R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用

R软件是一个自由、免费及开放的统计软件,并具有强大的绘图功能,但其处理网状Meta分析数据的代码命令较为复杂,因此易错且不易掌握.WinBUGS软件是基于贝叶斯理论而开发的一款统计软件,具有强大的数据处理功能,在处理网状Meta分析数据时,代码编写易懂且操作方便,但对结果的绘图功能欠佳.为充分发挥R软件与WinBUGS软件各自的优势,开发者在R软件的基础上研发了R2WinBUGS程序包,构建了R软件与WinBUGS软件之间的“桥梁”,使网状Meta分析的过程和结果处理方便快捷又美观.本文以实例操作的方式展示使用R软件R2WinBUGS程序包进行网状Meta分析的过程.     

R软件gemtc程序包在网状Meta分析中的应用

R软件相关程序包对于网状Meta分析的理论原理大多是基于贝叶斯统计模型,也有少部分使用广义线性模型。R软件gemtc程序包通过调用对应的rjags程序包、BRugs程序包或R2WinBUGS程序包（软件依次为JAGS、OpenBUGS及WinBUGS）来执行网状Meta分析。同时,还可以为GeMTC软件生成相关的数据存储文件。其本质是调用基于MCMC法的软件进行网状Meta分析。本文简要介绍R软件gemtc程序包调用OpenBUGS软件进行网状Meta分析。     

应用Stata软件mvmeta程序包实现网状Meta分析

Stata软件是一款集编程与非编程于一体的统计软件,其操作简单、使用效率高且具有良好的扩展性,在Meta分析制作方面功能强大。Stata软件mvmeta程序包是一款基于多元回归模型实现网状Meta分析的程序包,且能够实现"多结局-多变量"数据的同时处理。当前该程序包实现网状Meta分析的操作过程较为繁琐,排序功能较差,且缺少绘图功能。本文通过实例展示介绍了如何使用该程序包实现网状Meta分析。     

网状Meta分析中敏感性分析和一致性分析在R软件中的实现

目的介绍网状Meta分析的敏感性和一致性检验及其在R软件中的应用。方法以实例演示的方式,采用随机效应模型与固定效应模型比较的方法实现敏感性分析,并采用R软件metafor包和combinat包实现一致性分析。结果随机效应模型与固定效应模型所得结果相近,数据较稳健。一致性检验结果表明,各环的可信区间均与空白值相交,说明网状Meta分析计算结果与直接比较计算结果无明显差异,一致性较好。结论网状Meta分析作为一种间接比较的分析方式,敏感性尤为重要,而一致性的引入使网状Meta分析更准确。通过R软件实现网状Meta分析的敏感性和一致性分析是一种可行的方法。     

网状Meta分析中网状关系图的绘制

网状关系图能够清晰地展示网状Meta分析时各干预措施间存在的直接比较关系。目前有较多绘制网状关系图的方法,但不同方法绘制的网状关系图所提供的信息量有所区别,且软件不同,其操作的友好程度亦不一样。本文简要介绍了如何应用R软件network程序包和gemtc程序包、Stata软件、ADDIS软件绘制网状关系图,并对其异同点进行了比较。     

应用R软件pcnetmeta程序包实现网状Meta分析

R软件pcnetmeta程序包是一款基于贝叶斯理论实现网状Meta分析的程序包,其融合了JAGS软件的优势计算功能与R软件特有的数据整合和强大的图形绘制等功能。pcnetmeta程序包通过调用JAGS软件来实现运算,提供了3种不同模型供操作者选取,每种模型均给出3种不同的效应量(RR、OR及RD)结果;同时可以绘制多种图形,极大程度上满足了使用者处理复杂网状Meta分析的客观需求。本文以实例方式展现该程序包的完整操作流程。     

Microsoft Excel调用BUGS软件实现网状Meta分析

BugsXLA宏命令是基于贝叶斯理论在Excel内核框架下编写的,其目的是在Microsot Excel框架下通过调用BUGS软件实现相关贝叶斯数据统计处理。在当前所有调用BUGS软件实现网状Meta分析的软件中,BugsXLA宏命令具有兼容性好、操作简单、运行流畅、消耗内存少、数据录入及提取、存储方便等优点,能够将数据存储与计算融为一体。但其绘图功能过于简单,当前仅能绘制密度图。此外,调用WinBUGS软件的功能已成熟,但调用OpenBUGS软件的功能尚不成熟。     

R软件调用OpenBUGS软件实现网状Meta分析

R软件当前可通过R2OpenBUGS程序包、BRugs程序包和rbugs程序包来调用OpenBUGS程序包实现网状Meta分析。本文分别对这3种程序包实现网状Meta分析的过程进行演示。从结果来看,3种程序包的计算结果相近,但rbugs程序包无绘图功能,仅R2OpenBUGS程序包能绘制森林图。     

应用R语言netmeta程序包实现网状Meta分析

netmeta程序包是基于经典频率学派研发、在R语言框架下运行的专用于网状Meta分析的程序包。该程序包克服了基于贝叶斯统计学派研发的软件及程序包实现网状Meta分析时对先验设定的难点,同时具备操作流程简单、操作难度小等优点。此外,该程序包还能同时以随机效应与固定效应模型展现单个配对研究及Meta分析合并的结果,并能绘制森林图。本文通过实例展示了应用netmeta程序包实现网状Meta分析的过程。     

应用SAS软件PROCMCMC过程实现网状Meta分析

SAS软件是一款功能强大、国际认可度高的编程软件,其可以实现包括网状Meta分析在内的各种Meta分析。贝叶斯统计是一种重要的统计学方法,其可以通过马尔科夫-蒙特卡洛(Markov Chain Monte Carlo,MCMC)算法进行各种统计推断。在SAS软件中运用PROC MCMC过程实现网状Meta分析正是基于这一思想进行的,本文通过实例操作展示了该过程。     

基于使用的网状Meta分析软件的比较研究与选择

目的比较各种网状Meta分析（NMA）软件的特征及功能,为使用者选择软件提供参考。方法计算机检索PubMed、CNKI、Stata公司官方网站、R软件官方网站和Google,收集具有NMA功能的软件及程序包,检索时限截至2014年7月。下载软件和程序包及其使用指南,用示例进行计算。对软件的基本特征、功能和计算结果进行比较分析。结果共纳入11款软件,包括编程软件和非编程软件,主要基于贝叶斯学派和频率学派研发。大多数软件已具操作简单、易掌握、计算准确及图形绘制优良等优点,但无一款同时具备较佳计算能力与绘图功能的软件,必需多款软件联合来实现。结论建议使用者首先依据自身编程基础与习惯等选取,可考虑选用两种或三种软件相互配合来实现NMA。建议研发一款功能完备、操作简单的免费软件。     

R软件调用JAGS软件实现网状Meta分析

JAGS(Just Another Gibbs Sampler)是为弥补BUGS软件无法在Unix或Linux等非Windows系统上运行的缺陷而研发的编程软件,其自身独立拥有一套贝叶斯理论运算函数及公式,具有操作界面简单、与系统兼容好、运行流畅、且与其他编程软件具有良好交互性等特点。然而,由于JAGS软件在结果数据读取、解读以及图形绘制方面存在功能性缺失,限制了其推广应用;通过R2jags、rjags及runjags程序包从R中调用JAGS软件则克服了这些缺陷。R2jags、rjags及runjags这3款程序包的工作原理均是在R语言的框架下通过调用JAGS软件来完成相关迭代运算,它们的功能结构基本相似,都具有操作简单、命令简洁、数据读取和结果汇总以及图形绘制功能较完善的特点,但在实践运用中仍存在差异。本文介绍了如何使用R软件通过R2jags、rjags及runjags程序包调用JAGS软件来实现网状Meta分析。     

WinBUGS软件实现Meta分析的Doodle模型图的构建

WinBUGS软件实现Meta分析的关键在于构建贝叶斯统计模型,目前有手工编写代码和构建Doodle模型两种方法。手工编写代码具有灵活、方便的特点,但编写语言易错;Doodle模型的构建过程较为繁琐,但不易出错,且有利于加强对手工代码结构的理解。本文简要介绍使用WinBUGS软件行二分类和连续型数据的传统Meta分析、间接比较证据的Meta分析及网状Meta分析和有序变量的Meta分析时Doodle模型的构建。