基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症和肾病综合征的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症（DOP）和肾病综合征（NS）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库筛选枸杞子-菟丝子的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库及Perl语言进行规范以及转化为标准基因名称,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络。通过GeneCards、OMIM及PharmGkb数据库搜集DOP和NS相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络并筛选核心蛋白;对交集蛋白运用Rx4.1.3软件及R脚本进行GO功能富集和KEGG通路分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果：筛选后得到枸杞子-菟丝子活性成分42个,作用靶点208个;DOP、NS疾病靶点分别为2834个、2114个,共有靶点915个,疾病和药物交集靶点86个。GO富集分析得到分子功能121条;KEGG通路富集分析获得126条信号通路,靠前的通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、IL-17信号通路,...     

基于网络药理学与分子对接探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于生物信息学分析Scoparone对肝癌的作用机制

目的：研究茵陈活性成分6,7-二甲氧基香豆素（Scoparone）治疗肝癌的分子机制。方法：使用GEO数据库下载肝癌的芯片数据,从TCMSP数据库检索Scoparone的作用靶点,使用R软件获取肝癌差异基因;通过Jvenn和Cytoscape3.9.1软件筛选两者交集靶点,构建蛋白互作网络,进一步使用R软件对核心交集靶点进行GO、KEGG分析;使用AutoDockTools1.5.7及AutoDockVina软件进行分子对接,对活性成分与核心靶点的结合能力进行验证;使用TCGA数据库进行核心基因的生存预后分析。结果：得到肝癌显著性差异基因1 788个、Scoparaone作用靶点100个,筛选出药物-疾病交集靶点97个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有JAK1、JAK2、EGFR、ICAM1、KDR等。GO功能富集分析主要涉及氧化应激反应、蛋白质酪氨酸磷酸化及修饰、PI3K级联的正调节等,KEGG通路分析在主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药机制、PI3K/Akt信号通路、上皮细胞信号传导通路、Rap1信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等途径。分子对接验证显示...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压的作用机制。方法 运用TCMIP、Swiss和Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点；通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取高血压疾病靶点；黄芩苷作用靶点与高血压疾病靶点相映射得到二者交集靶点，将交集靶点导入STRING数据库中，获取交集靶点网络数据，将数据导入Cytoscape 3.8.2软件绘制作用靶点PPI网络图，并根据度值大小筛选出核心靶点；借助DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Vina 1.1.2软件进行黄芩苷与度值从大到小排名前5位的核心靶点的分子对接。结果 共获取黄芩苷作用靶点415个、高血压疾病靶点4 352个，经过靶点映射获取黄芩苷治疗高血压的作用靶点237个，进一步筛选出核心靶点60个；GO富集分析涉及信号转导、凋亡过程负调控等476个生物学过程，质膜、线粒体等61种细胞组分，蛋白质结合、蛋白激酶活性等128个分子功能；KEGG富集分析涉及PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路等141条信号通路；分子对接结果显示黄芩苷与核心靶点表现出良好的亲和力，进一步验证了...     

基于网络药理学和分子对接研究补肾促卵方治疗多囊卵巢综合征不孕的分子机制

该文运用网络药理学和分子对接的方法,研究补肾促卵方治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)导致不孕的作用机制。首先,通过TCMSP数据库获取补肾促卵方活性成分和药物潜在靶点;应用GeneCards数据库检索PCOS导致不孕的疾病靶点。将药物靶点与疾病靶点经过Uniprot数据库校正后取交集基因。结合STRING数据库和Cytoscape 3.7.2对交集基因进行PPI分析。应用Cytoscape 3.7.2的ClueGO插件对交集基因进行GO富集分析及KEGG信号通路富集分析。最后运用AutoDockVina和MGLtools软件对补肾促卵方关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果在补肾促卵方中共获得136个药物活性成分,314个药物靶点,GeneCards数据库获得136个疾病靶点,49个药物与疾病交集基因;GO富集发现,主要涉及肌肉细胞凋亡过程的调节、小分子代谢过程的正调控、核心启动子结合、RNA聚合酶Ⅱ对pri-miRNA转录的调控、跨膜运输的负调控等生物功能;经过KEGG通路富集分析,其主要涉及MAPK、PI3K-Akt、p53、HIF-1等信号通路。分子对接结果显示槲皮素(quercetin)和PTGS2能稳定的结合并通过氨基酸残基THR206、TRP387、ASN382等发生相互作用。该研究初步揭示了补肾促卵方治疗PCOS导致不孕的多成分、多靶点、多途径作用机制,为进一步研究提供依据。     

基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制。方法使用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)对黄芩、毛冬青进行成分分析及靶点基因预测,借助人类基因数据库(GeneCards)获取冠心病的相关靶点基因,使用FUNRICH软件,将药物靶点基因与疾病靶点基因进行映射,得到药物-疾病交集靶点基因。利用STRING数据库得出药物-疾病交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.7.1软件对中药化学成分-靶点-疾病网络进行分析,借助DAVID 6.8数据库,进行基因本体(GO)生物过程富集分析和KEGG通路富集分析。结果黄芩、毛冬青共有27种活性成分,与冠心病的交集靶点有285个,KEGG通路富集结果显示:黄芩、毛冬青主要通过cAMP信号通路、钙离子信号通路、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路、非酒精性脂肪肝、催产素信号通路、TRP通道炎症介质调控、HIF-1信号通路等治疗冠心病。结论黄芩、毛冬青通过多成分、多靶点、多通路治疗冠心病,其可能是通过cAMP信号通路、钙离子信号通路等发挥对冠心病的治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接技术的“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症的作用机制研究※

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症（HLP）的作用机制。方法 通过使用TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库筛选陈皮、山楂的活性成分和作用靶点;通过Genecards、Disgenet和OMIM数据库获取HLP潜在作用靶点;通过Venny网站获取“陈皮-山楂”药对与疾病的交集靶点;使用Cytoscape软件构建活性“成分-疾病-交集靶点”网络图;使用String数据库和Cytoscape软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）生物功能分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后利用AutoDock Vina软件对主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 得到“陈皮-山楂”药对潜在活性成分71个、潜在作用靶点414个,HPL疾病靶点1056个,其中成分与疾病交集靶点共88个;GO生物过程作用于激素反应、细胞对激素刺激的反应等602个条目,GO细胞组分富集作用于转录调节复合物、囊泡腔等23个条目,GO分子功能富集作用于核受体活性、配体激活转录因子活性等47个条目;KEGG通路分析共得到127条通路,与脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路和AMPK信号通路等有关;分子对接结果证实主要活性成分槲皮素、柚皮素与关键靶点PPARA、TP53结合能力良好。结论 “陈皮-山楂”药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对高脂血症的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝附子汤“异病同治”类风湿关节炎与冠心病的作用机制

目的 运用网络药理学的方法探讨桂枝附子汤“异病同治”类分湿关节炎(RA)与冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选桂枝附子汤的主要活性成分和作用靶点,通过Genecards、TTD、OMIM、PharmGkb、DrugBank数据库数据库搜集RA和CHD的相关疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点通过Uniprot校正后,取交集靶点,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络,获取关键活性成分;通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape3.9.1中的CytoNCA插件对交集靶点进行分析,筛选出核心靶点;运用R4.1.3软件进行GO功能富集和KEGG通路分析,比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取关键活性成分及核心靶点,应用AutoDock vina进行分子对接验证。结果 筛选出桂枝附子汤活性成分154个,主要成分包括槲皮素、柚皮素、山奈酚等;疾病交集靶点146个,核心靶点为AKT1、STAT3、MAPK1、MAPK3、TP53等;GO分析结果表明桂枝附子汤治疗RA与CHD主要涉及氧化应激反应、活性氧代谢过程、脂代...     

基于网络药理学及分子对接技术研究荷丹片治疗代谢综合征的机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术探究荷丹片治疗代谢综合征的机制。方法:通过检索TCMSP、Chemistry Database和ETCM数据库,获取荷丹片所含中药的活性成分;通过PubChem、SwissTargetPrediction、SEA和Batman-TCM数据库,获取荷丹片相关作用靶点;通过GeneCards、CTD和DisGeNET疾病数据库获取代谢综合征的靶点。将两者靶点取交集,得到药物-疾病交集靶点,并导入STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析;通过Cytoscape软件构建网络模块及模块功能注释分析,导入Metascape平台进行基因本体论(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后采用AutoDockTools进行分子对接验证。结果:筛选出荷丹片治疗代谢综合征活性成分共129个,共同靶点80个;GO富集分析显示,荷丹片治疗代谢综合征与蛋白质二聚化活动、受体配体活动等分子功能有关,与质膜穴样内陷、分泌颗粒内腔等细胞组成有关,与活性氧代谢过程、有机氮化合物的细胞反应等生物过程相关。KEGG通路主要涉及非酒精性脂肪肝病、在糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(Advanced Glycation End-products-Receptor for Advanced Glycation End Products,AGE-RAGE)信号通路和胰岛素抵抗等123条通路。分子对接结果显示,丹参酚醌I等活性成分与人前列腺素内过氧化物合酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)等关键靶点稳定结合。结论:荷丹片中丹参酚醌I、新隐丹参酮II、脱氧基新隐丹参酮、硬脂酸、甲基庚烯酮和十四碳烯酸甘油三酯等活性成分主要通过作用于PTGS2、11β-羟类固醇脱氢酶1型(11-Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1,HSD11B1)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等靶点治疗代谢综合征,与非酒精性脂肪肝病、在糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路和胰岛素抵抗等关键通路有关。     

基于网络药理学探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制

目的 探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库、文献挖掘获得雷公藤多苷活性成分,PharmMapper数据库预测活性成分靶点,GeneCards、OMIM数据库获得桥本病相关靶点,利用Venn在线工具筛选两者的交集基因,STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,DAVID数据库对交集基因进行GO功能、KEGG通路富集分析,构建活性成分-靶点-通路网络。最后通过分子对接工具SYBYL X2.0进行分子对接。结果 筛选出雷公藤多苷活性成分30种,成分靶点82个,疾病靶点1 373个,交集靶点38个,GO分析8个条目,KEGG分析46条通路,成分-靶点网络的重要靶点与成分-桥本病靶点-通路网络的重要靶点的交集是CASP3、EGFR、MAPK1、MAPK8,雷公藤弗定B1是唯一与4个靶点均有关联的化合物。分子对接结果显示,雷公藤弗定B1与交集靶点结合良好。结论 雷公藤多苷中多种活性成分通过调控NF-κB、MAPK、PI3K/Akt等信号通路作用于介导细胞凋亡的CASP3、EGFR等多个靶点来治疗桥本病。     

基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选补肾骨蚀方的活性成分及相关靶点,通过Genecards、OMIM数据库获取KOA相关基因数据.使用R软件获取补肾骨蚀方与疾病的交集靶点,利用STRING数据库对交集靶点构建蛋白互作网络,利用R软件进行GO与KEGG富集分析,运行Autodock Vina对活性成分及关键蛋白进行对接.结果:补肾骨蚀方有效成分84种,相关靶点240个,KOA相关靶点2270个,交集靶点124个.GO富集显示包括生物过程相关条目2334条,细胞成分相关条目70条,分子功能相关条目169条.KEGG功能富集分析发现前列腺癌、肿瘤坏死因子信号通路、人巨细胞病毒感染、流体切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、卡波济肉瘤相关疱疹病毒感染等132条信号通路.分子对接初步验证了补肾骨蚀方主要活性成分能与关键靶点发生相互作用.结论:补肾骨蚀方可能通过抑制炎症因子表达,调节骨代谢及抗氧化治疗KOA,这对后续方药研究及临床应用具有指导意义.     

西黄丸治疗非小细胞肺癌作用机制的网络药理学探究和分子对接验证

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探究西黄丸防治非小细胞肺癌（NSCLC）潜在分子机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及BATMAN-TCM数据库中筛选分析西黄丸的有效活性成分及作用靶点。在GeneCards数据库与人类孟德尔遗传数据库（OMIM）中检索获取NSCLC的相关靶点,选取与西黄丸的交集靶点作为研究靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-靶点-疾病可视化互作网络图。使用DAVID数据对筛选分析出的关键靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后运用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：通过筛选得到西黄丸51个主要活性成分,包括槲皮素、β-谷甾醇等,其中作用于NSCLC的靶点有178个,关键靶点有MAPK1、JUN、AKT1、TP53、RELA等。GO和KEGG分析结果显示,西黄丸治疗NSCLC的机制涉及多个生物学过程及PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等多种信号通路。药物有效活性成分与关键靶点对接活性良好。结论：网络药理学分析显示西黄丸治疗NSCLC是多成分、多靶点、多通路协同起效,为后续相关实验提供了充分的理论依据。     

桂枝茯苓丸“异病同治”甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤网络药理学机制研究

目的采用网络药理学及分子对接方法探究桂枝茯苓丸治疗足厥阴肝经疾病甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库检索桂枝茯苓丸组方药物的化学成分并获取靶点,通过GeneCards、OMIM数据库查询疾病相关靶点,获得二者交集靶点基因。采用Cytoscape3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络,利用R语言对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,运用PyMOL软件进行分子对接。结果共筛选出桂枝茯苓丸活性成分116个,对应有效靶点1109个,与3种疾病的交集靶点79个。对交集靶点富集分析发现,桂枝茯苓丸治疗甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的共同关键通路为AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。根据KEGG通路富集分析结果确定7个核心靶点(TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH)。结论桂枝茯苓丸可能通过调控AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路,作用于TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH等靶点,发挥活血、化瘀、消癥功效,可为桂枝茯苓丸“异病同治”机制研究提供参考。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝治疗代谢相关脂肪性肝病的作用机制

运用网络药理学及分子对接技术探究绞股蓝治疗代谢相关脂肪性肝病(metabolic associated fatty liver disease, MAFLD)的作用机制。利用TCMSP数据库收集绞股蓝的主要活性成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD数据库获取疾病相关靶点,并筛选出3个数据库交集靶点后,在UniProt数据库转换为标准基因名称,经Venn工具获取药物-疾病交集靶点基因,将交集靶点基因上传至STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape软件进行"药物-活性成分-共同靶点-疾病"网络的构建与分析。借助DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(gene ontology, GO)分析和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。运用Pymol软件对药物活性成分与共同靶点进行分子对接和结合能力预测。结果共筛选出绞股蓝皂苷、槲皮素、谷甾醇等绞股蓝有效活性成分24个,包括作用靶点92个,与代谢相关脂肪性肝病共同靶点54个,关键靶点包括TNF、IL6、PTGS2、TP53、CCL2、VEGFA等。分析GO生物过程、分子功能、细胞组分及KEGG通路相关条目,主要涉及NF-κB、PI3K-Akt、TNF及HIF-1等信号通路。分子对接结果显示,绞股蓝皂苷、槲皮素与TNF、IL6、PTGS2具有强烈的结合能力。该研究发现绞股蓝可能从抗炎、抗氧化应激、改善胰岛素抵抗等多方面发挥对代谢相关脂肪性肝病的治疗作用,为绞股蓝抗代谢相关脂肪性肝病的开发和应用提供思路和理论依据。     

桂枝-柴胡治疗慢性心衰伴抑郁的网络药理学研究

目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P＜0.05且靶点基因富集度＞10％)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P＜0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.     

基于系统药理学的麻黄细辛附子汤治疗缓慢型心律失常的作用机制研究＊

目的 基于系统药理学方法探究麻黄细辛附子汤治疗缓慢型心律失常的作用机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和PharmMapper数据库筛选出麻黄细辛附子汤的有效成分和作用靶点,并构建成分—靶点网络,然后利用OMIM、GeneCards、CTD数据库筛选缓慢型心律失常的相关靶点,通过Draw Venn Diagram网站进行交集比对,获取麻黄细辛附子汤作用于缓慢型心律失常的相关靶点;然后利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用Cytoscape进行网络靶点特性分析,并在 Systemsdock 数据库进行系统分子对接。结果 筛选出了51个满足条件的药物有效成分及其263个作用靶点,566个缓慢型心律失常相关的疾病靶点,交集靶点共14个。GO分析得到63个相关生物过程,6项分子功能,10类细胞组成;KEGG 通路富集筛选得到5条重要的信号通路;各分子与靶点之间有较好的结合活性。结论 麻黄细辛附子汤可能是通过唾腺分泌、心肌细胞的肾上腺素能、cGMP-pkg信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路来发挥对缓慢型心律失常的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制。通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点。使用Cytoscape软件,构建"活性成分-靶点"网络图,利用STRING平台绘制PPI网络,使用MCODE插件进行蛋白聚类分析,利用DAVID数据库与ClueGO插件进行GO富集分析和KEGG通路分析,使用Autodock Vina和Pymol进行分子对接。最终得到血府逐瘀汤活性成分226个,对应靶点257个,心肌梗死相关靶点1 340个,药物与疾病的交集靶点109个。GO分析得到208个生物过程条目,38个分子功能条目,33个细胞成分条目;KEGG通路分析得到NF-κB信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等相关通路。分子对接结果显示,血府逐瘀汤治疗心肌梗死的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、豆甾醇、黄芩素与核心蛋白IL6,ALB,VEGFA,TNF,MAPK3,CASP3有较好的结合性。由此推测,血府逐瘀汤可能通过减少炎症反应,降低氧化应激,抑制细胞凋亡,促进血管新生,从而起到治疗心肌梗死的作用。