广州地区HCMV临床病毒株UL137基因的结构特征与多态性

【目的】研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒（HCMV）临床低传代分离株UL137基因的结构特征与基因多态性。【方法】从62份被证实为临床HCMV感染的新生儿尿液标本中分离获得3株低传代临床病毒株，经多重PCR鉴定后分别命名为HCMVD2、D3和D52。对3株临床分离株进行HCMVUL137基因全序列PCR扩增，PCR产物纯化后进行基因克隆，构建HCMVUL137-pMD18-T重组质粒；基因测序；将HCMVUL137基因序列呈报GenBank，并进行基因生物信息学分析。【结果】成功从广州地区新生儿感染HCMV患儿体内分离3株HCMV临床病毒株。克隆测序后呈报GenBank并被收录，收录序列号分别为：DQ180388、DQ180376、DQ180360。通过序列分析，结果显示低传代分离株UL137基因DNA序列高度保守，同源性在96．91％～100％之间．其变异均为碱基替换：编码蛋白均由96个氨基酸残基组成，同源性在90．63％～100％之间，超半数的变异发生在第61～81位氨基酸残基之间：编码蛋白翻译后修饰位点包括PKS、MYS、cAMPs三类，其中4个PKS和44～49位的MYS高度保守，cAMPs位点仅在5株病毒出现；编码蛋白等电点在11．50～12．00之间，呈强碱性。【结论】广州地区临床低传代分离株HCMVUL137基因核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列极为保守，但仍存在-定多态性。提示HCMVUL137ORF可能是-个具有重要功能的基因。     

人巨细胞病毒UL137基因在临床低传代分离株中的多态性研究

目的：研究人巨细胞病毒（HCMV）UL137基因在先天巨细胞病毒感染临床低传代分离株中的多态性。方法：选择经荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA为阳性的临床分离株进行涵盖UL137全序列的UL136，UL138基因全序列PCR扩增，对扩增阳性的标本进行全序列的测序，核实测序结果，拼接出UL137基因编码序列，进行相关分析。结果：经分析获得22株HCMV临床分离株UL137ORF核苷酸序列，核苷酸变异分布于整个编码区，但主要集中在5’端220—290bp处，均为核苷酸碱基替换，无插入及移码突变。在UL137预测编码蛋白氨基酸序列中，新增2个半胱氨酸位点，导致17株临床分离株在71-76位氨基酸出现了N相连豆蔻酰化位点（MYR）的新增，及第90～92位氨基酸硫化cAMP位点的相应缺失。结论：HCMVUL137基因在临床低传代分离株中高度保守，但存在一定的多态性。     

人巨细胞病毒UL135基因在临床低传代分离株中的多态性研究

目的：研究人巨细胞病毒（HCMV）UL135基因编码序列在临床低传代分离株中的多态性，探讨HCMV基因多态性与其感染引起不同临床疾病之间的关系。方法：对29株经荧光定量PCR方法检测HCMV．DNA为阳性的临床低传代分离株的细胞培养上清液进行HCMVUL135全序列PCR扩增，并对PCR扩增阳性的25例标本进行序列测定及分析。结果：29株临床低传代分离株有25株PCR扩增阳性。25株分离株UL135开放读码框架（0RF）长度均与Toledo株相同，其核苷酸的变异率为0．1％-2．6％。与Toledo株相比，部分分离株具有氨基酸翻译后修饰位点的新增或缺失。25株临床分离株UL135蛋白质二级结构预测结果显示了第28位、313—317位、161—163位、171位氨基酸均有蛋白质结构二级的改变。结论：25株HCMV临床低传代分离株UL135基因及其编码产物的氨基酸序列比较保守，但仍存在一定程度的多态性，未发现UL135基因的变化与HCMV先天感染导致的不同疾病存在着相关联系。     

广州地区HCMV临床病毒株UL137 基因的结构 特征与多态性

 【目的】 研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒(HCMV) 临床低传代分离株 UL137 基因的结构特征与基因多态性? 【方法】 从62份被证实为临床HCMV感染的新生儿尿液标本中分离获得3株低传代临床病毒株,经多重PCR鉴定后分别命名为HCMV D2?D3和D52?对3株临床分离株进行HCMV UL137基因全序列PCR扩增,PCR产物纯化后进行基因克隆,构建HCMV UL137-pMD18-T重组质粒;基因测序;将HCMV UL137基因序列呈报GenBank,并进行基因生物信息学分析?【结果】成功从广州地区新生儿感染HCMV患儿体内分离3株HCMV临床病毒株?克隆测序后呈报GenBank并被收录,收录序列号分别为:DQ180388?DQ180376?DQ180360?通过序列分析,结果显示低传代分离株UL137基因DNA序列高度保守,同源性在96.91%～100%之间,其变异均为碱基替换;编码蛋白均由96个氨基酸残基组成,同源性在90.63%～100%之间,超半数的变异发生在第61～81位氨基酸残基之间;编码蛋白翻译后修饰位点包括PKS?MYS?cAMPs三类,其中4个PKS和44～49位的MYS高度保守,cAMPs位点仅在5株病毒出现;编码蛋白等电点在11.50～12.00之间,呈强碱性?【结论】 广州地区临床低传代分离株HCMV UL137基因核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性?提示HCMV UL137 ORF可能是一个具有重要功能的基因?     

人巨细胞病毒UL138基因在临床低传代分离株中的多态性研究

目的:研究人巨细胞病毒(HCMV)UL138基因在临床低传代分离株中的多态性及其与HCMV先天感染不同致病性之间的关系.方法:对30株经荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMV-UL138全序列PCR扩增,对16株进行HCMV-UL138基因全序列测序及结果分析.结果:30株临床分离株中有20株UL138基因PCR扩增阳性.16株临床分离株HCMV-UL138开放阅读框架及编码蛋白的重要功能基团均高度保守.核苷酸序列进化树的分析结果表明:除20M外,先天性巨结肠株只存在于2a型,而小头畸形株仅存在于2b型.结论:HCMV UL138基因高度保守,但存在一定的多态性.     

广州地区HCMV低传代临床病毒株UL143基因的多态性研究

目的 研究广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL143基因的多态性.方法 对3株经多重PCR鉴定的HCMV临床低传代分离株进行HCMV UL143基因全序列扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体上测序,并将其序列与GenBank中公布的其它临床分离株UL143基因一起进行分析.结果 D3株UL143基因因碱基缺失形成多处终止密码无法产生有功能的蛋白:Toledo株UL143基因开放读码框由279个核苷酸组成,编码蛋白由92个氨基酸残基组成;其它临床分离株UL143基因开放读码框均由252个核苷酸组成,DNA序列比较保守,变异均为碱基替换,编码蛋白由83个氨基酸残基组成,氨基酸序列也很保守,不同临床分离株氨基酸变异率为1.2%～2.4%;HCMV UL143蛋白翻译后修饰位点在除Toledo株之外的所有分离株中均高度保守,没有缺失或新增;不同临床分离株UL143蛋白二级结构有所不同;除Toledo株外,其余分离株UL143蛋白的等电点均为8.75.结论 临床低传代分离株HCMV UL143基因DNA及其编码产物的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.     

广州地区人巨细胞病毒临床低传代株UL140基因的多态性

目的研究广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL140基因的多态性。方法对3株经多重PCR鉴定的HCMV临床低传代分离株UL140基因进行全序列扩增、克隆、鉴定、测序及呈报Genbank,应用生物信息学方法分析UL140基因翻译后修饰位点、二级结构及等电点。结果成功分离3株HCMV临床病毒株(D2、D3、D52),经鉴定后被Gen Bank收录。序列号分别为:DQ180373、DQ180385和DQ180357。分析显示HCMV临床低传代D2、D3和D52病毒株的UL140基因全长576 bp,其DNA序列比较保守,编码蛋白由191个氨基酸残基组成,HCMV UL140蛋白翻译后修饰位点在所有分离株中均比较保守;所有株外,其余分离株UL140蛋白的等电点均在4.88-5.12之间。结论广州地区人巨细胞病毒UL140基因及其编码的氨基酸序列相对保守,但仍存在一定的多态性,与Toledo相比,本地区分离得到病毒株具有其明显差异,这一差异可能对HCMV临床感染与致病机制研究具有重要影响。     

人巨细胞病毒UL141片段在临床低传代分离株中的多态性研究

目的:研究人巨细胞病毒不同临床分离株UL141基因多态性,并分析这种多态性与人巨细胞病毒先天感染疾病之间的关系.方法:对荧光定量PCR方法检测HCMV-DNA阳性的临床低传代分离株进行UL141基因全序列PCR扩增,对扩增阳性的标本进行测序及分析.结果:19株临床低传代分离株在Toledo株UL141基因227位均缺失一个碱基T,因此产生两个新的ORF(UL141A和UL141B).与Toledo株相应片段比较,UL141A预测蛋白质第75位氨基酸后序列和翻译后修饰位点产生大量变异.UL141B高度保守.结论:临床分离株的UL141片段产生两个新的ORF.     

人巨细胞病毒ORF11基因在消化系统疾病临床分离株中的序列分析

目的 研究人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)ORF11基因在临床分离株中的多态性及其与HCMV感染所致不同消化系统疾病之间的关系.方法 研究对象为16名具有不同消化系统疾病的HCMV感染儿.对全部标本进行HCMV ORF11基因的半巢式PCR扩增.应用DNAclub,BioEdit,PROSITE数据库及DNAstar软件对PCR产物的序列进行分析.结果 所有临床分离株HCMV ORF11的核苷酸序列是保守的,而其编码蛋白翻译后修饰位点的氨基酸序列则高度保守.未发现HCMV ORF11序列的变异与不同表现类型的消化系统疾病相关.结论 HCMV ORF11基因相对保守,不同分离株的序列变异与不同临床表现的消化系统疾病没有明确的相关性.     

人巨细胞病毒地方分离株的鉴定及其UL83序列分析

目的鉴定从合肥市某医院先天性脑瘫患儿尿标本中分离的4株人巨细胞病毒（HCMV）毒株并对其UL83基因序列进行分析，为HCMV感染的预防及pp65蛋白疫苗的研制提供参考依据。方法应用细胞培养法复苏病毒，间接免疫荧光法检测pp65蛋白表达，并用特异性引物对UL73基因进行PCR，扩增的产物经凝胶纯化后测序；序列结果运用DNAMAN软件和GenBank登录的3株代表性HCMV毒株进行核苷酸和氨基酸序列比对。结果HCMV AD169株与HCMV-1分离株的UL83基因核苷酸及编码氨基酸序列的同源性均为100％，与其余3株的同源性也达99．26％～99．69％；4株HCMV分离株与Merlin株、Towne株在相应基因片段核苷酸及氨基酸的同源性最低的分别为98．95％，99．06％。结论UL83序列分析结果表明，HCMV UL83编码pp65蛋白的优势抗原决定簇氨基酸序列无变化。     

Sequence variability of human cytomegalovirus UL143 in low-passage clinical isolates

Background Human cytomegalovirus （HCMV） infects a number of organs and tissues in vivo. The different symptoms and tissue tropisms of HCMV infection perhaps result from genetic polymorphism. A new region of DNA containing at least 19 open reading frames （ORFs） （denoted UL133 to 151） was found in the low-passage HCMV clinical strain, Toledo, and several other low-passage clinical isolates, but not present in the HCMV laboratory strain, AD169. One of these genes, UL143, was studied to explore the sequence variability of UL143 ORF in HCMV clinical isolates and examine the possible association between gcne variability and the outcome of HCMV infection. Methods The UL143 gone of the strains obtained from suspected congenitally HCMV-infectcd infants was amplified by polymerase chain reaction （PCR） and sequenced. Results Nineteen sequences of the strains were divided into 2 major groups, G1（n=16） and G2（n=3）. All of the sequences had frame-shift mutation compared to Toledo. Nucleotide polymorphisms conferred substantial amino acid substitutions when compared with Toledo. All 16 UL143 putative proteins of the strains in G1 had a new myristylation site and loss of two PKC sites owing to missense mutations. No convincing relationships were observed between the presence of HCMV disease and the UL143 sequence group. Conclusions HCMV-UL143 existed in low passage isolates. Sequence variability caused by frame -shift mutation was found in all HCMV clinical strains. No obvious linkage was observed between UL143 polymorphisms and the outcome of suspected congenital HCMV infection.     

HIGH VARIABILITY OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS UL150 OPEN READING FRAME IN LOW-PASSAGED CLINICAL ISOLATES

HUMAN cytomegalovirus (HCMV) possesses alarge complex genome, containing approximate-ly240kb of DNA and over200open readingframes (ORFs)·1HCMV clinical isolates display geneticpolymorphisms, which are supposed to be implicated instrain-specific tissue tr…     

SEQUENCE CONSERVATION OF HUMAN CYTOMEGALOVIRUS UL140 OPEN READING FRAME IN CLINICAL STRAINS

Objective To investigate the variability of human cytomegalovirus （HCMV） UL140 open reading flame （ORF） in clinical strains, and to explore the relationship between the variability of UL140 ORF and different symptoms of HC-MV infection. Methods HCMV UL140 ORF was amplified by polymerase chain reaction and sequenced selectedly in 30 clinical strains. Results UL140 ORF of all clinical strains was amplified successfully. Compared with that of Toledo strain, the nucleotide and amino acid sequence identities among all strains were 96.5% -100.0% and 95.2% -100. 0%, respectively. All of the nucleotide changes were substitutions. The post-translational modification sites were conserved. The result of phylogenetic tree showed that the strains did not cluster according to different clinical symptoms. Conclusion HCMV UL140 ORF in clinical strains is highly conserved, which may play an important role in HC-MV infection.     

Human Cytomegalovirus UL138 Open Reading Frame Is Highly Conserved in Clinical Strains

Objective To investigate the variability of human cytomegalovirus （HCMV） UL138 open reading frame （ORF） in clinical strains. Methods HCMV UL138 ORF was amplified by polymerase chain reaction （PCR） and PCR amplification products were sequenced directly, and the data were analyzed in 19 clinical strains. Results LIL138 ORF in all 30 clinical strains was amplified successfully. Compared with that of Toledo strain, the nucleotide and amino acid sequence identifies of LIL138 ORF in all strains were 97.41% to 99.41% and 98.24% to 99.42%, respectively. All of the nucleofide mutations were substitutions. The spatial structure and post-translational modification sites of HL138 encoded proteins were conserved. The result of phylogenetic tree showed that HCMV HL138 sequence variations were not definitely related with different clinical symptoms. Conclusion HCMV UL138 ORF in clinical strains is high conservation, which might be helpful for UL138 encoded protein to play a role in latent infection of HCMV.     

临床低传代人巨细胞病毒株UL148开放阅读框mRNA的表达与鉴定

目的 研究广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床病毒株特有基因UL148的结构,分析其结构多态性与HCMV先天性感染致病的关系;研究UL148的表达情况,探讨其产物可能的功能及在致病机制中的可能作用.方法 采集广州地区新生儿HCMV感染患者尿液标本进行病毒分离培养,从分离的病毒株中提取病毒DNA,扩增鉴定UL148基因片段;TA克隆,基因测序;抽提病毒总RNA,用RT-PCR方法鉴定UL148基因mRNA表达情况.结果 成功分离到HCMV低传代临床株,获得UL148基因全序列.RT-PCR产物检测582 bp大小的特异性条带,证实了UL148基因mRNA的表达.结论 广州地区临床低传代HCMV分离病毒株存在UL148基因结构,证实UL148开放阅读框是具有mRNA水平表达的基因结构.