基于高通量测序解析赊店老酒浓香型白酒大曲古菌群落多样性

该研究采用高通量测序技术对赊店老酒制作的浓香型白酒大曲的古菌群落多样性进行分析,并进行蛋白直系同源簇（COG）功能预测。结果表明,大曲的优势古菌门（相对丰度＞1%）为广古菌门（Euryarchaeota）,相对丰度为98.51%;优势古菌属（相对丰度＞1%）为甲烷短杆菌属（Methanobrevibacter）、甲烷囊菌属（Methanoculleus）、甲烷发菌属（Methanothrix）、盐碱球菌属（Halalkalicoccus）、Methanomassiliicoccus、甲烷球形菌属（Methanosphaera）、甲烷杆菌属（Methanobacterium）、甲烷八叠球菌属（Methanosarcina）、Methanospirillum、甲烷嗜热杆菌属（Methanothermobacter）,相对丰度分别为61.92%、10.51%、7.17%、6.30%、3.84%、1.72%、1.61%、1.07%、1.04%、1.00%。此外,首次在大曲中发现盐碱球菌属（Halalkalicoccus）、热球菌属（Thermococcus）、甲烷绳菌属（Methanolinea）、亚硝化侏儒菌属（Nitrosopumilus）。COG功能主要富集在翻译、核糖体结构和生物发生,能源生产与转化,氨基酸转运和代谢,辅酶运输和代谢,复制、重组和修复,转录,反映了大曲中各种酶系的合成活跃。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于MiSeq测序技术石花酒大曲中微生物多样性解析

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对襄阳市石花酒大曲中微生物多样性进行分析。结果表明,4个样品中优势细菌门（＞0.1%）为变形杆菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）,且均为核心菌门;优势细菌属（＞1%）为假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、链霉菌属（Streptomyces）、魏斯氏菌属（Weissella）、明串珠菌属（Leuconostoc）和Kroppenstedtia。优势真菌门（＞0.1%）为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和Mucoromycota,其中子囊菌门为核心菌门;优势真菌属（＞1%）为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、红曲菌属（Monascus）、热子囊菌属（Thermoascus）、青霉菌属（Penicillium）、曲霉属（Aspergillus）和Leiothecium。样品中假单胞菌属和曲霉属呈现显著正相关（P＜0.05）。综上,4个石花酒大曲样品中共有大量的核心菌群,且样品中细菌与真菌有一定的相关性。     

基于高通量测序分析内蒙古地区传统酸面团中细菌菌群的多样性

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术对内蒙古西、中、东地区传统酸面团样品中的细菌菌群多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,传统酸面团样品共产生1 230 198条高质量序列,得到656个操作分类单元（OTU）;3个地区酸面团样品共检出3个优势细菌门和11个优势细菌属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和芽孢杆菌属（Bacillus）,不同地区样品间细菌菌群多样性和丰度存在明显差异。传统酸面团样品中细菌菌群的主要功能为碳水化合物代谢、辅助因子和维生素代谢、氨基酸代谢、脂质代谢及萜类化合物和聚酮化合物代谢。     

清徐低温大曲真菌菌群多样性及其功能性关联分析

为明确清徐低温大曲真菌菌群的多样性与功能,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其真菌菌群多样性进行解析,使用电子鼻和电子舌智能传感技术对香气和滋味进行分析,并通过多元统计学分析方法进行解析。结果表明,清徐低温大曲平均相对含量＞1.00%的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,平均相对含量为（99.99±0.02）%。平均相对含量＞1.00%的真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、热子囊菌属（Thermoascus）、红曲菌属（Monascus）和曲霉属（Aspergillus）,平均相对含量分别为（80.71±8.83）%、（8.96±5.03）%、（6.10±4.56）%和（1.54±1.18）%。通过肠型分析将清徐低温大曲分为两组,并结合大曲的菌群多样性分析结果与香气、滋味指标进行关联分析,发现清徐低温大曲中复膜孢酵母属相对含量的差异是造成清徐大曲功能不同的主要原因。     

四种芝麻香型白酒酿造用曲理化性质和微生物群落的比较研究

该研究对高温大曲（DQ）及3种麸曲（细菌曲（FQB）、酵母曲（FQY）、霉菌曲（FQM））的理化指标、微生物菌群组成和潜在功能进行对比分析。结果表明，3种麸曲的水分、液化力和糖化力均高于高温大曲，酸度则相反。高温大曲中的细菌和真菌菌群多样性均高于麸曲。高温大曲中微生物菌群比较丰富，相对丰度较高的菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）(26.5%)、枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）(23.7%)、曲霉属（Aspergillus）(37.2%)、嗜热真菌属（Thermomyces）(25.5%)；细菌曲中细菌属以芽孢杆菌属（Bacillus）(99%)为主；霉菌曲和酵母曲中真菌属分别以曲霉属（96.2%）和异常维克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）(97.7%)为主。功能预测结果表明，与麸曲相比，高温大曲的真菌和细菌群落在淀粉和蔗糖代谢、丙酮酸代谢和三羧酸循环代谢更旺盛。     

茅台镇不同主酿区域酱香型白酒酿造大曲中细菌菌群结构分析

通过高通量测序技术结合数理分析方法,系统性研究茅台镇酱香型白酒不同酿造区域生产大曲中的细菌菌群结构特征,共检出细菌21 个门和532 个属,首次在酱香大曲中检出解硫胺素芽孢杆菌属（Aneurinibacillus）、鲁梅尔芽孢杆菌属（Rummeliibacillus）、摩根氏菌属（Morganella）、普劳斯氏菌属（Prauserella）、橄榄形菌属（Olivibacter）、库特氏菌属（Kurthia）、两面神菌属（Janibacter）、巴尔通氏体属（Bartonella）、香味菌属（Myroides）、unclassified_o__Corynebacteriales和Parapusillimonas。研究发现,不同区域生产大曲的细菌多样性丰富且存在差异,但各区域在相对丰度较高的优势细菌门、优势细菌属及核心细菌属的菌群结构组成上具有高度的相似性。其优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为慢生芽孢杆菌属（Lentibacillus）、克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、泛生菌属（Pantoea）、大洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）和肠杆菌属（Enterobacter）,芽孢杆菌属（Bacillus）为其关键核心细菌属;区域间微生物具有良好的共性,强化了茅台镇稳定的酿造微生态结构,是茅台镇具有稳定产酱香型白酒的重要原因之一。各区域内的不同轮次大曲中细菌菌群差异小于区域间菌群差异,而区域间的细菌差异主要集中在丰度较小功能菌群上。研究结果揭示了茅台镇不同主酿区生产大曲的细菌菌群结构,为相关研究奠定了基础,也为酱香型白酒生产监测及企业选址提供了参考和指导。     

不同北方浓香型白酒大曲中微生物组成及理化差异分析

以3种北方浓香型白酒中高温大曲（Q1、Q2和Q3）为研究对象,对其理化指标及微生物多样性进行分析,并采用PICRUSt软件进行基因功能预测。结果表明,3种大曲的糖化酶活力及水分含量差异显著（P＜0.05）;优势细菌属的种类及丰度存在差异,其中糖多孢菌属（Saccharopolyspora）和葡萄球菌属（Staphylococcus）相对丰度在样品Q1中较高,芽孢杆菌属（Bacillus）、肠杆菌属（Enterobacter）、魏斯氏菌属（Weisslla）和粘液乳杆菌属（Limosilactobacillus）相对丰度在样品Q2中较高,果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）和广布乳杆菌属（Latilactobacillus）相对丰度在样品Q3中较高;优势真菌属差异较小,且嗜热子囊菌属（Thermoascus）的相对丰度均较高。果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）为样品Q3与样品Q1和Q2的主要差异微生物,且其与糖化酶活力呈显著负相关（P＜0.05）。3种大曲中微生物菌群的代谢相关功能簇丰度较高,且样品Q1细菌菌群的最高（P＜0.05）。     

浙江地区中温大曲贮存过程细菌群落多样性及功能预测分析

利用16S rRNA高通量测序和理化分析技术分别解析浙江地区中温大曲贮存过程中细菌群落多样性和理化特征演替,并结合生物信息学方法预测菌群功能。结果表明,大曲贮存90 d后,pH和含水量显著降低（P<0.05）,酸度显著升高（P<0.05）,且贮存前后细菌群落多样性和结构组成差异显著（P<0.05）。乳酸杆菌属（Lactobacillus）和魏斯式菌属（Weissella）是大曲贮存期间的绝对优势属,其相对丰度范围分别为47.56%～63.44%和25.16%～42.77%。魏斯式菌属相对丰度与含水量和pH呈正相关,而酸度与乳酸杆菌属、醋酸杆菌属（Acetobacter）和克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）相对丰度呈正相关。此外,功能预测结果表明中温大曲贮存期间的基因功能主要与代谢、遗传信息处理和环境信息处理等功能相关。     

高通量测序解析白酒中高温大曲细菌和真菌群落结构

采用高通量测序技术,定期采集河南贾湖酒业中高温大曲制备过程中的样品,研究大曲中真菌和细菌群落在整个发酵过程中的动态变化。结果表明,各发酵阶段的细菌和真菌组成均发生动态变化。大曲样品从入房到出房,细菌和真菌数量表现出先升高后降低的趋势,并且都在曲温达到顶温时（大曲JH3）达到最高值。发酵前期主要有假丝酵母属（Candida）、根霉属（Rhizopus）和曲霉属（Aspergillus）,当曲温达到顶温时,横梗霉属（Lichtheimiaceae）成为优势菌群,发酵后期以毛霉属（Mucor）和曲霉属为主。入房和出房大曲中细菌组成变化不大,乳杆菌属（Lactobacillus）是整个过程中的优势菌属。当曲温达到顶温时,高温放线菌科（Thermoactinomycetaceae）克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）成为明显优势菌群,相对丰度达到60.67%。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

张家界市酸鱼细菌类群解析及其功能预测

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自张家界市的7个酸鱼样品进行了细菌类群分析,结果发现厚壁菌门（Firmicutes）为优势菌门,其平均相对含量为95.49%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、四联球菌属（Tetragenococcus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）,其平均相对含量分别为66.53%、11.77%和8.10%。发现8个核心分类操作单元中有6个注释为Lactobacillus,各有1个注释为Tetragenococcus和Staphylococcus,其中乳酸菌的累计平均相对含量达60.27%。PICRUSt技术预测酸鱼菌群功能结果表明,酸鱼中的细菌菌群在“氨基酸转运与代谢”和“碳水化合物运输和代谢”功能上表达较高,说明菌群在代谢方面的功能比较突出。由此可见,张家界地区酸鱼中蕴含了丰富的乳酸菌资源,且以Lactobacillus、Tetragenococcus和Lactococcus为主。     

酱香型郎酒高温大曲、酒醅和窖泥中细菌群落结构分析

该研究利用高通量测序技术对酱香型郎酒大曲、酒醅和窖泥的细菌菌群进行多样性解析和比较分析。结果表明,郎酒窖泥中细菌菌群的丰富度和多样性最高,大曲中细菌菌群的多样性远高于酒醅。窖泥中主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（26.1%）、埃希氏菌-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）（12%）、梭菌属（Clostridium）（7.9%）等,嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）作为主体菌,同时存在多种未培养菌种;大曲中的主要优势菌群包括泛菌属（Pantoea）（21.9%）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）（21.4%）、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）（19.4%）和乳球菌属（Lactococcus）（9.4%）等;酒醅中主要优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）（42.7%）、魏斯氏菌属（Weissella）（32.1%）、芽孢杆菌属（Bacillus）（14.2%）和乳杆菌属（Lactobacillus）（8.3%）,乳酸菌占据优势地位。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市 酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明，酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度＞1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）（98.11%）；优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）（37.32%）、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）（20.34%）、酵母属（Saccharomyces）（11.03%）、耐碱酵母属（Galactomyces）（9.41%）、假丝酵母属（Candida）（5.88%）、曲霉属（Aspergillus）（4.44%）、伊萨酵母属（Issatchenkia）（2.69%）和德巴利酵母属（Debaryomyces）（1.51%）。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU），其中有15个为优势OTU，分别被注释到8个优势菌属中，累计相对含量达92.49%，具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系，该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主，且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成分析

基于高通量测序技术对西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮细菌和真菌菌群的多样性及群落组成进行分析。结果表明,不同品种葡萄果实表皮微生物群落多样性差异明显,‘夏黑’葡萄果实表皮微生物丰富度和多样性指数最高,‘火焰无核’葡萄果实表皮最低。优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、SJA-15、劳尔氏菌属（Ralstonia）、异样根瘤菌属（Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）和阿菲波菌属（Afipia）,优势真菌属主要为球腔菌属（Mycosphaerella）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和枝顶孢属（Acremonium）。结果显示,不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成及相对丰度差异明显,说明葡萄品种影响葡萄果实表皮微生物群落结构组成。     

八宝豆豉制曲过程中微生物多样性与蛋白酶活性的动态变化及其潜在相关性

该研究采用高通量测序技术研究八宝豆豉制曲过程中微生物的演替规律,并对3种蛋白酶活性进行动态监测,进而利用皮尔森相关性分析建立优势菌属与蛋白酶活性的潜在关系。高通量测序结果表明,八宝豆豉制曲过程中,细菌菌群多样性高于真菌菌群多样性,且发酵使得微生物群落结构产生了较大的差异,从中共确定出9种优势微生物属（相对丰度＞1%）,包括6种优势细菌属和3种优势真菌属,且以芽孢杆菌属（Bacillus）和曲霉属（Aspergillus）为主。蛋白酶活性分析结果表明,碱性和中性蛋白酶为制曲阶段的主要蛋白酶。皮尔森相关性分析结果表明,Bacillus、Aspergillus、葡萄球菌属（Staphylococcus）以及假单胞菌属（Pseudomonas）这4种优势菌属与蛋白酶活性表现出正相关关系,而其他优势微生物属均与蛋白酶活性呈负相关关系。