羊源与骆驼源羊口疮病毒免疫相关基因的比较分析

试验旨在探究羊口疮病毒（Orf virus，ORFV）在感染不同物种后其免疫相关基因所表现出的差异变化。对采集到的羊和骆驼ORFV病料进行病毒基因组提取，分别命名为ORFV-Y和ORFV-LT。根据GenBank中ORFV全基因组序列（登录号：KF234407.1）设计并合成3对特异性引物，分别扩增ORFV-Y和ORFV-LT的B2L、F1L和VIR基因片段，并将扩增得到的基因片段分别克隆到pMD19-T载体上，转化大肠杆菌DH5α感受态细胞，对重组质粒进行鉴定，选取阳性克隆质粒进行测序，用DNAStar软件对所获序列进行拼接后，与NCBI上已公布的13组ORFV全基因组相应基因序列进行同源性比对、氨基酸序列分析和系统进化树构建。结果显示，两组基因组与参考序列的B2L、F1L和VIR基因核苷酸同源性分别为92.8%~99.2%、95.7%~99.5%和77.6%~100%。将两组基因组与参考序列进行氨基酸序列比对分析后发现，两组基因组之间的免疫相关基因均表现出较为明显的差异，且F1L基因有一定的规律可循。对B2L、F1L和VIR基因进行系统进化树构建分析后发现，ORFV-Y与中国福建山羊株亲缘关系较近，而ORFV-LT与参考毒株进化关系均较远，且单独成为一个分支。综上，ORFV在感染羊和骆驼时其免疫相关基因出现了较为明显的差异，为深入探究ORFV感染不同物种其基因序列发生的变化及未来针对不同物种的疫苗研制提供参考。     

羊口疮病毒强弱毒株免疫相关基因的比较分析

通过对采集到的青岛市某发病羊场羊口疮病料（强毒）在山羊成纤维细胞上连续传90代（弱毒）后, 分别进行病毒基因组提取, 并对提取到的基因组分别命名为ORFV-QD和ORFV-RD。根据GenBank上发表的ORFV全基因组序列设计并合成3对特异性引物, 分别扩增ORFV-QD和ORFV-RD的B2L基因、F1L基因和VIR基因片段, 并将扩增得到的基因组片段分别克隆到pMD-19T载体上, 转化到DH5α感受态细胞中, 对重组质粒进行鉴定后送至测序公司进行测序, 用DNASTAR软件对测序结果进行拼接及3组基因之间核苷酸同源性比较分析, 将测序结果与NCBI上已公布的13组ORFV全基因组相应基因核苷酸序列进行同源性比对分析、构建系统进化树及氨基酸序列比对分析。结果表明, 3组基因与参考序列的B2L基因、F1L基因和VIR基因核苷酸同源性分别为92.1%~98.4%、96.1%~99.1%和94.6%~100%。将2株病毒基因组与参考序列进行氨基酸序列比较分析, 结果显示2株病毒基因组之间并没有较为明显的差异。     

羊口疮病毒大足株的分离鉴定

本研究旨在了解重庆地区羊口疮病毒（orf virus，ORFV）流行情况。从重庆大足等地区羊场采集18份临床疑似羊口疮病料，提取病料DNA，经PCR鉴定为ORFV阳性；将阳性病料做常规处理，接种羔羊睾丸细胞（LT），并盲传至5代，观察接毒LT细胞病变，将F5代细胞培养物进行间接免疫荧光试验（IFA）、PCR扩增、测序、同源性比对、遗传进化分析和TCID₅₀测定。结果显示，经PCR检测，18份疑似羊口疮病料ORFV核酸阳性率为61.1%（11/18）；大足株病料接种LT细胞36 h后，长梭型细胞变圆、融合、呈拉网状、皱缩，72 h后大部分细胞脱落；间接免疫荧光试验在显微镜下观察到细胞浆中出现特异性绿色荧光，且荧光绕核分布；F1至F5代细胞培养物经PCR扩增出特异性目的条带，大小为1 137 bp；将测序结果与GenBank中19株ORFV B2L基因进行同源性比对，其核苷酸同源性在97.9%~100%之间，与美国SA00分离株同源性达100%，且遗传进化分析显示处于同一进化分支，亲缘关系较近；测定F5代细胞培养物TCID₅₀值为10^-5.68/0.1 mL，在细胞中能稳定增殖。综上所述，本研究成功分离并获得1株ORFV，为后续ORFV研究提供了生物材料，同时为防控重庆地区的羊口疮奠定基础。     

Cloning and Sequence Analysis of Mongolian Sheep Brachyury Gene

In order to study Mongolian sheep Brachyury gene DNA sequence, main purpose of this article by using the method of PCR, DNA sequence of Mongolian sheep Brachyury gene cloning and the complete Brachyury gene sequences were obtained for the first time.The sequencing with NCBI BLAST function on the site, comparing the results with the published sequences of sheep Brachyury homology was as high as 99%.We compared these sequences with ten Brachyury genes of human, mouse and other animals in GenBank database.The results showed that the most sequences were identical.Mongolian sheep Brachyury shared a 96.30% amino acid homology with Bos taurus, the highest degree of homology indicated a close genetic relationship, and the Caudata had the lowest homology 58.45%.It could be further confirmed by phylogenetic analysis.Moreover, the results showed that Mongolian sheep Brachyury gene sequence of amino acids and other vertebrates Brachyury gene sequence of amino acids were highly conservative.The research results showed that Mongolian sheep Brachyury gene sequences and other vertebrates Brachyury gene sequences were highly conservative.     

西藏牦牛、绵羊棘球蚴病病原的分子鉴定

本研究旨在对西藏自治区那曲地区和拉萨市牦牛、绵羊体内棘球蚴病原进行分子生物学鉴定并分析其遗传变异规律。对2016年11月底采自西藏拉萨市当雄县和那曲地区嘉黎县的5只绵羊体内的5个棘球蚴包囊、15头牦牛体内的18个棘球蚴包囊分别分离棘球蚴原头蚴或生发层组织，提取基因组DNA，应用PCR方法扩增nad1基因，通过测序获得nad1全基因序列。运用DNAStar MegAlign软件对序列进行同源性分析。以GenBank中已公布的棘球属的nad1全基因序列为比对对象，采用最大似然法（ML）构建系统发育树。结果显示，所测定的牦牛和绵羊的23个棘球蚴病原nad1基因序列与GenBank登录的细粒棘球蚴狭义种（G1基因型）nad1基因序列高度同源，同源性为99.6%~99.8%，23条nad1基因的遗传距离为0~0.0022447。同源基因的碱基变异率为0.2%~0.4%；与棘球属其他棘球绦虫同源基因的碱基变异率为14.9%~19.8%。有5个样本的nad1基因在不同位点发生碱基突变，变异位点发生序列转换。以上结果表明，本研究所采集牦牛和绵羊的棘球蚴为细粒棘球绦虫G1基因型，其nad1基因变异小，序列一致性高。     

羊传染性脓疱病毒内蒙古分离株VIR基因的克隆与序列分析

根据GenBank中已经发表的羊传染性脓疱病毒毒株StrainNZ2的VIR基因序列,设计合成1对引物。采用PCR技术对内蒙古分离株（OV/nm-05）的VIR基因进行特异性扩增,然后将其克隆到pEASY-T1载体中进行测序,得到该病毒的VIR基因序列。序列分析表明,OV/nm-05株与1710/03株的同源性最高,达98.0%;与513/04株的同源性最低,为95.4%。说明羊传染性脓疱病毒内蒙古分离株VIR基因与其他参考毒株之间差异不大,这为进一步从分子生物学角度了解VIR基因的结构和功能奠定了基础。     

小尾寒羊ACAA1基因CDS克隆及组织表达谱分析

为探索乙酰辅酶A酰基转移酶1（acetyl-coenzyme A acyltransferase 1,ACAA1）基因的生物学功能,明确该基因在小尾寒羊不同组织中的表达差异,试验采集小尾寒羊心脏、肝脏、胃、十二指肠、小肠、背最长肌、皮下脂肪组织,提取总RNA,根据GenBank中公布的绵羊ACAA1基因序列（登录号：XM_004018227.3）设计引物,利用RT-PCR和分子克隆技术获得小尾寒羊ACAA1基因完整CDS,并对其进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR检测该基因在小尾寒羊不同组织中的表达差异。结果显示,小尾寒羊ACAA1基因CDS长为1 071 bp,编码356个氨基酸;小尾寒羊ACAA1基因氨基酸序列与绵羊、山羊同源性最高,约为100%,与食蟹猴、狒狒和野猪的同源性均为93.0%;系统进化树结果显示,小尾寒羊与绵羊、山羊位于同一分支,亲缘关系较近,与穿山甲、狒狒的亲缘关系较远;各物种间同源性较高,保守性较强。ACAA1蛋白分子质量约为36.92 ku,分子式为C₁₆₀₃H₂₆₃₈N₄₅₈O₅₀₁S₁₈,理论等电点为7.48,半衰期为30 h,消光系数为9 440,稳定系数为40.88,脂溶系数为92.67,亲水性氨基酸残基约占58%,为不稳定的碱性脂溶性亲水蛋白;不存在跨膜结构与信号肽,不是分泌蛋白;主要分布在过氧化物酶体,存在25个磷酸化位点、3个潜在的N-糖基化位点和4个O-糖基化位点。ACAA1蛋白二级结构含有α-螺旋（37.92%）、β-折叠（12.64%）和无规则卷曲（49.44%）,三级结构预测结果与其一致。实时荧光定量PCR结果显示,ACAA1基因在小尾寒羊不同组织中均有表达,其中在肝脏、皮下脂肪、小肠中表达量相对较高。本试验结果为进一步探索小尾寒羊ACAA1基因生物学功能及筛选与肉质性状相关的候选基因提供依据。     

羊口疮病毒内蒙古株的分离与初步鉴定

[目的] 确定内蒙古地区规模化养殖场发生的疑似羊口疮的病原。[方法] 无菌采集疑似羊口疮病料7份,经剪碎、研磨、离心等处理后接种山羊皮肤成纤维细胞（goat skin fibroblasts,GSFs）培养;对分离到的病毒毒株进行电镜观察;利用B2L基因引物进行特异性PCR鉴定,对获得的B2L基因序列测序,构建系统发育树,并进行同源性分析。[结果] 3份病料经GSFs培养48 h后出现明显病变,分离的病毒经负染后在电镜下观察呈卵圆形,病毒粒子长220~250 nm,宽125~200 nm,符合羊口疮病毒（orf virus,ORFV）粒子的形态特征,并将其命名为NM-ORFV-1株、NM-ORFV-2株、NM-ORFV-3株。分离株经B2L基因PCR鉴定获得1 137 bp的扩增产物,与预期一致;系统发育树及同源性分析显示,NM-ORFV-2株与NM-ORFV-3株遗传关系密切,处于同一分支,且与ORFV KP336704（中国）分离株的亲缘关系最近,同源性达到99.4%;NM-ORFV-1株与NM-ORFV-2株及NM-ORFV-3株处于不同分支,NM-ORFV-1株与NM-ORFV-2株的同源性为99.1%,与NM-ORFV-3株的同源性为99.0%,且与ORFV JQ904789（中国）疫苗株亲缘关系最近,同源性为99.6%。[结论] 内蒙古地区规模化养殖场疑似羊口疮病例的病原是ORFV。     

YAP1在发情期不同繁殖力湖羊子宫内膜中的表达模式及功能分析

旨在分析Hippo信号通路的效应基因YAP1在不同繁殖力湖羊子宫内膜中的表达模式及功能。本研究根据系谱档案和BMPR-1B基因多态性分析，将9只体况相近且健康的经产母羊分为3组(HBB、LBB以及LB+,n=3)。提取不同繁殖力湖羊子宫内膜组织RNA,并反转录为cDNA,实时荧光定量PCR (RT-qPCR)分析Hippo信号通路中几个主效基因的表达模式。运用生物信息学方法分析YAP1在不同物种间的氨基酸同源性及其亲缘关系。体外分离湖羊子宫内膜基质细胞，利用RNA干扰和细胞转染技术体外干扰YAP1,采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)分析YAP1基因对子宫容受性相关基因的影响。利用流式细胞术分析干扰YAP1对细胞凋亡的影响，同时利用RT-qPCR和Western blot检测干扰YAP1后凋亡及线粒体相关基因的表达。结果显示，Hippo信号通路中YAP1、LATS1、MST1基因在不同繁殖力湖羊子宫内膜组织中的表达水平存在差异，其中YAP1基因在高繁殖力(HBB)湖羊子宫内膜中的表达量显著高于两组低繁殖力(LB+、LBB)湖羊；氨基酸同源性及系统进化树分析显示，绵羊YAP1蛋白与...     

羊传染性脓疱病毒疫苗株和野毒株GIF基因比较分析

羊传染性脓疱(orf)是由羊传染性脓疱病毒(orf virus,ORFV)感染引起的绵羊和山羊的一种接触性人兽共患病。粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)/白细胞介素(IL-2)抑制因子(GIF)基因为ORFV编码中晚期病毒基因,它能够与GM-CSF、IL-2结合并且抑制二者的活性,从而抑制宿主抗病毒作用。为了比较疫苗毒株和流行毒株间GIF的差异,本试验扩增并测定了ORFV疫苗株和野毒株的GIF基因序列,比较分析了ORFV疫苗弱毒株和野毒株GIF基因的核酸水平和氨基酸水平的差异情况,以及二、三级蛋白结构。结果表明:本次测定的ORFV疫苗株与野毒GIF基因核苷酸序列相似性为94.3%,氨基酸序列相似性为92.5%,两者的蛋白三级结构预测上也有差异。本研究结果为该病的防控提供了参考依据。     

江苏省羊口疮病毒的分离鉴定及B2L基因的遗传进化分析

为了解江苏省近年来羊口疮病毒（Orf virus,ORFV）的流行情况,更好地控制江苏地区的羊口疮病,2013~2015年采集江苏部分地区羊口疮疑似病料121份,进行病毒分离鉴定及其B2L基因的遗传进化分析。结果显示,样品中ORFV PCR检测阳性4份,用胎羊鼻甲骨细胞（OFTu）和MDBK细胞进行病毒分离,分离到4株病毒。这4株病毒分别命名为ORFV/Ovis/XZ/Jiangsu/2015/China、ORFV1/Ovis/DT/Jiangsu/2015/China、ORFV2/Ovis/DT/Jiangsu/2015/China和ORFV/Ovis/SL/Jiangsu/2015/China。扩增ORFV的B2L基因全长并绘制遗传进化树。B2L基因序列分析显示,4株分离株之间的核酸同源性为98.5%~100.0%。遗传进化树显示,ORFV/Ovis/XZ/Jiangsu/2015/China株、ORFV1/Ovis/DT/Jiangsu/2015/China株和ORFV2/Ovis/DT/Jiangsu/2015/China株与SC-JY、GX-YB、JS-FX株聚成一簇,核苷酸同源性为97.8%~100.0%。ORFV/Ovis/SL/Jiangsu/2015/China与LiaoNing、HuB、Gansu株亲缘关系接近,核苷酸同源性为98.8%~98.9%。4株分离株与中国疫苗株的核苷酸同源性为96.8%~98.1%。结果表明,江苏地区的ORFV来源可能不同,有必要开展更为深入的流行病学调查,为防控江苏地区的羊口疮奠定基础。     

羊口疮病毒B2L蛋白抗原表位预测及重组蛋白设计与验证

为得到羊口疮病毒（ORFV）B2L蛋白的可能抗原表位及截短后高效表达的表位蛋白，本试验采用DNAStar、Mega 7.0等软件对部分NCBI已登录的B2L基因序列进行分析，并应用不同在线服务器对其编码蛋白的信号肽、跨膜区、细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位、B细胞表位和二级结构进行预测，同时参考多模板进行三级结构预测，综合抗原表位、亲水性、表面可及性和抗原指数等主要预测数据进行抗原位点分析及融合His·tag抗原表位蛋白的设计，构建并原核表达截短后高效表达的表位蛋白。结果显示，得到了几个可能的优质抗原表位，分别为88-93、133-138、172-175、251-254、311-313和370-377位氨基酸；纯化并复性的蛋白以多聚体形式存在；Western blotting结果显示，其具有良好的反应原性。该研究确定了ORFV B2L蛋白抗原位点，构建并原核表达了截短后高效表达的表位蛋白，为羊口疮诊断制剂及亚单位疫苗的研究奠定了基础。     

Comparative sequence analysis of major envelope protein gene (B2L) of Indian orf viruses isolated from sheep and goats

Orf virus (ORFV), the type species of Parapoxvirus, is responsible for contagious ecthyma in sheep and goats. In the present report, sequence analysis of major envelope gene (B2L) of four Indian orf virus isolates originating two each from sheep and goats was carried out. These recent isolates belonged to different outbreaks that occurred in Kumaon hills and adjoining plains during 2004-2005. Preliminary screening of the scab samples was carried out by diagnostic PCR. Full-length B2L gene encoding for immunogenic major envelope protein from all the four ORFV isolates was amplified by PCR and the amplicons (1206 bp) were cloned and sequenced. Comparative sequence analysis revealed an open reading frame of 1137 nucleotides (nt) encoding a polypeptide of 378 amino acids (aa). Indian isolates were highly related amongst themselves with sequence identity of over 97% at the nt and aa level. Further, they showed 97-98% sequence identity with sequences of other ORFV isolates from around the world; while 94-95 and 82.7-83.8% sequence identity was observed, respectively, with pseudocowpox and bovine papular stomatitis viruses--the other members of the genus. Phylogenetic analysis also showed that these Parapoxviruses from sheep and goats are closely related to other orf viruses reported worldwide.     

Partial sequence analysis of B2L gene of Brazilian orf viruses from sheep and goats

We herein describe the partial nucleotide sequencing and phylogenetic analysis of the B2L gene of seventeen Brazilian orf viruses (ORFV). Seventeen viruses were recovered from outbreaks of contagious ecthyma in sheep and goats in four states in Southern and Northeast country, and three from commercial vaccines. Most analyzed viruses were associated with outbreaks of classical contagious ecthyma, with lip, nostrils and labial commissure involvement, yet udder/teat, feet, vulvar and disseminated lesions were also reported in some cases. Nucleotide sequence analysis revealed a high degree of B2L similarity among sheep sequences (>99%) regardless the geographic origin, and a remarkable high identity for the two goat isolates (>99.8%), with similarity dropping to below 99% when comparing viruses from the two species. A phylogenetic tree grouped most sheep and goat viruses on different branches. In addition, sequence alignment allowed the identification of up to six scattered nucleotide changes that were predominant and more consistent in goat isolates, including a number of sequences from other continents. Thus, in spite of the high nucleotide similarity, different degrees of similarity and discrete nucleotide changes in the B2L gene may help in grouping ORFV viruses according to host species.     

羊口疮病毒的分离与鉴定

本试验利用犊牛睾丸细胞、羔羊睾丸细胞、MDBK、BHK-21细胞对采自内蒙古赤峰的疑似羊口疮发病羊群的唇部痂皮组织进行接种传代,分离出1株病毒,通过透射电镜负染观察和PCR检测对该分离株进行鉴定。参照GenBank中羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)ORF059 (F1L)基因的核苷酸序列,设计并合成1对特异性引物,成功地对分离株的F1L基因进行克隆、测序,并与多株参考毒株进行了同源性比对分析,结果显示经透射电镜负染观察到典型的副痘病毒粒子,与参考毒株序列相比均具有较高的同源性,均为96%以上,结果表明该分离株为ORFV,命名为OV/nm-hd。     

石河子地区宠物犬蜱的种类鉴定及其携带布鲁氏菌的检测

为了解新疆石河子地区宠物犬体表寄生蜱的种类及蜱携带布鲁氏菌情况,本试验在形态学分类的基础上,基于线粒体基因12S rRNA和细胞色素氧化酶Ⅰ（COⅠ）对宠物犬体表采集寄生蜱进行分子生物学检测,使用DNAMAN软件比对分析序列同源性,并应用序列分析软件Mega 7.0邻接法构建蜱种系统发育进化树,分析蜱种的遗传进化关系;基于布鲁氏菌外膜蛋白Omp22基因对宠物犬体表寄生蜱进行布鲁氏菌PCR检测,确定宠物犬蜱布鲁氏菌携带情况。结果显示,宠物犬体表寄生的436只蜱的形态学与线粒体基因（12S rRNA和COⅠ）分子生物学鉴定结果一致,均为新疆优势蜱种之一——图兰扇头蜱（Rhipicephalus turanicus）。基于12S rRNA基因构建的蜱种系统发育树显示,本试验所得宠物犬体表寄生图兰扇头蜱序列与GenBank中已知图兰扇头蜱的序列聚为一大支。基于布鲁氏菌Omp22基因的巢式PCR扩增结果显示,宠物犬体表寄生图兰扇头蜱携带布鲁氏菌的阳性率为4.82%（21/436）,且同源性为100%。BLAST比对显示,本试验所得宠物犬图兰扇头蜱携带的布鲁氏菌与新疆流行株YC31（GenBank登录号：MK201679.1）、QH5（GenBank登录号：MK201678.1）、EM3（GenBank登录号：MK201677.1）和ML9（GenBank登录号：MK201676.1）的同源性均为100%。本研究通过形态学及分子生物学探讨了新疆石河子地区宠物犬体表寄生蜱的种类及携带布鲁氏菌基本情况,为宠物犬体表寄生蜱的种类及蜱传疾病的监测和控制等研究工作提供了基础资料。     

绵羊SUN2基因生物信息学分析及其在A549细胞中的表达

本研究旨在克隆绵羊SUN2（Sad1 and UNC84 domain containing 2）基因并进行生物信息学分析,构建真核表达载体并检测其在A549细胞中的表达。根据绵羊SUN2基因序列（GenBank登录号：XM_015095026.2）设计特异性引物,应用RT-PCR方法扩增并克隆绵羊SUN2基因CDS序列,测序鉴定后对其进行生物信息学分析,并构建pEGFP-C1-SUN2重组质粒。利用脂质体转染方法将pEGFP-C1-SUN2重组质粒转染至A549细胞并检测其表达。结果显示,绵羊SUN2基因CDS区序列全长2 187 bp,编码728个氨基酸,理论分子质量为81.06 ku,分子式为C₃₅₉₃H₅₆₃₉N₁₀₃₁O₁₁₁₀S₁₄,等电点（pI）为6.20,总原子数为11 387,不稳定系数为56.88,属于不稳定蛋白。绵羊SUN2基因序列与山羊、牛、猪、马、家犬、大鼠、小鼠及人的相似性分别为98.9%、97.2%、91.6%、90.6%、87.1%、82.4%、82.1%和86.1%,不同物种间基因相似性较高,进化过程中相对保守。系统进化树分析表明,绵羊SUN2基因与山羊、牛、猪、马和家犬等哺乳动物的遗传距离相对较近,与鸡的遗传距离较远。结构域及跨膜结构域预测显示,绵羊SUN2蛋白含有1个高度保守的SUN结构域,且存在跨膜结构域。信号肽预测显示其不存在信号肽位点,疏水性分析为亲水性蛋白,氨基酸序列二级结构主要为α-螺旋（51.65%）,其余为无规则卷曲（31.46%）、延伸链（12.36%）和β-转角（4.53%）。试验成功构建了绵羊SUN2基因真核表达载体pEGFP-C1-SUN2,将其转染至A549细胞并检测到蛋白表达。本试验结果为绵羊SUN2基因功能的研究提供了参考依据,为后续探究SUN2基因在绵羊肺腺瘤病中的作用奠定了基础。     

Cloning and Sequence Analysis of Lin28 Gene Coding Region from Sheep

The assay was aimed to study the function of Lin28 gene of sheep,in this study,according to the Lin28 gene mRNA sequence of mice,pigs,cattles and human in GenBank,the degenerate primer was designed.Total RNA was extracted by Trizol from intestine of 100 d sheep embro,and CDS sequence of the gene was amplified by RT-PCR using the primer.Using a series of bio-software such as DNAMAN,BioEdit and NCBI BLASTn,PlantsP,ScanProsite online and so on,we analyzed the homologies between nucleotide and deduced amino acid sequences,constructed phylogenetic tree,analyzed protein functional domains and deduced three-dimensional structure of amino acid sequence.The results showed that the sequence of sheep Lin28's CDS including stop codon,was in a length of 630 bp,encoded 209 amino acids.Analysis of homology showed that sheep Lin28 gene also shared 53.8%,55.2%,70.2%,88.3%,88.7%,89.2%,89.5%,90.5%,95.9% and 98.9% nucleotide homologies and 76.5%,67.9%,93.2%,99.3%,97.7%,99.3%,99.3%,98.5%,99.3% and 100.0% amino acid identities with Xenopus laevis,Danio rerio,Gallus gallus,Bos taurus,Equus caballus,Felis catus,Sus scrofa,Homo sapiens,Rattus norvegicus and Mus musculus,respectively.Two zinc finger domains and one cold shock domain could be found by bioinformatics analyzing.The successful cloning of Lin28 revealed that the gene in the structure and function was very conservative and helpful to study gene function and its role in somatic reprogramming in future.     

延边牛PLIN2基因CDS区克隆、生物信息学分析及其表达规律研究

本研究旨在克隆延边牛脂肪分化相关蛋白PLIN2基因完整CDS区,通过生物信息学分析PLIN2基因CDS区序列和蛋白质基本特性,探讨其在延边牛不同组织及前体脂肪细胞成脂过程中的表达规律。选取18月龄去势的延边牛为研究对象,利用RT-PCR和基因克隆获得延边牛PLIN2基因,与其他物种进行同源性比对及系统进化树构建,利用生物信息学方法预测PLIN2编码蛋白质的理化性质、潜在磷酸化位点及糖基化位点、二硫键分析、信号肽、亚细胞定位、蛋白高级结构,利用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因在延边牛不同组织中的表达水平。结果显示,延边牛PLIN2基因CDS长1 353 bp,编码450个氨基酸;同源性比对发现延边牛PLIN2基因与黄牛、水牛、绵羊、山羊、野猪、人、小鼠和野鸡的同源性分别为100%、98.7%、96.7%、97.1%、85.5%、86.3%、47.3%和49.1%;系统进化树表明,延边牛与黄牛、水牛的亲缘关系最近,与野鸡的亲缘关系最远。PLIN2蛋白为不稳定蛋白,具有一定亲水性,存在61个潜在的磷酸化位点、16个O-糖基化潜在位点、12个N-糖基化潜在位点,存在2个二硫键,不存在信号肽,主要分布于细胞核中,细胞质和线粒体中有少量分布。PLIN2蛋白高级结构预测该蛋白是由α-螺旋、延伸链、无规则卷曲和β-转角组成,为混合型蛋白,通过无规则卷曲连接,以α-螺旋为主。实时荧光定量PCR结果显示,PLIN2基因在延边牛小肠组织中表达量最高,其次为背最长肌和肾脏组织。本研究结果可为进一步研究PLIN2基因的功能提供借鉴。     

2015－2020年天津地区猪伪狂犬病病毒gB、gC、gE基因遗传变异分析

为掌握天津地区猪伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）的流行及遗传变异情况,本研究对2015－2020年天津地区分离的20个分离株的gB、gC和gE基因进行扩增、测序,并与参考毒株序列进行比对分析。相似性分析结果显示,分离株与2012年后中国变异株相比,3种基因核苷酸及编码氨基酸序列相似性分别为：gB基因均为99.9%~100%;gC基因为99.7%~100%和99.4%~100%;gE基因为99.7%~100%和99.6%~100%。遗传进化和序列比对分析结果显示,依据gB、gC、gE基因绘制遗传进化树均可将PRV毒株分为GⅠ型和GⅡ型,天津分离株属于GⅡ型;其中19个分离株与PRV变异株遗传关系较近,属于同一亚分支,并存在相同的氨基酸变异位点;另外1个分离株（TJBD6株）gB和gE基因与PRV变异株遗传关系较近,氨基酸变异位置与PRV变异株一致,但其gC基因与经典株Ea株遗传关系较近,且核苷酸和氨基酸序列相似性为100%。上述结果表明,2015年以来天津地区流行的PRV毒株存在经典株和变异株2种类型,其中变异株为主要流行株。本次研究初步调查了天津地区PRV分子流行特征,可为猪伪狂犬病防控提供依据。