3429458位点,DENND1A基因rs2479106位点)的遗传相关性。方法选取2014年8月至2016年9月在广东省深圳龙华新区人民医院分娩的汉族187例子痫前期患者和223例正常健康孕妇,分别收集5 ml外周血。纯化外周血DNA后通过PCR扩增LHCGR基因rsl 3405728位点、THADA基因rsa3429458位点,DENND1A基因rs2479106位点,并进行直接测序获得基因型。通过Logistic回归分析研究体质指数(BMI)、年龄以及基因型等因素与子痫前期发病的相关性。结果三类最小等位基因频率在年龄以及体重因素校准后在对照组以及子痫前期组间差异无统计学意义(P0.05)。具体分析基因型频率时,发现DENND1A SNPrs2479106在病例和对照之间差异有统计学意义(P0.02,隐性模型),SNP rs13429458在病例与对照组之间差异有统计学意义(P=0.01,累加模型)。结论 LHCGR基因rsl 3405728位点、THADA基因rsa3429458位点,DENND1A基因rs2479106位点多态性与子痫前期具有相关性,可见子痫前期的家族性与多囊卵巢综合征易感基因相关。     

HHEX基因多态性与中国北方汉族人群精神分裂症及合并2型糖尿病发病的遗传学研究

目的探讨2型糖尿病易感基因HHEX与中国汉族人群2型糖尿病、精神分裂症以及精神分裂症合并2型糖尿病发病的关系。方法采用群体遗传学研究策略,以中国北方汉族人群331例精神分裂症患者、166例精神分裂症合并2型糖尿病患者、229例单纯2型糖尿病患者和389例健康对照个体为研究对象,采用TaqMan探针方法检测HHEX基因rs1111875位点基因型。结果拟合优度χ2检验分析显示rs1111875基因型频数分布在上述4个群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P0.05);Pearsonχ~2检验显示HHEX基因rs1111875位点等位基因、基因型频率在上述4组中差异显著(χ~2=14.770,df=3,P=0.002;χ~2=15.102,df=6,P=0.019)。遗传学关联分析发现,与健康对照组比较,单纯2型糖尿病组rs1111875位点等位基因频率差异显著(χ~2=3.905,P=0.048),单纯精神分裂症组或精神分裂症合并2型糖尿病组,rs1111875位点等位基因、基因型频率均无显著差异(P0.05),结论 HHEX基因rs1111875位点与中国北方汉族人群2型糖尿病发病相关联,而与精神分裂症以及精神分裂症合并2型糖尿病发病无关联。     

心血管疾病易感基因分子预警

心血管疾病(CVD)是由遗传和环境因素共同作用所致的一种多基因疾病。近年来,基于候选基因分析和全基因组关联研究已发现了一系列与CVD相关的易感基因,这些易感基因能否成为CVD早期诊断的指标和预防的靶点已成为研究者关注的焦点。了解CVD相关的易感基因研究现状和问题,对更好地解释其遗传变异,进一步应用于临床尤为重要。     

骨形态发生蛋白7基因变异与新疆维吾尔族肥胖人群的相关性

背景:研究表明骨形态发生蛋白7基因定位的染色体20q13是肥胖的易感区域,功能与基因定位均表明骨形态发生蛋白7基因是肥胖的易感基因.目的:探讨骨形态发生蛋白7基因变异与新疆维吾尔族肥胖人群的关系.方法:以流行病学调查为基础的病例-对照研究,选取1 063 例维吾尔族人群作为研究对象.先在48例维吾尔族肥胖人群(男/女:24/24) 中测序筛查骨形态发生蛋白7基因功能区的变异位点,选取代表性变异位点应用TaqMan-PCR 技术在研究人群中进行基因型鉴定并开展病例-对照关联研究.结果与结论:在骨形态发生蛋白7基因的功能区共发现5个新的和8个已知的变异位点.骨形态发生蛋白7基因的2个代表性变异位点rs60254222 和rs17480735 均符合Hardy-Weinberg 平衡.老年人群中rs60254222 变异的AA、AG、GG基因型在肥胖组及正常对照组中的频率分布分别为32.2%,55.7%,12.2% 和23.8%,48.3%,27.9%,且两组间频率分布差异有显著性意义(P < 0.01).老年人群中rs60254222 变异不同基因型组间体质量指数、腰围、腰臀比差异有显著性意义(P < 0.05).Logistic分析提示老年人群中rs60254222 变异GG基因型是肥胖的保护性因素(OR=0.578,95% 可信区间为0.401～0.833,P=0.003).结果表明骨形态发生蛋白7基因变异位点rs60254222 可能与新疆维吾尔族人群肥胖相关.     

IgA肾病的遗传学研究进展

IgA肾病是全世界最常见的原发性肾小球肾病之一。种族和地区差异以及家族聚集支持遗传因素在IgA肾病的发病机制中起重要作用。从早期的连锁分析、候选基因关联分析,到最近的大型国际全基因组关联研究(GWAS),逐渐确定了IgA肾病的多个易感基因,为了解IgA肾病致病机制和诊疗提供了重要线索。随着下一代测序技术的发展、研究样本量的扩大、遗传分析方法的提高,多组学和实验技术的发展,会揭示更多的IgA肾病的相关易感基因(包括一些低频、罕见变异),进一步阐明致病变异的分子机制,并有望推动IgAN的预防和精准治疗。     

QKI基因多态位点与四川地区汉族人群冠心病的相关性分析

目的研究QKI基因单核苷酸多态性(SNP)位点与四川地区汉族人群冠心病(coronary heart disease,CHD)发病的相关性。方法入选570例CHD患者和735例正常对照(NC)样本,通过病例-对照关联研究方法,选择QKI基因上4个标签SNP(rs7756185、rs6941513、rs7745161、rs7751144),以单碱基延伸(SNa Pshot)方法进行基因分型,并分析其与CHD的相关性。结果 QKI基因4个SNP位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。其等位基因频率在CHD组与NC组之间差异有统计学意义(均P0.01)。通过单倍体型分析发现,这4个SNP位点处于同一个连锁不平衡区域,其风险单倍体型TGGG可以增加CHD易感性0.25倍(P=0.0051),而保护型的单倍体型GACA可降低CHD患病风险31%(P=0.0003)。结论 QKI基因多态性位点与四川地区汉族人群CHD发病显著相关,其保护型等位基因可降低CHD的易感性。     

LncRNA H19基因多态性与乳腺癌遗传易感性关联的Meta分析

目的系统评价长链非编码RNA(LncRNA)H19基因rs217727和rs2839698单核苷酸多态性(SNP)位点与乳腺癌遗传易感性的关系。方法检索PubMed、Embase、Elsevier、中国知网(CNKI)、万方数据库、维普(VIP)数据库,收集关于LncRNA H19基因多态性与乳腺癌遗传易感性相关的病例对照研究。采用STATA12.0软件Meta-analysis模块进行LncRNA H19基因多态性与乳腺癌遗传易感性关联的Meta分析。结果关于rs217727SNP位点的5篇文献共纳入乳腺癌患者3 178例,健康对照者3 392例;关于rs2839698SNP位点的3篇文献共纳入乳腺癌患者2 607例,健康对照者2 827例。Meta分析结果显示,rs217727与rs2839698SNP位点4种遗传学模式[等位基因(Tvs.C)、加性模式(TTvs.CC)、隐性模式(TTvs.CT+CC)、显性模式(TT+CTvs.CC)]在病例组与对照组间比较,差异均无统计学意义(P0.05)。人群分层研究显示,中国汉族人群和伊朗人群rs217727SNP位点4种遗传学模式在病例组与对照组间比较,差异均无统计学意义(P0.05)。中国汉族人群rs2839698SNP位点4种遗传学模式在病例组与对照组间比较,差异均无统计学意义(P0.05)。伊朗人群rs2839698SNP位点4种遗传学模式在病例组与对照组间比较,差异有统计学意义(P0.05)。结论中国汉族人群LncRNA H19基因rs217727和rs2839698SNP位点4种遗传学模式与乳腺癌遗传易感性无关。     

IgA肾病发病机制的研究进展

IgA肾病(IgAN)是世界上最常见的原发性肾小球肾炎,是亚洲人群终末期尿毒症的主要原因之一。研究发现,黏膜免疫异常和遗传因素在其发病及病程进展中起重要作用。目前已有5个全基因组关联研究(GWAS),发现了与IgAN发病及临床表型有关的多个新的易感基因,这些基因大部分都与机体的黏膜免疫反应有关。为此,该文综述了近年来有关黏膜免疫及遗传易感性在IgA肾病发病机制方面取得的进展,有助于肾科医生对该疾病有进一步了解。     

IgA肾病的表观遗传学研究进展

IgA肾病(IgA Nephropathy,IgAN)是目前最常见的原发性肾小球肾炎,是一种多基因参与的免疫相关性疾病.然而目前GWAS研究中关于IgAN的遗传易感位点仅能解释4～7％的疾病遗传度.有研究发现了表观遗传学在IgAN中的作用.表观遗传学是指DNA序列未发生变化,但生物体的表型发生了可遗传性的改变,其机制主...     

基于DNA pooling技术的全基因组关联研究筛选主动脉夹层等位基因遗传位点

目的:筛选与主动脉夹层发病机制相关的遗传易感基因.方法:从主动脉夹层患者(150例)及对照组(250例)外周血白细胞提取基因组DNA,采用DNA Pooling为基础的Illumina Human660W-Quad芯片扫描,筛选与主动脉夹层发病相关的遗传易感基因.结果:(1)对照组女性数量明显多于病例组(P＜0.01);年龄、吸烟、高血压、糖尿病人数无统计学差异(P＞0.05).(2)遗传变异位点SNP rs2298491(位于TBCEL基因),SNP rs6080720(位于BFSP1基因),SNPrs7653410(位于SNTN基因),SNP rs2345106(位于COLQ基因)和位于ABCA13基因上的SNPrs4024044可能与主动脉夹层的发病有关.结论:SNPs rs2298491,rs6080720,rs7653410,rs2345106和rs4024044可能是主动脉夹层发病机制相关遗传变异位点的一部分.