利用EST-SSR标记研究适制绿茶与乌龙茶品种的遗传多样性与遗传结构

基于26个EST-SSR标记研究了31份适制绿茶和37份适制乌龙茶品种的遗传多样性差异,结果表明两类品种在23个EST-SSR位点上的等位变异数目相等,另3个位点各存在一个等位位点的差异。乌龙茶品种遗传多样性指数（H）、多态性信息含量（PIC）和平均遗传距离(GD)均略高于绿茶品种。基于数学模型的聚类分析将供试品种分为两个亚类群,亚群A中67.9%的品种为乌龙茶适制品种;亚群B中71.0%的供试绿茶品种聚类其中。基于Nei’s遗传距离的聚类分析将供试品种分为3个类群,其中类群Ⅰ和Ⅱ中以乌龙茶品种为主,分别占聚类品种数的69.6%和66.7%;而类群Ⅲ中61.3%的供试绿茶品种聚类其中。多数品种按适制类型聚类,说明绿茶和乌龙茶品种间的遗传结构存在差异。但也有部分品种在不同的群体结构中呈穿插分布,推测与其适制类型划分的恰当性、地理来源和遗传背景有关。     

基于EST-SSR的福云（半）同胞系茶树品种（系）遗传多样性和亲缘关系分析

利用EST-SSR标记对以福鼎大白茶或云南大叶茶品种为亲本选育的40个品种（系）或衍生品种（系）的亲缘关系和遗传背景进行了分析评估。28对引物在40个供试品种间共检测到99个等位位点,每对引物为2~6个,平均3.54个;遗传多态性信息量(PIC)在0.13~0.79之间,平均值为0.59;期望杂合度（He）在0.08~0.84之间,平均值为0.58;观测杂合度(Ho)在0.10~1.00之间,平均值为0.71;Shannon指数平均为1.14。按相似系数为0.55可将参试的40个品种分为四大类。研究结果发现以云南大叶茶为母本的茶树品种比福鼎大白茶为母本的品种遗传多样性更高。     

南方主要两系不育系遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析水稻两系不育系遗传多样性和构建指纹图谱,可为两系不育系选育与组合选配、品种真实性和纯度鉴定提供理论依据。以目前中国南方广泛应用的11个水稻两系不育系为研究材料,利用分布于水稻12条染色体上的48对SSR引物,结合荧光毛细管电泳检测方法,进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,48对SSR引物在供试材料中共扩增出122个多态性片段,平均每对引物可检测出2.54个等位基因,平均PIC值为0.412,平均有效等位基因数为1.96;11个不育系间的遗传相似系数变幅为0.45～0.93,平均为0.64,遗传背景趋同,亲缘关系较近;以遗传相似系数0.58为阈值,将供试不育系分为3个群:株1S及其衍生系聚为Ⅰ群,广占63S单独为Ⅱ群,其他不育系聚为Ⅲ群。选用12对多态性较高的SSR引物构建的指纹图谱能区分11个两系不育系。     

利用SSR标记分析玉米P-162近缘系的遗传多样性

利用SSR标记技术分析47个玉米P-162近缘系的亲缘关系及遗传多样性,研究P-162自交系的亲缘关系。结果表明,22对多态性较好的随机引物中共检测到154个等基因变异,每对引物检测到等位基因3~12个,平均7.48个。利用UPGMA聚类分析法将供试自交系划分为7类,47个玉米P-162近缘系材料之间具有一定的遗传差异,总体供试材料遗传基础相对较狭窄。     

小麦抗麦红吸浆虫品种遗传多样性的表型和SSR标记分析

为更深入地揭示小麦抗麦红吸浆虫品种（系）的遗传多样性,从而为进一步选育抗虫品种提供依据,在对田间虫圃1 562份小麦品种（系）损失率鉴定的基础上,取47份年度间鉴定抗性结果较为一致的材料,利用表型和SSR标记,进行遗传多样性分析。这些抗麦红吸浆虫品种农艺性状表现出较大的差异,表型聚类在遗传距离为0.68处将供试材料分为6个类群。19对SSR标记在47份不同抗性品种中检测到104个等位基因,能够将所有品种区分开来,每对引物可以检测到3～8个等位基因,平均5.47个。47个小麦品种间遗传距离为0.40～0.95,平均为0.71。SSR标记聚类分析在遗传距离为0.74处将供试材料分为6大类群。Mental测验结果表明,表型同基因型距离矩阵间存在显著正相关（r=0.76,P〈0.05）。抗虫品种晋麦65号单独聚为一类,同其余品种具有较远的亲缘关系,可作为新的抗源用于抗虫育种,并在吸浆虫发生地块推广种植。     

中国西南地区小麦品种（系）遗传多样性的SSR分析

为了给中国西南地区小麦新品种选育以及杂种优势研究提供依据,采用微卫星分子标记（SSR）对2005～2006年西南地区参加国家小麦区试及预试的33个小麦品种（系）进行了遗传多样性分析,筛选出24对扩增谱带稳定的引物,共检测到126个等位基因变异,每对引物检测等位基因3～11个,平均5．25个。33个品种（系）之间的遗传相似系数为0．373～0．794,平均为0．597。品种间遗传相似系数变幅较大,表明西南麦区小麦品种（系）间存在着不同程度的遗传多样性差异。用UPGMA法可将33个品种（系）分为6个类群,聚类结果在一定程度上反映了它们之间的亲缘关系。     

江华苦茶种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR标记分析了江华苦茶群体的遗传多样性和亲缘关系。10个多态性高、重复性好的ISSR引物在70个单株间共扩增出174条谱带,其中166条具有多态性,占95.40%,表明江华苦茶群体基因组DNA具有较高的多态性。供试单株间的平均Nei´s基因多态性（H）和Shannon信息指数（I）分别为0.382、0.558,表明材料间的遗传多样性较高。供试材料的相似系数介于0.44~0.84,平均为0.63。用UPGMA法进行聚类分析,共聚为6个类群,其中5个复合组,1个独立组。亲缘关系ISSR树状图在分子水平上显示了江华苦茶群体各单株间的亲缘关系,为江华苦茶种质资源的开发利用和保护提供了一定的参考依据。     

高牛鞭草（Hemarthria altissima）及其近缘种种质资源SCoT多样性分析

利用SCoT标记对来源于四大洲的46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源[包括36份高牛鞭草（Hemarthria altissima）、8份扁穗牛鞭草（Hemarthria compressa）及2份Hemarthria uncinata]的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。从48条SCoT引物中筛选出条带清晰、多态性好和重复性好的22条,对46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源进行扩增。结果表明：共获得597条带,多态性比率（PPB）为89.1％,平均每条引物扩增多态性条带24.3条,多态信息含量（PIC）范围为0.443~0.877,平均0.623。46份牛鞭草种质资源平均Nei's基因多样性指数为0.273,平均Shannon信息指数为0.486,表明46份牛鞭草种质资源具有丰富的遗传多样性。供试材料间的遗传相似系数介于0.611~0.943之间,聚类分析和主成分分析结果高度相似,基本将供试材料按牛鞭草种类及地理来源分为4大类,表明46份牛鞭草种质资源的遗传多样性与牛鞭草种类及其地理来源具有一定的相关性。可见,SCoT能用于牛鞭草种质资源遗传多样性研究,是一种有效的分子标记。本研究将有利于牛鞭草种质资源的收集及评价利用。     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。     

凤凰单丛茶树资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对48份凤凰单丛茶品种(系)进行了遗传多样性分析。选用10个多态性高、分辨力强的ISSR引物分别对供试材料基因组DNA进行扩增,共获得121个位点,其中多态位点带98个,多态位点比率(PPB)为81.0%。品种(系)之间的遗传相似系数变化范围在0.590 9~0.967 4之间。UPGMA聚类分析结果表明,在GS值为0.792的水平上供试材料可划分为7大类,其亲缘关系远近与地理来源关系不大且与香味类型没有必然的联系。     

基于SSR分子标记的龙井群体种的遗传多样性及遗传分化研究

利用48对SSR引物对来自龙井群体种的5个不同居群的91份材料进行了遗传多样性和遗传分化研究。结果表明,龙井群体有较高的遗传多样性水平,多态信息含量PIC在0.0567~0.7476之间,平均为0.4382,其中有16个位点属于高度多态位点,30个位点属于中度多态位点。哈迪-温伯格法则（Hardy-Weinberg）平衡检验结果表明,33.3%的位点符合Hardy-Weinberg平衡,66.7%的SSR位点不符合Hardy-Weinberg平衡。AMOVA分析表明,不同群体之间所贡献的变异百分比为3.45%,个体间的变异百分比为94.98%。龙井群体的遗传分化程度较低,个体间遗传分化系数FIT为0.0502,群体之间的遗传分化系数FST仅为0.0345。     

Genetic Diversity of Main Inbred Indica Rice Varieties Applied in Guangdong Province as Revealed by Molecular Marker

Genetic diversity of 299 inbred indica rice varieties, including 33 introduced varieties, applied in Guangdong Province of China were assessed using 20 ILP(intron length polymorphism) and 34 SSR(simple sequence repeat) markers. Totally, 154 loci were screened for the 299 varieties, with the average number of alleles(Na), rare alleles(Nr), and polymorphism information content(PIC) scored at 3.4, 0.7and 0.32, respectively. The Nei’s genetic distance(GD) was estimated ranging from 0 to 0.7529 with an average of 0.4797. There was no significant difference of Na, Nr, PIC or GDs between the introduced and local varieties. Neighbor-joining(NJ) analysis showed that the 299 varieties failed into three main distinct groups, and the 33 introduced varieties were distributed over all the groups or subgroups. Model-based cluster analysis demonstrated that only 73(24.4%) of the 299 varieties and 7(21.2%) of the 33 introduced varieties could be distinctly classified into the three groups. Analysis of molecular variance showed that within the groups divided by NJ analysis, the genetic variations revealed by ILP, SSR and these two combined were 7.7%, 5.6% and 6.6%, and within the groups divided by region(Guangdong local and the introduced varieties), the genetic variables were 2.1%, 4.6%, 5.4%, respectively. These results suggested that the genetic diversity of the 299 inbred rice varieties in Guangdong Province was low, simultaneously relationship among varieties was poor and close in all kind of groups. Hence, it is very necessary to extend the genetic diversity during the breeding and selection practical procedure.     

梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记。研究结果如下：（1）17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.764 7个等位基因;（2）从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;（3）六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数（A）、基因型数、基因多样性（H）、多态性信息含量（PIC）分别为4.647 1、7.000 0、0.675 4、0.628 3,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;（4）聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间。综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础。     

云南白莺山地区茶树遗传多样性研究

云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（H_E）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。     

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

乌龙茶种质资源种群遗传多样性AFLP评价

以银染法AFLP分子标记技术用5对引物组合对来自福建武夷山市、安溪县、台湾省和广东潮安县45份乌龙茶品种资源进行遗传多样性分析。结果表明,5对引物扩增出208条多态性条带,多态性为92.03%;最大遗传距离为0.481,最小遗传距离为0.124,种质资源间遗传多样性估值较高,达0.311。按照地理分布分组分析表明,种群内遗传多样性以武夷山最高,其次为安溪乌龙茶种质资源,以台湾的乌龙茶种质资源遗传多样性最小;种群间遗传相似性,以武夷山与安溪种群间最高,达0.9505,以台湾和潮安县类型间的相似性最低,相似性系数为0.77。构建的种间和种群间进化树表明,可将45份乌龙茶品种划分为二大类型,福建类型和广东潮安类型。结合种群间相似系数,提出乌龙茶种质资源与其加工工艺的演化路径是一致的,也是由武夷山向安溪再向台湾传播。     

糙柱花草遗传多样性SSR分析

为鉴定糙柱花草种质的遗传背景和亲缘关系,提高其利用效率,利用来自不同柱花草种中的16个SSR标记对14份糙柱花草种质进行遗传多样性和聚类分析。结果表明：在16个SSR标记中,10个SSR标记在14份糙柱花草种质间具有多态性。10个多态性SSR标记共检测到32个等位基因,每个标记可检测到2～8个等位基因,平均为3.20个;每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.191～0.796和0.173～0.769,平均为0.474和0.411。14份糙柱花草种质间的遗传相似系数为0.438～0.938,平均为0.733。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.74处,14份供试糙柱花草种质可明显被分为3类,其中III类中的CPI 93116柱花草与其他种质遗传关系较远。     

浙江开化县茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

收集了浙江省开化县的不同茶树种质资源,利用SSR标记对资源的遗传多样性及个体间的遗传关系进行评估,筛选适于分子鉴别的核心标记组合,并分析样本的亲缘关系。研究结果显示：（1）14个SSR标记在供试样本中具有多态性,每个SSR位点的等位基因数为3~6个,平均等位基因数为4.14个,平均有效等位位点数为2.927个;（2）14个SSR位点的基因分型组合能精确的识别出每份种质资源,基于复合位点分析,成功筛选出10个核心SSR位点作为简化的组合,以该组合检测本试验的36份种质资源,其PE-1和PE-3分别超过0.99,PE-2超过0.95;（3）基于UPGMA构建进化树,将36份样本分为3个类群,并通过亲缘分析初步推测样本组中5个组合可能存在亲子关系。研究表明开化的茶树种质资源具有区别于现有育成品种的遗传背景,遗传多样性丰富。     

我国常规稻主栽品种的遗传变异分析

 采用40个SSR标记,分析了329份我国近50年来常规稻主栽品种的遗传变异。结果显示,39个SSR标记具有多态性,在多态性位点共检测到223个等位基因,每个位点2～11个,平均57个;平均Nei基因多样性指数（He）为0632。籼粳亚种间的SSR变异差异明显,籼稻平均等位基因数（Na）和Nei基因多样性指数（Na = 54,He = 0440）均高于粳稻品种（Na = 44,He = 0397）。Nei遗传相似系数表明总体样本具有较小的遗传相似度（I = 0366）,而骨干亲本具有较高的遗传相似度（籼:I = 0590;粳:I = 0590）。这导致了籼粳亚种内较高的遗传一致性（籼:I = 0558;粳:I = 0600）。早、中、晚稻各类型遗传相似度差异明显,晚籼和早粳类型具有较高的遗传变异。籼粳稻品种尤其是粳稻的聚类结果显示出较强的季节型和地域特征。这些均提示育种家应选择更广泛的亲本源以拓宽选育品种的遗传基础。