中国七个地区1998-2005年急性腹泻住院患儿中星状病毒感染研究

目的 研究中国5岁以下腹泻住院患儿中星状病毒感染的流行病学特点，确定流行毒株血清型。方法 选择国内7个地区收集5岁以下腹泻住院患儿粪便标本，应用酶联免疫或PCR方法检测星状病毒，对星状病毒阳性标本应用RT-PCR方法分型并经测序确证。结果 1998—2005年在7个地区的调查点共收集1668份急性腹泻粪便标本，检测出星状病毒阳性标本91份，平均检出率为5．5％；病例全年均有发生，发病高峰主要集中在10月份到次年1月份；95％患儿年龄在2岁以下，其中以9～11月龄儿童发病最多，检出率为7．4％，12～17月龄、6～8月龄、0～6月龄儿童的检出率依次为6．1％、5．6％、5．6％。确定型别的49份标本中45份为HAstV-1型，1例为HAstV-3型，2例为HAstV-5型，1例为HAstV-8型。结论 星状病毒是中国婴幼儿病毒性腹泻的重要病原之一，流行毒株以1型为主，同时存在多个型别的散在流行。     

南宁市腹泻患儿人星状病毒检测及基因特征分析

目的 了解南宁市腹泻患儿人星状病毒的基因特征。 方法 收集2013年南宁市某医院儿科门诊腹泻患儿粪便标本201份,采用实时荧光PCR法进行人星状病毒检测,阳性标本再用PCR方法扩增开放读码框2(open reading frame 2,ORF2)部分片段并送测序,通过Blast比对和系统进化树分析序列的基因特征。 结果 201份粪便标本中检出6份星状病毒阳性,检出率3.0%(6/201);其中5株测序成功,经Blast比对显示2株为1型,其余3株分别为2、4和5型,系统进化树分析发现1型均为lineage 1a,2型为lineage 2c,4型为lineage 4a,5型毒株与参考株的同源性为94.0%~99.0%,不进行lineage划分。 结论 南宁市腹泻患儿存在人星状病毒感染,其基因型呈多样性分布。     

长沙市GI.6[P11]重组型诺如病毒引起的暴发疫情全基因组序列特征分析

目的 对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析。 方法 采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GI和GII型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框(open reading frame,ORF),测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行全基因组序列测定和分析。 结果 采集的6份标本中有2份病例标本和1份井水标本诺如病毒GI型阳性,基于核酸序列的进化树分析发现ORF1区域序列位于GI.P11型别分支,ORF2区域序列位于GI.6型别分支。3份阳性标本毒株序列之间的同源性为99.8%~100.0%。全基因组序列毒株编号为Hu/CSNV0501/2017,基因组编码区全长为7 602 bp。Simplot软件分析重组位点位于ORF1区域序列约5 341 bp。 结论 本次疫情的传染源为井水污染传播,引起此次胃肠炎疫情的病原体为诺如病毒GI.6[P11]重组型。应加强对长沙市诺如病毒少见重组亚型的监测,为重组毒株的遗传进化和疫情防控提供参考。     

学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的基因型别。结果 120份感染腹泻标本中检测到诺如病毒阳性45份,阳性率为37. 5%,选取的部分阳性菌株序列分析结果显示均为GⅡ. 2型。结论诺如病毒是引起学校感染性腹泻暴发疫情的重要病原菌之一,流行时间集中在2017年1月-3月,流行型别为GⅡ. 2型。     

2007～2008年广西罗城县轮状病毒腹泻哨点监测分析

目的了解广西轮状病毒腹泻流行状况和特点。方法以广西罗城县为监测哨点,监测对象为5岁以下腹泻住院患儿,全年收集患儿的粪便标本进行轮状病毒检测和分型,使用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行病毒检测,反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)进行病毒分型。结果2年共收集607份腹泻患儿粪便标本,轮状病毒检出率为54.29%。轮状病毒腹泻的主要流行季节为11月至次年2月,2岁以下患儿占全部患儿总数的96.11%。G1型为主要流行优势株,占64.54%,其次是G9型占12.77%。P基因型以P[8]为最常见型,P[6]次之;P[8]G1成为2007～2008年的主要流行株,还有其他7种不常见的P-G组合的毒株类型。结论轮状病毒是广西罗城县婴幼儿腹泻住院的主要病原,毒株流行型别显示一定的多样性和规律性,提示有必要在广西长期开展轮状病毒监测。     

天津市秋冬季腹泻患儿星状病毒调查

目的了解天津市秋冬季腹泻患儿的星状病毒感染情况及其分型特点。方法采用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)技术,于2014年9月—2015年2月收集天津市儿童医院住院部1 127例疑似病毒性腹泻的婴幼儿粪便样品中的星状病毒核酸进行检测,并将部分阳性株的PCR产物进行测序,采用序列分析软件分析测序结果,推断其毒株型别,同时收集患儿的临床资料进行综合分析。结果 1 127份腹泻粪便样品中,星状病毒RT-PCR阳性99份,检出率为8.78%。感染星状病毒的患儿多为1岁以下,患儿年龄中位数为3.00月龄,且1月检出率最高。99例阳性星状病毒患儿中,有52例与其他病毒混合感染,混合感染率为4.61%,其中以诺如病毒合并星状病毒最常见。26份PCR阳性产物送往测序,经Genbank Blast及系统进化树分析,所有星状病毒均为人类星状病毒1型。结论星状病毒是天津市秋冬季婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,本次调查期间星状病毒以人类星状病毒1型毒株流行为主,此外存在一定比例的混合感染。     

广西首次在门诊成人腹泻病例中发现星状病毒感染

目的 研究广两地区门诊成人腹泻病例中星状病毒的感染状况和型别分布.方法 2007年2月至2008年3月期间,收集广西南宁市某医院门诊成人腹泻患者粪便标本346份,应用RT一半巢式PCR检测星状病毒,对阳性标本进行测序验证和型别鉴定.结果 在检测的346份粪便标本中,RT-PCR检出6份阳性,经测序证实均为星状病毒,检出率为1.73%(6/346).病例全部集中在冬春季;发病年龄以17～29岁为主.6株毒株中有4株为HAstV-4型,占66.7%,另2株为HAstV-1型,占33.3%.结论 首次证实广西地区成人腹泻病例中存在星状病毒感染,流行型别主要是HAstV-4和HAstV-1型.     

贵州省20例水痘患者水痘-带状疱疹病毒基因型分析

目的 了解贵州省20例水痘患者流行的水痘-带状疱疹病毒(VZV)主要基因型别,为水痘疫情的防控提供科学依据。 方法 收集20份临床诊断水痘患者血清标本、咽拭子或水疱液标本,分别用ELISA法检测VZV IgM抗体、实时荧光定量PCR检测VZV特异性核酸、普通PCR扩增VZV开放阅读框(ORF)22核酸片段,用BioEdit和MEGA 4软件分析测序结果,并与Genbank上VZV参考株序列比较,进行生物信息学分析。 结果 20份临床诊断病例VZV IgM抗体检测均为阳性,其中7份咽拭子或水疱液标本实时荧光定量PCR检测为阳性,3例标本的PCR产物在约447bp处有明显目的条带,测序证实为水痘-带状疱疹病毒。ORF22基因的单核苷酸多态性(SNP)分析显示,GZVZV001和GZVZV007核酸片段完全一致,GZVZV002序列在37922位点出现R碱基取代G碱基。3株分离株序列与J基因型参考株p-OKa序列比较,一致性为99%~100%,与E基因型参考株DUMAS序列比较,在6个关键位点上有4个碱基不一致,与M1基因型参考株CA123比较,6个关键位点上有3个碱基不一致。提示3株分离株为VZV J基因型。 结论 贵州省目前VZV流行的野毒株型别中存在J基因型,加强VZV疫苗的接种能有效防止水痘的爆发流行。     

南宁市散发性腹泻病例中星状病毒的检测分析

目的研究南宁市散发性腹泻病人中,星状病毒的感染情况以及基因特征。方法 2007年2月～2008年3月,收集南宁市某医院门诊腹泻患者粪便标本346份。选择针对星状病毒核糖核酸聚合酶[Ribonucleic Acid(RNA)-dependent RNA Polymerase,RdRp]基因的两对半引物,应用半巢式聚合酶链反应(Heminested Polymerase Chain Reaction,HPCR)扩增目的片段,纯化后连接至克隆载体,测定核苷酸序列。应用ClusterW进行序列同源性比对,用MEGA3.1按照邻接法构建系统进化树。结果在检测的346份粪便标本中,HPCR检出6份阳性,经进化树分析证实它们均为人星状病毒,检出率为1.73%。6株病毒RdRp基因的氨基酸序列呈高度保守。结论南宁市散发性腹泻病例中存在星状病毒感染。     

贵阳市一起甲型肝炎多点暴发疫情的实验室检测和序列分析

[目的]检测甲型肝炎病毒的基因型,为一起甲型肝炎暴发疫情感染途径提供分子流行病学依据。[方法]采集多点疫情甲肝病人和散发病人的血清标本,采用甲肝病毒结构区基因VP1-2A分型引物,经过提取核酸,进行RT-PCR和序列测定。[结果]27份标本中25份有同一暴露史的病人,甲肝病毒核苷酸序列完全相同,无同一暴露史的2例患者标本中HAV基因系列与有暴露史的毒株间序列差异大,同源性仅94%。但都属于IA亚型(同一基因亚型间核苷酸序列变异小于7.5%)。[结论]贵阳地区存在不同的甲肝病毒株,该起多点甲肝疫情中的甲肝病毒核苷酸序列完全相同,提示多个疫点的甲肝病例由同一暴露因素所致,与现场流行病学调查结果一致。