基于网络药理学的三七传统功效作用机制研究

目的探索三七活血止血、消肿止痛传统功效的网络调控机制。方法选取三七药材中12个入血成分为研究对象,依据反向分子对接的方法预测化合物靶点,借助String 10数据库与Omicsbean在线分析软件对靶点进行信号通路分析、基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析,利用Cytoscape软件构建网络。结果 12个化合物(三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Re、人参皂苷Rh_1、人参皂苷Rg_2、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rd、人参皂苷F_2、人参皂苷Rg_3、人参皂苷Rk_1、三七素、槲皮素)可通过65个相关靶点作用于65条信号通路,主要涉及抑制血栓生成、纤溶、血管新生、舒张血管、凝血、抗炎以及镇痛等方面,进一步得到三七"化合物-靶点-通路-药理作用-功效"的网络药理图。结论三七通过作用于F2、F10、PLAT、VEGFA、NOS2、IL6、PTGES、OPRD1等关键蛋白干预了多个与活血止血、消肿止痛相关的生物过程,初步揭示了其传统功效的作用机制。     

三七总皂苷在促进骨折愈合的信号通路基础实验研究概况

三七总皂苷是中药三七的主要成分,广泛应用于基础实验研究。近年来关于三七总皂苷在促进骨折愈合方面的相关研究尤为突出,从促骨形成分子通路,如转化生长因子-β/Smad信号通路、Wnt/β-Catenin通路、MAPK信号通路及PI3K/AKT信号通路等,到抑制骨吸收分子通路OPG/RANKL/RANK信号通路、肿瘤坏死因子-α信号通路和类雌激素信号通路等,从不同的层面论证,三七总皂苷可通过不同的分子蛋白通路及对促骨相关细胞发挥促进骨折愈合的作用。虽然三七总皂苷广泛应用于基础实验研究,但是其作用机理仍有待探索,不同通路途径之间的相互作用机理需要进一步研究并阐明。另外,三七总皂苷成分种类繁多,其中以人参皂苷(Rb1、Rg1),三七皂苷R1(NGR1)的作用最为突出,但是并不能完全代替三七总皂苷的作用,需要进一步探索研究其相关成分,以便更精准地找到促进骨折愈合不同靶点的活性成分。     

人参属植物高温蒸制前后人参皂苷含量的变化和细胞毒活性研究

目的研究人参属植物人参Panax ginseng、三七P. notoginseng和西洋参P. quinquefolium高温蒸制前后主要人参皂苷的含量变化,并测定高温蒸制前后样品对4株肿瘤癌细胞的细胞毒活性。方法采用HPLC建立了测定22种皂苷含量的分析方法,测定这些皂苷在人参属植物及其高温蒸制品中的含量。用MTT法测定人参属植物及其高温蒸制品对4株人类癌细胞(人类骨髓癌HL-60细胞、肝癌SMMC-7721细胞、肺癌A-549细胞、乳腺癌SK-BR-3细胞)的细胞毒活性。结果从人参、三七和西洋参及高温蒸制后的样品中鉴定出22个皂苷,包括人参皂苷Rg1、Re、Rb1、Rc、Rb2、Rd、Rk3、Rh4、Rk1、Rg5、Rb3、Rh3、Rk2,20(S)-人参皂苷Rh1、20(R)-人参皂苷Rh1、三七皂苷Fc、三七皂苷R1、绞股蓝皂苷IX、20(S/R)-三七皂苷Ft1、20(S/R)-人参皂苷Rg3、人参皂苷Rs3、人参皂苷Rh2。人参皂苷Rg1、Re、Rb1、Rc、Rb2和Rd为人参的主要成分;人参皂苷Rg1、Re、Rb1和Rd为西洋参的主要成分;人参皂苷Rg1、Re、Rb1、Rd和三七皂苷R1为三七的主要成分,高温蒸制后这3种植物的主要成分全部转化为人参皂苷Rk3、Rh4、Rk1、Rg5和20(S/R)-人参皂苷Rg3,在高温蒸制后的三七中还检测到20(S)-人参皂苷Rh1和20(R)-人参皂苷Rh1。三七皂苷Fc、人参皂苷Rb3和绞股蓝皂苷IX为三七茎叶的主要成分,高温蒸制后转化为另外8个主要成分20(S/R)-三七皂苷Ft1,20(S/R)-人参皂苷Rg3、Rs3、Rk1、Rg5,20(S/R)-人参皂苷Rh2、Rh3和Rk2。细胞毒活性结果显示,高温蒸制三七的细胞毒活性比高温蒸制人参和高温蒸制西洋参强,高温蒸制三七的细胞毒活性比三七的活性强,说明高温蒸制后三七的细胞毒活性增强。结论人参、西洋参和三七经过高温蒸制后原来的主要成分基本消失,随之转化为其他主要成分,高温蒸制三七的细胞毒活性最强。     

三七提取液中三七皂苷R1、人参皂苷Rg1和人参皂苷Rb1的透皮规律研究

目的:研究三七提取液中三七皂苷R1,人参皂苷Rg1和人参皂苷Rb1等成分对完整豚鼠腹皮的透过性。方法:采用Franz扩散池进行体外透皮实验,以完整豚鼠腹皮为渗透屏障,HPLC法测定三七皂苷R1,人参皂苷Rg1和人参皂苷Rb1的透过量。结果:未加透皮促进剂时,三七提取液中三七皂苷R1,人参皂苷Rg1和人参皂苷Rb1等均不能透过完整豚鼠皮。在氮酮的促进下,三七提取液中的上述成分均可透过完整豚鼠腹皮,其透皮能力:人参皂苷Rg1>三七皂苷R1>人参皂苷Rb1;透皮促进剂氮酮加入量为2%时,上述成分的透皮作用较好。结论:三七提取液中三七皂苷R1,人参皂苷Rg1和人参皂苷Rb1在2%氮酮促进下渗透效果较佳。     

基于网络药理学和分子对接法探索人参治疗再生障碍性贫血的分子机制＊

目的 运用网络药理学与分子对接理论研究人参（Panax ginseng C. A. Meyer）治疗再生障碍性贫血（Aplastic anemia，AA）的分子作用机制，并通过体外实验进行验证。方法 通过TCMSP数据库筛选人参的主要活性成分及其靶点；采用Gene Cards数据库、GenCLiP3数据库、DisGeNET数据库以及OMIM数据库获取治疗AA有关靶点，利用venn图筛选人参治疗AA的潜在靶点；使用Cytoscape构建药物-活性成分-基因-疾病网络图，STRING数据库构建治疗靶基因的蛋白互作网络（Protein-Protein interaction network，PPI network）图；借助ClusterProfiler和Pathview对靶基因进行GO（Gene Ontology）功能注释和KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路分析以及可视化；通过SystemsDOCK对其进行分子对接。最后构建AA小鼠模型，分为空白对照组，模型组，人参二醇皂苷组和环孢霉素A组，给药2周后通过免疫印迹（Western blot）法检测相关蛋白含量及表达情况。结果 从人参中筛选出22种主要活性成分以及16个人参治疗AA的主要靶点，包括半胱氨酸蛋白水解酶3（Cysteine-containing aspartate-specific protease 3，CASP3）、半胱氨酸蛋白水解酶1（Cysteine-containing aspartate-specific protease 1，CASP1）、B淋巴细胞瘤-2（B-cell lymphoma-2，BCL-2）等靶点，GO及KEGG富集分析结果主要涉及相关信号通路凋亡、AGE-RAGE、TNF、NF-KB等；分子对接研究也表明调亡通路中的CASP3对应的晶体结构2h65和CASP1对应的晶体结构1ibc与人参二醇皂苷（Ginsenoside rh2）结合性紧密，结构稳定，结合力较强。Western blot实验结果表明，与模型组相比，Ginsenoside rh2显著上调CASP3和CASP1蛋白表达水平，具有统计学意义（P<0.05）。结论 通过网络药理学分析发现人参的Ginsenoside rh2可以调控CASP3、CASP1等靶点和凋亡等信号通路，分子对接中Ginsenoside rh2和CASP3、CASP1结合紧密，体外实验证实Ginsenoside rh2调控调亡通路的关键蛋白CASP3和CASP1，从而发挥人参治疗AA的潜在疗效。     

三七热压处理后皂苷类成分变化研究

目的：探讨热压灭菌对三七中皂苷类成分的影响。方法：采用RP-HPLC同时检测三七中三七皂苷R1、人参皂苷Rg1、人参皂苷Re、人参皂苷Rg2、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rh1、人参皂苷Rd和人参皂苷Rg3在热压处理过程中的含量变化。结果：三七皂苷R1降低35.03%,人参皂苷Rg1降低39.41%、Re降低42.62%、Rb1降低34.94%、Rd降低23.71%,而稀有皂苷人参皂苷Rg2、Rh1、Rg3都有2～5倍的提高。结论：高温使三七中部分原生苷转化为相应的次级苷,增加了稀有皂苷的含量。     

分子对接技术虚拟预测人参治疗缺血性脑卒中的物质基础

目的:在分子对接技术的基础上研究人参治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法:采用分子对接技术筛选人参的活性分子并与20种缺血性关键靶点对接,通过Cytoscape 3.1.1软件构建多成分-蛋白靶点网络模型,同时将人参中的Rb2和20(R)-人参皂苷Rg2两个活性分子与脑缺血的关键蛋白VEGF和Caspase-3进行模式结合分析。结果:经过分子对接发现,与5个及5个以上的蛋白靶点有良好结合活性的人参活性分子31个,其中与10个及10个以上的蛋白靶点有良好结合活性的分子只有4个。人参中的Rb2和20(R)-人参皂苷Rg2这两个活性分子分别与VEGF和Caspase-3靶点有很强烈的结合性,对接得分均大于7.0。结论:分子对接技术被运用于虚拟筛选人参治疗缺血性脑卒中的活性物质具有实际意义,为今后能够更加深入地研究中药复方奠定了基础。     

参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）合并冠心病的网络药理分子机制探析

目的利用网络药理学方法解析参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)合并冠心病的分子网络作用途径。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)和中医百科全书平台(ETCM)收集参麦注射液中红参、麦冬的化学成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测化合物的作用靶点;通过NCBI数据库和GeneCards数据库筛选COVID-19及合并症冠心病的靶点;通过DAVID数据库分别进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-通路网络。利用Glide软件对参麦注射液成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)的分子对接。结果参麦注射液中麦冬皂苷D′、麦冬皂苷D、人参皂苷Rg2、麦冬甲基黄烷酮A、麦冬苷元-3-O-新橙皮糖苷、人参皂苷Rb2、人参皂苷R0、Ophiopogon A、三七皂苷Rd、麦冬二氢高异黄酮E、人参皂苷Re在分析中显示了较高的度值,且与SARSCoV-2 3CL水解酶结合力较强,可能是参麦注射液发挥治疗COVID-19合并冠心病的主要药效成分,共涉及到IL6、GAPDH、ALB、TNF、MAPK1、MAPK3、TP53、EGFR、CASP3、CXCL8等77个靶点,以及低氧诱导因子-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、鞘脂信号通路、Toll样受体信号通路、神经营养素信号通路、血管内皮生长因子信号通路、细胞凋亡、Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路、泌乳素信号通路等124条信号通路。结论参麦注射液可能通过抑制细胞因子风暴、维持心脏功能稳态、调节免疫、抗病毒等方面实现对COVID-19与冠心病的同时干预,呈现出了相互影响、复杂关联的网络调控机制。     

益气生津散治疗2型糖尿病合并高血压的入血成分及作用机制分析

目的 基于超高效液相色谱-串联质谱法（UPLC-MS/MS）分析益气生津散入血药物活性成分,并采用网络药理学、GEO数据库多芯片联合分析及分子对接技术探讨益气生津散治疗2型糖尿病合并高血压的可能作用机制。方法 采用UPLC-MS/MS技术分析2型糖尿病合并高血压患者服用益气生津散后含药血清活性成分;采用Cytoscape构建成分-关键靶点-疾病网络,用STRING数据库和Cytoscape软件筛选蛋白互作分析网络（PPI）及核心靶点,用R软件对基因本体（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）进行富集分析;采用Pub Chem数据库、RCSB PDB蛋白质结构数据库、AutoDock tools软件及AutoDock Vina1.1. 2进行分子对接,并用Pymol软件进行可视化分析。结果 2型糖尿病合并高血压患者服用益气生津散后,主要入血活性成分为甜菜碱、石斛碱、人参皂苷Rg1、毛兰素、人参皂苷Rb1、丙二酰基人参皂甙Rd、鲁斯可皂苷元、尿苷、京尼平苷、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、8-O-（羟基桂皮酰）哈帕苷、哈巴俄苷、人参皂苷Re,分别与核心信号通路磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B ...     

白及多糖配伍对三七总皂苷中10种成分药动学的影响

目的建立UPLC-MS/MS法同时测定三七总皂苷中10种皂苷成分的分析方法,并研究白及多糖对三七总皂苷各成分药动学参数的影响。方法大鼠分为三七总皂苷组(P组)、三七总皂苷配伍白及多糖组(BP组),分别ig给药,UPLC-MS/MS法测定10种皂苷单体成分的血药浓度,DAS软件计算各成分药动学参数。结果分析方法符合生物样品测定要求。与P组相比,BP组人参皂苷Rb1的AUC显著降低(P0.01),三七皂苷R1及人参皂苷Rd、Rg1、Rf、CK、Rc、Rh1、Rg2、Rg3的AUC有所降低,但无显著性差异。10种成分总AUC为P组BP组,差异显著(P0.01)。与P组相比,BP组人参皂苷Rg1的Cmax降低(P0.05)。且BP组各成分的tmax普遍延迟,其中人参皂苷Rg1、Rb1、Rf显著延迟(P0.01),人参皂苷Rg2和三七皂苷R1延迟(P0.05)。结论所建立的UPLC-MS/MS分析方法适于10种皂苷成分在生物样品中的测定;配伍白及多糖可降低三七总皂苷的血药浓度,减少AUC暴露,延长tmax,说明白及多糖可能增加了三七总皂苷在胃肠道的暴露水平,从而增加作用于胃肠道的药效。     

基于网络药理学和高通量分子对接虚拟筛选参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎活性成分及作用机制

目的筛选参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分并探讨其作用机制。方法基于网络药理学和高通量分子对接技术,从TCMSP、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)及Targetnet数据库中检索参麦注射液的化合物和预测靶点,并构建成分-靶点网络;从在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库中检索"coronavirus pneumonia"相关基因,与化合物作用靶点共有的部分构建靶基因间的蛋白相互作用网络;使用DAVID6.8进行基因功能、通路富集分析;通过PDB数据库获取蛋白质的晶体结构,采用AutoDock Vina和Python脚本进行高通量分子对接。结果共获得27个化合物和224个靶基因,鉴定出干预冠状病毒的15个核心成分与15个核心靶点,分别为CASP3、NOS2、PARP1、CASP8、NOS3、BCL2、ADA、OPRM1、TGFB1、TLR9、ACHE、SLC29A1、BAX、ADK、PNP。核心靶点主要作用于肺结核、癌症通路、乙型肝炎、细胞凋亡等信号通路。虚拟筛选后得到与冠状病毒相关靶点对接较好的成分有薯蓣皂苷元、豆甾醇、β-谷甾醇、人参皂苷Rh1苷元。结论本研究筛选出了参麦注射液干预冠状病毒的主要活性成分及作用靶点,为参麦注射液治疗COVID-19提供参考。     

Pharmacokinetics and bioavailability of ginsenoside Rb1 and Rg1 from Panax notoginseng in rats

Panax notoginseng is used as a therapeutic agent to stop haemorrhages and a tonic to promote health in Chinese medicine. Currently saponins of P. notoginseng (PNS) are especially given attentions for their hemorheological properties. The pharmacokinetic profiles of the main PNS are still not accurately investigated. Therefore, our preliminary aim is to elucidate the pharmacokinetic features of ginsenoside Rb(1) (Rb(1)) and ginsenoside Rg(1) (Rg(1)), two of the main PNS in rats. Firstly, quantitive analysis of Rb(1) and Rg(1) in saponins of P. notoginseng was studied and the most suitable assay method by HPLC for blood sample were established. Then Rb(1) and Rg(1) in the same serum were determined after administering PNS to rats. The decline of Rb(1) in serum could be described by a two-compartment model. The half-life of alpha phase was 23.40 min and that of beta phase was 17.96 h. Rb(1) was absorbed from the digestive tract and the bioavailability via P.O. was 4.35%. The pharmacokinetics of Rg(1) in rats also could be described by a two-compartment model. The half-lives of Rg(1) were 24.23 min for alpha phase and 14.13 h for beta phase. Rg(1) could be absorbed in the digestive tract and the oral bioavailability was 18.40%. Both of the low oral bioavailability of Rb(1) and rapid reduction of Rg(1) in blood indicated that formula modification is necessary.     

基于网络药理学-分子对接探讨益气养阴通络方抗类风湿关节炎的作用机制

[目的]采用网络药理学与分子对接探究益气养阴通络方干预类风湿关节炎（RA）的作用机制。[方法]通过中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）、本草组鉴（HERB）和文献查阅获得复方活性成分与靶点,采用Genecards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）等数据库获得疾病靶点,然后采用数据库计算出益气养阴通络复方成分与疾病的交集靶点。对交集靶点施行功能和通路富集分析,选取益气养阴通络方核心药物靶点与关键化合物施行分子对接。[结果]网络药理学共筛选出益气养阴通络方的83种活性成分和779个潜在靶点,RA相关靶点5 393个,交集靶点465个,其中交集核心靶点9个（分别为SRC、STAT3、MAPK3、MAPK1、HSP90AA1、PIK3R1、GRB2、AKT1、PIK3CA）。富集得出PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用等通路,其中PI3K-AKT信号通路可能是复方干预RA的关键通路之一。对接计算表明,益气养阴通络方的11种主要活性成分与关键靶点SRC、STAT3、PIK3R1、AKT1均有较稳定的结合,其中与AKT的结合可能最大。[结论]益气养阴通络方通过多成分-...     

基于网络药理学探究清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的作用机制＊

目的 通过网络药理学预测清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎有效成分、作用靶点及相关信号通路并通过分子对接技术验证。方法 利用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction、STITCH数据库获得药物的有效成分以及靶点。通过GeneCards、OMIM数据库获得疾病靶点。用String数据库构建PPI网络，用软件Cytoscape 3.7.2构建活性成分－靶点－药物－疾病网络关系，用R语言进行生物功能和通路分析。运用PDB 数据库、PubChem数据库、AutoDuck软件等工具进行关键靶蛋白与相关化合物的分子对接，以验证其治疗作用。结果 预测得到清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的206个成分，涉及119个靶点，跟PI3K/Akt、IL-17、TLR等信号通路有关，并发现AKT1、IL6、ALB、CASP3、VEGFA等关键靶点。分子对接表明关键靶蛋白与相关活性成分结合程度较好，且绝大多数优于阳性对照药。结论 清幽养胃胶囊通过多成分、多靶点的形式治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎，为进一步探究其机制打好基础。     

基于网络药理学和分子对接方法研究首荟通便胶囊治疗便秘的作用机制

基于网络药理学和分子对接方法探索首荟通便胶囊治疗便秘的作用机制。利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN),根据口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18的筛选原则获取首荟通便胶囊中8味药材的化学成分和作用靶点;通过GeneCards,PharmGkb等数据库获取便秘相关靶点,药物靶点与疾病靶点取交集得到首荟通便胶囊治疗便秘的潜在作用靶点;采用STRING平台构建潜在靶点蛋白质相互作用(PPI)网络并获得GO分析及KEGG通路数据,进行富集分析预测其作用机制。运用Cytoscape 3.6.1软件构建"药材-化学成分-药物靶点"网络并对PPI网络进行网络拓扑分析。分子对接方法用以验证网络药理学分析首荟通便胶囊治疗便秘结果的准确性。PPI网络分析结果显示有槲皮素、豆甾醇、芦荟大黄素、大黄酸等92个化学成分,关键靶点有AKT1,MAPK1,IL6,JUN,TNF,TP53等。富集分析筛选出157条信号通路(P<0.01),主要涉及白细胞介素17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路等;分子对接结果显示,度值排名前3的槲皮素、白藜芦醇和赖氨酸对接关键靶点的蛋白结晶复合物构象合理。该研究初步表明,首荟通便胶囊中多种活性成分通过作用于AKT1,MAPK1,IL6,JUN等关键靶点,调节多条信号通路,增加肠道的滑润度和蠕动功能,保证肠道管腔通畅,发挥治疗便秘的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的作用机制＊

目的通过网络药理学和分子对接探究钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的药理作用机制。方法通过TCMSP、TCMIP数据库搜集钩藤、全蝎的活性成分及其作用靶点,并使用Cytoscape软件进行可视化分析成分-靶点网。通过OMIM、GeneCards数据库搜集支气管哮喘的疾病靶点,整合钩藤-全蝎药对与支气管哮喘的共有靶点。利用String平台构建对共有靶点互作PPI网络,并进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络模型。最后通过Autodock分子对接进行验证。结果经过筛选发现钩藤-全蝎药对37个活性化合物和234个药物靶点,与哮喘6010个靶点取交集得到35个共有靶点。钩藤-全蝎包含槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等重要活性成分;根据PPI网络分析,核心网络连接度高的潜在治疗靶点有IL6、CASP3、ECFR、ESR1、MAPK8等;根据KEGG富集分析结果显示,钩藤-全蝎药对主要通过PI3 K-Akt信号通路、TNF信号通路,HIF-1信号通路、M APK信号通路、NF-κB信号通路等来治疗哮喘;钩藤-全蝎药对活性成分与核心靶点的分子对接结果均显示出较好的结合活性。结论钩藤-全蝎药对治疗哮喘呈现出多成分、多靶点、多通路的特点,其核心成分槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等可能通过CASP3、MAPK8、ESR1、IL6、ECFR等靶点调节多条通路发挥抗炎、调节免疫、抗氧化应激、改善气道重塑等作用,从而对哮喘达到有效的治疗。     

彝族药金胃泰胶囊治疗胃肠疾病的网络药理学研究

应用网络药理学和分子对接技术探讨彝族药金胃泰胶囊治疗急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎的物质基础和作用机制。通过TCMSP,CNKI,PubMed收集金胃泰胶囊组成中药的化学成分,经SwissTargetPrediction进行成分-靶点预测;从OMIM收集急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎疾病的相关基因,通过Venny分析,获得金胃泰胶囊治疗相关胃肠疾病的潜在靶点;使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析;通过STRING数据库获得蛋白相互作用,应用Cytoscape软件实现蛋白相互作用可视化;使用AutoDock Vina软件对AKT1,EGFR,PTPN11及其反向筛选的化学成分进行分子对接,根据对接结果阐明金胃泰胶囊治疗相关胃肠疾病的潜在作用机制。结果获得金胃泰胶囊潜在活性成分86个,治疗急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎的潜在靶点共268个。KEGG富集筛选得到20条与急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡、慢性结肠炎有关的通路,主要涉及钙信号通路、趋化因子信号通路等。分子对接显示AKT1,EGFR,PTPN11与其反向筛选的化学成分具有较好的结合活性。金胃泰胶囊可能通过作用于AKT1,EGFR,PTPN11等靶点,在细胞炎症和免疫、细胞增殖和凋亡、幽门螺杆菌感染、胃肠道等相关的15条信号通路发挥治疗急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎的作用。     

基于网络药理学的五苓散治疗慢性心力衰竭的机制研究

目的通过网络药理学方法探讨五苓散(WLS)治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)与文献挖掘获取五苓散的有效活性成分和对应的作用靶点,从而建立单味药-活性成分-靶点网络;在GeneCards、OMIM数据库获得CHF的靶点,采用Cytoscape 3.7.1软件构建药物活性成分-CHF-靶点网络模型并进行分析;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络(PPI),借助DAVID在线工具对关键靶点进行基因本体功能注释(GO)和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并用Surflex软件进行分子对接。结果通过筛选得到50个活性成分,29个潜在靶点,8243个CHF靶点,27个五苓散-CHF共同靶点。网络分析结果表明,五苓散治疗CHF的关键靶点包括CASP3、RELA、AR、ESR1、CHRM1、CASP8等,生物过程主要涉及信号转导、神经系统发育、RNA聚合酶II启动子的转录起始、对雌二醇的反应、胆碱能突触传递等,KEGG富集主要涉及调节神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、胆碱能突触等。分子对接结果显示五苓散中(+)-儿茶素、花旗松素等关键化合物与CASP8、CHRM1、NR3C1等关键靶点有较好的结合能力。结论从网络药理学角度初步揭示了五苓散治疗CHF的物质基础和作用机制,为五苓散的临床应用提供了一定的理论依据。     

基于网络药理学-分子对接探讨茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症的作用机制＊

目的 利用网络药理学及分子对接技术，研究茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）的物质基础及可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库挖掘茵陈蒿汤有效成分和作用靶点，利用GeneCard与OMIM数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病靶点的交集导入String构建PPI网络，使用Cytoscape3.7.2软件筛选核心靶点，借助Metascape数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，从筛选靶点-成分网络图中根据degree值筛选出前5个关键成分，并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序，选择前5个核心靶点，然后从RCSB PDB数据库和Pub Chem数据库获取靶点与成分的三维结构和化学结构，使用Pymol软件对蛋白质分子进行去水、去磷酸根等操作，最后使用AutoDockTools进行分子对接。结果 茵陈蒿汤中共筛选出21种有效活性成分，关键成分5个，分别为槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸；其治疗ICP的的核心靶点14个，分别为JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8，靶点主要涉及细胞氧化应激反应、细胞运动的正向调节、受体配体活性、细胞因子受体结合、蛋白激酶活性等生物学过程，通过乙型、丙型肝炎途径、癌症途径、MAPK、 IL-17、TNF信号通路等多途径发挥治疗ICP的作用。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 茵陈蒿汤治疗ICP是通过槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸等多种成分作用于JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8等多种基因靶点，从而影响MAPK、 IL-17、肿瘤坏死因子、ErbB、 Toll样受体以及乙型丙型肝炎病毒等多种相关信号通路发挥功效，该研究为进一步深入研究其作用机制奠定了基础。