基于网络药理学探讨济川煎药物君臣佐使配伍在便秘治疗中协同增效的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探讨济川煎药物君臣佐使配伍在便秘治疗中协同增效的潜在分子作用机制。方法 通过TCMSP、Uniprot数据库获取济川煎组成药物的活性成分和对应靶基因;GeneCards、OMIM、TTD数据库获取便秘靶基因;Venny在线软件构建韦恩图,获取药物-疾病交集基因;STRING平台构建PPI网络,Cytoscape软件构建“药物—活性成分—靶基因”网络,并通过拓扑学分析获取潜在核心活性成分及靶基因;Metascape数据库对潜在作用靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;Autodock Vina和Pymol软件对关键核心靶点及其对应有效成分进行分子对接;探讨活性成分、靶基因的分布特点与君臣佐使配伍关系。结果 共获得药物活性成分37个,潜在核心有效活性成分21个,其中槲皮素、β-谷固醇、山奈酚、汉黄芩素、豆甾醇为主要核心有效活性成分。药物-疾病交集靶基因182个,潜在核心靶基因37个,AKT1、TP53、TNF、IL6、JUN、VEGFA、CASP3为主要核心靶基因。GO分析获得生物进程(biological Process, BP)条目1428条...     

基于网络药理学探究寿胎丸治疗先兆流产作用机制

目的应用网络药理学方法探讨寿胎丸治疗先兆流产可能的作用机制。方法依托TCMSP和TCMID数据库获取寿胎丸全方4味中药主要活性成分,利用Pubchem、SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点,通过TTD、Genecards、NCBI等数据库获取先兆流产相关的靶基因,将药物预测靶点和疾病相关靶点交集,获得交集靶基因,将交集的靶基因上传至STRING数据库,构建PPI网络,通过cytoscape软件构建复方?成分?靶基因?疾病网络图;最后,运用R语言对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果分析得到寿胎丸治疗先兆流产的有效成分15种及交集靶点36个,有效成分中自由度较高的为β?sitosterol及quercetin,作用靶点中自由度较高的为KDR、SLC6A4、ESR1等,PPI网络中核心基因为STAT3、EGFR等,GO富集分析显示主要与体内酶活性调节、基因转录、核受体活性、激素受体结合等相关,KEGG通路富集分析显示PI3K/Akt、HIF?1、Estrogen信号通路为显著性最高的通路。结论本研究初步揭示了寿胎丸治疗先兆流产的潜在活性成分及其可能的作用机制,为该制剂活性成分进一步研究提供了理论依据,同时也证实其多成分、多靶点、整体调节的作用特点。     

基于网络药理学和分子对接研究寿胎丸治疗复发性流产的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法探讨寿胎丸治疗复发性流产（RSA）的主要作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM数据库检索寿胎丸所含主要的活性化学成分,并在TCMSP数据库中查询药物成分对应靶点,检索GeneGards数据库获得RSA相关靶点。运用R软件取药物与疾病靶点的交集制成韦恩图,再利用Cytoscape 3.7.2软件将药物-活性成分-靶点-疾病网络可视化,通过STRING数据库获得靶标蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。最后运用R软件对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共得出主要活性成分21个,寿胎丸与RSA相关靶点共108个,通过GO分析得出133个功能条目,通过KEGG分析得出147条信号通路,涉及细胞因子受体结合、受体配体活动、泛素样蛋白连接酶结合等功能及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路。分子对接验证显示,寿胎丸的主要活性成分与RSA核心靶点具有较强的结合活性,为二者的相互作用提供了基础。结论：该研究利用网络药理学方法初步揭示了寿胎丸通过多成分、多靶点、多通路治疗RSA的作用机制,预测了寿胎丸可能通过TGF-β、PI3K/AKT、MAPK、JAK-STAT等通路保护妊娠,为进一步临床及实验研究提供了良好的理论依据。     

基于复方网络药理学和分子对接技术研究丹蒌片治疗冠心病的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究丹蒌片在冠心病治疗过程中的活性成份以及可能的作用机制,为后续临床试验的广泛靶向代谢组学分析提供参考,为其治疗冠心病提供现代医学理论依据。首先通过TCMSP数据库获取丹蒌片复方中药材有效成份和药物潜在靶点,通过Drugbank和Genecards数据库筛选出冠心病疾病靶点,将筛选出的药物靶点与疾病靶点取交集,获取丹蒌片治疗冠心病的靶点集。通过String数据库对靶点集进行PPI分析,并筛选核心靶基因。基于Metascape数据库对交集基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,最后采用Auto Dock、Pymol软件对丹蒌片关键作用成分与作用靶点进行分子对接验证和可视化处理。结果共筛选得到165个丹蒌片活性成份,344个药物靶点,获得冠心病疾病靶点947个,145个药物与疾病交集基因。通过GO功能富集分析和KEGG通路分析,结果主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示药物8种关键活性成分与作用靶点受体蛋白对接良好。该研究初步揭示了丹蒌片药物活性成份...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学方法及分子对接技术探究清热祛湿汤治疗膝骨关节炎作用机制

目的：采用网络药理学方法及分子对接技术研究清热祛湿汤治疗膝骨关节炎的作用机制。方法： 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 数据库检索清热祛湿汤药物成分靶点； 通过TTD、 Genecards、OMIM 数据库检索膝骨关节炎靶点；制作韦恩图获取药物-疾病交集靶点；通过Cytoscape3.9.0 软件 绘制药物有效成分-疾病-共同靶点网络图；利用String 数据库构建蛋白相互作用（PPI） 网络；使用R 语言软 件对交集靶点进行基因本体（GO） 富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG） 富集分析； 使用 AutoDockTools1.5.6 等软件对药物主要有效成分与疾病核心靶蛋白进行分子对接验证。结果：清热祛湿汤的有 效成分为槲皮素、木犀草素等；PPI 网络构建获得的核心靶蛋白是蛋白激酶B 抗体（AKT1）、纤溶酶原激活物 抑制物1 （SERPINE1） 等；GO 富集分析获得1 902 条GO 条目；KEGG 富集分析获得105 条信号通路；将 5 种药物有效成分与5 种核心靶蛋白进行分子对接，均具有较好的结合活性。结论：清热祛湿汤治疗膝骨关节 炎具有多成分、多靶点、多途径的特点，具体通过发挥调控炎症反应、软骨基质降解、软骨细胞的凋亡和增殖 等作用，延缓膝骨关节炎的进展。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死作用机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选, 应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点, 将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集, 将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络, 使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络, 筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析, 得出相关信号通路, 运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个, 复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个, 核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联, 参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应...     

基于网络药理学与分子对接探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A...     

基于网络药理学方法和分子对接技术分析胆通胶囊治疗胆汁淤积症作用机制

目的：采用网络药理学方法和分子对接技术分析胆通胶囊治疗胆汁淤积症的作用机制。方法：使用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）、本草组鉴（HERB）、PharmMapper和Uniprot数据库搜索胆通胶囊的活性成分及作用靶点。使用GeneCards数据库获取胆汁淤积症的靶点。绘制韦恩图得到药物-疾病交集靶点。利用Cytoscape 3.10.0软件构建胆通胶囊活性成分-靶点网络,得到胆通胶囊的主要活性成分。将主要活性成分、药物-疾病交集靶点通过STRING数据库与Cytoscape 3.10.0软件进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,得到核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用PubChem数据库与PyMol、AutoDockTools软件将胆通胶囊主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果：共收集胆通胶囊的活性成分25个,获得疾病靶点1 039个。韦恩图显示,药物-疾病的交集靶点92个。胆通胶囊活性成分-靶点网络分析结果显示,苏齐内酯、决明内酯、番泻苷E、20-殷金醇棕榈酸、（-）-儿茶素和...     

基于GEO芯片和网络药理学分析青黛治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的通过GEO芯片和网络药理学预测青黛治疗溃疡性结肠炎的作用机制, 并通过分子对接进行验证。方法利用TCMSP、SymMap数据库、SwissTargetPrediction数据库和Pharmapper数据库检索青黛化学成分及其对应靶点, 借助UniProt数据库对靶点进行规范;通过GEO数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库、Disgenet数据库检索溃疡性结肠炎疾病基因, 并利用Venn在线工具获取药物与疾病的交集基因, 通过STRING数据库、Cytoscape 3.8.2软件构建药物-疾病交集靶点PPI网络;对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析, 运用AutoDock Vina 1.2.1软件进行分子对接, Discovery studio Visualizer进行可视化分析。结果共获得青黛10个有效成分和128个药物与疾病交集基因, 进一步分析得到42个核心基因。经GO和KEGG通路富集分析显示, 青黛参与活性氧代谢、血红素结合、蛋白磷酸酶结合、分泌颗粒胞吐、细胞质囊泡、细胞的焦点黏连及细胞底物连接等生物途径, 并通过调控PI3K/Akt信号通路...     

基于网络药理学和分子对接研究补肾促卵方治疗多囊卵巢综合征不孕的分子机制

该文运用网络药理学和分子对接的方法,研究补肾促卵方治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)导致不孕的作用机制。首先,通过TCMSP数据库获取补肾促卵方活性成分和药物潜在靶点;应用GeneCards数据库检索PCOS导致不孕的疾病靶点。将药物靶点与疾病靶点经过Uniprot数据库校正后取交集基因。结合STRING数据库和Cytoscape 3.7.2对交集基因进行PPI分析。应用Cytoscape 3.7.2的ClueGO插件对交集基因进行GO富集分析及KEGG信号通路富集分析。最后运用AutoDockVina和MGLtools软件对补肾促卵方关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果在补肾促卵方中共获得136个药物活性成分,314个药物靶点,GeneCards数据库获得136个疾病靶点,49个药物与疾病交集基因;GO富集发现,主要涉及肌肉细胞凋亡过程的调节、小分子代谢过程的正调控、核心启动子结合、RNA聚合酶Ⅱ对pri-miRNA转录的调控、跨膜运输的负调控等生物功能;经过KEGG通路富集分析,其主要涉及MAPK、PI3K-Akt、p53、HIF-1等信号通路。分子对接结果显示槲皮素(quercetin)和PTGS2能稳定的结合并通过氨基酸残基THR206、TRP387、ASN382等发生相互作用。该研究初步揭示了补肾促卵方治疗PCOS导致不孕的多成分、多靶点、多途径作用机制,为进一步研究提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选补肾骨蚀方的活性成分及相关靶点,通过Genecards、OMIM数据库获取KOA相关基因数据.使用R软件获取补肾骨蚀方与疾病的交集靶点,利用STRING数据库对交集靶点构建蛋白互作网络,利用R软件进行GO与KEGG富集分析,运行Autodock Vina对活性成分及关键蛋白进行对接.结果:补肾骨蚀方有效成分84种,相关靶点240个,KOA相关靶点2270个,交集靶点124个.GO富集显示包括生物过程相关条目2334条,细胞成分相关条目70条,分子功能相关条目169条.KEGG功能富集分析发现前列腺癌、肿瘤坏死因子信号通路、人巨细胞病毒感染、流体切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、卡波济肉瘤相关疱疹病毒感染等132条信号通路.分子对接初步验证了补肾骨蚀方主要活性成分能与关键靶点发生相互作用.结论:补肾骨蚀方可能通过抑制炎症因子表达,调节骨代谢及抗氧化治疗KOA,这对后续方药研究及临床应用具有指导意义.     

基于网络药理学研究真武汤治疗扩张型心肌病的作用机制

目的：通过网络药理学方法和分子对接技术研究真武汤治疗扩张型心肌病（Dilated Cardiomyopathy,DCM）的作用及其机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCSMP）等数据库精选真武汤中药材的主要活性成分和功能靶点,再利用Gene Cards、OMIM等数据库获取DCM的关键靶点,进而筛选出其共同作用靶点。并利用Cytoscape 3.8.2软件来建立“真武汤-有效成分-DCM-靶点”网络图。并通过String数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用的网络,从而筛选出了关键基因。利用DAVID数据库对关键靶点做了基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用RCSB PDB、Pub Chem数据库,利用Chem Bio3D、Py MOL以及Auto Dock pyrx内部的Vina软件工具做分子对接,最后使用DS2019软件作图。结果：共得到真武汤中药物主要活性成分59个、重要交集靶点38个,GO富集功能分析显示条目628个,KEGG富集通路126个。真武汤主要活性成分包括β-谷甾醇、山柰酚、常春藤皂苷元等;关键靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋...     

基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血(UGIB)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三黄泻心汤活性成分及作用靶点，通过Gene Gards、OMIM、Pharmgkb及DrugBank疾病数据库获取UGIB疾病靶点，并获取二者交集靶点，借助Cytoscape3.9.0软件及STRING数据库构建中药-活性成分-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及挖掘出网络中潜在的蛋白质功能及核心网络，采用R软件对交集靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后通过AutoDock Tools及PyMOL等平台进行分子对接，预测三黄泻心汤加味关键成分与关键靶点的结合度。结果 共得到三黄泻心汤加味有效活性成分87个，UGIB疾病靶点3350个，二者交集靶点141个，富集得到GO中2149个生物过程条目，63个细胞组分条目，179个分子功能条目和168条KEGG通路。三黄泻心汤加味主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、金合欢素等活性成分调节关键靶点ESR1、 MYC、 TP...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨川芎-当归-白芍治疗干燥综合征的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探究当归、川芎与白芍治疗干燥综合征的药理作用机制。方法 从中药系统药理分析平台(TCMSP)数据库提取3味中药的主要活性成分及靶点;从OMIM和GeneCards数据库搜索疾病靶点,数据筛选整理后,利用Venny工具获得药物与疾病的共同靶点基因;利用STRING网站进行蛋白互作分析,通过Cytoscape3.7.2软件获取核心靶点;选取大于平均节点值的关键靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-疾病-靶点图,获取关键活性成分;利用BioGPS数据库获取交集靶点组织定位结果并通过Cytoscape3.7.2软件进行可视化处理;采用DAVID平台进行GO功能和KEGG通路富集分析;取前十名通路与药物-疾病-活性成分-靶点图建立网络与属性文件,构建药物-疾病-活性成分-靶点-通路图并可视化;在SailVina软件上对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果 共获得药物活性成分14个,关键成分为β-谷甾醇、山柰酚、芍药苷、杨梅酮和儿茶素,药物与疾病交集靶点41个;靶点组织器官定位在肝、脾、肾、肺、唾液腺等,且在T细胞、B细胞等中也有显示;核心靶点为...     

基于网络药理学-分子对接研究乳香-没药配伍改善类风湿性关节炎的作用机制

应用网络药理学方法及分子对接技术,探讨乳香-没药配伍有效成分对应靶基因及治疗类风湿性关节炎(RA)可能的作用机制。基于文献研究并结合相关中药系统药理数据库和文献检索筛选得到乳香-没药主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库对活性成分进行靶标预测。同时通过DrugBank, GeneCards及Therapeutic Target Database(TTD)数据库收集RA相关靶标,并利用VENNY 2.1取交集靶标在线绘制药物与疾病共同靶标的韦恩图。运用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络图,根据相互关系大小筛选核心靶标。利用Cytoscape 3.6.0软件构建"中药-成分-靶点""中药-成分-靶点-疾病"网络模型和核心靶标相互作用网络模型。运用DAVID 6.8在线数据库对交集靶点进行基因GO功能分析和KEGG通路富集分析,Pathon将其可视化;最后运用AutoDock Vina和Pymol将得到的核心有效成分与核心靶标进行分子对接。结果收集乳香-没药药对中16个活性成分,得到相关潜在靶点320个,RA相关靶点468个,通过韦恩图得到交集靶点62个。主要作用于IL6,TNF,IL1B,MAPK1等多个靶标,涉及TNF信号通路和Toll样受体信号通路以发挥治疗RA作用。该实验基于网络药理学和分子对接方法,对乳香-没药配伍治疗RA可能的靶标和信号通路进行探讨,并对核心靶标与核心活性成分进行分子对接,为乳香-没药配伍作用机制的研究提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接分析黄芪治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的通过网络药理学方法联合GEO 数据库预测黄芪治疗溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）的核心 活性成分及靶点,并通过分子对接初步验证。方法利用中药系统药理分析平台（TCMSP）提取黄芪的活性成分 及对应靶点,借助Uniprot 数据库对靶点进行规范化,通过GEO 数据库提取溃疡性结肠炎的差异表达基因,并 利用R 语言筛选药物与疾病的交集基因,分别通过DAVID 数据库、STRING 数据库对交集基因进行富集分析 和蛋白互作分析;通过Cytoscape 软件构建黄芪“活性成分-药物靶点”网络、黄芪治疗溃疡性结肠炎“活性 成分-疾病靶点”网络及蛋白互作网络筛选出核心成分及靶点,借助Auto dock Vina 软件进行分子对接验证, PyMol 软件绘制对接结果图。结果共获得黄芪16 个活性成分,对应189 个作用靶点;GEO 数据库提取获得 溃疡性结肠炎差异表达基因1 355 个;药物与疾病交集基因44 个;富集分析显示多与炎症相关;筛选得到核 心活性成分异鼠李素（Isorhamnetin）和毛蕊异黄酮（Calycosin）,核心靶点前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2）;分子 对接结果表明其核心活性成分与核心靶点之间均有较强的结合活性。结论黄芪中的异鼠李素、毛蕊异黄酮等 主要活性成分可能通过参与炎症相关信号通路及生物功能作用于PTGS2 等疾病靶点,从而发挥治疗溃疡性结 肠炎的效用。     

基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心律失常的作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因,利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因,采用Cytoscape软件绘制交泰丸的“活性成分-作用靶点”网络图,采用STRING数据库构建交泰丸治疗心律失常的蛋白质-蛋白质相互作用（Protein Protein Interaction,PPI）网络图,将PPI网络图导入Cytoscape,采用DAVID数据库对药物-疾病交集靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG） 通路富集分析,使用Autodock Vina和Pymol进行分子对接。结果：共收集到交泰丸31个有效成分及其556个成分靶点;心律失常相关靶点2 205个;药物成分和疾病的共有靶点174个;使用Cytoscape拓扑分析得到小檗浸碱、表小檗碱、黄藤素、黄柏酮、小檗碱等20个核心成分,PPI网络得到ALB、AKT1、MAPK3、VEGFA、SRC等15个关键核心靶点。生物信息学富集分析中共获取821个GO条目,109条KEGG通路,主要涉及PI3K-AKT信号通路、Rap1信号通路、cAMP信号通路、甲状腺激素信号通路、HIF-1信号通路等。分子对接结果表明,度值排名前5的主要活性成分与核心靶点（ALB、AKT1、MAPK3、VEGFA、SRC）有较强的亲和力。结论：该研究揭示了交泰丸可能通过调控细胞代谢、降低氧化刺激、改善血管重塑等方面治疗心律失常,为后续研究交泰丸治疗心律失常提供一定的中药药理依据。