柱花草SRAP-PCR体系优化及其遗传多样性分析

以热研2号、热研13号柱花草为试验材料,对影响SRAP标记PCR反应的模板、Mg²⁺、dNTPs、酶及引物浓度进行了优化,建立了适合于柱花草SRAP标记的扩增体系。反应体系具体为:模板DNA 40 ng, Mg²⁺ 2.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq酶1.0 U,引物0.3 μmol/L,反应总体积为25 μL。采用优化的扩增体系,对9份柱花草种质材料进行了遗传多样性分析。从48对SRAP引物中筛选出14对扩增清晰且多态性高的引物,共扩增出154条谱带, 其中有150条多态性谱带。多态性比率(PPB)达97.36%。应用NTSYSpc 2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数(GS),结果表明这些材料间的遗传相似系数的变化范围为0.386~0.882,平均遗传相似系数为0.631,平均遗传距离(GD)为0.369。通过UPGMA分子系统聚类法,将9份柱花草种质分为3个类群,有钩柱花草是第Ⅰ类,西卡柱花草是第Ⅱ类,热研5号、热研10号、热研13号、白花库克、热研2号、格拉姆、Tardio为第Ⅲ类。从遗传聚类图可以很明确地看出9份种源间的遗传距离及亲缘关系。对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性。     

不同产地麦冬遗传多样性的SRAP分析

本研究使用SRAP分子标记技术对48份不同产地的麦冬进行遗传多样性分析,筛选出11对有效引物组合。11对引物组合共扩增出621条清晰、可辨认条带,平均每对引物扩增出56.45条带纹,多态性条带为621条,多态性位点百分率为100%,遗传相似系数（GS）范围为 0.058 4～0.936 7,平均为0.497 5,说明供试材料具有丰富的遗传多样性。对所有材料聚类分析发现,在遗传距离0.81处可将材料分为六大类群,部分来自同一地理位置的材料可聚为一类     

冰草属植物种质资源遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记对来自国内外的33份冰草材料的遗传多样性进行了检测。从93条ISSR引物中共筛出11条能扩增出清晰条带并具有多态性的引物,33个样品DNA共获得84个扩增位点,其中多态性位点59个,平均每个引物扩增位点为7.64个。品种间遗传相似系数在0.083～0.706,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,33份材料划分为4类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

海南岛红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

分别利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR标记和18对SRAP标记对海南岛69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425个多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC)值为0.928,可鉴别的种质资源数25～67份；18对SRAP引物共检测到894个多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC)值为0.936,可区分的种质资源数为17～63份。综合各项指标利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。同时该DNA指纹图谱还可为下一步红毛丹种质资源鉴定、利用、品种权保护和分子育种等提供了理论依据。     

豌豆属种质资源遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记技术对来自国内外的73份豌豆材料进行遗传多样性分析,结果表明,100个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,73份材料DNA共扩增出91条条带,其中78条为多态性条带,平均每个引物扩增的条带数为8.2条,多态性比率为86.4%。Shannon多样性指数平均为0.420 2,每个位点的有效等位基因数为1.451 8,品种间遗传相似系数变幅为0.406 5～0.934 0,表现出丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.52为界限,73份材料划分为5类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

杨梅种质资源遗传多样性分析

摘要：利用SRAP标记技术对66 份杨梅种质资源进行遗传多样性分析。从64对SRAP引物组合中筛选出57对多态性较好,扩增清晰的引物组合,共扩增出431条带,其中213条具有多态性,多态性占49.4%。采用NTSYS-pc 2.0分析软件对数据进行UPGMA聚类分析,结果表明66份杨梅种质间的遗传相似系数在0.59～0.85。在相似系数0.618处可划分为3大类：分别代表福建杨梅、浙江杨梅和江苏杨梅,地理来源相近的品种相对聚合,少数浙江品种与江苏品种间出现交叉聚类。SRAP分子标记的聚类分析揭示了杨梅品种间亲缘关系与地理分布以及来源相关。     

利用SRAP标记研究紫花苜蓿和黄花苜蓿种质资源遗传多样性

利用SRAP分子标记对31份苜蓿材料遗传多样性进行研究,探究不同地域来源的苜蓿种质的遗传变异和亲缘关系。筛选出24对引物,经PCR扩增后获得320条片段,其中多态性片段有287条,每对引物组合均能扩增出7～17多态性条带,平均为11.96条多态性条带;采用类平均法(UPGMA)Nei氏遗传距离进行聚类,将31份苜蓿材料聚成5类,但个别同一地域来源的苜蓿品种被归到不同的类型中,表明试供苜蓿材料具有较高的异质性。     

扁穗牛鞭草种质遗传多样性的ISSR分析

用ISSR标记对来自中国西南地区(四川、重庆、贵州)的28份扁穗牛鞭草材料的遗传多样性进行了检测。从96个ISSR引物中共筛选出13个多态性明显、反应稳定的引物。28份材料的DNA共扩增出129条谱带,平均每个引物扩增出9.9条带,多态性条带比率达84.2%。材料间遗传相似系数为0.466~0.980,表现出丰富的遗传多样性。通过聚类分析和主成分分析,将28份扁穗牛鞭草分为两大类,同一地区的扁穗牛鞭草品种(系)基本聚在同一类,呈现出一定的地域性分布规律。     

60Coγ辐射柱花草M3代的农艺性状及遗传多样性分析

为了探究辐射对柱花草（Stylosanthes spp.） M₃代农艺性状的影响及分子标记辅助诱变育种技术,利用经⁶⁰Coγ射线辐射诱变后的柱花草种子,种植后经过连续2代的单株选择筛选到17份性状优良的M₂代柱花草种子,种植成为M₃代后,对17份柱花草测定其株高、冠径、分枝数、第一分支长、病害级数、开花期、单株干重,并进行DNA保守序列多态性（Conserved DNA-derived polymorphism,CDDP）和相关序列扩增多态性（Sequence related amplified polymorphism,SRAP）的遗传多样性分析。运用NTSYS-pc 2.1软件计算17份柱花草的遗传相似系数,17条CDDP引物以及26对SRAP引物分别扩增出92条和177条带,其中多态性条带数分别为66条和111条,多态性比率分别为71.7%和62.7%,特异性条带各为13条和29条,特异性比率分别为14.1%和16.4%,种质间的遗传相似系数（GS）范围为0.54~0.90和0.60~0.94,平均遗传相似系数为0.76和0.79。按照非加权配对算术平均法基于CDDP标记和SRAP标记联合作17份柱花草的聚类图,在遗传相似系数为0.82时可将17份柱花草分成7个类群,聚类结果与农艺性状统计结果基本一致。本研究为今后辐射诱变柱花草育种提供一定的参考依据。     

不同产地白三叶种质遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术,对不同产地的41份白三叶材料进行遗传多样性分析,筛选出20对随机引物组合,获得以下结果:1)20对随机引物组合共扩增出479条清晰可辨的条带,每对引物组合PCR扩增出13～44条带纹,平均为23.95条,多态性条带411条,多态性位点百分率(PPB)占85.16%,多态性信息含量(PIC)范围为0.182～0.334,平均为0.268,表明供试白三叶种质具有丰富的遗传多样性;2)材料间遗传相似系数(GS)范围为0.5866~0.9896,平均GS值为0.7307;表明供试白三叶种质在分子水平具有相对较远的亲缘关系;3)对所有材料进行聚类分析和主成分分析发现,在GS=0.71的水平上,可将41份白三叶材料分成3大类,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料能聚为一类,呈现出一定的生态地理环境分布规律。     

22份果桑种质亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记对22份果桑种质进行了基因组多态性分析,从20对引物中筛选出6对用于这些果桑种质的SSR扩增。结果是共扩增出60条DNA条带,其中A10引物多态性最好,有40条多态性带。单条引物扩增的条带数量范围为1～40条,平均10条。扩增产物长度分布在500～2 000 bp之前,大多集中在500～1 500 bp。利用VISIONWORKS软件进行Jaccard相似性系数分析,并通过非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析,建立亲缘关系图。22份果桑种质资源的遗传相似系数为0.25～0.68,其中种质8-奶油蜜和23-桂椹92L38遗传相似系数最大,为0.68;1-珍珠白和12-桂花蜜遗传相似系数最小,为0.25。在NG法测定下,在遗传相似系数为0.58处,22份果桑种质亲缘关系分为两个大类群。     

野生马蹄金种质遗传多样性的SRAP研究

为评价野生马蹄金种质的遗传多样性,从80对SRAP引物中筛选出19对多态性高、稳定性好的引物,用于研究21份马蹄金材料,获得如下结果:1)19对引物共扩增出212条带,平均每对引物扩增出11.1条,其中多态性条带156条,平均每对引物8.2条,多态率为73.58%。材料间遗传相似系数变化范围为0.444~0.980,平均值为0.711 2。结果表明,供试马蹄金材料具有较为丰富的遗传多样性。2)对所有材料的聚类分析发现,在GS值为0.78处所有供试材料可聚为3个类群,大部分来源地相同或生态环境相似的材料聚为一类,表明供试材料的聚类和生态地理环境具有一定的相关性。     

贵州野生枇杷资源遗传多样性的ISSR分析

本文采用ISSR标记，构建了贵州39份野生枇杷种质的DNA指纹图谱，并对其遗传多样性进行了评价。结果表明，以筛选出的15条引物进行PCR扩增，获得清晰、重复性好的谱带125条，其中多态性谱带108条，多态性比例为86.4%；应用引物815、825和841的组合，构建了39份枇杷种质的ISSR指纹图谱，可以有效区分所有供试材料；15条引物的谱带数据聚类分析表明，供试种质的遗传相似性系数为0.40~0.98，在相似性系数为0.70时，可将供试种质分成五大类。聚类结果与种质表型相关，与地理分布的相关性不明显。     

野生马蹄金种质遗传多样性的SRAP研究

为评价野生马蹄金种质的遗传多样性,从80对SRAP引物中筛选出19对多态性高、稳定性好的引物,用于研究21份马蹄金材料,获得如下结果:1)19对引物共扩增出212条带,平均每对引物扩增出11.1条,其中多态性条带156条,平均每对引物8.2条,多态率为73.58%。材料间遗传相似系数变化范围为0.444~0.980,平均值为0.7112。结果表明,供试马蹄金材料具有较为丰富的遗传多样性。2)对所有材料的聚类分析发现,在GS值为0.78处所有供试材料可聚为3个类群,大部分来源地相同或生态环境相似的材料聚为一类,表明供试材料的聚类和生态地理环境具有一定的相关性。     

利用ISSR标记对93份广东桑桑树种质资源的遗传多样性分析

应用ISSR分子标记技术分析广东桑(Morus atropurpurea Roxb.)桑树种质资源的遗传多样性,为桑树种质资源保存、鉴定及新品种选育提供基础依据。以13个ISSR引物从93份广东桑桑树种质材料的基因组DNA中共扩增出128条带,其中多态性条带94条,多态性比率为73.44%,表明供试的广东桑桑树种质材料间存在丰富的遗传多样性。93份广东桑桑树种质材料间的遗传相似系数为0.585 9～0.937 5,平均为0.761 7。基于供试种质材料间的遗传相似系数,采用UPGMA法对93份广东桑桑树种质材料的遗传关系进行聚类分析,93份种质材料在遗传相似系数0.664处被划分为6个组群,在遗传相似系数0.685处,第Ⅲ、Ⅳ、Ⅵ组群分别被分成2个亚组。研究结果显示,供试广东桑桑树种质材料的亲缘关系与地理分布、花性等存在关联。     

基于SRAP标记的海雀稗遗传多样性及群体结构分析

采用SRAP标记对来自不同国家的49份海雀稗(Paspalum vaginatum)种质资源遗传多样性进行分析,探讨其群体结构及种质间亲缘关系,为海雀稗种质的开发利用奠定基础.结果表明:从100对引物中共筛选出20对扩增稳定、多态性好的SRAP引物,对49份种质进行PCR扩增,共扩增出169条带,其中多态性条带为118条,多态性位点百分率为69.8％.49份海雀稗种质间遗传相似系数为0.52?0.88,平均值为0.67,表明供试海雀稗种质间存在较大遗传差异.采用UPGMA聚类分析、主成分分析、群体结构分析对49份海雀稗种质进行划分,基本都分为2类,且44份材料在3种方法下均表现为较一致的分类,5份材料表现出一定程度的变异,表明此研究结果反映的种质亲缘关系基本稳定,可用于育种应用.     

基于SRAP标记的海雀稗遗传多样性及群体结构分析

采用SRAP标记对来自不同国家的49份海雀稗(Paspalum vaginatum)种质资源遗传多样性进行分析,探讨其群体结构及种质间亲缘关系,为海雀稗种质的开发利用奠定基础。结果表明:从100对引物中共筛选出20对扩增稳定、多态性好的SRAP引物,对49份种质进行PCR扩增,共扩增出169条带,其中多态性条带为118条,多态性位点百分率为69.8%。49份海雀稗种质间遗传相似系数为0.52~0.88,平均值为0.67,表明供试海雀稗种质间存在较大遗传差异。采用UPGMA聚类分析、主成分分析、群体结构分析对49份海雀稗种质进行划分,基本都分为2类,且44份材料在3种方法下均表现为较一致的分类,5份材料表现出一定程度的变异,表明此研究结果反映的种质亲缘关系基本稳定,可用于育种应用。     

20个黑麦草品系的SRAP遗传多样性分析

利用SRAP分子标记技术对20个黑麦草品系的遗传多样性进行了分析。结果发现,53个引物组合共扩增出765条带,其中多态性带共597条,多态性比率为78.95%。平均每对引物扩增出的带数和多态性条带数分别为14.4和11.2条。各黑麦草品系间的遗传相似系数在0.485～0.727,平均为0.627。从UPGMA聚类分析的结果来看,以阈值0.63可将这20个品系分为4类。2个多花黑麦草品系并不聚在一类,而是分散在18个多年生黑麦草品系中。另外,UPGMA聚类结果与这些品系的来源基本一致,这说明SRAP标记适用于黑麦草品系间的遗传多样性研究。     

基于SSR分子标记的鸭茅指纹图谱构建及遗传多样性分析

为分析鉴定鸭茅野生材料,本研究利用23对SSR引物对9份鸭茅材料进行扩增,共扩增出98条清晰可辨条带,其中78条多态性条带,多态性百分率为79. 6%。9份鸭茅材料间的遗传相似系数范围为0. 385～0. 871。最大的相似系数出现在野生材料"中谷"与野生栽培驯化品种"滇北"之间,表明野生材料中存在较高的遗传多样性。通过引物EST-SSR750构建9个鸭茅材料的指纹图谱中,野生鸭茅材料006、007具有明显的特异性条带,表明引物EST-SSR750可作为野生鸭茅材料006、007的特定鉴定引物。     

偃麦草种质资源遗传多样性的RAPD分析

通过对DNA提取方法及RAPD反应体系进行探讨,建立了适应偃麦草基因组DNA提取的方法及优化的RAPD反应体系。在此基础上,依据Jaccard相似系数,采用UPGMA方法进行聚类,判定32份偃麦草种质材料间的亲缘关系及遗传多样性。结果表明:(1)改良常规CTAB法,即对样品先进行洗涤并提高CTAB含量到3%可提高偃麦草DNA的提取质量。(2)对100条随机引物进行筛选,共筛选出18条多态性高、重复性好的随机引物,以此对32份材料进行PCR扩增,共扩增出264条带,多态性条带为93.7%。(3)以遗传相似系数为依据,对32份偃麦草材料进行聚类分析,在相似系数为0.373处可将供试偃麦草种质资源划分为5大类群。