HIV-1 Tat调控MCAK基因启动子活性及作用位点的鉴定

目的研究HIV-1 Tat对MCAK启动子活性及基因表达的抑制作用,并鉴定Tat与MCAK启动子的作用位点。方法利用原核表达的Tat蛋白处理A549细胞,通过Western印迹技术验证HIV-1Tat对MCAK基因表达的抑制作用;构建MCAK启动子-荧光素酶载体,转染A549细胞,通过荧光素酶活性分析Tat对启动子活性的调控作用;运用染色质免疫沉淀法(CHIP)分析Tat与MCAK启动区的相互作用,并进一步通过凝胶阻滞实验(EMSA)确定Tat与MCAK启动区的结合位点。结果 Western印迹实验证实Tat对MCAK表达具有强烈的抑制作用;荧光报告质粒检测系统分析表明在Tat存在的情况下,MCAK的核心启动子活性受到明显的抑制,其效应具有明显的剂量依赖性;CHIP和EMSA实验确定Tat蛋白与MCAK基因启动子区的直接相互作用,MCAK基因-337～-232区域存在Tat蛋白的结合位点。结论 HIV-1 Tat对MCAK基因表达具有强烈的抑制作用,并与Tat蛋白结合于MCAK启动区-337～-232区域,从而导致MCAK启动子活性降低有关。     

c-Jun对硫氧还蛋白还原酶1启动子转录的调控作用

目的: 探讨转录因子激活剂蛋白-1(activator protein-1,AP-1)家族成员c-Jun对硫氧还蛋白还原酶1(thioredoxin reductase 1, TrxR1 )启动子转录的调控作用。方法: 利用生物信息学技术分析调控 TrxR1 启动子区域的转录因子,构建 TrxR1 启动子区域一系列截短的萤光素酶报告基因载体,将含c-Jun的真核表达载体pcDNA3.1(+)-c-Jun和含有 TrxR1 启动子的萤光素酶报告基因载体共转染人胚肾HEK293细胞和鼠心肌H9c2细胞,检测转染细胞中萤光素酶活性。应用定点突变技术针对 TrxR1 启动子区域AP-1的可能结合位点进行突变,与c-Jun的真核表达载体共转染上述2种细胞,检测各组萤光素酶活性。利用染色质免疫共沉淀(ChIP),分析c-Jun与 TrxR1 启动子区域的AP-1结合位点结合情况。结果: 酶切及测序结果表明,获得的3个不同长度的 TrxR1 启动子克隆与GenBank DNA序列数据库对比分析序列一致,且插入方向正确;此3种质粒都有明显的启动子活性,在人胚肾HEK293和鼠心肌H9c2细胞中转染pcDNA 3. 1(+)-c-Jun可以上调 TrxR1 启动子活性。突变AP-1结合位点,导致 TrxR1 启动子活性明显降低;ChIP结果显示c-Jun结合在 TrxR1 启动子区域的AP-1结合位点上。结论: 转录因子AP-1家族成员c-Jun可能通过与 TrxR1 基因启动子区域AP-1结合位点相结合,上调 TrxR1 基因的转录。     

NF-κB结合位点在NOD2基因调控中的作用

目的 探讨NF-κB结合位点在NOD2基因调控中的作用.方法 以人基因组DNA为模板,PCR扩增含有NF-κB结合位点的人NOD2基因启动子序列,以切除启动子的pEGFP-N3作为框架结构,将这段序列进行酶切并定向克隆入表达载体pEGFP-N3中,构建含有NF-κB结合位点的人NOD2基因启动子驱动的绿色荧光蛋白(GFP)载体,将构建的重组质粒经脂质体LipofectAMINETM2000介导瞬时转染HeLa细胞,在倒置荧光显微镜下观察其能否在NOD2基因启动子的调控下表达报告基因GFP.用突变试剂盒将重组质粒pEGFP-N3-NOD2wt中的NF-κB结合位点缺失突变,将构建的突变重组质粒mpEGFP-N3-NOD2瞬时转染HeLa细胞,观察绿色荧光蛋白的表达情况.结果 pEGFP-N3-NOD2wt和mpEGFP-N3-NOD2经酶切鉴定和序列测定证实重组质粒构建成功,并且NF-κB结合位点突变成功.细胞转染结果表明,构建的重组质粒pEGFP-N3-NOD2wt转染HeLa细胞,在倒置荧光显微镜下能看到绿色荧光,而突变质粒mpEGFP-N3-NOD2荧光强度明显减弱,与未转染质粒相近.结论 成功构建了含有NF-κB结合位点的人NOD2基因启动子的重组质粒和含有NF-κB结合位点缺失突变的重组质粒;NF-κB结合位点突变重组质粒在HeLa细胞巾绿色荧光表达明显减弱,说明NF-κB结合位点在NOD2基因调控中发挥了正调节作用;为进一步研究NOD2基因表达及调控机制奠定了良好的基础.     

HOXD13调控SOX9基因可能参与先天足部软组织畸形的发生

目的　研究HOXD13与SOX9基因在单纯性马蹄内翻足（idiopathic congenital talipes equinovarus,ICTEV）足部软组织畸形发生中的分子机制。 方法　软件预测SOX9基因5′上游3个HOXD13结合位点,构建SOX9基因上游不同长度片段以及结合位点野生和突变序列载体,并测定其荧光素酶活性。在体内用ChIP验证HOXD13与SOX9基因启动子区3位点结合作用。干扰HOXD13基因表达,qRT-PCR检测HOXD13和SOX9表达水平的改变。 结果　荧光素酶检测发现在SOX9基因5′上游-1158至-770 bp（位点1）和-512至-368 bp之间（位点3）为负调控区;-770至-512 bp之间（位点2）是正调控区。ChIP检测显示HOXD13蛋白可与SOX9基因位点3结合。干扰HOXD13表达,SOX9基因mRNA表达上调。 结论　HOXD13结合SOX9基因5′上游负调控区可上调SOX9基因表达。干扰HOXD13会上调SOX9基因表达,高表达SOX9基因可能与足踝部软组织的挛缩发生相关。     

转录因子YY1对口腔鳞癌细胞ITGB6基因表达的影响

 目的：研究肿瘤相关转录因子YY1 对口腔鳞癌细胞整合素β6（integrin β6, ITGB6）基因表达调控的影响。方法：用生物信息学方法预测分布在ITGB6启动子区域的转录因子YY1潜在的结合位点,构建萤光素酶报告基因质粒,利用双萤光素酶报告基因系统检测ITGB6启动子片段的转录活性;利用染色质免疫沉淀技术检测在天然染色质条件下转录因子YY1与ITGB6启动子的结合情况;采用定点突变方法检测YY1结合位点对ITGB6启动子活性的影响;利用RT-PCR方法检测过表达转录因子YY1对口腔鳞癌细胞ITGB6 mRNA表达水平的影响。结果：ITGB6启动子-421~-150 nt区域存在多个转录因子YY1潜在的结合位点。在口腔鳞癌细胞的天然染色质中,转录因子YY1结合于ITGB6启动子-421~-150 nt区域;定点突变YY1潜在结合位点对口腔鳞癌细胞中ITGB6启动子活性无显著影响。另外,过表达的YY1对口腔鳞癌细胞ITGB6 mRNA的表达水平也无影响。结论:转录因子YY1在口腔鳞癌细胞中结合于ITGB6基因启动子-421~-150 nt区域,但对ITGB6基因的基础转录水平无影响。     

HOXD13调控SOX9基因可能参与先天足部软组织畸形的发生

目的　研究HOXD13与SOX9基因在单纯性马蹄内翻足（idiopathic congenital talipes equinovarus,ICTEV）足部软组织畸形发生中的分子机制。 方法　软件预测SOX9基因5′上游3个HOXD13结合位点,构建SOX9基因上游不同长度片段以及结合位点野生和突变序列载体,并测定其荧光素酶活性。在体内用ChIP验证HOXD13与SOX9基因启动子区3位点结合作用。干扰HOXD13基因表达,qRT-PCR检测HOXD13和SOX9表达水平的改变。 结果　荧光素酶检测发现在SOX9基因5′上游-1158至-770 bp（位点1）和-512至-368 bp之间（位点3）为负调控区;-770至-512 bp之间（位点2）是正调控区。ChIP检测显示HOXD13蛋白可与SOX9基因位点3结合。干扰HOXD13表达,SOX9基因mRNA表达上调。 结论　HOXD13结合SOX9基因5′上游负调控区可上调SOX9基因表达。干扰HOXD13会上调SOX9基因表达,高表达SOX9基因可能与足踝部软组织的挛缩发生相关。     

ASPP2基因启动子区DNA甲基化及转录因子DNA结合位点的干湿研究

对p53凋亡刺激蛋白2 (ASPP2)基因启动子区进行了甲基化及转录因子结合位点(TFBS) 的生物信息学分析及实验研究.结果表明,在该基因近端启动子区存在一个长1391bp的CpG岛,且此区域中包含19个转录因子的37个结合位点,其中有13个转录因子的结合位点含有CpG;甲基化预测发现在含CpG的23个TFBS中有18个位点的CpG易发生甲基化.由此推断ASPP2是典型的多因子调控的CpG岛基因,CpG岛的异常甲基化将影响转录因子结合,导致ASPP2基因表达下调.通过对人肝癌细胞株HepG和人成纤维细胞HFL-1的ASPP2基因启动子CpG岛中含4个E2F结合位点区域的甲基化实验检测,证明这种推断是正确的.这一研究说明,对重要基因启动子区DNA甲基化及TFBS的生物信息学研究可为相关的实验研究提供指南,对促进基因表达的表观遗传调控研究具有重要意义.     

PLUNC基因启动子区荧光素酶报告载体的构建与鉴定

目的构建人PLUNC（palate,lung and nasal epithelium clone）基因启动子区C-1888T SNP位点不同单倍型荧光素酶报告基因表达载体。方法利用PCR技术得到1888位点不同基因型的PLUNC基因启动子区目的片段．将其分别插入到pMD18-T载体和pGL3-enhancer荧光素酶报告基因载体中并测序。结果成功构建了人类PLUNC基因C-1888T SNP位点上的2种不同纯合子基因型（CC型和TT型）的荧光素酶报告载体（pGL3-enhancer—T型和pGL3-enhancer—C型）,且测序得以证实。结论成功构建出的荧光素酶报告载体,为研究PLUNC基因不同的1888SNF位点能否调控不同的PLUNC基因表达提供了基本实验条件。     

上调Foxp3抑制卵巢癌细胞Skov3侵袭和迁移及其机制的研究

目的:探讨Foxp3基因对卵巢癌细胞Skov3侵袭与迁移的影响及作用机制。方法:构建Foxp3基因过表达质粒,采用脂质体转染导入Skov3细胞;以空载体转染细胞株为对照,通过细胞增殖、侵袭、RT-PCR和Western blot实验,观察Skov3细胞Foxp3基因的表达情况,以及过表达Foxp3后细胞的侵袭与转移能力变化,检测MMP-2以及MMP-9基因表达变化。结果:导入过表达Foxp3质粒后,Skov3细胞的Foxp3表达显著升高;与空载体相比,过表达Foxp3基因显著抑制Skov3细胞的侵袭和迁移能力,并显著降低MMP-2和MMP-9蛋白表达水平。结论:上调Fox P3基因表达能通过下调MMP-2和MMP-9基因表达抑制卵巢癌细胞的增殖、侵袭、迁移行为,为深入研究Foxp3基因在体内的抑瘤作用和卵巢癌的基因治疗提供实验依据。     

NF-κB结合位点突变对人NOD2基因启动子调控的影响

探讨NF-κB结合位点突变对人NOD2基因启动子调控的影响。采用PCR技术从人基因组DNA中扩增含有NF-κB结合位点的人NOD2基因启动子序列,并定向克隆入已切除启动子的表达载体pEGFP-N3中,构建含有NF-κB结合位点的人NOD2基因启动子驱动的绿色荧光蛋白(green fluorescent proteins,GFP)载体pEGFP-N3-NOD2wt,并构建NF-κB结合位点2个碱基缺失突变的载体,将构建的重组质粒瞬时转染HEK293细胞,在倒置荧光显微镜下观察绿色荧光蛋白的表达情况。结果显示重组质粒转染HEK293细胞后,在倒置荧光显微镜下均能看到绿色荧光,其中pEGFP-N3-NOD2wt重组质粒在HEK293细胞中荧光表达较强,而突变质粒mpEGFP-N3-NOD2荧光强度明显减弱。说明NF-κB结合位点是驱动NOD2基因转录的重要元件,且在NOD2基因启动子的调控中发挥了正调节作用,为进一步研究NOD2基因表达及调控机制提供了新的思路。     

基因芯片技术的研究进展

基因芯片技术的诞生是基于人类基因组计划的成果,它以一种全面、综合、系统的思维方式来研究生命现象。同时,它还是疾病诊断和治疗的重大方法学突破,也是新药开发筛选的新方法。     

降钙素基因的化学合成与克隆

本文报道用化学法全合成降钙素的基因。基因全长113碱基对。采用大肠杆菌偏爱密码子。整个基因分为6个片段合成。用T~4DNA连接酶一次连接成功,序列分析证明合成的基因序列与设计的一致。     

DMD基因突变及突变检测技术研究进展

假性肥大型进行性肌营养不良（DMD／BMD）一类发病率较高的X连锁隐性遗传病。DMD基因庞大,突变机制复杂,随着分子生物学的进展,对DMD基因及其所编码aystrophin蛋白的认识不断深入,探索更简便、准确、经济的基因突变检测技术成为目前对DMD研究的热点,本文着重对DMD基因、突变与表型关系的研究进展,以及突变检测技术的进展做一综述。     

基因定量检测方法研究进展

基因定量检测已经成为研究基因组变异以及由于基因重组所引起的相关疾病的重要手段。大片段的基因组的重复和缺失可以引起致病突变。使用PCR和测序等定性检测方法很难探测到杂合状态的缺失和重复,因此探寻高效、可靠、灵敏的基因定量检测方法是当务之急。在过去的几年中已经相继出现了一些自动高效的技术方法。现在可用的基因定量方法大致可以分成3类:DNA印迹技术,细胞遗传学方法和以PCR扩增为基础的定量。本文对基因定量的最新进展作一综述,探讨其优缺点以期对定量研究方法的选择有所帮助。     

三例眼皮肤白化病患者TYR和P基因的突变分析

目的 分析眼皮肤白化病(oculocutaneom albinism,OCA)患者酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)基因和P基因的基因突变.方法 应用聚合酶链反应(polymerase chain reaction ,PCR)和变性高效液相色谱(de-naturing high-perfomanee liquia chromatography,DHPLC)技术对3例患者的眼皮肤白化病Ⅰ、Ⅱ型相关基因(TYR和P基因)的外显子进行突变检测,并对DHPLC检出的突变样本进行测序和限制性内切酶分析以验证该突变.针对未见报道的新突变,筛查100名表型正常的无关个体,排除多态的可能.结果 在3例患者中检测出两种P基因突变,未检测到TYR基因突变.其中,患者1的P基因第13外显子发生杂合突变T450M;患者2的P基因发生两个杂合突变,分别是第13外显子T450M和第23外显子G775R;患者3的P基因第23外显子发生杂合突变G775R.P基因第13外显子限制性内切酶分析显示,患者1、2均出现杂合突变T450M导致的Oli I酶切位点部分消失,100名表型正常的无关个体未检出该突变;经检索,T450M为一未见报道的新突变.结论 联合应用PCR、DHPLC、DNA测序和限制性内切酶分析的方法可有效的对白化病进行基因诊断.     

一个近亲婚配家系中的一种P基因新突变

目的在DNA水平上对1个有2例患者的姨表兄妹近亲婚配家系中的眼皮肤白化病患者进行分型诊断。方法用PCR扩增先证者P基因及TYR基因各外显子、外显子-内含子交界区及3＇端和5＇端非翻译区，以DNA序列测定技术检测基因突变，以DNA测序技术和限制性内切酶酶切法检测该家系其他成员及群体中正常人的相应基因位点。结果先证者和其白化病妹妹为P基因A787T突变纯合子，其父母和表型正常的弟弟均为A787T突变杂合子。先证者TYR基因未见突变。群体中102名表型正常者中无A787T突变等位基因。结论在基因水平确定我国存在眼皮肤白化病Ⅱ型，同时发现了一种P基因病理性新突变。     

基因枪转导K-RAS反义基因对胰腺癌细胞(K-RAS P21)蛋白表达的影响

目的观察基因枪转导K-RAS突变特异性反义基因对胰腺癌细胞K-RAS P21蛋白的影响。方法利用基因枪技术,将反义基因转导入宿主细胞,通过免疫细胞化学和Western blot方法,观察K-RAS突变特异性反义基因转导后AsPC-1、MiaPaCa-2和BxPC-3三种人胰腺癌细胞系K-RAS P21蛋白的变化。结果转导K-RAS突变特异性反义基因后,AsPC-1和MiaPaCa-2胰腺癌细胞的K-RAS P21蛋白表达明显降低;BxPC-3胰腺癌细胞的K-RAS P21蛋白表达无明显变化。结论突变特异性K-RAS反义基因经基因枪有效转导后,可用于胰腺癌的治疗。     

Phylogeny of Thogoto Virus

Thogoto virus is a tick-borne member of the family Orthomyxoviridae. Previously, based on the similarity in antigenic relationship by cross-neutralization test, all virus strains were concluded to have derived from the same origin. In this study, we obtained partial gene sequences of 4 genes (PB1-like protein, PA-like protein, glycoprotein, and nucleoprotein) of 8 Thogoto virus strains isolated in Africa, Asia, and Europe and studied the genetic variation and phylogeny. Unrooted phylogenetic trees created by both neighbor-joining and maximum likelihood methods based on nucleotide and amino acid sequences for 4 genes were mostly similar and revealed two lineages, Euro-Asian and African. Intra-lineage nucleotide sequence variation was greater in the Euro-Asian lineage than in the African lineage for all 4 genes. Furthermore, for the strains of Euro-Asian lineage, variations for two genes associated with RNA-dependent RNA polymerase activities were greater than those for glycoprotein or nucleoprotein gene, based on both nucleotide and amino acid sequence differences as well as on synonymous and nonsynonymous differences, indicating greater mutation rates for the polymerase activity genes in these strains.     

基因枪转导K-RLIS反义基因对胰腺癌细胞（K-PLASP21）蛋白表达的影响

目的观察基因枪转导K-RAS突变特异性反义基因对胰腺癌细胞K-RASP21蛋白的影响。方法利用基因枪技术，将反义基因转导入宿主细胞，通过免疫细胞化学和Westernblot方法，观察K-RAS突变特异性反义基因转导后ASPC-1、MiaPaCa-2和BxPC-3三种人胰腺癌细胞系K-RASP21蛋白的变化。结果转导K-RAS突变特异性反义基因后，AsPC-1和MiaPaCa-2胰腺癌细胞的K-RASP21蛋白表达明显降低；BxPC-3胰腺癌细胞的K-RASP21蛋白表达无明显变化。结论突变特异性K-RAS反义基因经基因枪有效转导后，可用于胰腺癌的治疗。     

视肉膜母细胞瘤(RB)抑癌基因治疗原理及策略

The retinoblastoma (RB) gene was the first tumor suppressor gene identified．It encodes a nuclear phosphoprotein which is differentially phosphorylated during the cell cycle．And the RB gene apparently plays a key role in cell growth regulation．Mutations in RB are seen in virtually all cases of retinoblastoma，and loss of RB gene function has been implicated in the progression of many common human cancers．A number of studies have indicated that replacement of the normal RB gene in RB-defective tumor cells could suppress their tumorigenic activity in nude mice．Preclinical studies also demonstrated that treatment of established human xenograft tumors in nude mice by recombinant adenovirus vectors expressing RB protein resulted in regression of the treated tumor．These studies make the emerging RB gene therapy even more attraction．