2021年安徽蚌埠秋冬季肺炎患者鼻病毒检测及基因特征分析

目的了解人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)在成人住院肺炎患者中的检出率及基因特征。方法采集2021年9～12月安徽蚌埠某医院住院肺炎患者咽拭子, 以实时荧光定量PCR方法进行14种常见呼吸道病原体检测。巢式PCR法扩增HRV阳性样本的VP4/VP2编码区基因, 扩增产物测序。使用MEGA7.0软件构建HRV-VP4/VP2基因序列系统发育树。结果共采集住院肺炎患者咽拭子146份, 其中检出阳性样本52份, 检出率为35.62%(52/146), HRV、腺病毒、冠状病毒OC43和乙型流感病毒检出率位居前四位。HRV共检出23例, 占检出病毒样本的44.23%(23/52), 其中HRV混合感染有9例(39.13%, 9/23);结合临床数据分析, HRV混合感染组白细胞、中性粒细胞计数、合并高血压、糖尿病、辅助通气比例以及不良预后比例均高于单一感染组(P<0.05)。系统发育树结果显示本研究的HRV感染主要以A组与B组为主。结论 HRV是2021年安徽蚌埠秋冬季成人肺炎患者中最常见的病原体, 其中HRV-A与HRV-B为优势株。HRV与其他呼吸道病毒混合感染易...     

青岛2020年冬季上呼吸道感染患者中人鼻病毒的分子流行病学特征

目的了解2020年冬季青岛地区上呼吸道感染患者的人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)流行状况和基因分型特征。方法采集青岛地区101例上呼吸道感染患者的咽拭子样本, 提取核酸, 应用荧光定量PCR方法进行15种常见呼吸道病毒的检测。对检测出HRV阳性的样本, 应用RT-PCR方法扩增HRV VP4/VP2区并测序, 对测序所获得的序列进行系统进化树和同源性分析。结果 101例上呼吸道感染患者样本中, 涉及6种常见病毒。检出1种病毒感染的样本34例(34/101, 33.66%), 检出混合病毒感染的样本2例(2/101, 1.98%)。其中HRV的检出率最高, 为21.78%(22/101)。扩增出20条HRV VP4/VP2区序列, 分别为HRV-A组16株和HRV-C组4株, 共涉及14种血清型。结论鼻病毒是2020年冬季青岛地区上呼吸道感染患者主要的病毒性病原之一, 且以A组HRV感染为主。     

2021—2022年桂林地区急性呼吸道感染住院儿童病毒谱与流行特征

目的了解2021—2022年间桂林市急性呼吸道感染住院儿童病例中呼吸道病毒谱的构成, 探究不同呼吸道病毒的流行特征。方法收集2021年9月至2022年10月广西桂林市14岁以下急性呼吸道感染(acute respiratory infection, ARI)住院儿童作为研究对象, 共检测638例。采集的患儿咽拭子, 采用实时荧光逆转录-聚合酶链反应的方法进行核酸检测, 对包括不同亚型在内15种常见种或型呼吸道病毒进行筛查, 分析急性呼吸道感染住院患儿病例的病毒谱特征。结果 638例标本中, 检出包括不同亚型在内的病毒12种, 有365例至少1种或型病毒检测结果为阳性, 阳性率为57.21% (365/638), 感染两种及以上病毒检出率12.85%(82/638)。不同季节的病毒检出率的差异有统计学意义(P<0.002)。不同年龄组样本的病毒阳性检出率以0～2岁组最高(40.66%), 其次为3～5岁组(34.80%)和≥6岁组(24.54%)。结论 2021年9月至2022年10月期间, 12种呼吸道病毒在桂林地区存在流行, 具有明显的夏季高峰特点, 提示当地夏季时应重点针对可...     

江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

2019—2023年河北地区儿童呼吸道合胞病毒流行特征分析

目的了解2019—2023年河北地区儿童呼吸道合胞病毒(RSV)的流行特征。方法收集2019—2023年在河北省儿童医院住院治疗患儿的下呼吸道标本46 576例, 采用多重RT-PCR和毛细电泳法检测13种常见呼吸道病原体, 并对数据进行统计学分析。结果 RSV总体阳性检出率为18.76%(8 739/46 576), 男性患儿和女性患儿RSV总体阳性率分别为18.84%(51 74/27 462)和18.65%(3 565/19 114), 性别比较差异无统计学意义(χ2=0.916, P=0.339);RSV检出率与年龄增长存在线性关系(P<0.01);各年份RSV检出率之间差异有统计学意义(χ2=723.71, P<0.01);2019—2021年的阳性检出率高峰期在12月至次年2月;2019年和2020年5—10月阳性检出率极低;2021年全年阳性检出率均在10%以上, 且5月和8月出现了反季节流行的小高峰;2022年全年阳性检出率较低, 无明显季节变化;2023年阳性检出率高峰出现在4—6月。各年龄组阳性检出率在疫情前、疫情期间和疫情后差异有统计学意义(P<...     

新型冠状病毒流行前后上海单中心住院儿童常见呼吸道病毒及非典型病原体感染变化

目的了解SARS-CoV-2流行后, 疫情常态化防控措施对本地区住院儿童其他呼吸道感染病原体的影响。方法纳入上海市儿童医院2019年8月1日—2022年2月28日, 临床诊断为急性呼吸道感染(acute respiratory tract infections, ARTIs)的住院患儿咽拭子标本6 020例。使用多重PCR与毛细电泳法对11种与ARTIs相关的病毒与非典型病原体进行检测。以2019年8—12月数据作为疫情前, 以2020年8—12月和2021年8—12月数据分别作为疫情常态化后进行比较。以2020年3月—2022年2月的数据作为COVID-19疫情常态化后不同季节儿童呼吸道病原体进行比较, 并对其流行病学进行分析。结果 6 020例ARTIs住院患儿标本中, 病原体阳性检出率为62.34%(3 753/6 020)。其中人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)检出率最高, 为22.76%(1 442/6 020), 其次为人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus, HRSV)为16.05%(966/6 020)。...     

2019—2021年深圳地区诺如病毒暴发分子流行特征

目的了解深圳地区2019—2021年诺如病毒暴发分子流行特征。方法收集2019年1月至2021年12月诺如病毒暴发信息及标本, 应用实时荧光反转录聚合酶链式反应样本进行诺如病毒检测, 阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析;对其中3株GII.2[P16]进行基因组扩增和序列分析。结果 2019年1月至2021年12月, 共报告诺如病毒暴发246起, 主要发生在幼儿园(132, 53.66%)和小学(52, 21.14%)。每起暴发发病数范围为3～130, 中位数为8。每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰。211起暴发分型成功, GI和GII分别检出7种和11种基因型, 78起(36.97%)诺如病毒暴发由GII.2[P16]引起。对GII.2[P16]基因组分析表明, 深圳2020年暴发株仍属于GII.2[P16](2016-2017)亚群, 在非结构蛋白P22(L777S)和3C蛋白酶(A1047V和P1074T)上出现氨基酸变异。结论 GII.2[P16]是2019年1月至2021年12月引起深圳市诺如病毒暴发的流行株, 主要发生在学校和幼儿园, 持续监测和基因组分析...     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征.方法 采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份.采用反转录-聚合酶链反应( RT-PCR)检测杯状病毒,测序确定其基因型别.结果 428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14.72％.其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GⅠ型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-4 2006b型为主要流行株.428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染.结论 南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ.2006b为主.     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征。方法采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份。采用反转录-聚合酶链反应（RT—PCR）检测杯状病毒,测序确定其基因型别。结果428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14．72％。其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GI型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-42006b型为主要流行株。428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染。结论南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ-2006b为主。     

深圳市儿童秋冬季腹泻诺如病毒检测及基因型分析

目的 了解深圳市儿童秋冬季腹泻中诺如病毒（Nov）的感染状况,并对阳性株进行基因型分析.方法 收集深圳地区多家医院2009年9月至2010年1月腹泻患儿粪便标本307份,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,部分阳性标本的PCR产物经纯化、测序,结合GenBank参考株相应核酸序列构建系统进化树并进行基因型分析,采用SimPlot3.5.1对重组株进行分析和鉴定.结果 307份粪便标本中诺如病毒核酸阳性38例,阳性率为12.4％,以6～24个月龄婴幼儿感染为主,占全部病例数的81.6％（31 /38）,感染的发病高峰为10、11月份,占全部病例数的73.7％ （28/38）;26份测序标本中25株属于GⅡ.4型2006b变异体,1株为GⅡ.12/GⅡ.3型重组株.结论 诺如病毒是深圳市儿童秋冬季腹泻的重要病原体,优势流行株为GⅡ.4型2006b变异体,深圳首次检出的诺如病毒重组株为GⅡ.12/GⅡ.3型.     

手足口病例中埃克病毒11型河南株分子流行病学研究

目的分析埃克病毒11型（ Echo11）河南分离株的分子流行病学特征。方法对2010-2012年河南手足口病监测系统中采集的粪便标本,采用RD、Hep2细胞进行病毒分离,对阳性分离物进行VP1区扩增、测序,生物学软件分析测序结果,BLAST比对后确定病毒基因型;扩增10株Echo11河南分离株VP1完整编码区序列,与国内外其他Echo11病毒株进行同源性分析并构建VP1区全基因亲缘进化树,分析其进化来源及不同基因型的流行范围。结果2010-2012年河南手足口病标本共分离出184株非EV71/CA16型肠道病毒,其中Echo1110株,占5．43％。 Echo11河南株VP1区全长共876个核苷酸,编码292个氨基酸;10株Echo11河南株VP1区之间核苷酸同源性为93．1％～100％,氨基酸同源性为97．3％～100％;与原型Gregory株之间核苷酸同源性为77．8％～78．8％,氨基酸同源性为90．8％～91．8％。结论 Echo11也是引起河南省手足口病的主要病原体,河南省存在Echo11病毒A基因型的流行。     

南京地区儿童人偏肺病毒感染的流行病学及临床特征分析

目的了解南京地区儿童人偏肺病毒（hMPV）感染的流行病学特点及临床特征。方法收集2009年8月至2010年7月南京医科大学附属南京儿童医院住院及门诊呼吸道感染患儿的鼻咽抽吸物（NPA）及咽拭子（NPS）共642例,采用逆转录聚合酶链反应法（RT—PCR）检测hMPVM基因,将阳性PCR扩增产物进行测序、同源性和进化分析。结果642例标本中共检出hMPV阳性扩增产物35份,检出率为5．5％。系统进化分析显示南京地区hMPVB1型占51．4％,A2b型占31．4％。hMPV的发病高峰在4月份。其致呼吸道感染以1岁以内多见（71．4％）。35例hMPV感染患儿中有15例（42．8％）存在混合感染,其中与HRV的混合感染检出率最高。临床诊断以肺炎（17例,48．6％）最为常见。结论人偏肺病毒是南京地区儿童急性呼吸道感染的重要病原之一,该年度其优势流行型别为B1型,南京地区A、B两型hMPV感染患儿临床特征无明显差异。     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...     

2018—2020年云南省手足口病病原监测及柯萨奇病毒A组4型VP1基因特征分析

目的阐明2018—2020年云南省手足口病优势肠道病毒感染类型及柯萨奇病毒A组4型(CVA4)VP1基因特征分析。方法手足口病监测肠道病毒实时荧光定量PCR核酸阳性标本进一步病毒分离, 送中国疾病预防控制中心并对VP1基因测序分析。结果 2018—2020年共采集手足口病标本21 757份, 其中阳性标本16 457份, 阳性检出率75.64%。共分离阳性标本4 114份, 分离到毒株533份, 其中肠道病毒71型(EVA71)共89例, 占总病原的16.70%;柯萨奇病毒A组16型(CVA16)共180例, 占33.77%;CVA10为76例, 占14.26%;CVA6、CVA4分别占22.14%、4.88%;其他型别共44例, 占8.26%。5岁以下儿童是手足口患者主要人群, 男女性别比1.35∶1, 气温较高的第二、三季度是手足口病高发季。云南省CVA4主要分布在曲靖和昆明等地, 文山、红河零星分布, VP1基因全长915 bp, 26株CVA4毒株均属于C基因型的C2亚型, 与原始株AY421762-HighPoint之间遗传距离较远。VP1基因的18、23、34、102、14...     

陕西省发热呼吸道症候群病原谱和呼吸道合胞病毒基因特征

目的 分析陕西省发热呼吸道症候群患者咽拭子中16种呼吸道病毒病原谱构成和呼吸道合胞病毒基因特征.方法 2010年1月至2011年1月收集符合监测定义患者咽拭子标本208份,采用基于毛细管电泳的多重RT-PCR反应进行病毒核酸检测,包括人鼻病毒(HRV)、冠状病毒(HCOV)、流感病毒(Flu)、副流感病毒(HPIV)、腺病毒(ADV)、呼吸道合胞病毒(HRSV)、人偏肺病毒(HMPV)以及博卡病毒(HBOV),并对其中HRSV检测阳性的标本进行G基因羧基末端测序与种系进化分析,研究流行于陕西的HRSV分子流行病学特征.结果 总病毒检出率为53％(109/208),检测到的阳性病毒病原构成率分别为:HRSV42.2％、Flu24.5％、PIV20％,HRV13.6％,ADV10.9％,HCOV7.3％、HMPV4.6％和3份HBOV2.7％.有20％(22/109)病例为混合病毒感染,其中有14例为PIV与其他病毒混合感染,15 ～ 39岁年龄组混合感染率最高,差异有统计学意义(P＜0.05).总呼吸道病毒的感染率在各年龄组中差别不大,除Flu、HMPV和PIV外,其他病毒(HRV、HBoV、HCoV、ADV、HRSV)的感染人群主要以0～4岁小儿为主.46例多重RT-PCR HRSV阳性病例中,42例为HRSV A血清型的NA1基因型;2例为B血清型,其中1例为BA9基因型,1例为GB2基因型.结论 @@陕西发热呼吸道症候群由多种呼吸道病毒引起,存在2种或以上病毒的混合感染,其中以PIV与其他病毒混合感染为主.HRSV是2010年陕西省发热呼吸道症候群的主要病原,其中A血清型的NA1基因型是陕西2010年流行的绝对优势型别.     

贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的初步研究

目的 了解贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的组成及其点突变.方法 监测2010年6-11月于贵阳地区哨点医院就诊的急性胃肠炎病例,收集粪便标本,采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(real-time RT-PCR)初步鉴定,随机选取部分GⅡ型诺如病毒阳性标本,采用一步法RT-PCR对其VP1基因区克隆及测序,基因序列与国内外流行的GⅡ.4型诺如病毒进行系统进化及氨基酸位点的突变分析.结果 检测标本426份,有267份(62.68％)GⅡ型诺如病毒阳性,测序获得了9份GⅡ.4型诺如病毒VP1基因组序列,贵州省2010年流行的GⅡ.4型诺如病毒包括2个变异株(GⅡ.42008a和GⅡ.4 2008b新型变异株),亚型组闻的VP1基因的同源性为95.90％ ～ 96.72％,亚型组内同源性为99.45％ ～ 100％,有2个氨基酸位点易发生突变.结论 贵阳地区2010年夏秋季急性胃肠炎以诺如病毒GⅡ型为主,并且变异株具有多样性.     

2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A10型全基因组序列特征分析

目的对江苏省2015—2022年柯萨奇病毒A10型(CVA10)分离株全基因组序列特征进行分析, 阐明其分子流行病学特征。方法选取2015—2022年间江苏省地区流行的45株CVA10分离株进行全基因组测序, 基于CVA10全基因组、VP1、P1、P2和P3区序列分别构建系统进化树, 运用DNAStar、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等生物信息学软件对获取的全基因组序列进行比对, 分析同源性、基因重组情况和主要氨基酸变异位点。结果 45株CVA10分离株全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.3%～99.1%和97.9%～99.8%;各区段比对发现, P1区核苷酸序列同源性最高, 为92.1%～100.0%;P3区段序列同源性差异较大为84.7%～100.0%, 但相比于核苷酸序列的多样性, 各区段氨基酸序列均较为保守。基于VP1序列的系统进化树将CVA10分为A～H共8个基因型, 其中江苏与其他国内大部分流行株均属于C基因型, 全基因组进化树和VP1进化树分析结果接近一致。基于基因组各区段序列的系统进化与Simplot重组分析结果显示, 江苏分离株GD...     

2021～2022年深圳市某医院常见呼吸道病毒流行病学特点

目的 分析2021年7月至2022年7月在我院就诊的急性呼吸道感染患者呼吸道病毒的感染情况，并比较多重荧光定量PCR法和胶体金法检测流感病毒的诊断效能。方法 收集我院1 263例急性呼吸道感染患者的鼻拭子标本，采用多重荧光定量PCR法进行检测，分析不同性别、年龄、季节6种常见呼吸道病毒的感染特点。随机抽取2022年1月至7月407例患者标本，采用胶体金法检测甲型流感病毒(influenza A virus, Flu A)和乙型流感病毒(influenza B virus, Flu B),并与多重荧光定量PCR法检测结果进行比较。结果 1 263例患者中，呼吸道病毒阳性检出率为21.54%(272/1 263),呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)阳性检出率最高，为8.55%(108/1 263)。不同性别患者阳性检出率差异无统计学意义(P>0.05)。秋季呼吸道病毒阳性检出率最高(P<0.001),其中RSV在秋季检出率最高，Flu A在夏季检出率最高、Flu B在春季检出率最高、副流感病毒Ⅰ型(parainfluenza vi...     

2021年云南省手足口病病例中柯萨奇病毒A2型的测序定型和基因特征分析

目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测, 并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析, 为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》, 对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理, 提取病毒RNA后, 先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序, 编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别, 再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序, 通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列, Mega5.2软件构建基因进化树, 分析病毒基因特...