基于COI基因解析我国茶网蝽种群遗传多样性和遗传结构

茶网蝽(Stephanitis chinensis)是我国西南茶区的重要害虫，近年有入侵成灾事件发生。为解析茶网蝽的生态适应机制和成灾规律，测定了茶网蝽12个种群共240头成虫COI基因序列，利用Dna SP 6.12.03、Arlequin3.5.2.2、MEGA 7.0.26等软件进行了遗传分化程度、基因流(N_m)以及分子变异情况的分析。结果显示，茶网蝽12个地理种群的240条COI基因序列共包含75个变异位点和38个单倍型，其中仅Hap13是共享单倍型。茶网蝽总群体的单倍型多样性指数(H_d)为0.827 79，地理种群的H_d在0.00～0.85，总群体的遗传分化固定系数(F_ST)为0.864 26,N_m为0.039 87，表明我国茶网蝽群体遗传分化程度较高，基因交流较小。重庆城口、重庆巫溪、湖北恩施、湖北十堰、陕西汉中等5个种群相互之间遗传分化程度较低，基因交流频繁(F_ST<0.06,N_m>4.50)，其他种群对之间...     

云南青稞(裸大麦)品种亲缘关系的SSR标记研究

为了有效利用云南青稞(裸大麦)种质,用21对SSR引物研究了57份云南及15份国内外青稞(裸大麦)种质的亲缘关系.结果表明,(1)SSR标记共检测到176个等位基因,平均PIC值0.8491,MI值7.1167,H为0.3786,I值0.5584.说明72个青稞(裸大麦)种质之间具有丰富的遗传多样性.(2)品种间的基因分化系数(Gst)在0.0597～0.4339之间,平均为0.1917,每代迁移数(Nm)为2.1078,多样性顺序为:滇西南地区＞滇中温暖区＞滇西北冬作区＞滇西北春作区＞滇东北地区＞滇南地区＞青藏高原地区＞CIMMYT.(3)72个参试种质之间的遗传距离为0.102～0.866,平均0.4890, 8个测验品种与64个参试种质的平均遗传距离表现为:9号＞10号＞12号＞4号＞7号＞6号＞1号＞3号.(4)UPGMA聚类分析将72个参试的种质划分为13个遗传类群6个亚群.第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅻ类群约46.88%的云南种质没有与选定的测验品种聚在一起,67、68、69和71号与8个测验品种之间的遗传距离在0.51以上,这些种质对于开发新的青稞(裸大麦)杂交育种模式具有重要作用.(5)株高、穗粒数、千粒重、冬春性、品种来源等与聚类结果无明显关系.穗棱型被明显分开,二棱青稞(裸大麦)不与六棱聚在一起;约27.50%的四棱与二棱品种聚在一起,62.50%的四棱与六棱品种聚在一起.     

海南4个地区暹罗炭疽菌群体遗传结构分析

对分离自海南4个地区13种寄主植物上暹罗炭疽菌的ITS-CAL-GAPDH 3基因序列进行群体遗传结构分析。95条暹罗炭疽菌多基因序列可定义为16个单倍型,其中,单倍型H5为主要单倍型,分布于所有寄主植物。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内;病菌未经历过大规模的种群扩张过程。研究结果表明,暹罗炭疽菌种群具有丰富的遗传多样性。     

青稞种质资源遗传多样性分析与核心种质群体的构建

为有针对性地利用青稞种质资源,收集世界各地青稞种质资源共1 220份,利用95对SSR引物评估其遗传多样性与亲缘关系。结果表明,利用95对SSR引物总共检测到451个等位变异,平均每对引物4.74个,变化范围为1~19。1 220份青稞种质可被划分为A1和A2两个亚群,A1亚群有192份材料,主要为国外青稞种质;A2亚群有1 028份材料,主要为青藏高原地区种质;与A2亚群相比,A1亚群具有较高的遗传多样性和等位变异丰度。分子方差分析和遗传分化分析显示,A1和A2亚群间具有显著的群体分化,群体间遗传差异能解释17.29% 群体方差。构建的青稞核心种质群体包括300个材料,代表了原始群体约98.4%的遗传变异和94.7%以上的表型变异。     

青藏高原青稞耐寒种质资源基于SSR标记的遗传多样性及群体结构分析

为了解青藏高原青稞耐寒种质资源的遗传基础,利用SSR标记分析了来自青藏高原地区的71份青稞耐寒育种资源的遗传多样性和群体遗传结构。结果表明,利用从分布于大麦7个连锁群上的200对SSR引物中筛选的48对多态性引物,共检测到230个等位条带,变化范围为1~10个,平均每对SSR引物可检测到4.79个条带。多态性信息含量(PIC)变化范围为0.054 7~0.856 9,平均值为0.489 8。遗传相似系数(GS)的变化范围为0.469~0.924,平均值为0.745。经聚类分析,在GS约0.740处可将71份材料分为五大类,第51、43和14号品种分别聚为A、B和C类,第22、27、39和50号品种聚为D类,其余64个品种聚为E类,其中,第51号品种的穗长(3.8cm)、穗粒数(44.2粒)最低,第43号的单穗小穗数(90个)最高,但千粒重(35.6g)最低,第14号品种的生育期(86d)最短,但穗粒数(69.6粒)最多。此外,群体遗传结构分析表明,71份青稞资源材料可划分为2个亚群。     

基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_IS为正值(F_IS=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_ST较小(F_ST=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbcL)、704 bp(matK)和320 bp(psbH-trnA)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。     

青稞种质资源的SSR标记遗传多样性分析

为了明确青藏高原青稞种质资源的遗传多样性,并为青稞育种提供依据,利用分布于青稞14条染色体长、短臂上的14对SSR引物对来自青藏高原区域内西藏、青海、四川和云南的55份青稞材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,每个位点检测出的等位基因数为2～10个,共检测出总位点数48个,平均3.7个,各多态位点检测出基因型为1～21种,Nei’s基因多样性指数为0～0.4998,平均为0.2921,Shannon信息指数为0～0.6930,平均为0.4461,表明青藏高原青稞种质资源具有丰富的遗传多样性。不同生态区青稞材料在遗传上存在较大的差异,云南参试材料的Nei’s基因多样性指数最高,Shannon信息指数最低,是四个区域中遗传多样性最丰富的地区。聚类分析将材料分为五组,部分材料的来源与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性。     

大麦(青稞)品种苗期抗锈病鉴定与评价

大麦条锈病是我国青藏高原地区重要的气传真菌病害,能造成严重的产量损失。为明确现有主栽青稞(即裸大麦)品种的抗条锈病水平和为青稞抗病育种提供有效抗原材料,采用2个强毒性锈病菌菌株16360-1(云南)和2378 F2-10(西藏),苗期人工接种鉴定来源于青藏高原地区75个青稞育成品种和地方品种的抗条锈性。结果发现,对2个菌株均表现为抗性的育成品种20个,地方品种6个,占鉴定品种总数34.7%,其中高抗条锈病青稞育成品种16份,地方品种3份。本次筛选获得的高抗条锈病的青稞品种可为我国青稞抗病育种提供优良抗源亲本材料。     

高产优质青稞新品种-康青6号

青稞(裸大麦)是青藏高原最重要的农作物,是藏族农牧民的特需主粮。青藏高原生态区海拔高,气温低,以一年一熟的春播青稞为主。农业生产上历来耕作粗放,投入少,单产低,2005年青稞平均产量2 445 kg/ha。为解决藏区人民的基本生活口粮,青稞生产的发展受到党和国家的高度重视。康青6     

青稞籽粒淀粉含量的差异

为筛选特色淀粉青稞材料,采用双波长法测定和分析了来自西藏、青海、甘肃、四川、国外的栽培青稞以及野生裸大麦共469个青稞材料的直链和支链淀粉含量。结果表明,这些青稞材料的直链淀粉含量平均为24.65%,变异范围为4.09%（昆仑8号）~39.72%（长芒红四棱）,其中西藏材料最高（26.87%）,甘肃材料最低（21.23%）;支链淀粉含量平均为31.76%,变异范围为15.24%（康青1号）~60.09%（喜玛拉雅2号）,其中野生裸大麦最高（35.51%）,西藏材料最低（30.17%）;总淀粉含量平均为56.00%,变异范围为31.28%（阿青5号）~74.41%（阿里当地青稞）,以野生裸大麦最高（58.11%）,青海材料最低（54.19%）。根据淀粉含量分布特征将不同来源青稞材料间直、支链及总淀粉含量都分成4个级别,这些青稞材料的直链淀粉含量主要分布在第3级,支链和总淀粉含量主要分布在第2级。从中筛选出18份具有特殊淀粉含量的青稞材料,可用于专用青稞的培育。     

IT-ISJ标记及其在大麦遗传多样性研究中的应用

本研究首次利用一种新的分子标记IT-ISJ(Intron-targeted intron-exon splice junction,内含子-外显子拼接位点)对34份来自中国青藏高原、欧洲和北美的栽培青稞品种(系)进行了多态性分析。结果表明:20对引物组合共扩增出87条条带,平均每对引物组合4.35条条带。其中81条具有多态性,多态性条带为93.10%。共扩增出134个等位变异,变幅为2～11个,平均每个引物对检测到6.7个。34份材料间的遗传相似系数(GS)变幅在0.437～0.931之间,平均为0.743±0.094。材料间平均遗传距离较低,仅为0.257,遗传多样性在0.2509～0.8460之间,平均为0.59。本结果表明IT-ISJ标记能有效用于大麦遗传多样性分析、品种鉴定,遗传图谱构建及分子标记辅助选择育种中。因此,大麦育种者在杂交育种中应广泛发现和挖掘优异青稞资源,扩大青稞种质的遗传基础,提高青稞育种效率。     

康青7号选育报告

青稞(裸大麦)是青藏高原最重要的农作物,是藏族农牧民的特需主粮.甘孜州,青稞单产较低,从1985年的2155.5kg/hm2到2005年的2529kg/hm2,在20余年间,产量仅增加375kg/hm2.……     

脂肪酸去饱和酶FAD3蛋白特征及其在大豆中的遗传演化分析

微体ω-3脂肪酸去饱和酶(Fatty Acid Desaturase 3,FAD3)是植物种子α-亚麻酸生物合成的关键酶。尽管很多FAD3基因被分离和鉴定，植物FAD3蛋白结构特征及遗传演化研究较少。为了探究脂肪酸去饱和酶FAD3蛋白特征及其在大豆中的遗传演化情况，本研究分析了37个物种(包括33种植物、2种蓝藻和2种真菌)的51个FAD3蛋白的序列特征和进化关系，并分析了大豆3个GmFAD3(GmFAD3A、GmFAD3B和GmFAD3C)基因在598份材料中的单倍型及其编码蛋白构象。结果发现，植物FAD3蛋白序列和结构较为保守，其进化关系与植物分化进程一致。GmFAD3A、GmFAD3B和GmFAD3C分别包含14,4和4种单倍型。GmFAD3A-1(Hap1/2)在各大豆种植区域均有分布，Hap3/4/5除华南和西北地区外，其他地区均有分布。虽然GmFAD3A-1(Hap1/2/4)和GmFAD3A-1(Hap3/5)编码蛋白构象差异较大，但可能与地理分布并无关联。而GmFAD3A-2(Hap1～5)编码蛋白构象基本相同，表明GmFAD3A-2可能并未受到选择。GmFAD3B(H...     

甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性分析

为了解甘肃陇南地区小麦条锈菌群体的遗传多样性,采用TP-M13-SSR荧光标记技术,对该地区8个种群202个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。结果表明,甘肃陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性比较丰富。在物种水平上,观察等位基因数(Na)为1.88,有效等位基因数(Ne)为1.50,Nei’s基因多样性指数(H)为0.30,Shannon信息指数(I)为0.46,多态位点百分率(P)为87.5%;种群之间遗传多样性有显著差异。中梁种群、秦安种群的遗传多样性相对较高,武都种群、文县种群、齐寿种群和平南种群次之,礼县种群、西和种群遗传多样性相对较低。AMOVA分析结果表明,小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的4.05%,群体内遗传变异占95.05%。     

优质高产青稞新品种"康青7号"

青稞(裸大麦)是青藏高原最重要的农作物,是藏族农牧民的特需主粮。该生态区海拔高,气温低,以一年一熟的春播青稞为主。农业生产历来耕作粗放,投入少,单产低,2005年青稞平均2 445 kg/hm2。优质高产食用青稞新品种康青7号是甘孜州农科所继康青3号、康青6号之后选育成功的又一新品     

青稞籽粒长和宽的差异性

为了解青稞籽粒长、宽在品种(系)间的差异,以来自国内外的214份青稞品种(系)为材料,对粒长、粒宽进行鉴定分析。结果表明,青稞粒长、粒宽在品种(系)间均存在显著差异。粒长的变异范围为4.125～8.117 mm,平均值6.075 mm,总变异系数10.906%;籽粒较长的材料有北青2号(青海海北)、长芒裸大麦(云南昆明)、白青稞(西藏隆子)、山青7号(西藏山南)和喜马拉4号(西藏仁布),以喜马拉4号最长;籽粒较短的材料有湟中六棱青稞(青海湟中)、扎骨(西藏左贡)、褐青稞(青海)、米大麦(云南晋宁)和米如红(西藏南木林),以湟中六棱青稞最短。粒宽变异范围为1.670～3.553 mm,平均值2.596 mm,总变异系数13.721%;籽粒较窄材料有米如红(西藏南木林)、白青稞(西藏昌都)、丹巴黑青稞(四川丹巴)、冬207(西藏拉萨)和白青稞(西藏隆子),其中最窄品种为米如红;较宽材料为Bang-Iu(墨西哥)、紫青稞(西藏穷结)、繁29(青海)和喜马拉6号(西藏日喀则),最宽材料为喜马拉6号。从材料来源看,青稞粒长在不同地区间也差异显著,但粒宽差异不显著;甘肃材料的粒长平均值最大(6.2...     

浙江省裸大麦地方品种遗传多样性分析

为给保存和开发利用大麦地方品种资源提供参考信息,采用1个Nud基因特异标记和28对SSR标记,以23份浙江省皮大麦地方品种及江苏省的1份裸大麦和1份皮大麦地方品种作为参照,研究了66份浙江省裸大麦地方品种的遗传多样性。结果表明,所有检测的裸大麦地方品种在Nud基因位点都存在17kb的片段缺失,表明浙江省裸大麦地方品种裸粒性状是单一起源的。28对SSR引物共检测到91个等位基因,其中17个等位基因为裸大麦特有,3个等位基因为皮大麦特有。裸大麦的平均等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数、Nei’s基因多样性指数和多态性信息含量均高于皮大麦,表明浙江省裸大麦地方品种的遗传多样性比皮大麦地方品种更为丰富。聚类分析将裸大麦和皮大麦分别聚为1大类,表明浙江省裸大麦地方品种和皮大麦地方品种的遗传差异较大,而裸大麦又可分为3小类,但它们与品种地理来源无任何联系。     

南繁区稻瘟病菌遗传多样性和群体遗传结构的AFLP分析

【目的】为了明确南繁区稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)的遗传分化情况,【方法】采用AFLP分子标记技术对南繁核心区(三亚、乐东和保亭)和非核心区(琼中、屯昌和定安)共60个稻瘟病菌菌株的遗传多样性和群体遗传结构进行了比较分析。【结果】聚类分析表明,几乎所有菌株都聚在同一个谱系里,并且该谱系没有明显的亚群;群体遗传结构分析表明,核心区群体的多态性位点百分率、Shannon信息指数和基因流分别为87.89%、0.2738和4.2897,高于非核心区群体的81.37%、0.2703和3.5892;然而,核心区群体的Nei基因多样性指数和基因分化系数分别为0.1657和0.1044,低于非核心区群体的0.1662和0.1223。【结论】这些结果表明核心区和非核心区菌株都存在丰富的遗传多样性,不同群体间均存在较多的基因交流,但遗传变异均主要来自群体内;相比之下,核心区菌株的遗传多样性和遗传分化程度较高。     

云南哈尼梯田当前栽培水稻遗传多样性及群体结构分析

利用118对SSR分子标记对2012年云南哈尼梯田的47份水稻材料进行多态性检测,分析其遗传多样性,并利用Structure 2.3.4软件进行群体结构分析。结果显示,118对SSR标记共检测到255个等位变异,变幅为2~4个,平均每个标记2.161个。基因多样性指数变异范围为0.043~0.656,平均0.303。多态信息含量(PIC)变异范围为0.042~0.583,平均0.256。其中高度多态位点(PIC0.5)有2个,中度多态位点(0.25PIC0.5)有66个;通过遗传相似系数及基于数学模型的群体结构分析均将供试材料分为偏籼和偏粳2个类群;聚类结果和海拔高度总体上没有明显规律,但偏籼类群中的偏籼红米亚群按海拔高低分别聚在一起。研究表明,云南哈尼梯田现有栽培水稻以偏籼水稻为主,但本研究估测的遗传多样性低于前人报道。     

北美温带玉米杂交种选系的遗传多样性研究

利用SSR标记对北美温带玉米杂交种选育的24个自交系和我国生产应用的10类骨干代表系进行遗传多样性评价。结果表明,54对SSR引物在48份玉米自交系间共检测到290个等位基因变异,每对引物检测出3~9个等位基因,平均为5.4个。每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0.29~0.86之间,平均为0.70。标记索引系数(MI)变化范围0.86~7.45,平均为3.86。供试北美温带选系和其他类群的玉米种质均具有较丰富的遗传多样性。3个杂交种选系的遗传相似系数中3号选系最小(0.776),说明3号较其余两个杂交种选系的遗传差异大。根据SSR标记聚类分析、主坐标分析和遗传进化分析结果表明,北美温带选系和其他种质的48份玉米自交系划分为6大类群,分类结果与系谱来源基本一致。