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深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测 总被引:3,自引:0,他引:3
目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。 相似文献
3.
《中国卫生检验杂志》2015,(4)
目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。 相似文献
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云南省人类免疫缺陷病毒-1亚型分析 总被引:2,自引:0,他引:2
目的 研究云南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)亚型的地理及人群分布.方法 采集云南省2001-2006年1319名HIV-1感染者血液标本,分离血清后提取病毒RNA,用巢式PCR方法对gag基因片段进行扩增.扩增产物经基因序列测定,测序结果用进化树分析方法进行亚型分析.结果 成功获得了644名HIV感染者的基因序列,发现云南存在7种HIV-1亚型的流行,包括CRF08_BC、CRF07_BC、CRF07/08_BC,CRF01_AE、C、B'及URFB/C.C/CRF07_BC/CRF08_BC在各地均存在,而CRF01_AE主要存在于与缅甸接壤的德宏、保山、西双版纳和普洱.此外,还发现在感染C/CRF07_BC/CRF08_BC的人群中,61.6%(270/438)为注射吸毒感染,而感染CRF01_AE的人群中,注射吸毒传播仅占8.5%(15/177).结论 云南省存在7种HIV-1亚型流行,亚型分布与传播途径相关,并存在地域分布上的差异. 相似文献
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目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异. 相似文献
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目的 了解2018年广东省珠海市新确诊且未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性病例不同感染途径病毒亚型分布和耐药情况。 方法 收集研究对象血浆标本207份,提取病毒RNA,采用巢氏RT-PCR扩增HIV -1多聚酶pol区,测序定型和耐药分析。 结果 在男男性行为者中流行基因型为CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.1%)和CRF55_01B(13.4%);在异性性感染人群优势基因型为CRF01_AE(52.5%)、CRF07_BC(31.1%)和CRF08_BC(6.6%);在3例注射吸毒感染人群检出CRF01_AE;有1例血源性感染病例检测基因型为H亚型;在MSM和异性性感染人群产生低度耐药,低度耐药率分别为4.1%和4.9%;在注射吸毒和血源性传播感染人群未检出耐药病例。 结论 在经性传播途径感染HIV-1多种基因型共同流行,以CRF01_AE和CRF07_BC基因型为主;在四类人群未检出低度以上耐药病例,总体传播性耐药呈低度流行。 相似文献
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目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)感染者的流行病学特征及亚型的分布情况。方法 选取50例样本,收集流行病学资料,采用RT-PCR法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行序列分析。结果 收集的50例样本最终成功扩增得到32份样本的pol基因序列,其中CRF01_AE亚型12例;CRF_07BC亚型11例;B亚型7例;CRF55_01B亚型2例。各亚型基因离散率分别为CRF01_AE是(0.075±0.039)、CRF07_BC是(0.030±0.009)、B亚型是(0.073±0.022),各亚型之间的基因离散率差异有统计学意义(F=41.055,P<0.001),CRF01_AE亚型和B亚型内毒株间的基因离散率均大于与CRF07_BC亚型(P值均小于0.001)。结论 CRF01_AE和CRF_07BC亚型在东莞市HIV-1流行株中占优势,CRF07_BC亚型在各亚型之间的基因离散率最小。 相似文献
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目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者(MSM)HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省(市、自治区),感染毒株包括CRF01_AE 99名(84.62%)、B亚型7名(5.98%)、CRF07_BC 6名(5.13%)、CRF08_BC和CRF59_01B各1名(0.85%)。3名(2.56%)疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇(99%),且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇(30个节点的bootstrap值高于70%)。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。 相似文献
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目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成:CRF07_BC 122例(44.2%),CRF01_AE 103例(37.3%),CRF08_BC 17例(6.1%),B亚型9例(3.2%),CRF55_01B 6例(2.2%),C亚型5例(1.8%),CRF59_01B 1例(0.4%),CRF67_01B 1例(0.4%),A1亚型1例(0.4%),URFs 11例(4.0%)。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群(76.5%)。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。 相似文献
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李剑军 陈燕兰 葛宪民 岑平 蓝光华 阳世雄 梁淑家 唐凯玲 方宁烨 庞贤武 何芹 林兆森 郭伟贵 邓鑫晖 冯献湘 周丽芳 黄运轩 阳冬 莫靖林 钟坚 莫洪志 农爱丹 梁旭 覃熙茂 莫实德 曾梓 罗柳红 陈欢欢 朱秋映 朱金辉 陆华湘 孟琴 刘帅凤 李博 《中华疾病控制杂志》2022,26(12):1389-1394
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《中国公共卫生》2016,(2)
目的了解大连地区HIV-1 CRF 01_AE亚型株的基因特征及其可能传播链。方法对2008—2012年新确认144份全血标本进行血浆分离和HIV RNA提取,巢式PCR扩增Env基因并进行序列测定,并对CRF 01_AE亚型毒株序列进行生物信息学分析。结果得到的HIV感染者有效基因序列中,CRF 01_AE亚型占62.14%(64/103),所有病例均为性接触途径传播。系统进化树分析大连CRF 01_AE存在2个簇,分别以男男同性传播和异性传播毒株为主,其中男男同性性接触人群(MSM)簇组内平均基因离散率小于异性性接触者(Hetero)簇;与其他地区的CRF 01_AE亚型株构建的系统进化树显示2簇内均无其他国家序列,MSM簇与辽宁(除大连地区,下同)、北京和吉林MSM人群的CRF 01_AE亚型株位于同一分支,Hetero簇毒株则与辽宁、北京的MSM流行株及东南沿海地区异性传播CRF 01_AE亚型株遗传距离相近。结论大连市HIV-1 CRF 01_AE株主要通过性接触传播,男男同性传播毒株占主导优势,毒株传入大连时间晚于异性性接触者簇流行株;MSM存在2个以上传播链,与北方部分地区MSM人群中CRF 01_AE亚型株存在多次传播。 相似文献
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目的 研究珠海市男男性行为(MSM)人群中未经治疗的HIV-1感染者耐药突变发生和基因亚型分布。方法 采集2011—2016年珠海市386名未经治疗的MSM人群HIV-1抗体阳性血浆标本,提取病毒RNA,采用In-house方法扩增HIV-1 pol基因并进行测序,通过系统进化树和数据库分析基因亚型和耐药情况。结果 共得到309份样本的pol区序列。CRF07_BC(占48.87%,151/309)和CRF01_AE(占32.03%,99/309)重组亚型占主要地位,其次是CRF55_01B亚型(30/309,占9.71%)。原发性耐药率为1.29%(4/309),传播性耐药(TDR)相关突变率为15.53%(48/309),30例CRF55_01B亚型中有25例出现TDR相关突变,位点均在非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)的V179E。结论 珠海市MSM人群HIV-1基因亚型以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,其他多种基因亚型共同流行;该人群HIV-1耐药率处于低度水平,应关注复杂的亚型组成、CRF55_01B亚型高占比及大部分携带V179E突变等特点,加强对该人群耐药株的监测。 相似文献
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目的 分析郑州市男男性行为者(MSM)中HIV感染者的毒株变异特点及其与当地有偿供血者中流行毒株的关系.方法 以郑州市2010年确证的31例MSM的HIV感染者和41例既往有偿供血HIV感染者为研究对象,采集血标本并收集流行病学信息.RT-PCR法扩增全部研究对象的HIV-1 gag、pol全长基因(分别为1584 bp和3147 bp)及env基因的C2V3片段(558 bp)并测序,使用LosAlamosHIV Database在线工具确定病毒基因亚型、绘制系统进化树并分析可能的传播关系.结果 在72例研究对象中,获得全长gag序列53条、pol序列38条、env(C2V3)序列48条;31例MSM的HIV感染者中,CRF01 AE亚型14例、CRF07_BC亚型5例、B亚型12例(B'亚型11例、B亚型1例),41例既往有偿供血的HIV感染者均为B'亚型.MSM人群的CRF01 AE亚型毒株与河北、辽宁省的毒株关系密切、CRF07 BC毒株与河北省石家庄和北京市的毒株关系密切.在MSM人群中的12条HIV-1 B亚型中,有8条聚集成簇并与1例有偿供血感染者的序列距离最近、2条形成可靠的进化簇且与02HNseq4的序列距离最近,提示MSM人群中的B'毒株可能来自有偿供血员,且在MSM人群中存在传播关系.结论 郑州市MSM人群中流行的HIV-1毒株遗传背景复杂、有多个来源.首次发现目前MSM人群中流行的HIV-1 B亚型毒株主要是B'亚型,可能来自当地的有偿供血人群. 相似文献
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目的应用分子流行病学方法,以分析2名具有高危性行为的男男性接触者(MSM)间HIV-1病毒传播关系。方法对2名人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者进行流行病学调查。应用巢式RT-PCR扩增HIV-1 pol区和gag区基因,经DNA测序后,结合流行病学资料,用遗传进化系统树比对的方法分析两感染者体内HIV-1毒株的亲缘关系。结果该2名感染者体内HIV-1毒株所属亚型分别为HIV-1 CRF07_BC和CRF01_AE,gag和pol基因之间的基因距离分别为0.125和0.096。结论该2名男男性接触者间不存在HIV-1传播关系。 相似文献
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《公共卫生与预防医学》2017,(6)
目的探究江苏省淮安市166例经异性传播感染的HIV/AIDS患者基因亚型种类分布。方法采用PCR方法扩增血样的eva基因与gag基因片段,在1.5%琼脂糖中进行凝胶电泳,扩增产物,测定基因序列。使用基因序列进化树进行进一步比对。采用χ~2检验探讨组间构成差异。结果 166份样本经检测,最终确定基因亚型103份,包括CRF07_BC、CRF01_AE、B'(泰国B)、CRF08_BC、CRF55_01B、B(欧美B)6种亚型和重组型,其中CRF01_AE是本地流行的优势毒株。不同性传播方式人群间HIV亚型分布差异无统计学意义(χ~2=12.41,P=0.191)。重组亚型CRF55_01B为在经非婚非商业临时性伴性传播的人群中首次发现。在20~29岁年龄组中,CRF01_AE所占比例最高(73.33%)。在男性样本中发现了2例CRF55_01B亚型,江苏省此前未见报道过该亚型的感染。结论 HIV基因亚型在不同地区、不同传播方式、年龄以及性别方面分布有差异。应根据HIV-1感染者流行趋势的变化,适时调整相应的防控策略。 相似文献
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《中国卫生检验杂志》2019,(12)
目的研究上海市闵行区未经HIV抗病毒治疗的HIV-1感染者/获得性免疫缺陷综合征(AIDS)患者的原发耐药水平和闵行区现今HIV病毒的流行现状。方法收集2016年-2018年上海市闵行区首次确认为HIV-1阳性的HIV感染者血浆,采用反转录/巢式PCR扩增pol基因,并进行序列测定和亚型分析。结果闵行区HIV-1感染者感染途径为异性性行为(29/27.9),同性性行为(70/67.3),注射毒品及输血(5/4.8),基因亚型共6种:CRF01_AE、CRF07_BC、CRF B、CRF D、CRF C、CRF08_BC,主要的基因亚型为CRF01_AE(57例,54.8%)和CRF07_BC(31例,29.8%); 104例中有10例(9.6%)分别产生了对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)以及蛋白酶类抑制剂(PIs)的耐药突变,其中9例具有潜在低度耐药。结论闵行区未出现主要的耐药基因突变,传播耐药处于低度流行水平,应加强对HIV-1耐药情况的监测;闵行区艾滋病的防治重点为外来流动人员以及男男性行为人群。 相似文献
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目的了解北京市朝阳区新确认HIV-1感染者耐药相关位点突变的情况。方法选取2014年朝阳区新确认的HIV-1感染者125例,提取血浆中的病毒RNA,用反转录PCR和套式PCR扩增HIV病毒的pol区,并进行序列测定及耐药分析。结果 92份标本扩增成功,扩增阳性样本亚型分布以CRF01_AE亚型为主,占58.70%,31例(33.70%)为CRF07_BC亚型,6例(6.53%)为B亚型,1例(1.07%)为CRF08_BC亚型;经耐药相关位点分析,27例出现了至少一种耐药相关突变;11例(11.96%)患者携带的耐药相关突变位点可能会引起不同程度的耐药。结论朝阳区新确认HIV-1感染者原发性耐药处于相对较高的水平,与新确认的感染者中以男男性接触人群为主有关,同时提示应当对HIV原发性耐药监测常规化。 相似文献
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目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者流行毒株基因亚型的分布特征及耐药情况。方法 收集2015年10月至2016年2月东莞市疾病预防控制中心未经抗病毒治疗的50例HIV感染者血浆,提取病毒RNA,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行HIV-1基因亚型分析,并将获得的核酸序列提至美国斯坦福大学HIV耐药数据库(http://hivdb.stanford.edu)进行耐药位点分析。结果 50例样本最终成功扩增得到35份样本的pol基因序列,在这35例研究对象中,88.6%(31/35)为男性,65.7%(23/35)为经性接触感染。35条pol基因序列中,CRF01_AE亚型占37.1%(13/35),CRF07_BC亚型占37.1%(13/35),B亚型占14.3%(5/35),CRF55_01B亚型占11.4%(4/35)。在35条基因序列中检测到11条(占31.4%)含有耐药相关突变,以CRF01_AE和CRF55_01B重组亚型为主,原发性耐药率为11.4%(4/35)。结论 东莞市HIV-1感染者存在着多种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,基因序列发生原发耐药性,应引起重视。 相似文献