基因芯片在胰腺癌相关基因筛选中的初步研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在筛查胰腺癌相关基因群表达中的作用。方法按微矩阵排列的4096种全长基因PCR产物制成Biostar H-40s型微矩阵表达谱芯片;采用一步法抽提胰腺癌及正常胰腺组织总RNA,用Oligotex mRNA离心柱分离纯化两种组织的mRNA;经逆转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)掺入的cDNA一链制备表达谱探针,芯片杂交和洗片后,用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像,分析胰腺癌及正常胰腺组织中差异表达的基因。结果在4096种基因中,胰腺癌组织与正常胰腺组织间有949条(23.2%)存在差异表达的基因,其中我们确定了9条上调和8条下调的癌基因和抑癌基因可能与胰腺癌的发病机制存在相关性。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识胰腺癌的发病机制。     

人卵巢浆液性乳头状囊腺癌相关基因表达谱

[目的]探讨人卵巢上皮性癌与正常卵巢组织基因表达谱差异。[方法]采用基因芯片技术，按一步法分别抽提10例卵巢浆液性乳头状囊腺癌患者的癌组织和正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA；逆转录合成以Cy5荧光标记卵巢癌细胞和Cy3荧光标记正常卵巢上皮细胞的cDNA作为探针，在含有8464点人类体细胞基因模板的表达谱cDNA芯片上进行杂交。用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像，用计算机软件对扫描图像进行数字化处理分析。[结果]卵巢浆液性乳头状囊腺癌与正常卵巢上皮比较，差异5倍以上共有185个基因，其中表达上调（其荧光强度增强〉5）有86个，表达下调（其荧光强度减弱〈0.2）有99个。[结论]卵巢上皮性癌与正常卵巢上皮比较差异表达5倍以上的185个基因，可能与卵巢上皮癌的发生和发展有关。     

胃癌患者原癌基因和抑癌基因的表达谱研究

目的：用基因表达谱苡片对人正常胃和胃癌组织原癌和抑癌基因表达的差异进行研究比较。方法：利用胃和胃癌组织的mRNA通过逆转录方法，将Cy3和Cy52种荧光分别标记到2组cDNA上制成探针，然后和表达谱芯片进行杂交后扫描，通过计算机分析判定2种基因是否在上述组织中存在差异表达。结果：在195条原癌及抑癌基因中，存在差异表达的共13条，表达上调的6条（0.071%)。表达下调的7条（0.083%)。结论：认为应用这种方法识别出的2种基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值。     

应用cDNA芯片分析与食管鳞癌相关的基因表达

目的：应用cDNA芯片技术研究食管鳞癌的异常基因表达,并对这些基因的功能进行初步分析。方法：选择382个肿瘤相关基因克隆,制备成cDNA芯片,提取食管鳞癌组织以及相应正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与自行制备的cDNA芯片杂交,经扫描及分析后筛选出两种组织中差异表达基因。结果：发现差异表达基因75个,表达上调基因44个,下调基因31个,包括癌基因、抑癌基因、细胞周期相关蛋白、粘附因子、基质金属蛋白酶、信号传导因子、生长因子及其受体、与细胞代谢相关的酶等。结论：食管鳞癌的发生发展涉及多基因改变,cDNA芯片技术是疾病基因筛选的有效方法。     

胃癌患者原癌基因和抑癌基因的表达谱研究

目的 :用基因表达谱芯片对人正常胃和胃癌组织原癌和抑癌基因表达的差异进行研究比较。方法 :利用胃和胃癌组织的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到 2组cDNA上制成探针 ,然后和表达谱芯片进行杂交后扫描 ,通过计算机分析判定 2种基因是否在上述组织中存在差异表达。结果 :在 195条原癌及抑癌基因中 ,存在差异表达的共 13条 ,表达上调的 6条 (0 0 71% ) ,表达下调的 7条 (0 0 83% )。结论 :认为应用这种方法识别出的 2种基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值     

基因表达谱芯片胃癌差异表达基因的筛选

目的:利用基因表达谱芯片研究胃癌组织中差异表达的基因,从多基因角度研究胃癌发生的分子机制.方法:抽提6例胃癌组织和相应的癌旁组织的总RNA,反转录成cDNA同时进行标记.将标记的cDNA与基因表达谱芯片杂交,经过芯片的扫描和数据处理,分析出胃癌组织和癌旁组织之间差异表达的基因.结果:通过对胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱的比较分析,发现在胃癌组织中表达差异＞2倍的基因共有696个,其中表达上调的基因318个,表达下调的基因378个.差异表达的基因主要参与信号转导、免疫反应和细胞运动等生物学过程.结论:胃癌组织与癌旁组织的表达谱存在较大差异,利用基因表达谱芯片可筛选出胃癌差异表达的基因,从而有利于在临床上对肿瘤的诊断和治疗.     

cDNA芯片在卵巢癌早诊及临床病理分期中的初步应用探讨

目的：探讨PIEN，nm23H1，VEGF165 Tiam1，MMP-2，Timp2，HE4和S100A4基因在卵巢癌发生和侵袭中的作用。方法：采用cDNA芯片技术分别检测20例卵巢癌和5例正常卵巢组织中上述基因cDNA表达谱差异。结果：PIEN，Timp2和nm23H1cDNA在卵巢癌组织中表达下调（CY-3／CY-5〈0．5）；Tiam1，VEGF165，MMP-2，HE4和S100A4cDNA在卵巢癌组织中表达上调（CY-3／CY-5〉2．0）；且HE4基因表达上调的最为明显（CY-3／CY-5〉5．0）。表达下调和表达上调的上述基因与卵巢癌临床病理分期、组织分化程度关系密切（P〈0．01）。结论：上述基因与卵巢癌发生厦侵袭关系密切。cDNA基因芯片技术对于探讨卵巢癌分子机制。寻找卵巢癌分子标志物具有重要意义。     

应用基因芯片技术筛选卵巢癌紫杉醇耐药差异表达基因

目的应用基因芯片技术研究人卵巢癌紫杉醇耐药细胞株OC3/Tax300与其亲本细胞OC3(敏感株)之间的基因表达谱差异,筛选耐药相关基因,探讨基因表达谱差异与卵巢癌肿瘤耐药之间相关性。方法分别提取C3/Tax300与OC3细胞的总RNA并纯化mRNA;将等量的mRNA逆转录,以Cy5和Cy3标记的cDNA做探针,在Biostar H140S基因表达谱芯片上进行杂交。扫描芯片荧光信号图像,用基因图像分析软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果共筛选出显著表达差异基因134条,其中117种基因表达水平下调,17种基因表达上调,主要涉及细胞信号蛋白和传递蛋白,蛋白翻译合成类以及细胞骨架和运动、离子通道和运输蛋白、代谢、发育等14大类相关基因。下调基因主要为EBNA-3、COP9、StIP1,上调的基因主要是JAK2、HSPS、NADH等。结论这些基因表达差异与卵巢癌化疗耐药有关。     

清胰消积中药对实验性胰腺癌基因表达的影响

目的:研究中药清胰消积方对裸鼠体内人胰腺癌SW1990细胞移植瘤的抑瘤作用,并利用基因表达谱芯片探索其作用机理。方法:荷瘤裸小鼠随机分为对照组、5-FU组、中药不同剂量组,治疗后计算抑瘤率。提取对照组及中药中剂量组肿瘤组织mRNA,制备cDNA探针并分别用Cy3和Cy5两种荧光染料标记,与基因表达谱芯片进行杂交,经扫描、分析,得出药物作用后表达有差异的基因。结果:中药18g/kg、36g/kg、72g/kg剂量组抑瘤率分别为21.31%、38.16%及29.09%。筛选出癌基因、蛋白翻译合成、DNA合成和修复、细胞信号传导蛋白等表达下调的基因共7条。结论:清胰消积中药对人胰腺癌体内生长有抑制作用,调节癌基因及其相关的信号传导、改变肿瘤细胞蛋白合成等可能是其作用机制。     

使用cDNA微阵列和组织微阵列对三种上皮性卵巢肿瘤基因表达的分析

背景与目的：卵巢癌是在妇科恶性肿瘤中死亡率最高的肿瘤,主要原因是由于缺乏有效的早期诊断方法。为了发现新的、特异性癌基因和进一步探索上皮性卵巢癌的临床意义,本文探索出一种新方法,通过结合cDNA微阵列和RNA原位杂交冰冻组织微阵列的方法寻找特异性卵巢癌基因。方法：利用cDNA微阵列筛选在3种不同卵巢癌中(卵巢浆液性交界性肿瘤、卵巢浆液性腺癌和卵巢子宫内膜样腺癌)显示有意义表达的基因,并由RNA原位杂交冰冻组织微阵列证实其结果。结果：40个基因和ESTs显示出在卵巢浆液性交界性肿瘤、浆液性和子宫内膜样卵巢癌3种类型之间基因表达有明显的差异;EPHB6、PrrPRF、GFER、ERG25、PLRP1,FLJ22060和WISP2被进一步用于RNA原位杂交冰冻组织微阵列研究,其结果与cDNA微阵列研究结果相符合。结论：cDNA微阵列和RNA原位杂交冰冻组织微阵列相结合是一种理想的寻找癌相关基因的方法,EPHB6,PrPRF,GFER,ERG25,PLRP1,FL122060和WISP2有可能成为新的上皮性卵巢癌候选基因。     

胰腺癌伴淋巴结转移的基因芯片研究

目的 利用基因芯片技术分析伴与不伴淋巴结转移胰腺癌组织中的差异表达基因。方法 将4000个人类全长基因的PCR产物点样于特殊处理后的玻片上制备基因芯片。用逆转录的方法,分别将两种荧光Cy3-dUTP和Cyt-dUTP标记正常胰腺组织和胰腺癌组织mRNA,以制备cDNA探针,并与芯片杂交。以ScanArray 3000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,获得的荧光信号图像用计算机分析。每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的量。最后,计算每点的Cy5和Cy3比值。结果 在所检测的2例伴淋巴结转移和2例不伴淋巴结转移的胰腺癌标本中,56个基因（其中包括24个已知基因）有表达差异。结论 基因芯片技术为阐明人类胰腺癌伴淋巴结转移的特异性基因表达提供了有效方法。     

基因芯片检测Ⅰ期低分化肺腺癌基因表达谱

目的 用基因芯片技术分析Ⅰ期低分化肺腺癌的异常基因表达。方法 提取肺癌组织及正常肺组织的mRNA,分别用Cy5-dUTPCy3-dUTP标记,再与8192点基因芯片杂交,用ScanArray4000扫描仪及GenePix3．0分析软件处理杂交信号获取结果。结果 肺癌组织与正常肺组织表达差异基因有580条,涉及到细胞生长调节、细胞间信息转导等多个方面。其中癌组织中上调基因为405条,下调基因175条;差异极显著性基因66条,表达上调35条,下调24条,另外有7条为未知基因。结论 多基因参与Ⅰ期低分化肺腺癌发病,基因芯片技术是疾病基因筛选的有效方法。     

结肠癌淋巴结转移相关基因的表达谱研究

 目的 利用基因芯片技术分析伴与不伴淋巴结转移结肠癌组织中的差异表达基因。方法 将含有16 084 条人类全长基因的PCR 产物点样于特殊处理后的玻片上制备基因芯片。用反转录的方法，分别将两种荧光Cy3-dUTP 和Cy5-dUTP 标记结肠癌组织和淋巴结转移组织mRNA，以制备cDNA 探针，并与芯片杂交。以Agilent 荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号，获得的荧光信号图像用计算机分析。结果 在16 084条基因中，结肠癌原发灶与转移淋巴结组织间存在差异表达的基因共999条，有537 条基因出现显著性表达上调，462条基因出现显著性表达下调。在4 例患者中出现共同表达上调基因44条，共同表达下调基因30条。包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论 结肠癌转移是多基因作用的综合结果，转移相关基因表达谱的分析为预防和控制结肠癌的转移提供了新的思路与线索。     

益气养阴方抑制肿瘤转移及对肿瘤相关基因表达谱的影响

背景与目的： 探讨益气养阴方抑制肿瘤转移及对肿瘤相关基因表达谱的影响。 材料与方法：制备20只小鼠肌肉移植瘤模型,随机分为对照组和实验组,每组10只。对照组小鼠按0.01 ml/g灌胃生理盐水,实验组小鼠按0.01 ml/g灌胃益气养阴方水煎液(每毫升药液含4.3 g原生药材)。35 d后处死小鼠,称取移植瘤重量,计算肺转移瘤生长指数。同时提取肿瘤组织总RNA,用RT-PCR逆转录合成cDNA并分别用Cy3-dUTP、Cy5-dUTP标记对照组和药物组cDNA,与含有140 000点的小鼠基因表达谱芯片杂交,杂交芯片扫描结果用GenePixPro 3.0软件进行分析统计。 结果： 益气养阴方明显降低小鼠肌肉移植瘤重量(与对照组比较,P<0.01),肺转移瘤生长指数也明显少于对照组(与对照组比较,P<0.05),差异基因表达谱分析表明本方对与肿瘤浸润转移、信号转导、细胞增殖、细胞凋亡及与代谢等有关的多个靶位基因进行调节。 结论： 益气养阴方具有抑制肿瘤转移的作用。     

采用基因表达谱芯片筛选肺癌细胞系差异表达基因的初步探讨

目的:探讨基因芯片技术分析高低不同转移能力肺癌细胞系的差异表达基因.方法:采用基因芯片技术检测具有高低不同转移能力的肺癌细胞系BE-1和LH-7的差异表达基因.抽提细胞mRNA,利用荧光标记dUTP逆转录制备cDNA探针,与人肺癌表达谱基因芯片杂交,以ScanArray 4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,获得的荧光信号图像用计算机分析,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的量,最后计算每点的Cy5和Cy3的比值.结果:在所检测的人高低肺癌转移细胞系BE-1和LH-7中,20个基因有表达差异,其中高表达14条,低表达6条.结论:基因芯片技术为筛选人类肺癌转移基因提供了有效方法.     

胃癌冰冻组织特定区域的微阵列制作及其特点分析

背景与目的：目前癌症基因组学研究(Cancer Genomic Projects,CGP)急需建立一种与大量候选基因再筛查和功能分析相配套的高通量下游检测技术。本研究旨在建立冰冻组织特定区域的定点捕获和组织阵列制作技术。以便在相同实验条件下高效检测各类胃粘膜病变的基因表达特点。方法：使用自制的组织微阵列制作装置,在0．7cm^2的最佳切割温度复合物(optimal cutting temperature compound,OCT)载体上制作含30个组织点的胃癌／粘膜冰冻组织特定区域的微阵列。采用组织病理学和针对Caspase-3的免疫组织化学染色(immunohistochemistry,IHC)以及mRNA原位杂交技术(mRNA-in situ hybridization,RISH),对组织微阵列的特点加以鉴定。结果：组织学观察显示,定点捕获的精确度较高;各组织点较好地保持了原有的形态。IHC和RISH的结果表明,caspase-3在非癌胃粘膜组织、癌前病变组织和胃癌组织中的检出率分别为100．0％,66．7％,200.％和90.0％,60.0％,15．4％。除因脱片和卷边所致的组织点不匹配外,两者结果的吻合度为100％。结论：本研究建立的冰冻组织微阵列技术使高效而准确地分析大量冰冻标本的组织学和细胞／分子遗传学特点成为可能,它在包括癌症基因组学在内的肿瘤相关基因筛选和功能分析中有着广泛的应用前景。     

Study of the Gene Expression Profile of Human Ovarian Carcinoma by a Gene Chip

OBJECTIVE To study the difference in gene expression between human ovarian carcinoma and normal ovarian tissues, and screen the novel associated genes by cDNA microarrays.METHODS Total RNA from 10 cases of ovarian cancer and from normal ovarian tissues were extracted by a single step method. The cDNA was retro-transcribed from an equal quantity of mRNA derived from the 10 cases of ovarian carcinoma and normal ovarian tissues, followed by labeling the cDNA strands with Cy5 and Cy3 fluorescence as probes. The mixed probes were hybridized with BiostarH 8464 dot human somatic cell genes.Fluorescence signals were assessed by a ScanArray 4000 laser scanner and the images analyzed by Gene Pix Pro 3.0 software with a digital computer.RESULTS By applying the cDNA microarray we found a total of 185 genes for which expression levels differed more than 5 times comparing human ovarian carcinoma with normal ovarian epithelium. Among these genes 86 were up-regulated ＞5 times and 99 were down regulated ＜0.2.CONCLUSION The cDNA microarray technique is effective in screening the differential gene expression between human ovarian cancers and normal ovarian epithelium. It is suggested that these genes identified are related to the genesis and development of ovarian carcinoma.     

细胞间隙连接蛋白在多种类型癌组织中的原位表达研究

背景与目的：恶性肿瘤细胞常有间隙连接蛋白(Connexin,Cx)的异常定位和表达,本研究目的是检测Cx基因家族中的Cx26、Cx32、Cx43和Cx45基因在多种类型癌组织微阵列中的原位表达,期望建立Cx26、Cx32、Cx43和Cx45基因在多种类型癌组织中的蛋白表达谱,探讨其在肿瘤发生、发展中的作用。方法：利用自制的组织微阵列制作仪制作含多种类型癌标本的组织微阵列,免疫组化法检测Cx26、Cx32、Cx43和Cx45基因在292例癌组织及89例癌旁组织中的表达。结果：(1)成功地制作出100点、200点和360点3种不同规格的组织微阵列蜡块和切片;(2)获得Cx26、Cx32、Cx43和Cx45基因在20种癌组织中的原位表达谱,Cx26、Cx32、Cx43和Cx45基因在肠癌、肝癌、胃癌、肺癌及甲状腺癌组织中的表达明显低于其相应的癌旁组织。结论：Cx26、Cx32、Cx43和Cx45基因的失表达对多种癌的发生有重要作用。多肿瘤的组织微阵列为肿瘤基因表达谱如Cx基因的研究提供一种高通量工具。     

抗癌生物活性肽对BGC-823 细胞基因表达的影响*

目的:利用基因芯片技术分析一种新型抗癌生物制剂- 抗癌生物活性肽对人胃癌BGC-823 细胞的基因表达谱调控的影响,并对部分差异表达基因进行RT-PCR 检测,从而验证芯片的有效性。方法:订制表达谱芯片,分别将400 条和648 条人类基因的PCR 产物点样于特殊处理后的玻璃片上制备基因表达谱芯片。以加入不同浓度抗癌生物活性肽及处理不同时间的BGC-823 细胞为实验组,以生理盐水处理的BGC-823 细胞作为对照组,当确定最佳作用时间及抗癌生物活性肽有效作用浓度后,分别提取实验组与对照组细胞的总RNA,反转录成cDNA ,以两种荧光素Cy5 和Cy3 标记后作为探针,与制备好的表达谱芯片进行杂交,以生物信息学方法进行数据的处理和分析,并将其中的差异表达基因p15和HSP 701B 进行RT-PCR 的验证。结果:两张芯片上差异表达的基因共47个,其中上调27个,下调20个。这些基因按照功能分类涉及细胞周期、代谢酶、免疫相关、细胞凋亡、抑癌基因等类别,包括HSP 701B、HSP 75、HSP 90、磷脂酶D2（PLD 2）、凋亡抑制基因（IEX-1L）、人类杆状病毒IAP 重复序列3、E2 泛素耦联酶Ubch5c、人类缺氧诱导因子1 α 亚基、γ- 干扰素、TNF 诱导因子、人类黑色素瘤抗原p15基因等。同时RT-PCR 结果验证了芯片的检测的有效性。结论:抗癌生物活性肽具有调控人胃癌BGC-823 细胞基因表达的作用,其中对抑癌基因、热休克蛋白家族基因等有较明显的影响;基因芯片可以为阐明抗癌药物的作用机制提供有力的分子基础。