3’末端碱基游移混合引物提高多变区基因片段PCR检测的阳性率

目的：通过使用3′末端碱基游移混合引物，减少引物末端错配，提高多变区基因片段的PCR检阅阳性率。方法：在HBV DNA P基因区设计一对检测阳性率相对较高的引物(原型引物)，在原型引物序列基础上将两根引物的3′末端分别截去1个或2个碱基，设计出两对参数与原型引物近似的突变引物。分别单独用原型引物和原型引物与突变引物组成的混合引物，在相同条件下对27份HBV DNA阳性标本行PCR，比较二者阳性率。用混合引物扩增4例拉米呋丁治疗无效患者血清HBV DNA，将扩增产物测序并评价3′末端错配对PCR的影响。结果：原型引物和混合引物检阅阳性率分别为70．4％(19／27)和85．2％(23／27)，两者差异非常显著(P＜0．05)。引物3′末端错配能导致PCR假阴性。结论：扩增保守性相对较差的基因片段，采用3′末端单个或多个碱基截短的引物，构成3′末端碱基游移混合引物，可以避免因3′末端错配产生的PCR假阴性，提高检测阳性率。     

一种新的HBV DNA rtA181T耐药突变检测方法

目的:通过巢式PCR及特异引物,建立一种新的乙肝病毒(HBV) DNA rtA181T耐药突变的PCR直接扩增检测方法?方法:巢式PCR方法第1轮扩增HBV DNA 逆转录酶rt活性域片段,第2轮PCR上游引物3′末端碱基设计为与HBV DNA rtA181T突变碱基相同的碱基,扩增出的目的基因片段,即为突变片段?利用该方法,本文检测了43例HBV DNA rtA181T变异标本,分析该方法检测的灵敏性;并比较分析低拷贝HBV DNA水平与高拷贝HBV DNA水平下,该方法与PCR-Sanger测序法检测HBV DNA rtA181T突变的一致性?结果:产物经测序证实,突变检测引物巢式PCR法能扩增出HBV DNA rtA181T耐药突变?在HBV DNA水平为24 U/?滋L?rtA181T突变株含量低至10%时,该方法仍能较好检测出rtA181T变异片段?对43例不同拷贝水平的HBV DNA rtA181T耐药变异临床标本检测显示,该方法检测灵敏性达100%,常规PCR-Sanger测序灵敏性为74%,差异有统计学意义(P < 0.05)?结论:基于巢式PCR及突变引物为基础的HBV DNA rtA181T耐药突变PCR直接检测法能较好地检测HBV DNA rtA181T耐药变异发生;对HBV DNA低拷贝水平下的rtA181T耐药变异检测,该方法灵敏性优于Sanger测序法,且有较好的特异性?这对早期发现HBV DNA耐药突变?及时更改抗HBV治疗策略具有重要临床指导意义?     

用一对错配引物进行的PCR／酶解法检测β-地中海贫血-28（A→G）突变

1989年Haliassos等首先报道用误配碱基引物PCR检测点突变。其基本原理是，一个引物3’末端紧邻突变点，3’末端或近3’末端引入一个错配碱基，介导突变产物在此产生某内切酶酶切序列，而正常模板的PCR产物无该酶切序列，另一引物不含错配碱基。问题是当内切酶用量太少或失活时，     

用一对错配引物进行的PCR/酶解法检测β-地中海贫血-28(A→G)突变

1989年Haliassos等首先报道用误配碱基引物PCR检测点突变。其基本原理是,一个引物3′末端紧邻突变点,3′末端或近3′末端引入一个错配碱基,介导突变产物在此产生某内切酶酶切序列,而正常模板的PCR产物无该酶切序列;另一引物不含错配碱基。问题是当内切酶用量太少或失活时,突变模板PCR产物不能彻底酶解或完全不被酶解,易造成判一断错误。为避免上述情况,保证检测结果准确可靠,作者研究设计了用一对错配引物检测点突变方案,并     

自建两轮PCR法对低载量HBV DNA S区基因的扩增及实验条件优化

目的 探究低载量HBV DNA S区基因扩增的可行性并对实验条件进行优化,为隐匿性HBV感染(OBI)患者HBV DNA S区基因突变检测提供依据.方法 采用传统巢式PCR和自建两轮PCR方法扩增6例低HBV DNA载量(100～200 IU/mL)和22例更低HBV DNA载量(20～99 IU/mL)的血清样本中HBV DNA S区基因,并对引物序列、引物量、PCR产物模板稀释倍数、退火温度、PCR反应循环数、PCR总反应体系等条件进行优化.PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,切割目的条带凝胶进行克隆测序,然后对克隆测序结果进行核酸序列BLAST比对确认.结果 设计3对巢式PCR引物(P1～P3),扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化后,6例低HBV DNA载量的血清样本中仅2例经巢式PCR扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,22例更低HBV DNA载量样本无一例扩增成功.自建两轮PCR法设计了P4～P15共12对引物,扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化并筛选出P13为最佳引物后,6例低HBV DNA载量的血清样本全部扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列;15例(15/22,68.18％)更低HBV DNA载量的样本扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,经PCR产物克隆测序均证实为HBV DNA S区基因,该15例样本中HBV DNA载量最低为20.1 IU/mL.结论 基于引物P13自建的两轮PCR法更适用于低载量HBV DNA S区基因的扩增,扩增效率和特异性均优于传统巢式PCR;扩增产物可进一步应用于OBI者HBV DNA S区基因序列突变分析.     

运用PCR直接测定基因组DNA序列法检出一种中国人中罕见的β-地中海贫血基因突变(简报)

借助PCR(聚合酶链反应)技术可直接测定人基因组DNA中特定基因片段的序列.用双脱氧末端终止法测定单链DNA(ss-DNA)序列比测定双链DNA(ds-DNA)序列效果好,故本实验建立用PCR产生ss-DNA,进而测定其序列以便检测β地中海贫血基因突变的方法.扩增的β珠蛋白基因片段从启动子5’端到第二内含子长615bp.所用引物序列:Ⅰ.5’GCCAAGGACAGGTACGGCT GT CATC 3’;Ⅱ.5’TGC AGC TTG TCA CAG TGC AGC TCA CT 3’.利用PCR产生ss-DNA的策略有两个.一是用引物Ⅰ和Ⅱ扩增出ds-DNA,经1.5％琼脂糖凝胶电泳分离.回收特异的ds-DNA;再以后者     

多重PCR检测HBV和HCV方法的建立

目的:建立可同时检测血清HBVDNA和HCVRNA的多重PCR。方法:利用已知的基因序列设计了对于不同亚型HBV保守的C基因区的一对引物HBV-P623及对于不同亚型HCV高度保守的位于5’端非编码区(5’-NCR)的两对引物HCV-P289和HCV-P174,扩增经基因释放剂(Genereleaser)处理的HBV和HCV阳性血清。结果:多重引物、逆转录套式PCR反应体系可同时扩增HBV DNA和HCV RNA,分别在623bp和174bp处出现特异DNA扩增带。该反应体系具有较高的特异和敏感性,受检血清中仅含有10fgHBV DNA和5CID HCV RNA即可检出。血清标本不需要提取核酸,可直接进行PCR。用此体系检测30例输血后病人血清,其中15例为HBV感染,8例为HCV感染,7例为阴性。结论:多重PCR检测HBV及HCV的方法具有简便性和实用性。     

HBV耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法的建立

目的：建立一种简便，准确，实用的乙型肝炎病毒（HBV）耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法。方法：根据已公布的HBV DNA序列，在HBV多聚酶基因区设计合成了两对寡核苷酸引物，其中一只为错配引物；应用巢式错配聚合酶链反应（PCR）特异性扩增含有HBV多聚酶基因YMDD基序的片段，扩增产物用限制性内切酶（NdeI)酶切，琼脂糖凝胶电泳，观察酶切后目的片段的限制性片段长度多态性（RFLP）图谱，部分标本进行DNA测序。结果：（1）所建立的巢式错配PCR－RFLP法，从DNA提取到酶切后电泳分析仅需要11小时，灵敏度高，可以检测到10^3copies/ml的HBV DNA；特异性强，结果准确，经DNA测序证实。（2）检测20例长期服用拉米夫定的慢性乙型肝炎患者的系列血清，发现YMDD变异者（45％）9例，YMDD野毒株者（55％）11例 ，表明该法可有效地鉴别HBV YMDD野毒株与变异株。结论：本实验所建立的用于检测HBV耐拉米夫定多聚酶基因变异的巢式错配PCRRFLP方法简单，敏感，特异，适用于一般实验室及大规模的人群调查。     

AS-PCR方法检测中国人群CYP2C19基因多态性

目的:建立一种快速、灵敏的细胞色素氧化酶P4502C19基因多态性检测方法。方法:分离外周血淋巴细胞基因组DNA,分别用一对等位基因特异性(allele-specific,AS)的反向引物与共用正向引物进行PCR扩增,通过电泳分析对应的PCR产物来判断CYP2C19基因型。在AS引物3′端倒数第三位或第二位引入错配碱基改进特异性。采用优化后方法对278例健康人进行CYP2C19基因型分析。结果:AS-PCR可检测CYP2C19基因多态性,引入第二个错配碱基可提高检测特异性。经直接测序验证结果完全一致。结论:建立和优化的AS-PCR方法适用于CYP2C19基因多态性快速检测。     

高保真酶特异性检测大鼠SNP基因型新方法

目的应用高保真酶(Pfu)和3’末端修饰引物在单管双向等位基因特异性扩增(SB-ASA)中区分SNP基因型,建立高保真酶特异性检测SNP基因型的新方法。方法选取近交系大鼠SNP位点,以RS8149053为例,设计两个外部引物和两个等位基因特异性引物,四引物3’末端进行硫代磷酸化修饰,应用高保真聚合酶(Pfu)进行特异性扩增,扩增结果测序验证其可靠性。结果在RS8149053 SNP位点(C/T)上,等位基因型CC扩增出179 bp目的片段,基因型TT扩增出597 bp目的片段,基因型不同则扩增出分子量不同的片段,目的条带测序结果与Rat Genome Database数据库基因型结果一致,高保真酶扩增结果稳定且特异性强。结论高保真酶等位基因特异性扩增技术能有效降低假阳性率,是一种快速、特异的SNP基因分型新方法。     

乙型肝炎病毒转基因小鼠中外源基因整合的检测

目的 :了解乙型肝炎病毒DNA序列在乙型肝炎病毒转基因小鼠中的整合情况。方法 :用头尾相接的乙型肝炎病毒全序列基因 ,通过原核显微注射法产生转基因小鼠 ,用C区特异性引物扩增鼠尾DNA检测整合 ,对其中 10只阳性鼠的扩增产物测序。结果 :12 8只仔鼠中 ,14只整合阳性。对 10只阳性鼠测序 ,9只与所转基因序列完全相同 ,1只在173 9、1740位缺失两个碱基。结论 :外源乙型肝炎病毒基因确实整合至小鼠基因组 ,多数为正常整合 ,但也存在缺失整合。     

环介导等温扩增法对乙肝病毒的快速检测和分型

目的针对乙肝病毒(HBV)不同亚型,建立环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,实现对HBV的快速检测及基因分型。方法分别设计HBV B、C、D三亚型基因组特征序列的LAMP引物,优化反应条件,建立特异灵敏的HBV亚型LAMP检测方法,并与Real-time PCR方法进行临床样本检测结果比对。结果 LAMP法在数十分钟内有效地检测出HBV的B、C、D三亚型;其中,HBV-B亚型的检出限为17拷贝;C亚型的检出限为25拷贝;D亚型的检出限为10拷贝。与Real-time PCR法相比,灵敏度提高1 000倍左右。结论 LAMP法可实现HBV的快速检测及分型,具有高特异度和高灵敏度,可用于临床检测诊断。     

肝癌中乙型肝炎病毒整合位点的研究

目的探讨乙型肝炎病毒（HBV）在肝细胞染色体上的整合规律及其在肝癌形成中的作用.方法以蛋白酶消化/酚抽提法,自40例乙肝相关性肝癌标本中抽提组织DNA.以肝癌组织DNA为模板,HBV X基因上游序列和人类基因组Alu重复序列为引物,多聚酶链反应法（PCR）扩增出HBV X基因及其侧翼的人基因组DNA片段.PCR产物割胶回收后以ABI公司3700测序仪进行全自动测序,所获结果经NCBI（national center for biotechnology information）BLAST及MapViewer检索确定HBV整合在染色体上的精确位置.结果在40例乙肝表面抗原阳性的肝癌组织中,有34例（85%）存在HBV整合现象.每份标本中的病毒整合拷贝数为1～5个不等,因此共获得了68个病毒整合位点.从病毒基因分析,整合可发生于X基因的任何长度,并不集中于通常认为的HBV DR1和DR2区,但在96%（65/68）的整合中,X基因均以截短形式插入宿主细胞DNA;从宿主基因分析,HBV偏好插入于基因的内含子和上游调控区,未见外显子中的插入.这些基因80%已被报道与肿瘤有关,它们的产物大多与细胞基本生存和死亡密切相关,可在各个细胞调控环节上促进肿瘤生成.十分有意义的是,在总共26个基因中即有3个基因（myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia 4,Gprotein alpha transducing activity polypeptide 1和fibronectin 1）发现被HBV重复整合.结论HBV在肝癌细胞染色体上的整合并不呈均衡分布,病毒对宿主细胞的＂插入诱变＂及整合子中持续表达的＂截短型X蛋白＂可能在病毒的致癌过程中起重要作用.     

不同分子生物学方法检测乙型肝炎病毒DNA的研究

目的：研究不同分子生物学方法检测乙型肝炎病毒（HBV）DNA的敏感性及影响因素。方法：用饱和酚抽提和血清蛋白变性后聚合酶链反应（PCR－1和PCR－2）检测48例慢性肝病患者的HBVDNA，并与分子斑点杂交法（Dot－H）检测结果进行比较。结果：Dot－H、PCR－1和PCR－2法对HBVDNA的检出率分别为70．83％、87．50％和91．67％，PCR－1和PCR－2中有17．02％表现为交叉阳性，慢性肝炎患者的检出率高于肝硬化患者，HBeAg阳性者高于其它HBV血清标志物（HBVm）阳性者。结论：PCR检测HBVDNA的敏感性高于Dot－H，所用PCR包含的多种引物可以提高HBVDNA的检出率。     

通用引物检测儿童血和脑脊液的6种疱疹类病毒

目的:通过PCR-RFLP、DNA克隆和测序分析来检测和区分6种疱疹类病毒,探讨其在临床上的应用价值.方法:在疱疹类病毒高度同源序列DNA多聚酶基因中设计两对通用引物,一对扩增单纯疱疹病毒1型和2型、爱泼斯坦-马尔病毒、人巨细胞病毒4种病毒,另一对扩增水痘-带状疱疹病毒和人类疱疹病毒6型2种病毒,经DNA PCR扩增,并对扩增产物进行分子克隆、序列分析后,选择BamHⅠ或BstUⅠ酶切扩增产物进行鉴别.最后,对临床38份脑脊液(CSF,临床诊断为病毒性脑炎的病例)和49份血标本(其中27份为确诊病例,22份为临床诊断病例)进行疱疹病毒的检测.结果:38份CSF标本中13份阳性(34.2%),27份确诊病例标本均阳性(100%),22份临床诊断病例标本16份阳性(72.7%).这些阳性标本通过BamHⅠ或BstUⅠ两种酶切后能明确系何种疱疹类病毒.68例正常健康儿童的血和9份非病毒感染的脑脊液标本6种疱疹类病毒DNA均为阴性.结论:聚合酶链反应加限制性内切酶片段长度多态性分析为疱疹类病毒感染的临床诊断提供了一种有效的手段.     

HBV耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法的建立

目的 建立一种简便，准确，实用的乙型肝炎病毒（HBV）耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法。方法 根据已公布的HBVDNA序列，在HBV多聚酶基因区设计并合成了两对寡核苷酸引物，其中一只为错配引物；应用巢式错配聚合酶链反应特异性扩增含有HBV多聚酶基因YMDD基序的片段，扩增产物用限制性内切酶（NdeⅠ）酶切，琼脂糖凝胶电泳，观察酶切后的目的片段限制性片段长度多态性（RFLP）图谱，部分标本进行DNA测序，结果 （1）所建立的巢式错配PCR-RFLP方法操作简便，快速，从DNA提取到酶切后电泳分析仅需要11小时；灵敏度高，可以检测到10^3copies/ml的HBVDNA；特异性强，结果准确，经DNA测序证实，（2）应用该方法对20例长期服用拉米夫定的慢性乙型肝炎患者的系列血清进行了检测，发现YMDD变异者（45%）9例，YMDD野毒株者（55%）11例，表明该方法可有效地鉴别HBVYMDD野毒株与变异株，结论 本实验所建立的巢式错配PCR-RFLP方法简单，敏感，特异，适合于一般实验室应用及大规模的人群调查。     

乙型肝炎病毒特异性核酶与丁型肝炎病毒重组体的构建

目的将重组丁型肝炎病毒基因组作为乙型肝炎病毒特异性核酶的载体,探讨解决核酶在实际应用中的保护性运载、靶向性和特异性问题。方法设计了乙型肝炎病毒特异性锤头型核酶结构,采用重组引物,结合“不对称ＰＣＲ”和“ＭｅｇａＰｒｉｍｅｒＰＣＲ”方法将所设计的锤头型核酶基因替代插入到了型肝炎病毒基因组５'端高变区,重组体经ＰＣＲ初步鉴定后,克隆到Ｔ载体（ｐＴＡｄｖ）Ｔ７启动子下游,经限制性内切酶酶切、序列测定分析。结果与结论证实该重组作为预期的乙型肝炎病毒特异性核酶－丁型肝炎病毒基因组重组体,为进一步的体外切割和细胞内与乙型肝炎病毒相互作用的研究提供了基础。     

应用双重PCR技术快速鉴定结核与非结核分支杆菌

目的：建立双重ＰＣＲ技术快速鉴定的结核与非结核分支杆菌。方法：通过试验选择双重ＰＣＲ最佳反应条件,检测引物Ａ１,Ａ２和Ｂ１,Ｂ２扩增分支杆菌的特异性及扩增结核分支杆菌的敏感性,并对３４例结核分支杆菌和非结核分支杆菌临床分离株鉴定。结果：引物Ａ１,Ａ２能扩增所试２４种分支杆菌,Ｂ１,Ｂ２仅扩增结核分支杆菌复合体菌种,两对引物扩增１２种非分支杆菌均为阴性。