浙江地区猪圆环病毒2型检测及遗传变异分析

为了掌握浙江地区猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2,PCV2)流行病学特点和遗传变异情况,应用PCR检测方法,对2018年浙江地区猪场采集的临床疑似病料进行PCV2检测,并对部分阳性病料进行全基因扩增、克隆、序列测定和ORF2遗传进化树分析。结果显示:329份临床疑似样品中,PCV2阳性率27.4%(90/329),其中宁波地区阳性率最高,为52%;保育猪和肥育猪阳性率最高,分别为38.8%(64/165)和68.8%(11/16)。选取7份病料进行全基因组扩增,每个毒株随机挑选3个或4个阳性克隆进行序列测定,共得到22个毒株进行遗传变异分析。22株病株同源性为93.3%~99.8%,与16个参考毒株同源性为93.5%~99.8%。根据遗传进化树分析,22个毒株分别处于3个分支,其中6株PCV2a,6株PCV2b,10株PCV2d,说明目前浙江地区PCV2d是优势毒株。ORF2遗传进化树分析显示,ORF2核苷酸同源性较全基因组核苷酸同源性低, 3个分支分别处于PCV2b、PCV2d和PCV2e,预示浙江地区流行毒株可能在向PCV2e转变。本研究掌握了PCV2在浙江地区的流行动态,为浙江省PCV2疫苗株的选择和疫苗研发提供了理论依据。     

广西猪伪狂犬病的流行监测及防控工作重点

为调查猪伪狂犬病（PR）目前在广西的流行情况,于2006～2008年对广西13个市122个不同规模猪场进行流行病学调查,并对163份病料及61份血清进行检测。结果显示,163份病料经PCR检测出阳性病料6份,阳性率为3．7％;对6株广西PRV gE胞外基因进行克隆测序比较及遗传进化分析发现,广西PRV毒株变异不大,6株广西PRVgE基因与国内外其他毒株之间核苷酸序列同源性均很高,介于96．4％～100．0％之间,氨基酸同源性为93．6％～100．0％,亲缘关系较为密切,应为同一毒株遗传进化而来;61份血清经gE—ELISA检测出阳性血清7份,阳性率11．5％,表明部分猪场存在PRV隐眭感染。调查结果肯定了广西在PR防控工作中取得的成绩,提出做好免疫、加强监测、淘汰隐性感染猪、提高猪体免疫力、净化种猪群是今后PR防控工作的重点。     

2株兔出血症病毒全基因测定与遗传进化分析

对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。     

羊口疮病毒的分离鉴定及其遗传进化分析

为确定安徽肥东某山羊场发生的疑似羊口疮(ORF)的病原,利用MDBK细胞从送检的病羊唇部痂皮中分离获得病毒,通过PCR鉴定确定病原为羊口疮病毒(ORFV),并将其命名为ORFV/AH-FD/2016/China株。然后对分离株的B2L基因和F1L基因进行克隆、测序,并与其他ORFV序列进行遗传进化分析。结果表明:ORFV/AH-FD/2016/China株的B2L基因长1 137bp,编码279个氨基酸,F1L基因长1 023bp,编码341个氨基酸。与GenBank中收录的其他ORFV流行株相比,B2L基因的核苷酸同源性为96.9%~99.5%,推导的氨基酸同源性为95.5%~98.9%;F1L基因的核苷酸同源性为95.3%~98.3%,推导的氨基酸同源性为94.9%~99.1%。利用软件构建系统进化树,根据B2L基因遗传进化分析结果表明,该分离株与甘肃分离株的亲缘关系最近;根据F1L基因遗传进化分析结果表明,该分离株与福建分离株亲缘关系最近。基于B2L基因和F1L基因的遗传进化分析,其分离得到的病毒株与国内不同地区分离毒株的遗传差异不大。该研究为ORFV的后续研究提供了临床试验材料和流行病学依据。     

鸽圆环病毒Cap及Rep基因的克隆与进化分析

为了解新疆和田地区某规模化种鸽场鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)感染情况和潜在来源,本研究采集了200份鸽粪便和3份鸽病料样本,对其进行PiCV Cap及Rep基因的PCR扩增、序列测定与分析。研究结果表明,PiCV检出率为47. 29%(96/203)。测序毒株被命名为PiCV-XJ2018,其Cap基因与GF82/Guangdong/2014毒株核苷酸同源性为94. 98%,Rep基因与GF71/Guangdong/2014毒株核苷酸同源性为97. 17%。遗传进化分析结果显示,PiCV-XJ2018毒株与国内2014年检测的广东株及上海株亲缘关系较近。本研究将为本地区鸽圆环病毒的诊断与防控提供参考数据。     

三株猪2型圆环病毒甘肃分离株的全基因组序列分析

根据GenBank中发表的猪2型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对引物,采用PCR方法对来自甘肃不同猪场的3份病料中的PCV2进行基因的扩增、克隆和测序,得到全基因组长度为1 768 bp的PCV2Ww株(登录号DQ322701)以及全基因组长度为1 767 bp的PCV2 LZ株和TS株(登录号DQ363860和DQ355153).应用DNAstar软件序列分析可得,3个分离株全基因组与国内外参考毒株核苷酸序列同源性在94.8%~99.4%,3个分离株之间的核苷酸序列同源性为96.4%~99.4%;PCV2分离株与PCV1分离株核苷酸序列同源性为69.0%~70.0%;ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为99.0%~99.4%和92.7%~98.7%.进化树分析表明,PCV2分离毒株在进化上存在地域上的相关性.     

口蹄疫病毒G-01株基因组编码区的序列分析

参考GenBank中注册的O型口蹄疫病毒(FMDV)全基因序列,分段设计了9对引物,应用RT-PCR方法对G-01株的基因组编码区序列进行了克隆和序列测定,获得了该毒株基因组编码区的核苷酸序列(6 966 bp)并推导出其编码的氨基酸序列(2 322 aa).将获得的G-01株基因组编码区的核苷酸序列与参考的14株FMDV基因序列进行比较,结果表明,本毒株的3A蛋白的92～101位缺失10 aa,VP1基因的133～160位的关键位点没有变化,该毒株与以HKN/2002株为代表的7株O型毒株的同源性较高,与HKN/2002株遗传关系最近,而与另外7株O型毒株同源性较低,其遗传关系也较远.由此推断G-01与HKN/2002株属于遗传关系较近的毒株,这2株病毒有着相同的进化起源.     

我国部分地区鸭1型甲肝病毒流行株遗传变异分析

为了解鸭群中鸭1型甲肝病毒(DHAV-1)的流行及其分子变异情况,对2015-2016年福建、广东、浙江及江西鸭群采集的327份临床样品进行检测、病毒分离鉴定、序列测定与分析。结果表明,自327份临床样品中检出DHAV-1阳性样品35份,阳性率10.7%;从阳性样品中分离获得23株DHAV-1,主要来自30日龄以内的麻鸭和半番鸭。对DHAV-1的VP1基因分子特征及遗传变异分析,表明23株病毒VP1基因核苷酸序列同源性介于93.3%~99.9%,分属2个病毒亚群,两亚群间的遗传距离为0.06。23株临床分离株中有18株与引起雏鸭胰腺泛黄的毒株(MPZJ1206株)处于同一亚群,为目前流行的优势毒株,与国内外疫苗株核苷酸同源性在91.3%~96.2%,存在较大差异。由此可见,我国福建省及周边地区鸭群中不同DHAV-1流行株之间及流行毒株与疫苗株间均存在不同程度的差异。     

5株PCV2四川株全基因组的克隆与遗传进化分析

【目的】了解目前四川省猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学特征和遗传变异情况,探讨PCV2感染的控制对策。【方法】根据GenBank中发表的PCV2基因组序列设计2对特异性引物,对2012-2014年临床送检的PCV2感染病例材料中的5株PCV2全基因组序列进行扩增测序,并利用DNAStar等生物信息分析软件对获得的PCV2基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】5株PCV2四川株全基因组序列长度都为1 767bp,均具有滚环复制起点(ORC)典型结构。序列比对和进化分析显示,5株PCV2四川株的基因序列同源性很高,基因组核苷酸序列及ORF1、ORF2和ORF3基因序列同源性分别为98.4%~99.9%,97.5%~99.6%,99.4%~100%和96.2%~100%,ORF1、ORF2和ORF3基因推导氨基酸序列同源性分别为98.4%~99%,99.6%和91.5%~100%;与47条参比PCV2毒株核苷酸序列的同源性比较发现,5株PCV2与国内一些新出现的PCV2毒株亲缘关系较近,且均属于PCV2d基因型毒株。【结论】5株PCV2四川株之间尽管存在着不同程度的基因变异,但遗传进化相对较稳定。     

猪巨细胞病毒福建株gB基因的克隆和序列分析

为明确猪巨细胞病毒福建株(PCMV-FJ01)的gB基因特征,根据其序列特征,设计特异性引物对其进行分段扩增,并对目的片段进行克隆测序。结果发现,PCMV-FJ01株gB基因全长为2 580bp,编码859个氨基酸;其和GenBank数据库中的PCMV分离株的gB基因的核苷酸和氨基酸同源性分别均在98.3%和97.9%以上。此外,本研究还发现部分(约50%)PCMV代表株的gB基因存在ACA三核苷酸缺失(436位氨基酸存在谷氨酰胺Q的缺失)。除ZZ株外,PCMV不同分离株的gB基因是否存在基因缺失和其遗传进化正相关。     

福州番茄黄化曲叶病毒的全基因组结构特征

为明确引起福建省福州市长乐地区番茄上曲叶症状的病原,提取样品总DNA,利用简并引物PA/PB进行PCR扩增,从10个样品中均可扩增到500 bp左右的特异条带.NCBI BLAST序列比对表明,该序列与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)核苷酸序列相似性最高,达99.0%.再根据已知500 bp序列设计1对反向引物,扩增TYLCV分离物Fz01全基因组近全长,克隆并测序.经序列拼接发现,TYLCV分离物Fz01基因组全长2781 nts(KP685598),与已报道的TYLCV其他各分离物相似性均在89.3%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的相似性均在98.7%以上.因此,Fz01属于TYLCV的一个分离物.     

基因VIb亚型半番鸭源新城疫病毒基因组测序及分析

根据GenBank上发布的新城疫病毒基因组序列,设计了9对引物,对从福建福州地区发病半番鸭场分离的新城疫病毒FJ-SMD-03株进行了基因组cDNA扩增测序和分析.结果表明:FJ-SMD-03的基因组序列由15 192 nt组成,在NP基因非编码区比Lasota株多了6个核苷酸ACACTC;基因组由6个ORF组成,即3’-NP-P-M-F-HN-L-5’序列.BLAST结果显示:FJ-SMD-03基因组核苷酸与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008、pigeon/Italy/1166/00、AV324/96和dove/Italy/2736/00相似性最高,达94.9%～98.5%;与疫苗株Lasota、Mukteswar和B1的相似性最低,为80.7%～83.3%;与我国标准强毒株F48E8及2002年从福建番鸭中分离到的基因VIId亚型强毒株Muscovy duck/China(Fujian)/FP1/02相似性较低,分别为82.5%和87.1%.F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特征,进化树分析发现,FJ-SMD-03属于ClassⅡ类基因VIb亚型,证明鸭群中有VIb亚型NDV强毒株;FJ-SMD-03株NDV与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00亲缘关系较近,与carrier-pi-geon/Guangdong/2008形成一个小的进化分支,推测FJ-SMD-03株与carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00株来源于共同的祖代毒株,可能与鸽携带的病毒有关.     

呼肠孤病毒B3分离株感染番鸭的病理组织学研究

番鸭呼肠孤病毒 B3分离株可经滴鼻、饮水、肌肉和爪垫注射与同居感染 1日龄敏感番鸭 ,潜伏期 3- 11d,死亡率 10 0 % ;接种 1日龄番鸭、半番鸭和雏鸡爪垫可引起注射部位炎性反应 ,爪垫和肌肉注射 1日龄半番鸭和雏鸡不死亡 .病毒感染番鸭主要引起肝、脾、心肌、肾、腔上囊、腺胃、肠粘膜下层等组织局灶性坏死 ;肝、脑血管周围和肾间质、肺间质、心肌间有淋巴样细胞或 /和吞噬细胞聚集 ,法氏囊淋巴细胞变性和坏死 .电镜观察表明 ,感染胚肝细胞和脾淋巴细胞胞浆内有大量病毒样颗粒及近核包涵体 ,感染细胞多核化、空泡化及颗粒化 ;发现含有病毒样颗粒的凋亡细胞 ;吞噬细胞胞浆内有病毒样颗粒和含病毒样颗粒的凋亡小体 .此项研究为国内首次报道     

蛋鸭感染禽1型副黏病毒的调查及致病性测定与分析

为了调查蛋鸭禽1型副黏病毒的感染状况,以RT-PCR技术对2011年以来采自福建、浙江、江西、广东、广西和江苏六省(区)的495份蛋鸭样品进行了禽1型副黏病毒的检测,并测定了部分禽1型副黏病毒分离株对不同日龄麻鸭的致病性。结果表明六省(区)份蛋鸭的禽1型副黏病毒的阳性感染率高低不一,为3.4%~10.7%,揭示了禽1型副黏病毒在我国蛋鸭中存在不同程度的感染;禽1型副黏病毒感染可致死低日龄麻鸭,其中基因VII型鸭源分离株对麻鸭的致死率高于基因IX型,且随着麻鸭日龄的增长其致死率降低,即呈现日龄易感性差异,开产麻鸭感染禽1型副黏病毒则表现为产蛋率显著下降。     

鸭瘟病毒的分离与初步鉴定

采集疑似鸭瘟病毒自然感染的病死番鸭的肝脾等组织,应用番鸭胚成纤维细胞(MDEF)进行病毒分离,通过对分离毒的血凝特性(HA)测定、间接免疫荧光试验(IFA)荧光定量PCR、PCR产物测序和动物回归试验等初步鉴定。结果显示:通过MDEF从疑似病料中分离到4株病毒(DPVfj1、DPVfj2、DPVfj3、DPVfj4),均不能凝集鸽红细胞;IFA结果排除了分离毒为鹅细小病毒、番鸭细小病毒、鸭呼肠孤病毒、鸭副粘病毒和禽坦布苏病毒;鸭瘟病毒荧光PCR试剂盒检测分离毒核酸均为鸭瘟阳性;鸭瘟病毒(JQ673560)gJ蛋白基因序列特异引物进行PCR扩增均为阳性,且PCR产物序列与鸭瘟病毒参考株gJ蛋白基因序列相似度均大于99%;动物回归试验显示,分离毒人工感染30日龄番鸭和同居感染5日龄雏番鸭均可复制出与自然感染一致的临床表现及病理变化,并能回收到病毒。上述结果表明4株分离毒均为鸭瘟病毒强毒株。     

种番鸭源禽坦布苏病毒分离鉴定及基因组序列分析

种番鸭是否感染禽坦布苏病毒颇受国内学者关注。本研究于国内外首次自表现产蛋下降的种番鸭卵巢中分离获得1株病毒（命名为WYZLJ-1359株）,经RT-PCR方法鉴定为禽坦布苏病毒。经比较分析该病毒与我国其他禽源分离株全基因组序列表明,种番鸭源分离株WYZLJ-1359主要分子特征未出现变异,与2010年以来我国分离的其他禽源分离毒株的核苷酸序列同源性均在98.4％以上,且亲缘关系非常近,遗传距离均在1.8％以下,远低于与2000年以前分离的坦布苏病毒分离株之间的遗传距离。以上结果表明,我国禽坦布苏病毒感染的宿主在不断增加,但病毒在不同品种家禽的传播过程中遗传较为稳定,基因组未出现基因的缺失或插入等变异现象。     

浙江省地方鸡种禽白血病毒抗原检测与部分分离株GP85基因序列分析

为了解浙江地区地方品种鸡中J亚群禽白血病病毒(subgroup J avian leukosis vrius,ALV-J)的感染情况与流行毒株的分子特征,对浙江省部分地方品种鸡体内ALV的p27抗原进行了检测,从疑似感染鸡群中检测分离到5株 ALV-J,并对其GP85基因进行PCR分子克隆和序列分析。研究结果显示:在检测的19个地方鸡品系中,所有品系的鸡样本都呈现抗原阳性,其中101系的抗体阳性率最高,母鸡阳性率为40.48%,公鸡阳性率为16.54%;126系次之,母鸡阳性率为28.87%,公鸡阳性率为3.30%;171系抗体阳性率最低,其母鸡阳性率仅为4.08%,公鸡的感染率为0。为了解地方鸡群中ALV-J的遗传变异,对分离到的5株ALV-J的GP85基因进行了分子克隆和序列分析。结果表明,5个分离毒株的GP85基因大小均为924 bp,与预期一致;本研究样品序列之间的核苷酸同源性为90.8%~98.5%,与原型毒株HPRS103核苷酸相似性为90.3%~97.0%,与国内其他分离株的同源性为86.5%~99.0%。分离株与福建(FJ201308株)和广东(WF13株)分离株的同源性最高。结果表明:浙江省大部分地方品种鸡都不同程度感染ALV-J,而且分离毒株已经发生了不同程度的变异,提示我们应加强浙江省地方品种鸡ALV的净化工作。     

一种引起种(蛋)鸭产蛋骤降新病毒的分离与初步鉴定

自表现产蛋骤降的病死种鸭中无菌采集卵巢以番鸭胚分离到病毒,经对分离的病毒(WR株)进行形态学观察、理化特性测定,发现该病毒有囊膜,直径为30～50nm;对氯仿处理敏感;在pH值为7.2条件下,不凝集鸡、鸭和鹅红细胞。人工感染开产麻鸭能复制出与自然感染病例相同的临床症状和病理变化,并能回收到病毒。应用RT PCR技术对分离毒进行检测,可扩增到约1kb特异性条带。经测序分析表明,所获得的核苷酸序列第9-777位与坦布苏病毒(TMUV)的同源性最高,为88.7%;遗传进化分析表明WR株病毒与坦布苏病毒、圣路易斯脑炎病毒(SLEV)、以色列火鸡脑膜炎病毒(ITV)、恩塔亚病毒(NTAV)具有相似的祖先,但在系统发生树上处于单独的进化分支。由此推测,WR株病毒不属于现有黄病毒科黄病毒属任何一种,为黄病毒属中的新成员,为国内外首次报道。     

胰腺型、经典型1型甲肝病毒对雏鸭的致病性差异

为明确胰腺型鸭1型甲肝病毒（DHAV-1）和经典型DHAV-1对不同品种雏鸭的致病性,以胰腺型DHAV-1和经典型DHAV-1分别感染7、14、21、28、35 d番鸭、半番鸭、樱桃谷鸭和麻鸭,结果表明番鸭对胰腺型DHAV-1最易感,半番鸭和樱桃谷鸭次之,麻鸭最不易感;而樱桃谷鸭对经典型DHAV-1最易感,番鸭次之;感染胰腺型DHAV-1的番鸭、半番鸭胰腺出血、明显发黄,肝脏未见出血。表明胰腺型鸭1型甲肝病毒、经典DHAV-1在易感宿主、组织嗜性和特征肉眼病变上均存在明显差异。     

Analysis of RNA-Dependent RNA Polymerase Sequence of Infectious Flacherie Virus Isolated in China and Its Expression in BmN Cells

Full gene sequence of RNA-dependent RNA polymerase （RdRp） from Bombyx mori infectious flacherie virus isolated in Zhejiang Province, China （Zhejiang01/CHN/2002） was cloned. The sequence was 1 920 nucleotides in length coding 639 amino acid residues. Sequences comparison of RdRp showed Zhejiang01/CHN/2002 was 99.7% nucleotide sequence and 99.1% amino acids sequence homology with Japanese strain. The RdRp sequence was aligned with 8 representative picorna（-like） viruses and 8 highly conserved regions were detected. The result indicated their relevance function. Phylogenetic tree of 14 picorna（-like） viruses which RdRp presumed protein sequences revealed that the viruses from Iflavirus genus formed an independent clade. The RdRp was successfully expressed in BmN cells using Bac-to-Bac expression system.