人腹主动脉瘤与正常腹主动脉基因表达谱差异的研究

目的 运用基因芯片研究人腹主动脉瘤与正常腹主动脉的基因表达谱,筛选差异表达基因.方法 选取腹主动脉瘤标本及正常腹主动脉标本各5例.抽提总RNA,转录并以生物素标记后,与芯片杂交,并对结果进行分析.结果 腹主动脉瘤组与正常组织组比较差异表达的基因共1962个,其中上调基因554个,下调基因1408个.功能分析发现与炎症反应、免疫反应及某些化学趋化因子有关的基因在腹主动脉瘤组表达上调.结论 表达谱芯片筛选腹主动脉瘤组与正常腹主动脉组的差异基因,为研究腹主动脉瘤的发病机制提供了新思路.     

大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响

目的：研究大黄对糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达谱的影响及分析大黄对糖尿病肾病在基因水平上的作用机制。方法：20只雄性SD大鼠随机分为4组：正常对照组、用STZ诱导的糖尿病肾病组、糖尿病肾病大鼠给予大黄提取物治疗的大黄治疗组和糖尿病肾病大鼠给予安慰剂的阴性对照组。从4组SD大鼠的肾皮质中抽提mRNA,分别用Cy3、Cy5荧光标记，经反转录分别合成正常对照组与糖尿病组、大黄治疗组和对照组动物来源的cDNA探针；同时将Cy2,Cy5荧光标记的cDNA探针等量地与BioDoor基因表达谱芯片杂交，结果与扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果：正常对照组与糖尿病肾病组之间差异表达的基因有335条，占芯片基因总数的8．4％，其中12条基因在糖尿病肾病时表达量明显下降，而323条基因在糖尿病肾病时表达量明显上升。大黄治疗组和阴性对照组之间差异表达的基因有128条，占芯片基因总数的3．3％，其中有8条基因在大黄治疗以后明显上升，而120条基因在大黄治疗以后明显下降。并且，在糖尿病肾病中部分基因的表达变化在大黄治疗后可被逆转。结论：大黄能上调或下调部分差异表达的基因，并在一定程度上能逆转STZ诱导的基因表达谱。     

纯化结肠癌组织基因表达谱的变化

目的通过构建纯化正常结肠上皮组织和结肠癌组织基因表达谱筛选结肠癌相关基因。方法应用激光捕获显微切割-线性扩增-全基因组基因芯片流程对结肠癌组织及其相应正常结肠上皮组织进行实质细胞纯化并构建基因表达谱，筛选差异表达基因。结果纯化正常结肠上皮细胞和结肠癌细胞分别有14939和15276条基因表达。肿瘤组织差异表达基因中4倍以上者208条，其中上调基因72条，下调基因136条。上调基因前20条和下调基因前20条中，10条基因的表达变化在结肠癌中的意义已被证实，另有13条基因的表达变化在其他肿瘤研究中与以前报道一致。结论细胞纯化技术结合基因芯片构建基因表达谱可准确、高效的筛选结肠癌差异基因。     

应用基因芯片技术研究成年男性精子的基因表达

目的:初步研究健康成人精子中基因的表达情况。方法:收集成年男性活力正常的精子,提取总RNA,以健康成人淋巴细胞总RNA作对照。两组RNA逆转录为cDNA之后,cDNA经酶切、加接头后进行RD扩增,在扩增同时分别掺入Cy3(精子)和Cy5(淋巴细胞)荧光染料标记,标记样品与自制的精子基因表达谱芯片杂交。结果:检测发现在560个基因片段中,有72个基因表达上调,321个基因表达下调,另外167个基因表达无差异。其中与基因复制、转录、翻译及调控等相关的基因表达基本属于无差异表达类型或低表达类型,而与精子发生相关的基因、精子本身的特异性抗原等基因显著高表达,精子中糖酵解相关基因表达上调,而与氧化磷酸化相关的基因则表达下调。结论:在健康成人精子中有丰富的基因表达,而且基因的表达与精子自身的功能和特点相一致。     

胃癌和癌旁黏膜与距癌远端切缘胃黏膜基因表达谱差异的研究

目的用基因芯片技术研究胃癌 （T）和癌旁黏膜 （P）与距癌远端切缘胃黏膜 （C）基因表达谱差异,筛选与早期癌变相关的基因.方法利用国际学术界公认的标准化 Affymetrix公司生产的 U133A基因芯片分别检测 T和 P及 C基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析.结果 （1）T与 C比较差异 4倍以上共有 766个基因,其中表达上调 [信号比的对数值 （SLR）〉2]有 530个,表达下调 （SLR〈- 2）有 236个;（2）P与 C比较差异 4倍以上共有 64个基因,其中表达上调 （SLR 〉2）有 50个,表达下调 （SLR〈- 2）有 14 个;（3）T和 P同时与 C比较 （T、 P两者之一差异 4倍以上 ）共有 143个相同的基因,其中表达上调 （SLR 〉2）有 108个,表达下调 （SLR〈- 2）有 35个.结论癌旁黏膜在基因表达水平上显示 143个基因与胃癌表达的基因相同,提示这些基因可能与早期胃癌癌变的启动和演化有关.     

前列腺癌相关基因表达谱研究

目的 寻找前列腺癌相关基因以用于前列腺癌的诊断和治疗。方法 应用含有4366条人类全长基因cDNA基因表达谱芯片，研究一组前列腺癌和正常前列腺组织样本的基因表达谱，找出研究前列腺癌组织和正常前列腺组织中差异表达的基因。结果 前列腺癌与正常前列腺组织有差异表达基因287条，其中未知基因165条，已知基因122条，从已知基因中筛选出有显著差异表达的基因56条，其中上调基因20条，下调基因36条。结论 运用cDNA微矩阵基因芯片对基因表达谱进行分析，能有效筛查出新的前列腺癌相关基因。     

人腹主动脉瘤与动脉粥样硬化闭塞症基因表达谱差异的研究

目的探讨人腹主动脉瘤与动脉粥样硬化闭塞症的基因表达谱,筛选差异表达基因。方法选取腹主动脉瘤、粥样硬化闭塞动脉标本及正常腹主动脉标本各5例。抽提总RNA,转录并以生物素标记后,与芯片杂交,并对结果进行分析。结果腹主动脉瘤与动脉粥样硬化闭塞比较上调基因119个,下调基因98个,动脉粥样硬化闭塞与正常组织比较,上调基因159个,下调基因84个,腹主动脉瘤与正常组织比较上调基因283个,下调基因310个。而且发现与炎症发应、免疫反应及某些化学趋化因子有关的基因在腹主动脉瘤和动脉粥样硬化闭塞中均上调,腹主动脉瘤与动脉粥样硬化闭塞比较,与自身免疫反应有关的基因明显上调,与钙离子通道调节蛋白及细胞骨架有关的基因明显下调。结论表达谱芯片筛选腹主动脉瘤与动脉粥样硬化闭塞的差异基因,为研究腹主动脉瘤和动脉粥样硬化闭塞的发病机制提供新思路,多种基因可能在动脉粥样硬化向腹主动脉瘤和动脉粥样硬化闭塞的发展过程中起着重要的作用。     

联合多种高通量表达谱数据分析筛选胃癌相关基因

目的进一步寻找潜在的胃癌与正常组织间有诊断与治疗价值的基因标志。方法分别应用肿瘤基因组解剖工程中表达序列标签和基因表达序列分析表达谱数据库筛查胃癌和正常组织差异表达基因，用虚拟电子杂交方法对候选基因进行进一步筛选，并同斯坦福微阵列数据库中胃组织基因表达谱芯片数据比较。结果应用NCBI在线数字差异显示工具、cDNA数字基因表达分析工具和SAGE数字基因表达分析工具分别筛选出165、286和181个基因，经虚拟Nonhern分析共获得45个差异表达基因，将其与芯片数据比较分析，其中12个基因表达一致，对其中与胃癌关系尚未见明确报道的基因进行RT-PCR验证，ANXA1、MSMB、ANXA10和PSCA4个基因与数据筛选结果一致。结论利用表达谱数据库资源能快速高效地筛选、确定胃癌相关基因．对这些基因进一步分析可为胃癌的临床诊治提供分子标志。     

实验骨关节炎大鼠退变软骨基因表达谱的初步分析

目的探讨大鼠骨关节炎模型与正常对照组软骨退变基因表达差异,从基因网络角度探讨骨关节炎的发病机制。方法通过切断大鼠右膝交叉韧带、内侧副韧带,建立骨关节炎动物模型,采用代表28000个不同基因的Genomic Instrumentation Services公司芯片检测骨关节炎和正常大鼠右膝关节软骨的基因表达,对差异基因表达进行生物信息学分析。结果大鼠骨关节炎软骨退变有显著差异表达的基因406个,其中305个基因上调,101个基因下调。差异表达基因涉及生长因子、发育、肥胖、能量代谢、信号传导、免疫等方面的基因群。结论骨关节炎软骨退变基因表达谱存在软骨细胞凋亡相关的基因表达异常,信号传导过程异常、免疫相关基因的表达下调、多个转录因子的普遍上调等特征,为研究骨关节炎在基因水平上的病理变化提供了基础。     

用基因表达谱芯片筛选原发性下肢静脉曲张相关基因的研究

目的运用基因表达谱芯片研究原发性下肢静脉曲张基因表达谱的变化。方法选取原发性下肢静脉曲张患者隐 股交界瓣膜区静脉 5条 ,取 5条正常静脉作对照。抽提总RNA、纯化mRNA、反转录制备杂交探针 ,应用含有 4 0 96种人类基因全长cDNA的表达谱芯片进行差异表达谱分析 ,随后应用反转录PCR验证部分差异表达基因。结果曲张大隐静脉瓣膜区表达谱中差异表达基因共有 16 8条 ,上调基因 96条 ,下调基因 72条 ;5例标本均差异表达的基因共 39条 ,其中上调2 8条 ,下调 11条 ;多条细胞凋亡相关基因、细胞信号和传递蛋白基因、原癌基因和抑癌基因等均有差异表达 ;反转录PCR证实caspase 9及MAP3K基因及其蛋白产物在曲张静脉中差异表达。 结论应用基因表达谱芯片筛选致病相关基因 ,可能为下肢静脉曲张的发病机制研究提供新思路。     

蛋白质组技术在胃癌相关标志物筛查中的应用

目的 建立胃癌组织和正常胃组织双向凝胶电泳图谱，鉴定差异表达蛋白，从中发现有意义的胃癌相关标志物。方法 采用双向凝胶电泳（2-DE）分离胃癌组织和正常胃组织总蛋白，银染显色，PDQuest软件分析，从中选取差异表达蛋白质点，通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）或MALDI-TOF-TOF-MS鉴定差异表达的蛋白质。结果 获得重复性和分辨率较好的胃组织双向凝胶电泳图谱；发现23个差异表达蛋白质，其中15个得到鉴定，在肿瘤组织中高表达的有10个，其余5个在肿瘤组织中低表达。结论 建立了胃癌组织和正常胃组织双向凝胶电泳图谱，并应用质谱技术鉴定了15个差异表达蛋白质。     

胃癌患者唾液蛋白质组学分析

目的 应用差异蛋白质组学方法筛选唾液中与胃癌相关的蛋白质分子.方法 采用双向凝胶电泳(2-DE)分离胃癌患者和正常人群唾液总蛋白,从中选取差异表达蛋白质点,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱(MALD I-TOF-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质;Western blot 验证蛋白质组学分析的结果.结果 通过两组人群唾液的双向凝胶电泳图谱分析发现15个差异蛋白质斑点,质谱鉴定出9种蛋白质,在胃癌患者唾液中高表达的有3个,其余6个在胃癌患者唾液中低表达.Western blot对表达增高的蛋白鸟嘌呤核苷酸解离抑制因子2(RhoGDI2)进行检测,结果与蛋白质组学分析结果一致.结论 蛋白质组学研究是筛选胃癌患者唾液中特异性标记物的有效手段.     

胃癌患者唾液蛋白质组学分析

目的 应用差异蛋白质组学方法筛选唾液中与胃癌相关的蛋白质分子.方法 采用双向凝胶电泳(2-DE)分离胃癌患者和正常人群唾液总蛋白,从中选取差异表达蛋白质点,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱(MALD I-TOF-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质;Western blot 验证蛋白质组学分析的结果.结果 通过两组人群唾液的双向凝胶电泳图谱分析发现15个差异蛋白质斑点,质谱鉴定出9种蛋白质,在胃癌患者唾液中高表达的有3个,其余6个在胃癌患者唾液中低表达.Western blot对表达增高的蛋白鸟嘌呤核苷酸解离抑制因子2(RhoGDI2)进行检测,结果与蛋白质组学分析结果一致.结论 蛋白质组学研究是筛选胃癌患者唾液中特异性标记物的有效手段.     

胃癌患者唾液蛋白质组学分析

目的 应用差异蛋白质组学方法筛选唾液中与胃癌相关的蛋白质分子.方法 采用双向凝胶电泳(2-DE)分离胃癌患者和正常人群唾液总蛋白,从中选取差异表达蛋白质点,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱(MALD I-TOF-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质;Western blot 验证蛋白质组学分析的结果.结果 通过两组人群唾液的双向凝胶电泳图谱分析发现15个差异蛋白质斑点,质谱鉴定出9种蛋白质,在胃癌患者唾液中高表达的有3个,其余6个在胃癌患者唾液中低表达.Western blot对表达增高的蛋白鸟嘌呤核苷酸解离抑制因子2(RhoGDI2)进行检测,结果与蛋白质组学分析结果一致.结论 蛋白质组学研究是筛选胃癌患者唾液中特异性标记物的有效手段.     

胃癌及癌旁正常组织中微小RNA表达谱的检测

目的 应用微小RNA(miRNA)芯片技术筛选胃癌及癌旁正常组织中差异表达的miRNAs,从中发现与胃癌发生发展相关的miRNAs.方法 收集14例新鲜胃癌组织及癌旁正常黏膜组织,从标本中分离出小RNA,并用Cy3、Cy5双色荧光标记,将标记的小RNA在miRNAs芯片上进行杂交反应.结果 软件MeV4.0对芯片数据进行聚类分析,筛选获得92个在胃癌及癌旁正常组织中差异表达的miRNAs(P＜0.05).相对于癌旁组织,在胃癌组织中有8个miRNAs表达显著上调,11个miRNAs表达显著下调(P＜0.01).结论 胃癌组织和癌旁正常组织中存在差异表达的miRNA分子,它可能与胃癌的发生发展有关.

Abstract：

Objective To screen and identify the microRNA (miRNA) differential expression profiles in gastric cancer and paired adjacent normal tissue by the miRNA microarray technique. Methods Forteen gastric cancer fresh tissue samples and paired adjacent normal mucosa tissue samples were collected. Small RNA was isolated from the samples, labeled with Cy3, Cy5 two-color fluorescence and hybridized on miRNA microarray. Results By analysis of Software MeV4. 0 based on microarrays screening, 92 gastric cancer related miRNAs (P ＜ 0. 05 ) were obtained. In the gastric carcinoma, compared with paired adjacent normal tissue, 8 miRNAs were significantly up-regulated and 11 miRNAs were significantly downregulated (P ＜ 0. 01 ). Conclusion MiRNAs are differentially expressed between gastric carcinoma and adjacent normal tissue, which may be related to the pathogenesis and progression of gastric cancer.     

利用蛋白质组技术进行胃癌差异蛋白质研究

目的分离胃癌蛋白质组，找出胃癌组织的差异蛋白质点。方法利用二维聚丙烯酰胺凝胶电泳（2-DE）分离胃癌组织和正常对照组织的总蛋白质，并通过质谱分析技术对9个差异蛋白质点进行检测，以确定胃癌的差异蛋白质。结果在胃癌组织中点检测共有蛋白质点1147个，正常胃黏膜组织中点检测共有蛋白质点1079个。胃癌和正常胃黏膜组织两者共有164个差异蛋白质点，其中41个点仅在胃癌组织中表达，27个点仅在正常胃黏膜中表达；39个点在胃癌组织中高表达，57个点在胃癌组织中低表达。确定了7种在胃癌组织中明显高表达的蛋白质。结论利用蛋白质组技术获得了胃癌蛋白质组与正常对照组的差异蛋白质点，并获得了7种两者的差异蛋白质，为寻找胃癌的特异蛋白质奠定了基础。     

儿茶酚胺氧位甲基转移酶基因在结直肠癌组织中的表达

目的 研究儿茶酚胺氧位甲基转移酶(COMT)基因及其编码蛋白在结直肠癌组织和正常结直肠黏膜中的表达情况.方法 留取2009年1月至8月诊治的22例结直肠癌患者的肿瘤组织和正常结直肠黏膜组织,提取标本的总RNA和总蛋白,采用RT-PCR及Western blot方法在基因水平和蛋白水平检测COMT在结直肠癌肿瘤和正常黏膜组织中的表达情况,并应用组织芯片检测COMT蛋白在结直肠癌组织中的表达情况,通过灰度测定比较肿瘤组织与正常组织之间目的基因和蛋白表达水平的差异.结果 在mRNA水平上.结果 肠癌肿瘤组织中COMT基因表达水平的平均光密度值为53 514±15 513,显著高于正常结直肠黏膜组织的4529±1698(P<0.05).Westem blot结果显示可溶性COMT蛋白(S-COMT)在结直肠癌肿瘤组织中表达水平的平均光密度值为54 967±11 919,显著高于正常结直肠黏膜组织的平均光密度值25 962±6713(P<0.05),而膜结合型COMT蛋白(MBCOMT)在两者的表达情况差异无统计学意义.组织芯片检测结果显示COMT蛋白主要定位于细胞质,肿瘤组织中的表达水平在染色强度和阳性率方面显著高于正常结直肠黏膜组织(P<0.05).结论 COMT基因及其编码蛋白在结直肠癌组织中的表达水平显著高于其在正常结直肠黏膜中的表达水平,提示该基因可能在结直肠肿瘤的发生、发展中发挥一定作用.     

利用二维胶内差示凝胶电泳技术检测胃癌的血清学肿瘤标记物

目的 分离胃癌、胃溃疡、正常人之间的差异蛋白质,检测胃癌的血清学肿瘤标记物.方法 从定量比较蛋白质组分析入手,利用二维胶内差示凝胶电泳技术(2D-DIGE)分离包括胃癌、胃溃疡和正常人共27例血清样本,以基质辅助激光解吸附电离串联质谱对差异蛋白点进行检测,检索Mascot数据库.结果 共检测出14个差异表达蛋白.正常人和胃溃疡比较有3种差异蛋白质,2种被鉴定出;胃溃疡和胃癌比较发现1个下调的蛋白质;胃癌与正常人中发现10个差异表达蛋白质,6个点在胃癌患者血清中上调.结论 2D-DIGE技术是一项有效的筛选胃癌患者血清中差异蛋白的技术手段,检测出的蛋白质有可能成为胃癌诊断的分子标记物.